Repair of DNA dewar photoproduct to (6-4) photoproduct in (6-4) photolyase

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 37, 2011, Pages 10976-10982

  Ai, Yue Jie ^a   Liao, Rong Zhen ^c   Chen, Shi Lu ^d   Hua, Wei Jie ^a   Fang, Wei Hai ^b   Luo, Yi ^a  

^a ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

^b BEIJING NORMAL UNIVERSITY   (China)

^c STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

^d BEIJING INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL BONDS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DNA; ISOMERS; REPAIR;

BOND CLEAVAGES; EXPERIMENTAL OBSERVATION; HYBRID DENSITY FUNCTIONAL THEORY; PHOTOLYASES; PHOTOPRODUCTS; REARRANGEMENT PATHWAYS; REPAIR MECHANISM; REPAIR PROCESS; VALENCE ISOMER;

DEWARS;

EID: 80052856745     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp204128k     Document Type: Article

References (40)

1. Pfeifer, G. P.; You, Y.-H.; Besaratinia, A. Mutations induced by ultraviolet light Mutat. Res. 2005, 571, 19-31 (Pubitemid 40313429)
2. Taylor, J. S. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 76-82
3. Johns, H. E.; Pearson, M. L.; LeBlanc, J. C.; Helleiner, C. W. J. Mol. Biol. 1964, 9, 503-524
4. Perdiz, D.; Grof, P.; Mezzina, M.; Nikaido, O.; Moustacchi, E.; Sage, E. J. Biol. Chem. 2000, 275, 26732-26742
5. Sancar, A. Chem. Rev. 2003, 103, 2203-2237
6. Zhong, D. Curr. Opin. Chem. Biol. 2007, 11, 174-181
7. Asgatay, S.; Petermann, C.; Harakat, D.; Guillaume, D.; Taylor, J. S.; Clivio, P. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 12618-12619
8. Kwok, W. M.; Ma, C.; Phillips, D. L. A doorway state leads to photostability or triplet photodamage in thymine DNA J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 5131-5139 (Pubitemid 351537073)
9. Durbeej, B.; Eriksson, L. A. Reaction mechanism of thymine dimer formation in DNA induced by UV light J. Photochem. Photobiol., A 2002, 152, 95-101
10. Zhao, X.; Liu, J.; Hsu, D. S.; Zhao, S.; Taylor, J. S.; Sancar, A. J. Biol. Chem. 1997, 272, 32580-32590
11. Kim, S. T.; Malhotra, K.; Smith, C. A.; Taylor, J. S.; Sancar, A. J. Biol. Chem. 1994, 269, 8535-8540
12. Heelis, P. F.; Liu, S. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2936-2937
13. Sadeghian, K.; Bocola, M.; Merz, T.; Schütz, M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 16285-16295
14. Domratcheva, T.; Schlichting, I. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 17793-17799
15. Hitomi, K.; Nakamura, H.; Kim, S. T.; Mizukoshi, T.; Ishikawa, T.; Iwai, S.; Todo, T. J. Biol. Chem. 2001, 276, 10103-10109
16. Maul, M. J.; Barends, T. R.; Glas, A. F.; Cryle, M. J.; Domratcheva, T.; Schneider, S.; Schlichting, I.; Carell, T. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2008, 47, 10076-10080
17. Glas, A. F.; Schneider, S.; Maul, M. J.; Hennecke, U.; Carell, T. Chem.-Eur. J. 2009, 15, 10387-10396
18. Li, J.; Liu, Z. Y.; Tan, C. T.; Guo, X. M.; Wang, L. J.; Sancar, A.; Zhong, D. P. Nature 2010, 466, 887-890
19. Schleicher, E.; Hitomi, K.; Kay, C. W.; Getzoff, E. D.; Todo, T.; Weber, S. J. Biol. Chem. 2007, 282, 4738-4747
20. Glas, A. F.; Kaya, E.; Schneider, S.; Heil, K.; Fazio, D.; Maul, M. J.; Carell, T. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 3254-3255
21. Ai, Y. J.; Liao, R. Z.; Chen, S. F.; Luo, Y.; Fang, W. H. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 14096-14102
22. Maul, M. J.; Barends, T. R.; Glas, A. F.; Cryle, M. J.; Domratcheva, T.; Schneider, S.; Schlichting, I.; Carell, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 10076-10080
23. Himo, F. Theor. Chem. Acc. 2006, 116, 232-240
24. Siegbahn, P. E. M.; Himo, F. J. Biol. Inorg. Chem. 2009, 14, 643-651
25. Himo, F.; Siegbahn, P. E. M. Chem. Rev. 2003, 103, 2421-2456
26. Noodleman, L.; Lovell, T.; Han, W.-G.; Li, J.; Himo, F. Chem. Rev. 2004, 104, 459-508
27. Siegbahn, P. E. M.; Borowski, T. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 729-738
28. Chen, S.-L.; Pelmenschikov, V.; Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 9912-9913
29. Chen, S.-L.; Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 4066-4077
30. Chen, S.-L.; Fang, W.-H.; Himo, F. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1253-1255
31. Liao, R.-Z.; Yu, J.-G.; Himo, F. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1494-1501
32. Liao, R.-Z.; Yu, J.-G.; Himo, F. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 2533-2540
33. Liao, R.-Z.; Yu, J.-G.; Himo, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 22523-22527
34. Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2002, 117, 43-54
35. Cossi, M.; Rega, N.; Scalmani, G.; Barone, V. J. Comput. Chem. 2003, 24, 669-681
36. Cossi, M.; Barone, V.; Robb, M. A. J. Chem. Phys. 1999, 111, 5295-5302
37. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzaĺez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2004.
38. Begley, T. P. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 394-401
39. Shaik, S.; Shurki, A. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 586-625
40. Glas, A. F.; Schneider, S.; Maul, M. J.; Hennecke, U.; Carell, T. Chem.-Eur. J. 2009, 15, 10387-10396