Theoretical studies on photoisomerizations of (6-4) and dewar photolesions in DNA

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 44, 2010, Pages 14096-14102

  Ai, Yue Jie ^a,b   Liao, Rong Zhen ^a,c   Chen, Shu Feng ^a   Luo, Yi ^b   Fang, Wei Hai ^a  

^a BEIJING NORMAL UNIVERSITY   (China)

^b ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

^c STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ISOMERS; PHASE SPACE METHODS; PHOTOISOMERIZATION; SOLUTIONS;

AQUEOUS SOLUTIONS; COMPLETE ACTIVE SPACE SELF-CONSISTENT FIELDS; CONICAL INTERSECTION; GASPHASE; INTERNAL CONVERSIONS; INTERSECTION POINTS; PHOTOISOMERIZATION REACTION; PHOTOISOMERIZATIONS; PHOTOLYASES; PHOTOPRODUCTS; SOLVENT EFFECTS; THEORETICAL STUDY; TWO CHANNEL; ULTRA-FAST; UV-INDUCED DNA DAMAGE; VALENCE ISOMER;

DEWARS;

EID: 78149250709     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp107873w     Document Type: Article

References (51)

1. Donovan, P.; Perrett, C. M.; Zhang, X. H.; Montaner, B.; Xu, Y. Z.; Harwood, C. A.; McGregor, J. M.; Walker, S. L.; Hanaoka, F.; Karran, P. Science 2005, 309, 1871-1874
2. Sancar, A. Chem. Rev. 2003, 103, 2203-2237
3. Sinha, R. P.; Hader, D. P. Photochem. Photobiol. Sci. 2002, 1, 225-236
4. Batista, L. F. Z.; Kaina, B.; Meneghini, R.; Menck, C. F. M. Mutat. Res., Rev. Mutat. Res. 2009, 681, 197-208
5. Woodhead, A. D.; Setlow, R. B.; Tanaka, M. J. Epidemiol. 1999, 9, S102-S114
6. Claerhout, S.; Van Laethem, A.; Agostinis, P.; Garmyn, M. Photochem. Photobiol. 2006, 5, 199-207
7. Beukers, R.; Eker, A. P. M.; Lohman, P. H. M. DNA Repair 2008, 7, 530-543
8. Law, Y. K.; Azadi, J.; Crespo-Hernandez, C. E.; Olmon, E.; Kohler, B. Biophys. J. 2008, 94, 3590-3600
9. Hariharan, M.; Lewis, F. D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 11870-11871
10. McCullagh, M.; Hariharan, M.; Lewis, F. D.; Markovitsi, M.; Douki, T.; Schatz, G. C. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 5215-5221
11. Mouret, S.; Philippe, C.; Gracia-Chantegrel, J.; Banyasz, A.; Karpati, S.; Markovitsi, D.; Douki, T. Org.Biomol. Chem. 2010, 8, 1706-1711
12. de Lima-Bessa, K. M.; Armelini, M. G.; Chigancas, V.; Jacysyn, J. F.; Amarante-Mendes, G. P.; Sarasin, A.; Menck, C. F. M. DNA Repair 2008, 7, 303-312
13. Taylor, J. S.; Cohrs, M. P. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 2834-2835
14. Mitchell, D. L. Photochem. Photobiol. 1988, 48, 51-57
15. Mouret, S.; Baudouin, C.; Charveron, M.; Favier, A.; Cadet, J.; Douki, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 13765-13770
16. Nakajima, S.; Lan, L.; Kanno, S.; Takao, M.; Yamamoto, K.; Eker, A. P.; Yasui, A. J. Biol. Chem. 2004, 279, 46674-46677
17. Beukers, R.; Berends, W. Biochim. Biophys. Acta 1960, 41, 550-551
18. Rahn, R. O.; Hosszu, J. L. Photochem. Photobiol. 1969, 10, 131-137
19. Heelis, P. F.; Liu, S. B. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2936-2937
20. Johns, H. E.; Pearson, M. L.; LeBlanc, J. C.; Helleiner, C. W. J. Mol. Biol. 1964, 9, 503-524
21. Perdiz, D.; Grof, P.; Mezzina, M.; Nikaido, O.; Moustacchi, E.; Sage, E. J. Biol. Chem. 2000, 275, 26732-26742
22. Glas, A. F.; Kaya, E.; Schneider, S.; Heil, K.; Fazio, D.; Maul, M. J.; Carell, T. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 3254-3255
23. Lee, J. H.; Hwang, G. S.; Choi, B. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6632-6636
24. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. J.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman., P. A. AMBER 6; University of California: San Francisco, 1999.
25. Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2002, 117, 43-54
26. Cossi, M.; Rega, N.; Scalmani, G.; Barone, V. J. Comput. Chem. 2003, 24, 669-681
27. Cossi, M.; Barone, V.; Robb, M. A. J. Chem. Phys. 1999, 111, 5295-5302
28. Himo, F.; Siegbahn, P. E. M. Chem. Rev. 2003, 103, 2421-2456
29. Noodleman, L.; Lovell, T.; Han, W.-G.; Li, J.; Himo, F. Chem. Rev. 2004, 104, 459-508
30. Siegbahn, P. E. M.; Borowski, T. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 729-738
31. Himo, F. Theor. Chem. Acc. 2006, 116, 232-240
32. Ramos, M. J.; Fernandes, P. A. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 689-698
33. Himo, F.; Siegbahn, P. E. M. J. Biol. Inorg. Chem. 2009, 14, 643-651
34. Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1797, 129-142
35. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzaĺez, C.; Pople, J. A. Gaussian03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2004.
36. Andersson, K. MOLCAS, revision 7.1; University of Lund: Lund, Sweden, 2007.
37. Ponder, J.; Richards, W. F. M. J. Comput. Chem. 1987, 8, 1016-1024
38. Ferré, N.; Cembran, A.; Garavelli, M.; Olivucci, M. Theor. Chem. Acc. 2004, 112, 335-341
39. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
40. Middleton, C. T.; de La Harpe, K.; Su, C.; Law, Y. K.; Crespo-Hernández, C. E.; Kohler, B. Annu. Rev. Phys. Chem. 2009, 60, 217-239
41. Norton, J. E.; Olson, L. P.; Houk, K. N. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7835-7845
42. Bally, T.; Matzinger, S.; Bednarek, P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7828-7834
43. Feffar, L.; Mis, M.; Dinnocenzo, J. P.; Farid, S.; Merkel, P. B.; Robello, D. R. J. Org. Chem. 2008, 73, 5683-5692
44. Hare, P. M.; Crespo-Hernández, C. E.; Kohler, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 435-440
45. Glas, A. F.; Schneider, S.; Maul, M. J.; Hennecke, U.; Carell, T. Chem.-Eur. J. 2009, 15, 10387-10396
46. Maul, M. J.; Barends, T. R.; Glas, A. F.; Cryle, M. J.; Domratcheva, T.; Schneider, S.; Schlichting, I.; Carell, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 10076-10080
47. Kim, S. T.; Malhotra, K.; Smith, C. A.; Taylor, J. S.; Sancar, A. J. Biol. Chem. 1994, 269, 8535-8540
48. Zhao, X.; Liu, J.; Hsu, D. S.; Zhao, S.; Taylor, J. S.; Sancar, A. J. Biol. Chem. 1997, 272, 32580-32590
49. Wang, Y.; Gaspar, P. P.; Taylor, J. S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5510-5519
50. Domratcheva, T.; Schlichting, I. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 17793-17799
51. Li, J.; Liu, Z. Y.; Tan, C. T.; Guo, X. M.; Wang, L. J.; Sancar, A.; Zhong, D. P. Nature 2010, 466, 887-890