Theoretical study of the phosphotriesterase reaction mechanism

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 6, 2007, Pages 1253-1255

  Chen, Shi Lu ^a,b   Fang, Wei Hai ^b   Himo, Fahmi ^a  

^a ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

^b BEIJING NORMAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATALYSIS; CRYSTAL STRUCTURE; HYDROLYSIS; PHOSPHORUS COMPOUNDS; POTENTIAL ENERGY; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; ZINC;

NUCLEOPHILICITY; PHOSPHOTRIESTERASE (PTE); PHOSPHOTRIESTERS; TRANSITION STATES;

ENZYME KINETICS;

EID: 33847410577     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp068500n     Document Type: Article

References (26)

1. (a) Dumas, D. P.; Caldwell, S. R.; Wild, J. R.; Raushel, F. M. J. Biol. Chem. 1989, 264, 19659.
2. (b) Li, W.-S.; Lum, K. T.; Chen-Goodspeed, M.; Sogorb, M. A.; Raushel, F. M. Bioorg. Med. Chem. 2001, 9, 2083.
3. (a) Benning, M. M.; Kuo, J. M.; Raushel, F. M.; Holden, H. M. Biochemistry 1994, 33, 15001.
4. (b) Benning, M. M.; Shim, H.; Raushel, F. M.; Holden, H. M. Biochemistry 2001, 40, 2712.
5. Omburo, G. A.; Kuo, J. M.; Mullins, L. S.; Raushel, F. M. J. Biol. Chem. 1992, 267, 13278.
6. Lewis, V. E.; Donarski, W. J.; Wild, J. R.; Raushel, F. M. Biochemistry 1988, 27, 1591.
7. Aubert, S. D.; Li, Y. C.; Raushel, F. M. Biochemistry 2004, 43, 5707.
8. Ortiz-Hernández, M. L.; Quintero-Ramírez, R.; Nava-Ocampo, A. A.; Bello-Ramírez, A. M. Fundam. Clin. Pharmacol. 2003, 17, 717.
9. (a) Hecke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372.
10. (b) Hecke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
11. (c) Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
12. (a) Benning, M. M.; Kuo, J. M.; Raushel, F. M.; Holden, H. M. Biochemistry 1995, 34, 7973.
13. (b) Koca, J.; Zhan, C.-G.; Rittenhouse, R. C.; Ornstein, R. L. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 817.
14. (a) Krauss, M. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2001, 41, 8.
15. (b) Krauss, M.; Losen, L.; Antony, J.; Hemmingsen, L. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 9446.
16. (a) Barone, V.; Cossi, M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1995.
17. (b) Cammi, R.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9100.
18. (c) Klamt, A.; Schüürmann, G. J. Chem. Soc., Perkin. Trans. 1993, 2, 799.
19. (d) Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999.
20. (a) Kaminskaia, N. V.; He, C.; Lippard, S. J. Inorg. Chem. 2000, 39, 3365.
21. (b) Jackson, C.; Kim, H.-K.; Carr, P. D.; Liu, J.-W.; Ollis, D. L. Biochim. Biophys. Acta 2005, 1752, 56.
22. (a) Caldwell, S. R.; Raushel, F. M.; Weiss, P. M.; Cleland, W. W. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 730.
23. (b) Caldwell, S. R.; Raushel, F. M.; Weiss, P. M.; Cleland, W. W. Biochemistry 1991, 30, 7444.
24. (a) Weston, J. Chem. Rev. 2005, 105, 2151.
25. (b) Seibert, C. M.; Raushel, F. M. Biochemistry 2005, 44, 6383.
26. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.03; Gaussian. Inc.: Wallingford, CT, 2004.