Combined effect of stacking and solvation on the spontaneous mutation in DNA

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 32, 2011, Pages 14584-14589

  Cerón Carrasco, José P ^a   Zúñiga, José ^b   Requena, Alberto ^b   Perpète, Eric A ^c   Michaux, Catherine ^c   Jacquemin, Denis ^a  

^a UNIVERSITÉ DE NANTES   (France)

^b UNIVERSITY OF MURCIA   (Spain)

^c UNIVERSITY OF NAMUR   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYTOSINE; DNA; GUANINE; PROTON;

ARTICLE; BASE PAIRING; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; MUTATION; QUANTUM THEORY;

BASE PAIRING; CYTOSINE; DNA; GUANINE; HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; MUTATION; PROTONS; QUANTUM THEORY;

EID: 80051701712     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp20946a     Document Type: Article

References (63)

1. P. O. Löwding Rev. Mod. Phys. 1963 35 724 732
2. Electronic Aspects of Biochemistry, ed., P. O. Löwding, and, P. Pullman, Academic Press, New York, 1964, p. 167
3. J. Florián M. F. Goodman A. Warshel J. Phys. Chem. B 2002 106 5739 5753
4. J. Florián A. Warshel M. F. Goodman J. Phys. Chem. B 2002 106 5754 5760
5. J. Florián M. F. Goodman A. Warshel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 6819 6824
6. Computational Studies of RNA and DNA, ed., J. poner, and, F. Lankas, Springer, 2006, pp. 411-432
7. G. Villani Chem. Phys. 2006 324 438 446
8. J. Florián V. Hrouda P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 1994 116 1457 1460
9. J. Florián J. Leszczyński J. Am. Chem. Soc. 1996 118 3010 3017
10. L. Gorb J. Leszczyński J. Am. Chem. Soc. 1998 120 5024 5032
11. J. Bertran A. Oliva L. Rodrguez-Santiago M. Sodupe J. Am. Chem. Soc. 1998 120 8159 8176
12. V. Guallar A. Douhal M. Moreno J. M. Lluch J. Phys. Chem. A 1999 103 6251 6256
13. J. Dannenberg M. Tomasz J. Am. Chem. Soc. 2000 122 2062 2068
14. X. Li Z. Cai M. D. Sevilla J. Phys. Chem. B 2001 105 10115 10123
15. B. Herrera A. Toro-Labbe J. Chem. Phys. 2004 121 7096 7102
16. V. I. Danilov V. M. Anisimov N. Kurita D. Hovorun Chem. Phys. Lett. 2005 412 285 293
17. G. Villani Chem. Phys. 2005 316 1 8
18. S. Perun A. L. Sobolewski W. Domcke J. Phys. Chem. A 2006 110 9031 9038
19. C. Chatgilialoglu C. Caminal A. Altieri G. C. Vougioukalakis Q. G. Mulazzani T. Gimisis M. Guerra J. Am. Chem. Soc. 2006 128 13796 13805
20. B. Herrera A. Toro-Labbe J. Phys. Chem. A 2007 111 5921 5926
21. G. Villani J. Phys. Chem. B 2010 114 9653 9662
22. G. Villani Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 2664 2669
23. A. Kumar M. D. Sevilla Chem. Rev. 2010 110 7002 7023
24. H.-Y. Chen S. C. N. Hsu C.-L. Kao Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 1253 1263
25. J. P. Cerón-Carrasco A. Requena C. Michaux E. A. Perpète D. Jacquemin J. Phys. Chem. B 2010 114 13439 13445
26. C. Kinz-Thompson E. Conwell J. Phys. Chem. Lett. 2010 1 1403 1407
27. A. Pérez M. E. Tuckerman H. P. Hjalmarson O. A. von Lilienfeld J. Am. Chem. Soc. 2010 132 11510 11515
28. A. Gil V. Branchadell J. Bertran A. Oliva J. Phys. Chem. B 2009 113 4907 4914
29. V. Zoete M. Meuwly J. Chem. Phys. 2004 121 4377 4388
30. T. Matsui T. Sato Y. Shigeta Int. J. Quantum Chem. 2009 109 2168 2177
31. T. Matsui T. Sato Y. Shigeta K. Hirao Chem. Phys. Lett. 2009 478 238 242
32. L. Gorb Y. Podolyan P. Dziekonski W. A. Sokalski J. Leszczyński J. Am. Chem. Soc. 2004 126 10119 10129
33. D.-S. Ahn S. Lee B. Kim Chem. Phys. Lett. 2004 390 384 388
34. D. Mazzuca T. Marino N. Russo M. Toscano THEOCHEM 2007 811 161 167
35. A. Kumar M. D. Sevilla J. Phys. Chem. B 2009 113 11359 11361
36. J. L. Przybylski S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B 2010 114 1104 1113
37. G. Alagona C. Ghio P. I. Nagy Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 10173 10188
38. J. P. Cerón-Carrasco A. Requena J. Zúñiga C. Michaux E. A. Perpète D. Jacquemin J. Phys. Chem. A 2009 113 10549 10556
39. M. Kobylecka J. Leszczyński J. Rak J. Am. Chem. Soc. 2008 130 15683 15687
40. M. Kobylecka J. Leszczyński J. Rak J. Chem. Phys. 2009 131 085103 085111
41. H.-Y. Chen C.-L. Kao S. C. N. Hsu J. Am. Chem. Soc. 2009 131 15930 15938
42. J. Gu Y. Xie H. F. Schaefer-III ChemPhysChem 2006 7 1885 1887
43. J. Gu Y. Xie H. F. Schaefer-III J. Chem. Phys. 2007 127 155107
44. B. Schneider H. M. Berman Biophys. J. 1995 69 2661 2669
45. P. Auffinger E. Westhof J. Mol. Biol. 2000 300 1113 1131
46. V. Makarov B. Pettitt M. Feig Acc. Chem. Res. 2002 35 376 384
47. D. M. Close K. T. Øhman J. Phys. Chem. A 2008 112 11207 11212
48. M. Svensson S. Humbel R. D. J. Froese T. Matsubara S. Sieber K. Morokuma J. Phys. Chem. 1996 100 19357 19363
49. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski and D. J. Fox, Gaussian 09 Revision A.02
50. Y. Zhao N. E. Schultz D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2006 2 364 382
51. Y. Zhao N. E. Schultz D. G. Truhlar Acc. Chem. Res. 2008 41 157 167
52. H. R. Leverentz D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2008 112 6009 6016
53. A. K. Jissy A. Datta J. Phys. Chem. B 2010 114 15311 15318
54. C. Acosta-Silva V. Branchadell J. Bertran A. Oliva J. Phys. Chem. B 2010 114 10217 10227
55. J. C. Hargis H. F. Schaefer-III K. N. Houk S. E. Wheeler J. Phys. Chem. A 2010 114 2038 2044
56. S. E. Wheeler A. J. McNeil P. Müller T. W. Swager K. N. Houk J. Am. Chem. Soc. 2010 132 3304 3311
57. J. J. P. Stewart J. Comput. Chem. 1989 10 209 220
58. J. J. P. Stewart J. Comput. Chem. 1989 10 221 264
59. J. P. Cerón-Carrasco A. Requena C. Michaux E. A. Perpète D. Jacquemin J. Phys. Chem. A 2009 113 7892 7898
60. H.-Y. Chen S.-W. Yeh S. C. N. Hsu C.-L. Kao T.-Y. Dong Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 2674 2681
61. L. D. Williams N. G. Williams B. R. Shaw J. Am. Chem. Soc. 1990 112 829 833
62. M. D. Topal J. R. Fresco Nature 1976 263 285 289
63. G. A. DiLabio E. R. Johnson J. Am. Chem. Soc. 2007 129 6199 6203