Valence anion of thymine in the DNA π-stack

Journal of the American Chemical Society

Volumn 130, Issue 46, 2008, Pages 15683-15687

  Kobyłecka, Monika ^a   Leszczynski, Jerzy ^b   Rak, Janusz ^a  

^a UNIVERSITY OF GDA SK   (Poland)

^b JACKSON STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; DNA SEQUENCES; ELECTRON AFFINITY; ELECTRONS; ERROR CORRECTION; FLOW INTERACTIONS; GENES; HYDROGEN; HYDROGEN BONDS; IONS; NEGATIVE IONS; NUCLEOTIDES; ORGANIC ACIDS; SYSTEM STABILITY; THERMODYNAMIC PROPERTIES;

ADIABATIC ELECTRON AFFINITIES; BASE SEQUENCES; BASIS SET SUPERPOSITION ERRORS; BASIS SETS; BENCHMARK SYSTEMS; BODY INTERACTIONS; CCSD; COMPLEMENTARY BASES; ELECTRON ATTACHMENTS; HIGHER ORDERS; HYDROGEN BONDINGS; LOW ENERGY ELEC-TRONS; MP2 LEVELS; NUCLEIC ACID BASES; NUCLEOBASES; RADICAL ANIONS; STACKING INTERACTIONS; THERMODYNAMIC CYCLES;

NUCLEIC ACIDS;

ANION; THYMINE; VALENCENE;

ARTICLE; DNA SEQUENCE; ELECTRON; ENERGY TRANSFER; GEOMETRY; PROTON TRANSPORT; THERMODYNAMICS; TRANSMISSION ELECTRON MICROSCOPY;

ANIONS; DNA; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; THERMODYNAMICS; THYMINE;

EID: 56449104021     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja806251h     Document Type: Article

References (56)

1. Boudaïffa, B.; Cloutier, P.; Hunting, D.; Huels, M. A.; Sanche, L. Science 2000, 287, 1658-1660.
2. Panajotovic, R.; Martin, F.; Cloutier, P.; Hunting, D.; Sanche, L. Radiat. Res. 2006, 165, 452-459.
3. Martin, F.; Burrow, P. D.; Cai, Z.; Cloutier, P.; Hunting, D. J.; Sanche, L. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 068101-068104.
4. Berdys, J.; Anusiewicz, I.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 2999-3005.
5. Li, X.; Sevilla, M. D.; Sanche, L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13668-13669.
6. Hanel, G.; Gstir, B.; Denifl, S.; Scheier, P.; Probst, M.; Farizon, B.; Farizon, M.; Illenberger, E.; Märk, T. D. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 188104-188108.
7. Abdoul-Carime, H.; Golhke, S.; Illenberger, E. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 168103-168107.
8. Hendricks, J. H.; Lyapustina, S. A.; de Clercq, H. L.; Bowen, K. H. J. Chem. Phys. 1998, 108, 8-11.
9. Li, X.; Cai, Z.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 1596-1603.
10. Richardson, N. A.; Wesolowski, S. S.; Schaefer, H. F., III. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 848-853.
11. Kumar, A.; Knapp-Mohammady, M.; Mishra, P. C.; Suhai, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1047-1059.
12. Li, X.; Cai, Z.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 10115-10123.
13. Richardson, N. A.; Wesolowski, S. S.; Schaefer, H. F., III. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10163-10170.
14. Radisic, D.; Bowen, K. H.; Da̧bkowska, I.; Storoniak, P.; Rak, J.; Gutowski, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6443-6450.
15. Gu, J.; Xie, Y.; Schaefer, H. F., III. J. Chem. Phys. 2007, 127, 155107.
16. Aflatooni, K.; Gallup, G. A.; Burrow, P. D. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6205-6207.
17. Gu, J.; Xie, Y.; Schaefer, H. F., III. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1053-1057.
18. Gu, J.; Xie, Y.; Schaefer, H. F., III. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1250-1252.
19. Gu, J.; Xie, Y.; Schaefer, H. F., III. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 5165-5172.
20. Stokes, S. T.; Grubisic, A.; Li, X.; Yeon Jae Ko, Y. J.; Bowen, K. H. J. Chem. Phys. 2008, 128, 044314.
21. Kobyiecka, M.; Gu, J.; Rak, J.; Leszczynski, J. J. Chem. Phys. 2008, 128, 044315.
22. Gutowski, M.; Da̧bkowska, I.; Rak, J.; Xu, S.; Nilles, J. M.; Radisic, D.; Bowen, K. H., Jr. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 431-439.
23. Haranczyk, M.; Bachorz, R.; Rak, J.; Gutowski, M.; Radisic, D.; Stokes, S. T.; Nilles, J. M.; Bowen, K. H. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 7889-7895.
24. Harañczyk, M.; Rak, J.; Gutowski, M.; Radisic, D.; Stokes, S. T.; Nilles, J. M.; Bowen, K. H. J. Chem. Phys. 2004, 44, 157-170.
25. Harañczyk, M.; Da̧bkowska, I.; Rak, J.; Gutowski, M.; Nilles, J. M.; Stokes, S. T.; Radisic, D.; Bowen, K. H. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6919-6921.
26. Da̧bkowska, I.; Rak, J.; Gutowski, M.; Nilles, J. M.; Radisic, D.; Bowen, K. H., Jr. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6064-6071.
27. Da̧bkowska, I.; Rak, J.; Gutowski, M.; Radisic, D.; Stokes, S. T.; Nilles, J. M.; Bowen, K. H., Jr. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 4351-4357.
28. Harañczyk, M.; Rak, J.; Gutowski, M.; Radisic, D.; Stokes, S. T.; Bowen, K. H. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13383-13391.
29. Mazurkiewicz, K.; Haranczyk, M.; Gutowski, M.; Rak, J.; Radisic, D.; Eustis, S. N.; Wang, D.; Bowen, K. H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1216-1224.
30. Mazurkiewicz, K.; Haranczyk, M.; Storoniak, P.; Gutowski, M.; Rak, J.; Radisic, D.; Eustis, S. N.; Wang, D.; Bowen, K. H. Chem. Phys. 2007, 342, 215-222.
31. Mazurkiewicz, K.; Harañczyk, M.; Gutowski, M.; Rak, J. Int. J. Quantum Chem. 2007, 107, 2224-2232.
32. Da̧bkowska, I.; Rak, J.; Gutowski, M. Eur. Phys. J. D 2005, 35, 429-431.
33. Simons, J. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 772-779, and the references therein.
34. Bao, X.; Wang, J.; Gu, J.; Leszczynski, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 5658-5663.
35. Gu, J.; Wang, J.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 9322-9323.
36. Zheng, Y.; Wagner, J. R.; Sanche, L. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 208101-208114.
37. Ptasinska, S.; Sanche, L. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 1730-1735.
38. Zheng, Y.; Cloutier, P.; Hunting, D. J.; Sanche, L.; Wagner, J. R. J. Am Chem. Soc. 2005, 127, 16592-16598.
39. Zheng, Y.; Cloutier, P.; Hunting, D. J.; Wagner, J. R.; Sanche, L. J. Chem. Phys. 2006, 124, 064710-064719.
40. Lu, X.-L.; OJson, W. K. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5108-55121.
41. Jurečka, P.; Šponer, J.; Černy, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985-1993.
42. Kabeláè, M.; Valdes, H.; Sherer, E. C.; Cramer, C. J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 5000-5008.
43. Da̧bkowska, I.; Gonzalez, H. V.; Jurečka, P.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 1131-1136.
44. Mazurkiewicz, K.; Bachorz, R. A.; Gutowski, M.; Rak, J. J. Phys. Chem. B 2006, 48, 24696-24707.
45. (a) Laaksonen, L. J. Mol. Graphics 1992, 10, 33-34.
46. (b) Bergman, D. L.; Laaksonen, L.; Laaksonen, A. J. Mol. Graphics Modelling 1997, 15, 301-306.
47. Feyereisen, M.; Fitzgerald, G.; Komornicki, A. Chem. Phys. Lett. 1993, 208, 359-363.
48. Weigend, F.; Haser, M. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 331-340.
49. Jureèka, P.; Nachtigall, P.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 4578-4582.
50. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566.
51. Svozil, D.; Frigato, T.; Havlas, Z.; Jungwirth, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 840-845.
52. Hobza, P.; Šponer, J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11802-11808.
53. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165-169.
54. MOLPRO is a package of ab initio programs written by Werner, H.-J.; Knowles, P. J. et al.
55. Gu, J.; Xie, Y.; Schaefer, H. F. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13067-13075.
56. Svozil, D.; Jungwirth, P.; Havlas, Z. Collect. Czech. Chem. Commun. 2004, 69, 1395-1425.