Complementary and partially complementary DNA duplexes tethered to a functionalized substrate: A molecular dynamics approach to biosensing

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 27, 2011, Pages 12478-12487

  Monti, Susanna ^a   Cacelli, Ivo ^b   Ferretti, Alessandro ^a   Prampolini, Giacomo ^c   Barone, Vincenzo ^c  

^a CNR   (Italy)

^b UNIVERSITY OF PISA   (Italy)

^c SCUOLA NORMALE SUPERIORE   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA;

CHEMISTRY; CONFORMATION; DNA PROBE; GENETIC PROCEDURES; HYDROGEN BOND; MOLECULAR DYNAMICS; REVIEW; SOLUTION AND SOLUBILITY;

BIOSENSING TECHNIQUES; DNA; DNA PROBES; HYDROGEN BONDING; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; NUCLEIC ACID CONFORMATION; SOLUTIONS;

EID: 79960827992     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp21115c     Document Type: Review

References (53)

1. J. J. Storhoff C. A. Mirkin Chem. Rev. 1999 99 1849
2. D. J. Graves Trends Biotechnol. 1999 17 127
3. M. Schena R. A. Heller T. P. Theriault K. Konrad E. Lachenmeier R. W. Davis Trends Biotechnol. 1998 16 301
4. U. Alon N. Barkai D. A. Notterman K. Gish S. Ybarra D. Mack A. D. Levine Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 9212
5. T. Bonner D. Brenner B. Neufeld R. Britten J. Mol. Biol. 1973 81 123
6. R. Wallace J. Shaffer R. Murphy J. Bonner T. Hirose K. Itakura Nucleic Acids Res. 1979 6 3543
7. E. L. S. Wong E. Chou J. J. Gooding Langmuir 2005 21 6957
8. P. Gong C.-Y. Lee L. J. Gamble D. G. Castner D. W. Grainger Anal. Chem. 2006 78 3326
9. A. W. Peterson L. K. Wolf R. M. Georgiadis J. Am. Chem. Soc. 2002 124 14601
10. D. Mocanu A. Kolesnychenko S. Aarts A. T. Dejong A. Pierik W. Coene E. Vossenaar H. Stapert Anal. Biochem. 2008 380 84
11. J. C. Stachowiak M. Yue K. Castelino A. Chakraborty A. Majumdar Langmuir 2006 22 263
12. C. Y. Lee P. C. T. Nguyen D. W. Grainger L. J. Gamble D. G. Castner Anal. Chem. 2007 79 4390
13. P. Gong R. Levicky Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 5301
14. A. Jayaraman C. K. Hall J. Genzer J. Chem. Phys. 2007 127 144912
15. K. A. Peterlinz R. M. Georgiadis T. M. Herne M. J. Tarlov J. Am. Chem. Soc. 1997 119 3401 3402
16. A. B. Steel T. M. Herne M. J. Tarlov Anal. Chem. 1998 70 4670 4677
17. T. M. Herne M. J. Tarlov J. Am. Chem. Soc. 1997 119 8916 8920
18. R. Levicky T. M. Herne M. J. Tarlov S. K. Satija J. Am. Chem. Soc. 1998 120 9787 9792
19. Y. Okahata M. Kawase K. Niikura F. Ohtake H. Furusawa Y. Ebara Anal. Chem. 1998 70 1288
20. J. Zeng A. Almadidy J. Watterson U. K. Krull Sens. Actuators, B 2003 90 68
21. A. W. Peterson R. J. Heaton R. M. Georgiadis Nucleic Acids Res. 2001 29 5163
22. A. Relogio C. Schwager A. Richter W. Ansorge J. Valcarcel Nucleic Acids Res. 2002 30 51
23. A. Vainrub B. M. Pettitt Phys. Rev E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 2002 66 041905
24. A. Vainrub B. M. Pettitt Biopolymers 2003 68 265
25. C. C. Chou C. H. Chen T. T. Lee K. Peck Nucleic Acids Res. 2004 32 99
26. L. Ramdas D. E. Cogdell J. Y. Jia E. E. Taylor V. R. Dunmire L. Hu S. R. Hamilton W. Zhang BMC Genomics 2004 5 35
27. A. Vainrub B. M. Pettitt J. Am. Chem. Soc. 2003 125 7798
28. K.-Y. Wong B. M. Pettitt Theor. Chem. Acc. 2001 106 233
29. K.-Y. Wong B. M. Pettitt Biopolymers 2004 73 570 578
30. K.-Y. Wong A. Vainrub T. Powdrill M. Hogan B. M. Pettitt Mol. Simul. 2004 30 121
31. K. Qamhieh K.-Y. Wong G. C. Lynch B. M. Pettitt Int. J. Num. Anal. Model. 2009 6 474 488
32. K.-Y. Wong B. M. Pettitt Biophys. J. 2008 95 5618 5626
33. V. Barone I. Cacelli A. Ferretti S. Monti G. Prampolini Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 4201 4209
34. V. Barone I. Cacelli A. Ferretti S. Monti G. Prampolini Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 10644 10656
35. V. Barone I. Cacelli A. Ferretti S. Monti G. Prampolini J. Phys. Chem. C 2011 115 4145 4154
36. S. Monti I. Cacelli A. Ferretti G. Prampolini V. Barone J. Phys. Chem. B 2010 114 8341 8349
37. S. Monti I. Cacelli A. Ferretti G. Prampolini V. Barone Mol. BioSyst. 2010 6 2230 2240
38. T. R. Prytkova I. Eryazici B. Stepp S.-B. Nguyen G. C. Schatz J. Phys. Chem. B 2010 114 2627 2634
39. O.-S. Lee G. C. Schatz J. Phys. Chem. C 2009 113 2316 2321
40. O.-S. Lee G. C. Schatz J. Phys. Chem. C 2009 113 15941 15947
41. K. Drukker G. C. Schatz J. Phys. Chem. B 2000 104 6108 6111
42. R. Jin G. Wu Z. Li C. A. Mirkin G. C. Schatz J. Am. Chem. Soc. 2003 125 1643 1654
43. S. Kannan M. Zacharias Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 10589 10595
44. D. Irving P. Gong R. Levicky J. Phys. Chem. B 2010 114 7631 7640
45. S. P. Pack N. K. Kamisetty M. Nonogawa K. C. Devarayapalli K. Ohtani K. Yamada Y. Yoshida T. Kodaki K. Makino Nucleic Acids Res. 2007 35 e110
46. D. A. Case, et al., AMBER 10, University of California, San Francisco, 2008
47. A. Perez I. Marchan D. Svozil J. Sponer T. E. Cheatham III C. A. Laughton M. Orozco Biophys. J. 2007 92 3817 3829
48. J. P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 55 3336
49. T. A. Andrea W. C. Swope H. C. Andersen J. Chem. Phys. 1983 79 4576 4584
50. H. C. Andersen J. Chem. Phys. 1980 72 2384 2393
51. S. Monti G. Prampolini V. Barone J. Phys. Chem. C 2011 115 9146 9156
52. J. SantaLucia Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 1460 1465
53. A. T. Allawi J. SantaLucia Nucleic Acids Res. 1998 26 4925 4934