Molecular dynamics simulation of DNA-functionalized gold nanoparticles

Journal of Physical Chemistry C

Volumn 113, Issue 6, 2009, Pages 2316-2321

  Lee, One Sun ^a   Schatz, George C ^a  

^a NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALKANE CHAINS; ATOMISTIC LEVELS; BULK CONCENTRATIONS; DNA STRANDS; FUNCTIONALIZED; GOLD NANOPARTICLES; GOLD PARTICLES; HYDROGEN-BONDING INTERACTIONS; MELTING TEMPERATURES; MOLECULAR DYNAMICS METHODS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; SINGLE-STRANDED DNAS; WATSON-CRICK DNAS;

DNA; GENES; GOLD; HYDROGEN; HYDROGEN BONDS; MELTING POINT; MOLECULAR DYNAMICS; NANOPARTICLES; NUCLEIC ACIDS; PARAFFINS;

DYNAMICS;

EID: 65249155473     PISSN: 19327447     EISSN: 19327455     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp8094165     Document Type: Article

References (39)

1. Elghanian, R.; Storhoff, J. J.; Mucic, R. C.; Letsinger, R. L.; Mirkin, C. A. Science 1997, 277, 1078.
2. Alivisatos, A. P.; Johnsson, K. P.; Peng, X. G.; Wilson, T. E.; Loweth, C. J.; Bruchez, M. P.; Schultz, P. G. Nature 1996, 382, 609.
3. Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L.; Mucic, R. C.; Storhoff, J. J. Nature 1996, 382, 607.
4. Parak, W. J.; Pellegrino, T.; Micheel, C. M.; Gerion, D.; Williams, S. C.; Alivisatos, A. P. Nano Lett. 2003, 3, 33.
5. Lee, J.-S.; Seferos, D. S.; Giljohann, D. A.; Mirkin, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 5430.
6. Hurst, S. J.; Lytton-Jean, A. K. R.; Mirkin, C. A. Anal. Chem. 2006, 78, 8313.
7. Rosi, N. L.; Giljohann, D. A.; Thaxton, C. S.; Lytton-Jean, A. K. R.; Han, M. S.; Mirkin, C. A. Science 2006, 312, 1027.
8. Nykypanchuk, D.; Maye, M. M.; van der Lelie, D.; Gang, O. Nature 2008, 451, 549.
9. Park, S. Y.; Lytton-Jean, A. K. R.; Lee, B.; Weigand, S.; Schatz, G. C.; Mirkin, C. A. Nature 2008, 451, 553.
10. Hill, H. D.; Macfariane, R. J.; Senesi, A. J.; Lee, B.; Park, S. Y.; Mirkin, C. A. Nano Lett. 2008, 8, 2341.
11. Pellegrino, T.; Sperling, R. A.; Alivisatos, A. P.; Parak, W. J. J. Biomed. Biotechnol. 2007, 26796.
12. Park, S.; Brown, K. A.; Hamad-Schifferli, K. Nano Lett. 2004, 4, 1925.
13. Long, H. L.; Kudlay, A. K.; Schatz, G. C. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 2918.
14. Jin, R.; Wu, G.; Li, Z.; Mirkin, C. A.; Schatz, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1643.
15. Cleveland, C. L.; Landman, U.; Shafigullin, M. N.; Stephens, P. W.; Whetten, R. L. Z. Phys. D 1997, 40, 503.
16. Luedtke, W. D.; Landman, U. J. Phys. Chem. 1996, 100, 13323.
17. Zhu, M.; Aikens, C. M.; Hollander, F. J.; Schatz, G. C.; Jin, R. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 5883.
18. Heaven, M. W.; Dass, A.; White, P. S.; Holt, K. M.; Murray, R. W. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3754.
19. Akola, J.; Walter, M.; Whetten, R. L.; Hakkinen, H.; Gronbeck, H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3756.
20. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E.; Debolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
21. Agrawal, P. M.; Rice, B. M.; Thompson, D. L. Surf. Sci. 2002, 515, 21.
22. Hautman, J.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1989, 91, 4994.
23. Mackerell, A. D.; Wiorkiewiczkuczera, J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946.
24. Grubmuller, H. SOLVATE, 1.2 ed.; Theoretical Biophysics Group, Institute for Medical Optics, Ludwig-Maximilian University: Munich, 1996.
25. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
26. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
27. Kale, L.; Skeel, R.; Bhandarkar, M.; Brunner, R.; Gursoy, A.; Krawetz, N.; Phillips, J.; Shinozaki, A.; Varadarajan, K.; Schulten, K. J. Comp. Phys. 1999, 151, 283.
28. Martyna, G. J.; Tobias, D. J.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1994, 101, 4177.
29. Feller, S. E.; Zhang, Y. H.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613.
30. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
31. Andersen, H. C. J. Comp. Phys. 1983, 52, 24.
32. Tonzani, S.; Schatz, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 7607.
33. IUPAC, I. U. B. Eur. J. Biochem. 1983, 131, 9.
34. Mizutani, M.; Kubo, I.; Jitsukawa, K.; Masuda, H.; Einaga, H. Inorg. Chem. 1999, 38, 420.
35. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5590.
36. Xu, J.; Craig, S. L. Langmuir 2007, 23, 2015.
37. Rodbard, D.; Chrambach, A. Anal. Biochem. 1971, 40, 95.
38. Ferguson, K. A. Metab.-Clin. Exp. 1964, 13, 985.
39. Park, S.; Hamad-Schifferli, K. J. Phys. Chem. C 2008, 112, 7611.