Strategies for extracting structural information from 2D IR spectroscopy of amyloid: Application to islet amyloid polypeptide

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 47, 2009, Pages 15679-15691

  Strasfeld, David B ^a   Ling, Yun L ^a   Gupta, Ruchi ^b   Raleigh, Daniel P ^b   Zanni, Martin T ^a  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

^b STONY BROOK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AGGLOMERATION; GLYCOPROTEINS; ISOTOPES; LABELING; MODEL STRUCTURES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; POLYPEPTIDES; PROTEINS; SPECTRUM ANALYSIS;

AGGREGATION PROCESS; AMYLOID FIBRIL; HUMAN ISLETS; INFRARED SPECTRUM; IR SPECTROSCOPY; IR SPECTRUM; ISOTOPE LABELING; KINETIC INFORMATION; MEASURED PARAMETERS; POLARIZATION DEPENDENCE; SECONDARY AND TERTIARY STRUCTURES; SECONDARY STRUCTURES; SOLID STATE NMR; STRUCTURAL INFORMATION; STRUCTURAL MODELS; TYPE II;

INFRARED SPECTROSCOPY;

AGGLOMERATION; INFRARED SPECTROSCOPY; ISOTOPES; LABELING; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTEINS;

EID: 71549122584     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9072203     Document Type: Article

References (53)

1. Luca, S.; Yau, W. M.; Leapman, R.; Tycko, R. Biochemistry 2007, 46, 13505-13522.
2. Tycko, R. Protein Pept Lett. 2006, 13, 229-234.
3. Sunde, M.; Serpell, L. C.; Bartlam, M.; Fraser, P. E.; Pepys, M. B.; Blake, C. C. F. J. Mol. Biol. 1997, 273, 729-739.
4. Makin, O. S.; Serpell, L. C. J. Mol. Biol. 2004, 335, 1279-1288.
5. Apostolidou, M.; Jayasinghe, S. A.; Langen, R. J. Biol. Chem. 2008, 283, 17205-17210.
6. Apostolidou, M.; Jayasinghe, S.; Langen, R. Biophys. J. 2005, 88, 422A-422A.
7. Goldsbury, C. S.; Cooper, G. J. S.; Goldie, K. N.; Muller, S. A.; Saafi, E. L.; Gruijters, W. T. M.; Misur, M. P. J. Struct. Biol. 1997, 119, 17-27.
8. Jayasinghe, S. A.; Langen, R. Biochemistry 2005,44, 12113-12119.
9. Padrick, S. B.; Miranker, A. D. Biochemistry 2002, 41, 4694-11703
10. Engel, M. F. M.; Khemtemourian, L.; Kleijer, C. C.; Meeldijk, H. J. D.; Jacobs, J.; Verkleij, A. J.; de Kruijff, B.; Killian, J. A.; Hoppener, J. W. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 6033-6038.
11. Strasfeld, D. B.; Ling, Y. L.; Shim, S. H.; Zanni, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6698-6699.
12. Ling, Y. L.; Strasfeld, D. B.; Shim, S. H.; Raleigh, D. P.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2498-2505.
13. Shim, S. H.; Gupta, R.; Ling, Y. L.; Strasfeld, D. B.; Raleigh, D. P.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 6614-6619.
14. Londergan, C. H.; Wang, J. P.; Axelsen, P. H.; Hochstrasser, R. M. Biophys. J. 2006, 90, 4672-4685.
15. Mukherjee, P.; Kass, I.; Arkin, I.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 8571-8571
16. Mukherjee, P.; Krummel, A. T.; Fulmer, E. C.; Kass, I.; Arkin, I. T.; Zanni, M. T. J. Chem. Phys. 2004, 720, 10215-10224.
17. Barth, A.; Zscherp, C. Q. Rev. Biophys. 2002, 35, 369-430.
18. Decatur, S. M. Ace Chem. Res. 2006, 39, 169-175.
19. Huang, R.; Kubelka, J.; Barber-Armstrong, W.; Silva, R.; Decatur, S. M.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2346-2354.
20. Fang, C.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 1865218663.
21. Huang, R.; Setnicka, V.; Etienne, M. A.; Kim, J.; Kubelka, J.; Hammer, R. P.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1359213603.
22. Smith, A. W.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2007, 126, 045109.
23. Petty, S. A.; Decatur, S. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13488-13489.
24. Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 82318251.
25. Paul, C.; Wang, J. P.; Wimley, W. C.; Hochstrasser, R. M.; Axelsen, P. H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5843-5850.
26. Pothier, L. J.; Kholodovych, V.; Welsh, W. J.; Decatur, S. M. Biophys. J. 2007, 560A.
27. Kim, Y. S.; Liu, L.; Axelsen, P. H.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 2008, 105, 7720-7725.
28. Zhuang, W.; Abrarnavicius, D.; Voronine, D. V.; Mukarmel, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14233-14236.
29. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am Chem. Soc. 2001, 123, 12048-12058.
30. Tycko, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 96-103.
31. Knight, J. D.; Hebda, J. A.; Miranker, A. D. Biochemistry 2006, 45, 9496-9508.
32. Knight, J. D.; Miranker, A. D. J. Mol. Biol. 2004, 341, 1175-1187.
33. Xiong, W.; Strasfeld, D. B.; Shim, S. H.; Zanni, M. T. Vib. Spectrosc. 2009, 50, 136-142.
34. Shim, S. H.; Strasfeld, D. B.; Fulmer, E. C.; Zanni, M. T. Opt. Lett. 2006, 31, 838-840.
35. Shim, S. H.; Strasfeld, D. B.; Ling, Y. L.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14197-14202.
36. Shim, S. H.; Zanni, M. T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 748-761.
37. Krummel, A. T.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13991-14000.
38. Krummel, A. T.; Mukherjee, P.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9165-9169.
39. Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2001, 266, 273-284.
40. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181-364.
41. Jansen, T. L.; Dijkstra, A. G.; Watson, T. M.; Hirst, J. D.; Knoester, J. J. Chem. Phys. 2006, 125, 044312.
42. Cheatum, C. M.; Tokmakoff, A.; Knoester, J. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8201-8215.
43. Hahn, S.; Kim, S. S.; Lee, C.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2005, 123, 084905.
44. Krimm, S.; Bandekar, J. Biopolymers 1980, 19, 1-29.
45. Wang, J. P.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2004, 297, 195219.
46. Zanni, M. T.; Ge, N. H.; Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11265-11270.
47. Lin, Y.-S.; Shorb, J. M.; Mukherjee, P.; Zanni, M. T.; Skinner, J. L. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 592-602.
48. Kwac, K.; Cho, M. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 2256-2263.
49. Jansen, T. L.; Ruszel, W. M. J. Chem. Phys. 2008, 128, 214501.
50. Lee, C.; Cho, M. H. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 20397-20407.
51. Demirdoven, N.; Cheatum, C. M.; Chung, H. S.; Khalil, M.; Knoester, J.; Tokmakoff, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7981-7990.
52. Schmidt, J. R.; Corcelli, S. A.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2004, 121, 8887-8896.
53. Painter, P. C.; Coleman, M. M.; Koenig, J. L. The Theory of Vibrational Spectroscopy and Its Application to Polymeric Materials; John Wiley and Sons: New York, 1982.