Energy landscapes: From clusters to biomolecules

Advances in Chemical Physics

Volumn 115, Issue , 2000, Pages 1-111

  Wales, David J ^a   Doye, Jonathan P K ^a   Miller, Mark A ^a   Mortenson, Paul N ^a   Walsh, Tiffany R ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0002971332     PISSN: 00652385     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: None     Document Type: Article

References (343)

1. M. Born and J. R. Oppenheimer, Ann. Physik 84, 457 (1927).
2. J. N. Murrell, S. Carter, S. C. Farantos, P. Huxley, and A. J. C. Varandas, Molecular Potential Energy Functions (Wiley, Chichester, 1984).
3. P. G. Mezey, Potential Energy Hypersurfaces (Elsevier, Amsterdam, 1987).
4. D. J. Wales and J. P. K. Doye, in Large Clusters of Atoms and Molecules, edited by T. P. Martin, pp. 241-280 (Kluwer, Dordrecht, 1996).
5. C. Levinthal, in Mössbauer Spectroscopy in Biological Systems, Proceedings of a Meeting Held at Allerton House, Monticello, Illinois, edited by P. DeBrunner, J. Tsibris and E. Munck, p. 22 (University of Illinois Press, Urbana 1969).
6. C. B. Anfinsen, in New Perspectives in Biology, edited by M. Sela, pp. 42-50 (Elsevier, Amsterdam, 1964).
7. C. Levinthal, J. Chim. Phys. 65, 44 (1968).
8. C. J. Camacho and D. Thirumalai, Phys. Rev. Lett. 71, 2505 (1993).
9. M. R. Ejtehadi, N. Hamedani, and V. Shahrezaei, Phys. Rev. Lett. 82, 4723 (1999).
10. A. Šali, E. Shakhnovich, and M. Karplus, Nature 369, 248 (1994).
11. N. D. Socci and J. N. Onuchic, J. Chem. Phys. 101, 1519 (1994).
12. T. R. Sosnick, L. Mayne, and S. W. Englander, Proteins: Struct., Func. and Gen. 24, 413 (1996).
13. J. D. Bryngelson, J. N. Onuchic, N. D. Socci, and P. G. Wolynes, Proteins: Struct., Func. and Gen. 21, 167 (1995).
14. R. Zwanzig, A. Szabo, and B. Bagchi, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 20 (1992).
15. R. Zwanzig, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 9801 (1995).
16. J. P. K. Doye and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 105, 8428 (1996).
17. P. E. Leopold, M. Montal, and J. N. Onuchic, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 8271 (1992).
18. H. Frauenfelder, S. G. Sligar, and P. G. Wolynes, Science 254, 1598 (1991).
19. P. G. Wolynes, J. N. Onuchic, and D. Thirumalai, Science 267, 1619 (1995).
20. N. D. Socci, J. N. Onuchic, and P. G. Wolynes, Proteins: Struct., Func. and Gen. 32, 136 (1998).
21. T. Lazaridis and M. Karplus, Science 278, 1928 (1997).
22. N. D. Socci, J. N. Onuchic, and P. G. Wolynes, J. Chem. Phys. 104, 5860 (1996).
23. A. Šali, E. Shakhnovich, and M. Karplus, J. Mol. Biol. 235, 1614 (1994).
24. H. S. Chan, Nature 373, 664 (1995).
25. A. Gutin, A. Sali, V. Abkevich, M. Karplus, and E. I. Shakhnovich, J. Chem. Phys. 108, 6466 (1998).
26. W. H. Zachariasen, J. Am. Chem. Soc. 54, 3841 (1932).
27. K. D. Ball, R. S. Berry, R. E. Kunz, F.-Y. Li, A. Proykova, and D. J. Wales, Science 271, 963 (1996).
28. M. Goldstein, J. Chem. Phys. 51, 3728 (1969).
29. G. P. Johari and M. Goldstein, J. Chem. Phys. 53, 2372 (1970).
30. F. H. Stillinger and T. A. Weber, Phys. Rev. A 25, 978 (1982).
31. F. H. Stillinger and T. A. Weber, Phys. Rev. A 28, 2408 (1983).
32. F. H. Stillinger and T. A. Weber, Science 225, 983 (1984).
33. C. A. Angell, J. Non-Cryst. Solids 131-133, 13 (1991).
34. G. W. Scherer, J. Am. Ceram. Soc. 75, 1060 (1992).
35. G. Williams and D. C. Watts, J. Chem. Soc., Faraday Trans. 66, 80 (1970).
36. R. Böhmer, K. L. Ngai, C. A. Angell, and D. J. Plazek, J. Chem. Phys. 99, 4201 (1993).
37. F. H. Stillinger, Science 267, 1935 (1995).
38. C. A. Angell, Science 267, 1924 (1995).
39. S. Sastry, P. G. Debenedetti, and F. H. Stillinger, Nature 393, 554 (1998).
40. B. Doliwa and A. Heuer, Phys. Rev. Lett. 80, 4915 (1998).
41. D. J. Lacks, Phys. Rev. Lett. 80, 5385 (1998).
42. D. L. Malandro and D. J. Lacks, J. Chem. Phys. 107, 5804 (1997).
43. A. Heuer, Phys. Rev. Lett. 78, 4051 (1997).
44. L. Angelani, G. Parisi, G. Ruocco, and G. Viliani, Phys. Rev. Lett. 81, 4648 (1998).
45. G. Daldoss, O. Pilla, G. Viliani, C. Brangian, and G. Ruocco, Phys. Rev. B 60, 3200 (1999).
46. M. Morse, Amer. Math. Soc. Colloq. Publ. 18 (1934).
47. M. Morse and S. S. Cairns, Critical Point Theory in Global Analysis and Differential Topology (Academic Press, New York, 1969).
48. P. G. Mezey, Chem. Phys. Lett. 82, 100 (1981).
49. F. H Stillinger, Phys. Rev. E 59, 48 (1999).
50. F. G. Amar and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 85, 5943 (1986).
51. J. N. Murrell and K. J. Laidler, J. Chem. Soc., Faraday Trans. 64, 371 (1968).
52. R. E. Leone and P. v. R. Schleyer, Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 9, 860 (1970).
53. J. W. McIver and R. E. Stanton, J. Am. Chem. Soc. 94, 8618 (1972).
54. R. E. Stanton and J. W. McIver, J. Am. Chem. Soc. 97, 3632 (1975).
55. P. Pechukas, J. Chem. Phys. 64, 1516 (1976).
56. J. G. Nourse, J. Am. Chem. Soc. 102, 4883 (1980).
57. R. S. Berry and R. Breitengraser-Kunz, Phys. Rev. Lett. 74, 3951 (1995).
58. R. E. Kunz and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 103, 1904 (1995).
59. O. M. Becker and M. Karplus, J. Chem. Phys. 106, 1495 (1997).
60. S. Saito, M. Matsumoto, and I. Ohmine, Adv. Class. Traj. Meth. 4, 105 (1999).
61. R. Czerminski and R. Elber, J. Chem. Phys. 92, 5580 (1990).
62. Y. Levy and O. M. Becker, Phys. Rev. Lett. 81, 1126 (1998).
63. K. M. Westerberg and C. A. Floudas, J. Chem. Phys. 110, 9259 (1999).
64. P. Garstecki, T. X. Hoang, and M. Cieplak, Phys. Rev. E 60, 3219 (1999).
65. P. Sibani, J. C. Schön, P. Salamon, and J. Andersson, Europhys. Lett. 22, 479 (1993).
66. J. C. Schön, Ber. Bunsenges. Phys. Chem. 100, 1388 (1996).
67. J. C. Schön, H. Putz, and M. Jansen, J. Phys. Condensed Matter. 8, 143 (1996).
68. D. J. Wales, M. A. Miller, and T. R. Walsh, Nature 394, 758 (1998).
69. H. Frauenfelder and D. T. Leeson, Nature Structural Biology 5, 757 (1998).
70. R. G. Palmer, D. L. Stein, E. Abrahams, and P. W. Anderson, Phys. Rev. Lett. 53, 958 (1984).
71. B. A. Huberman and M. Kerszberg, J. Phys. A: Math. Gen. 18, L331 (1985).
72. D. J. Wales, J. Chem. Phys. 101, 3750 (1994).
73. G. M. Crippen and H. A. Scheraga, Archives of Biochemistry and Biophysics 144, 462 (1971).
74. J. Pancíř, Coll, Czech. Chem. Comm. 40, 1112 (1974).
75. R. L. Hilderbrandt, Computers and Chemistry 1, 179 (1977).
76. C. J. Cerjan and W. H. Miller, J. Chem. Phys. 75, 2800 (1981).
77. J. Simons, P. Jørgenson, H. Taylor, and J. Ozment, J. Phys. Chem. 87, 2745 (1983).
78. A. Banerjee, N. Adams, J. Simons, and R. Shepard, J. Phys. Chem. 89, 52 (1985).
79. J. Baker, J. Comp. Chem. 7, 385 (1986).
80. D. J. Wales and J. Uppenbrink, Phys. Rev. B 50, 12342 (1994).
81. L. J. Munro and D. J. Wales, Faraday Discuss. 106, 409 (1997).
82. L. J. Munro and D. J. Wales, Phys. Rev. B 59, 3969 (1999).
83. M. Page and J. W. McIver, J. Chem. Phys. 88, 922 (1988).
84. W. H. Press, S. A. Teukolsky, W. T. Vetterling, and B. P. Flannery, Numerical Recipes in FORTRAN (Cambridge University Press, Cambridge, 2nd edn., 1992).
85. B. Friedrich, Z. Herman, R. Zahradnik, and Z. Havlas, Adv. Quant. Chem. 19, 257 (1988).
86. A. Banerjee and N. P. Adams, Int. J. Quant. Chem. 43, 855 (1992).
87. J. W. McIver and A. Komornicki, J. Am. Chem. Soc. 94, 2625 (1972).
88. D. O'Neal, H. Taylor, and J. Simons, J. Phys. Chem. 88, 1510 (1984).
89. L. R. Pratt, J. Chem. Phys. 85, 5045 (1986).
90. R. Elber and M. Karplus, Chem. Phys. Lett. 139, 375 (1987).
91. J. Baker, J. Comp. Chem. 8, 563 (1987).
92. R. S. Berry, H. L. Davis, and T. L. Beck, Chem. Phys. Lett. 147, 13 (1988).
93. J. Nichols, H. Taylor, P. Schmidt, and J. Simons, J. Chem. Phys. 92, 340 (1990).
94. M. C. Smith, Int. J. Quant. Chem. 37, 773 (1990).
95. J. Baker and W. H. Hehre, J. Comp. Chem. 12, 606 (1991).
96. J. Baker, J. Comp. Chem. 13, 240 (1992).
97. I. V. Ionova and E. A. Carter, J. Chem. Phys. 98, 6377 (1993).
98. C. J. Tsai and K. D. Jordan, J. Phys. Chem. 97, 11227 (1993).
99. A. Matro, D. L. Freeman, and J. D. Doll, J. Chem. Phys. 101, 10458 (1994).
100. S. F. Chekmarev, Chem. Phys. Lett. 227, 354 (1994).
101. O. S. Smart, Chem. Phys. Lett. 222, 503 (1994).
102. J.-Q. Sun and K. Ruedenberg, J. Chem. Phys. 101, 2157 (1994).
103. J.-Q. Sun and K. Ruedenberg, J. Chem. Phys. 101, 2168 (1994).
104. J. M. Bofill and M. Comajuan, J. Comp. Chem. 16, 1326 (1995).
105. I. V. Ionova and E. A. Cater, J. Chem. Phys. 103, 5437 (1995).
106. F. Jensen, J. Chem. Phys. 102, 6706 (1995).
107. C. Peng, P. Y. Ayala, H. B. Schlegel, and M. J. Frisch, J. Comp. Chem. 17, 49 (1996).
108. J. Baker and F. Chan, J. Comp. Chem. 17, 888 (1996).
109. Q. Zhao and J. B. Nicholas, J. Chem. Phys. 104, 767 (1996).
110. P. Y. Ayala and H. B. Schlegel, J. Chem. Phys. 107, 375 (1997).
111. A. Ulitsky and D. Shalloway, J. Chem. Phys. 106, 10099 (1997).
112. W. Quapp, M. Hirsch, O. Imig, and D. Heidrich, J. Comp. Chem. 19, 1087 (1998).
113. H. Goto, Chem. Phys. Lett. 292, 254 (1998).
114. D. J. Wales, J. Am. Chem. Soc. 115, 11180 (1993).
115. D. J. Wales and T. R. Walsh, J. Chem. Phys. 105, 6957 (1996).
116. T. R. Walsh and D. J. Wales, J. Chem. Soc., Faraday Trans. 92, 2505 (1996).
117. D. J. Wales and T. R. Walsh, J. Chem. Phys. 106, 7193 (1997).
118. D. J. Wales, J. Chem. Phys. 110, 10403 (1999).
119. D. J. Wales, in Theory of Atomic and Molecular Clusters, edited by J. Jellinek, pp. 86-110 (Springer-Verlag, Heidelberg, 1999).
120. B. Paizs, G. Fogarasi, and P. Pulay, J. Chem. Phys. 109, 6571 (1998).
121. O. Farkas and H. B. Schlegal, J. Chem. Phys. 109, 7100 (1998).
122. N. Mousseau and G. T. Barkema, Phys. Rev. E 57, 2419 (1998).
123. J. Baker, D. Kinghorn, and P. Pulay, J. Chem. Phys. 110, 4986 (1999).
124. E. B. Wilson, J. C. Decius, and P. C. Cross, Molecular Vibrations (Dover, New York, 1980).
125. D. J. Wales, J. Chem. Soc., Faraday Trans. 89, 1305 (1993).
126. F. S. Acton, Numerical Methods that Work, p. 204 (Washington, Mathematical Association of America, 1990).
127. F. B. Hildebrand, Methods of Applied Mathematics (Dover, New York, 1992).
128. A. F. Voter, J. Chem. Phys. 106, 4665 (1997).
129. G. Henkelman and H. Jónsson, J. Chem. Phys. 111, 7010 (1999).
130. J. P. K. Doye and D. J. Wales, Z. Phys. D 40, 194 (1997).
131. G. T. Barkema and N. Mousseau, Phys. Rev. Lett. 77, 4358 (1996).
132. M. R. Hoare, Adv. Chem. Phys. 40, 49 (1979).
133. D. J. McGinty, J. Chem. Phys. 55, 580 (1971).
134. J. J. Burton, J. Chem. Phys. 56, 3133 (1972).
135. G. Franke, E. R. Hilf, and P. Borrmann, J. Chem. Phys. 98, 3496 (1993).
136. D. J. Wales, Mol. Phys. 78, 151 (1993).
137. J. P. K. Doye and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 102, 9659 (1995).
138. G. M. Torrie and J. P. Valleau, J. Comp. Phys. 23, 187 (1977).
139. D. D. Frantz, D. L. Freeman, and J. D. Doll, J. Chem. Phys. 93, 2769 (1990).
140. K. D. Ball and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 111, 2060 (1999).
141. A. M. Ferrenberg and R. H. Swendsen, Phys. Rev. Lett. 61, 2635 (1988).
142. I. R. McDonald and K. Singer, Discuss. Faraday Soc. 43, 40 (1967).
143. A. M. Ferrenberg and R. H. Swendsen, Phys. Rev. Lett. 63, 1195 (1989).
144. F. Sciortino, W. Kob, and P. Tartaglia, Phys. Rev. Lett. 83, 3214 (1999).
145. S. Büchner and A. Heuer, Phys. Rev. E 60, 6507 (1999).
146. W. Forst, Theory of Unimolecular Reactions (Academic Press, New York, 1973).
147. S. F. Chekmarev and I. H. Umirzakov, Z. Phys. D 26, 373 (1993).
148. K. D. Ball and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 109, 8557 (1998).
149. M. A. Miller, J. P. K. Doye, and D. J. Wales, Phys. Rev. E 60, 3701 (1999).
150. P. C. Haarhoff, Mol. Phys. 7, 101 (1963).
151. K. D. Ball and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 109, 8541 (1998).
152. J. P. K. Doye and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 102, 9673 (1995).
153. N. G. van Kampen, Stochastic Processes in Physics and Chemistry (North-Holland, Amsterdam, 1981).
154. R. E. Kunz, Dynamics of First-Order Phase Transitions (Deutsch, Thun, 1995).
155. B. Kunz, R. S. Berry, and T. Astakhova, Surf. Rev. Lett. 3, 307 (1996).
156. R. E. Kunz, P. Blaudeck, K. H. Hoffmann, and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 108, 2576 (1998).
157. T. R. Walsh and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 109, 6691 (1998).
158. M. A. Miller and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 111, 6610 (1999).
159. M. A. Miller, J. P. K. Doye, and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 110, 328 (1999).
160. J. P. K. Doye and D. J. Wales, Phys. Rev. B 59, 2292 (1999).
161. M. Cieplak, M. Henkel, J. Karbowski, and J. R. Banavar, Phys. Rev. Lett. 80, 3654 (1998).
162. J. Wang, J. N. Onuchic, and P. G. Wolynes, Phys. Rev. Lett. 76, 4861 (1996).
163. W. Götze, in Liquids, Freezing and the Glass Transition, edited by J.-P. Hansen, D. Levesque, and J. Zinn-Justin, pp. 287-499 (North-Holland, Amsterdam, 1991).
164. W. Götze, J. Phys.: Condens. Matter 11, A1 (1999).
165. W. Kob, ACS Symp. Ser. 676, 28 (1997).
166. R. G. Gilbert and S. C. Smith, Theory of Unimolecular and Recombination Reactions (Blackwell, Oxford, 1990).
167. C. Leon and K. L. Ngai, J. Phys. Chem. B 103, 4045 (1999).
168. J. Sabelko, J. Ervin, and M. Gruebele, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 6031 (1999).
169. R. Zwanzig, J. Chem. Phys. 103, 9397 (1995).
170. J. G. Saven, J. Wang, and P. G. Wolynes, J. Chem. Phys. 101, 11037 (1994).
171. D. J. Watts and S. H. Strogatz, Nature 393, 440 (1998).
172. G. Diezemann, H. Sillescu, G. Hinze, and R. Bohmer, Phys. Rev. E 57, 4398 (1998).
173. G. Diezemann and K. Nelson, J. Phys. Chem. B 103, 4089 (1999).
174. S. A. Brawer, J. Chem. Phys. 81, 954 (1984).
175. J. C. Dyre, Phys. Rev. Lett. 58, 792 (1987).
176. V. I. Arkhipov and H. Bässler, J. Phys. Chem. 98, 662 (1994).
177. J. C. Dyre, Phys. Rev. B 51, 12276 (1995).
178. G. Adam and J. H. Gibbs, J. Chem. Phys. 43, 139 (1965).
179. J. H. Gibbs and E. A. DiMarzio, J. Chem. Phys. 28, 373 (1958).
180. K. L. Ngai, J. Phys. Chem. B 103, 5895 (1999).
181. D. J. Wales, Science 271, 925 (1996).
182. J. P. K. Doye and D. J. Wales, Phys. Rev. Lett. 80, 1357 (1998).
183. C. B. Anfinsen, Science 181, 223 (1973).
184. D. Baker and D. A. Agard, Biochemistry 33, 7505 (1994).
185. S. Kirkpatrick, C. D. Gelatt, and M. P. Vecchi, Science 220, 671 (1983).
186. L. Piela, J. Kostrowicki, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem. 93, 3339 (1989).
187. J. Pillardy and L. Piela, J. Phys. Chem. 99, 11805 (1995).
188. D. J. Wales and H. A. Scheraga, Science 285, 1368 (1999).
189. J. P. K. Doye, D. J. Wales, and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 103, 4234 (1995).
190. Z. Li and H. A. Scheraga, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 6611 (1987).
191. Z. Li and H. A. Scheraga, J. Mol. Struct. 179, 333 (1988).
192. D. J. Wales and J. P. K. Doye, J. Phys. Chem. A 101, 5111 (1997).
193. A simple basin-hopping fortran program may be downloaded from URL http://brian.ch. cam.ac.uk/software.html.
194. R. P. White and H. R. Mayne, Chem. Phys. Lett. 289, 463 (1998).
195. J. P. K. Doye, D. J. Wales, and M. A. Miller, J. Chem. Phys. 109, 8143 (1998).
196. J. E. Jones and A. E. Ingham, Proc. R. Soc. A 107, 636 (1925).
197. L. T. Wille, in Annual Reviews of Computational Physics VII, edited by D. Stauffer, p. 25 (World Scientific, Singapore, 2000).
198. D. Romero, C. Barron, and S. Gomez, Comp. Phys. Comm. 123, 87 (1999).
199. D. J. Wales, J. P. K. Doye, A. Dullweber, and F. Y. Naumkin, The Cambridge Cluster Database, URL http://brian.ch.cam.ac.uk/CCD.html.
200. A. L. Mackay, Acta Cryst. 15, 916 (1962).
201. J. Farges, M. F. de Feraudy, B. Raoult, and G. Torchet, Adv. Chem. Phys. 70, 45 (1988).
202. O. Echt, K. Sattler, and E. Recknagel, Phys. Rev. Lett. 47, 1121 (1981).
203. I. A. Harris, R. S. Kidwell, and J. A. Northby, Phys. Rev. Lett. 53, 2390 (1984).
204. I. A. Harris, K. A. Norman, R. V. Mulkern, and J. A. Northby, Chem. Phys. Lett. 130, 316 (1986).
205. O. Echt, O. Kandler, T. Leisner, W. Miehle, and E. Recknagel, J. Chem. Soc., Faraday Trans. 86, 2411 (1990).
206. S. Kakar, O. Björneholm, J. Weigelt, A. R. B. de Castro, L. Tröger, R. Frahm, T. Möller, A. Knop, and E. Rühl, Phys. Rev. Lett. 78, 1675 (1997).
207. S. Gomez and D. Romero, in Proceedings of the First European Congress of Mathematics, vol. III, pp. 503-509 (Birkhauser, Basel, 1994).
208. J. P. K. Doye and D. J. Wales, Chem. Phys. Lett. 247, 339 (1995).
209. L. D. Marks, Phil. Mag. A 49, 81 (1984).
210. R. H. Leary and J. P. K. Doye, Phys. Rev. E 60, R6320 (1999).
211. J. P. K. Doye, M. A. Miller, and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 111, 8417 (1999).
212. F. H. Stillinger and D. K. Stillinger, J. Chem. Phys. 93, 6013 (1990).
213. J. A. Northby, J. Chem. Phys. 87, 6166 (1987).
214. M. A. Miller, Energy Landscapes and Dynamics of Model Clusters, PhD thesis, (University of Cambridge, Cambridge, UK, 1999).
215. C. L. Cleveland, W. D. Luedtke, and U. Landman, Phys. Rev. Lett. 81, 2036 (1998).
216. C. L. Cleveland, W. D. Luedtke, and U. Landman, Phys. Rev. B 60, 5065 (1999).
217. P. Labastie and R. L. Whetten, Phys. Rev. Lett. 65, 1567 (1990).
218. R. M. Lynden-Bell and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 101, 1460 (1994).
219. R. E. Kunz and R. S. Berry, Phys. Rev. Lett. 71, 3987 (1993).
220. R. E. Kunz and R. S. Berry, Phys. Rev. E 49, 1895 (1994).
221. P. J. Steinhardt, D. R. Nelson, and M. Ronchetti, Phys. Rev. B 28, 784 (1983).
222. J. S. van Duijneveldt and D. Frenkel, J. Chem. Phys. 96, 4655 (1992).
223. J. P. K. Doye, M. A. Miller, and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 110, 6896 (1999).
224. J. P. K. Doye and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 111, 11070 (1999).
225. C. Barrón, S. Gómez, and D. Romero, Appl. Math. Lett. 9 75 (1996).
226. D. M. Deaven, N. Tit, J. R. Morris, and K. M. Ho, Chem. Phys. Lett. 256, 195 (1996).
227. J. A. Niesse and H. R. Mayne, J. Chem. Phys. 105, 4700 (1996).
228. R. H. Leary, J. Global Optimization 11, 35 (1997).
229. M. D. Wolf and U. Landman, J. Phys. Chem. A 102, 6129 (1998).
230. R. P. White, J. A. Niesse, and H. R. Mayne, J. Chem. Phys. 108, 2208 (1998).
231. R. V. Pappu, R. K. Hart, and J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B 102, 9725 (1998).
232. K. Michaelian, Chem. Phys. Lett. 293, 202 (1998).
233. F. Schoen and M. Locatelli, Abstract for the International Workshop on Global Optimization (1999).
234. R. H. Leary, Abstract for the International Workshop on Global Optimization (1999).
235. C. Barrón, S. Gómez, D. Romero, and A. Saavedra, Appl. Math. Lett. 12, 85 (1999).
236. M. H. J. Hagen, E. J. Meijer, G. C. A. M. Mooij, D. Frenkel, and H. N. W. Lekkerkerker, Nature 365, 425 (1993).
237. N. W. Ashcroft, Nature 365, 387 (1993).
238. E. Lomba and N. G. Almarza, J. Chem. Phys. 100, 8367 (1994).
239. J. P. K. Doye and D. J. Wales, J. Phys. B 29, 4859 (1996).
240. J. P. K. Doye and D. J. Wales, J. Chem. Soc., Faraday Trans. 93, 4233 (1997).
241. P. M. Morse, Phys. Rev. 34, 57 (1929).
242. L. A. Girifalco and V. G. Weizer, Phys. Rev. 114, 687 (1959).
243. L. A. Girifalco, J. Phys. Chem. 96, 858 (1992).
244. M. R. Hoare and J. McInnes, Faraday Discuss. 61, 12 (1976).
245. J. P. Rose and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 98, 3262 (1993).
246. W. Krätschmer, L. D. Lamb, K. Fostiropoulos, and D. R. Huffman, Nature 347, 354 (1990).
247. G. Meijer and D. S. Bethune, J. Chem. Phys. 93, 7800 (1990).
248. H. W. Kroto, J. R. Heath, S. C. O'Brien, R. F. Curl, and R. E. Smalley, Nature 318, 162 (1985).
249. J. R. Heath, S. C. O'Brien, Q. Zhang, Y. Liu, R. F. Curl, H. W. Kroto, F. K. Tillel, and R. E. Smalley, J. Am. Chem. Soc. 107, 7779 (1985).
250. H. W. Kroto, Science 242, 1139 (1988).
251. K. G. McKay, H. W. Kroto, and D. J. Wales, J. Chem. Soc., Faraday Trans. 88, 2815 (1992).
252. K. R. Bates and G. E. Scuseria, J. Phys. Chem. A 101, 3038 (1997).
253. J. R. Heath, in Fullerenes-Synthesis, Properties, and Chemistry of Large Carbon Clusters, edited by G. S. Hammond and V. J. Kuck, no. 481 in ACS Symposium Series, p. 1 (Washington, DC, American Chemical Society, 1992).
254. M. Endo and H. W. Kroto, J. Phys. Chem. 96, 220 (1992).
255. R. L. Murry, D. L. Strout, G. K. Odom, and G. E. Scuseria, Nature 366, 665 (1993).
256. 60, edited by W. Andreoni, vol. 316 of NATO ASI Series, Series E., p. 51, Dordrecht, Netherlands (NATO, Kluwer Academic Publ., 1996).
257. D. J. Wales, Chem. Phys. Lett. 141, 478 (1987).
258. D. L. Strout and G. E. Scuseria, J. Phys. Chem. 100, 6492 (1996).
259. J. M. Hunter and M. F. Jarrold, J. Am. Chem. Soc. 117, 10317 (1995).
260. G. von Helden, M. T. Hsu, N. Gotts, and M. T. Bowers, J. Phys. Chem. 97, 8182 (1993).
261. X. Liu, D. J. Klein, W. A. Seitz, and T. G. Schmalz, J. Comp. Chem. 12, 1265 (1991).
262. D. E. Manolopoulos, J. C. May, and S. E. Down, Chem. Phys. Lett. 181, 105 (1991).
263. A. J. Stone and D. J. Wales, Chem. Phys. Lett. 128, 501 (1986).
264. D. Mitchell, P. W. Fowler, and F. Zerbetto, J. Phys. B. 29, 4895 (1996).
265. F. Wooten, K. Winer, and D. Weaire, Phys. Rev. Lett. 54, 1392 (1985).
266. A. D. Becke, Phys. Rev. A 38, 3098 (1988).
267. C. Lee, W. Yang, and R. G. Parr, Phys. Rev. B 37, 785 (1988).
268. M. J. S. Dewar and W. Thiel, J. Am. Chem. Soc. 99, 4899 (1977).
269. B. R. Eggen, M. I. Heggie, G. Jungnickel, C. D. Latham, R. Jones, and P. R. Briddon, Science 272, 87 (1996).
270. S. J. Austin, P. W. Fowler, D. E. Manolopoulos, and F. Zerbetto, Chem. Phys. Lett. 235, 146 (1995).
271. P. Ballone and P. Milani, Phys. Rev. B 42, 3201 (1990).
272. J. R. Chelikowsky, Phys. Rev. Lett. 67, 2970 (1991).
273. J. R. Chelikowsky, Phys. Rev. Lett. 45, 12062 (1992).
274. C. Z. Wang, C. H. Xu, C. T. Chan, and K. M. Ho, J. Phys. Chem. 96, 3563 (1992).
275. X. D. Jing and J. R. Chelikowsky, Phys. Rev. B 46, 5028 (1992).
276. J. Y. Yi and J. Bernholc, Phys. Rev. B 48, 5724 (1993).
277. C. H. Xu and G. E. Scuseria, Phys. Rev. Lett. 72, 669 (1994).
278. P. A. Marcos, M. J. López, A. Rubio, and J. A. Alonso, Chem. Phys. Lett. 273, 367 (1997).
279. J. Tersoff, Phys. Rev. B 38, 9902 (1988).
280. S. Maruyama and Y. Yamaguchi, Chem. Phys. Lett. 286, 343 (1998).
281. D. W. Brenner, Phys. Rev. B 42, 9458 (1990).
282. P. W. Fowler, Chem. Phys. Lett. 131, 444 (1986).
283. M. D. Newton and R. E. Stanton, J. Am. Chem. Soc. 108, 2469 (1986).
284. P. W. Fowler and J. Woolrich, Chem. Phys. Lett. 127, 78 (1986).
285. P. W. Fowler and D. E. Manolopoulos, An Atlas of Fullerenes, vol. 30 of International Series of Monographs on Chemistry (OUP, Clarendon Press, Oxford, 1995).
286. D. E. Manolopoulos and P. W. Fowler, J. Chem. Phys. 96, 7603 (1992).
287. J. Widany, T. Frauenheim, T. Koehler, M. Sternberg, D. Porezag, G. Jungnickel, and G. Seifert, Phys. Rev. B 53, 4493 (1996).
288. D. Porezag, T. Frauenheim, T. Kohler, G. Seifert, and R. Kaschner, Phys. Rev. B 51, 12947 (1995).
289. G. Seifert, D. Porezag, and T. Frauenheim, Int. J. Quant. Chem. 58, 185 (1996).
290. S. J. Austin, P. W. Fowler, D. E. Manolopoulos, G. Orlandi, and F. Zerbetto, J. Phys. Chem. 99, 8076 (1995).
291. J. Stoer and R. Bulirsh, Introduction to Numerical Analysis (Springer-Verlag, New York, 1980).
292. P. W. Fowler, T. Heine, D. Mitchell, G. Orlandi, R. Schmidt, G. Seifert, and F. Zerbetto, J. Chem. Soc., Faraday Trans. 92, 2203 (1996).
293. A. Ayuela, P. W. Fowler, D. Mitchell, R. Schmidt, G. Seifert, and F. Zerbetto, J. Phys. Chem. 100, 15634 (1996).
294. P. W. Fowler, T. Heine, D. E. Manolopoulos, D. Mitchell, G. Orlandi, R. Schmidt, G. Seifert, and F. Zerbetto, J. Phys. Chem. 100, 6984 (1996).
295. J. E. Campana, T. M. Barlak, R. J. Colton, J. J. DeCorpo, J. R. Wyatt, and B. I. Dunlap, Phys. Rev. Lett. 47, 1046 (1981).
296. R. Pflaum, P. Pfau, K. Sattler, and E. Recknagel, Surf. Sci. 156, 165 (1985).
297. Y. J. Twu, C. W. S. Conover, Y. A. Yang, and L. A. Bloomfield, Phys. Rev. B 42, 5306 (1990).
298. P. Dugourd, R. R. Hudgins, and M. F. Jarrold, Chem. Phys. Lett. 267, 186 (1997).
299. R. R. Hudgins, P. Dugourd, J. M. Tenenbaum, and M. F. Jarrold, Phys. Rev. Lett. 78, 4213 (1997).
300. M. P. Tosi and F. G. Fumi, J. Phys. Chem. Solids 25, 45 (1964).
301. A. A. Shvartsburg and M. F. Jarrold, Chem. Phys. Lett. 86, 261 (1996).
302. M. T. Sprackling, The Plastic Deformation of Simple Ionic Crystals (Academic Press, London, 1976).
303. D. O. Welch, O. W. Lazareth, and G. J. Diens, J. Chem. Phys. 94, 835 (1976).
304. M. Wilson, P. A. Madden, N. C. Pyper, and J. H. Harding, J. Chem. Phys. 104, 8068 (1996).
305. N. T. Wilson, M. Wilson, P. A. Madden, and N. C. Pyper, J. Chem. Phys. 105, 11209 (1996).
306. D. J. Wales, in Advances in Molecular Vibrations and Collision Dynamics, edited by J. M. Bowman and Z. Bačič, vol. 3, pp. 365-396 (JAI Press, Stamford, 1998).
307. R. C. Cohen and R. J. Saykally, J. Phys. Chem. 94, 7991 (1990).
308. N. Pugliano and R. J. Saykally, Science 257, 1937 (1992).
309. R. J. Saykally and G. A. Blake, Science 259, 1570 (1993).
310. K. Liu, J. D. Cruzan, and R. J. Saykally, Science 271, 929 (1996).
311. K. Ito, C. T. Moynihan, and C. A. Angell, Nature 398, 492 (1999).
312. C. A. Angell, J. Phys. Chem. 97, 6339 (1993).
313. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, and M. L. Klein, J. Chem. Phys. 79, 926 (1983).
314. C. Millot and A. J. Stone, Mol. Phys. 77, 439 (1992).
315. C. Millot, J. C. Soetens, M. T. C. M. Costa, M. P. Hodges, and A. J. Stone, J. Phys. Chem. A 102, 754 (1998).
316. A. J. Stone, A. Dullweber, M. P. Hodges, P. L. A. Popelier, and D. J. Wales, Orient: A Program for Studying Interactions Between Molecules, Version 3.2 (University of Cambridge, Cambridge, 1995).
317. M. P. Hodges, XMakemol: A Program for Visualising Atomic and Molecular Systems, version 4.09 (1998).
318. K. S. Kim, M. Dupuis, G. C. Lie, and E. Clementi, Chem. Phys. Lett. 131, 451 (1986).
319. C. J. Tsai and K. D. Jordan, Chem. Phys. Lett. 213, 181 (1993).
320. J. K. Gregory and D. C. Clary, J. Phys. Chem. 100, 18014 (1996).
321. J. Kim and K. S. Kim, J. Chem. Phys. 109, 5886 (1998).
322. K. Liu, M. G. Brown, C. Carter, R. J. Saykally, J. K. Gregory, and D. C. Clary, Nature 381, 501 (1996).
323. J. K. Gregory and D. C. Clary, J. Phys. Chem. A 101, 6813 (1997).
324. D. J. Wales and I. Ohmine, J. Chem. Phys. 98, 7245 (1993).
325. D. J. Wales and M. P. Hodges, Chem. Phys. Lett. 286, 65 (1998).
326. A. Khan, J. Chem. Phys. 110, 11884 (1999).
327. A. Khan, J. Phys. Chem. 99, 12450 (1995).
328. N. Metropolis, A. W. Rosenbluth, M. N. Rosenbluth, A. H. Teller, and E. Teller, J. Chem. Phys. 21, 1087 (1953).
329. A. Baba, Y. Hirata, S. Saito, I. Ohmine, and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 106, 3329 (1997).
330. G. Toulouse, Comm. Phys. 2, 115 (1977).
331. J. D. Honeycutt and D. Thirumalaj, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 3526 (1990).
332. J. D. Honeycutt and D. Thirumalai, Biopolymers 32, 695 (1992).
333. R. S. Berry, N. Elmaci, J. P. Rose, and B. Vekhter, Proc. Natl Acad. Sci. USA 94, 9520 (1997).
334. B. Vekhter and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 110, 2195 (1999).
335. N. Elmaci and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 110, 10606 (1999).
336. Z. Guo and C. L. Brooks III, Biopolymers 42, 745 (1997).
337. H. Nymeyer, A. E. García, and J. N. Onuchic, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 5921 (1998).
338. Y. Ueda, H. Taketomi, and N. Go, Biopolymers 17, 1531 (1978).
339. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Could, K. M. M. Jr., D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell, and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc. 117, 5179 (1995).
340. B. R. Gelin and M. Karplus, Proc. Natl. Acad Sci. USA 72, 2002 (1975).
341. R. J. Speedy, J. Chem. Phys. 110, 4559 (1999).
342. D. Liu and J. Nocedal, Math. Prog. B 45, 503 (1989).
343. N. K. Kopsias and D. N. Theodoros, J. Chem. Phys. 109, 8573 (1998).