The CLN025 decapeptide retains a β-hairpin conformation in urea and guanidinium chloride

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 17, 2011, Pages 4971-4981

  Hatfield, Marcus P D ^a   Murphy, Richard F ^a   Lovas, Sándor ^a  

^a CREIGHTON UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; AROMATIC COMPOUNDS; CHLORINE COMPOUNDS; DICHROISM; MELTING POINT; METABOLISM; METAL MELTING; MOLECULAR DYNAMICS; PEPTIDES; PHASE TRANSITIONS;

CHIGNOLIN; CONFORMATIONAL STABILITIES; ELECTRONIC CIRCULAR DICHROISM; ELECTROSTATIC INTERACTIONS; GUANIDINIUM CHLORIDES; H-BONDS; HAIRPIN CONFORMATION; HEAT CAPACITIES; MEANDER STRUCTURES; MELTING TEMPERATURES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; POSITIVELY CHARGED; SIDE CHAINS; SPECTROPOLARIMETRY; TERTIARY STRUCTURES; UREA SOLUTIONS; WEAKLY POLAR INTERACTIONS;

UREA;

EID: 79955520096     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp111076j     Document Type: Article

References (68)

1. Das, A.; Mukhopadhyay, C. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 12816-12824
2. Stumpe, M. C.; Grubmuller, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 16126-16131
3. Stumpe, M. C.; Grubmuller, H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 6220-6228
4. Scholtz, J. M.; Barrick, D.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 185-189
5. Lim, W. K.; Rosgen, J.; Englander, S. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 2595-2600
6. Auton, M.; Holthauzen, L. M. F.; Bolen, D. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 15317-15322
7. Stumpe, M. C.; Grubmuller, H. PloS Comp. Biol. 2008, 4 e1000221
8. Stumpe, M. C.; Grubmuller, H. Biophys. J. 2009, 96, 3744-3752
9. Dempsey, C. E.; Piggot, T. J.; Mason, P. E. Biochemistry 2005, 44, 775-781
10. Mason, P. E.; Dempsey, C. E.; Neilson, G. W.; Kline, S. R.; Brady, J. W. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 16689-16696
11. Mason, P. E.; Brady, J. W.; Neilson, G. W.; Dempsey, C. E. Biophys. J. 2007, 93, L04-L06
12. Camilloni, C.; Rocco, A. G.; Gianazza, Eberini, I.; Gianazza, E.; Broglia, R. A.; Tiana, G. Biophys. J. 2008, 94, 4654-4661
13. Lee, M.; van der Vegt, N. F. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4948-4949
14. Chang, J. Biochemistry 2009, 48, 9340-9346
15. Whittington, S. J.; Chellgren, B. W.; Hermann, V. M.; Creamer, T. P. Biochemistry 2005, 44, 6269-6275
16. Honda, S.; Akiba, T.; Kato, Y. S.; Sawada, Y.; Sekijima, M.; Ishimura, M.; Ooishi, A.; Watanabe, H.; Odahara, T.; Harata, K. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 15327-15331
17. Palermo, N. Y.; Csontos, J.; Owen, M. C.; Murphy, R. F.; Lovas, S. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1208-1214
18. Borics, A.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Protein Pept. Lett. 2007, 14, 353-359
19. Csontos, J.; Palermo, N. Y.; Murphy, R. F.; Lovas, S. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1344-1352
20. Hatfield, M. P. D.; Palermo, N. Y.; Csontos, J.; Murphy, R. F.; Lovas, S. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 3503-3508
21. Csontos, J.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Biopolymers 2008, 89, 1002-1011
22. Palermo, N. Y.; Csontos, J.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Int. J. Quantum Chem. 2008, 108, 814-819
23. Csontos, J.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Adv. Exp. Med. Biol. 2009, 611, 79-80
24. Palermo, N. Y.; Csontos, J.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Adv. Exp. Med. Biol. 2009, 611, 89-90
25. Cochran, A. G.; Skelton, N. J.; Starovasnik, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 5578-5583
26. Xu, Y.; Oyola, R.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15388-15394
27. Takekiyo, T.; Wu, L.; Yoshimura, Y.; Shimizu, A.; Keiderling, T. A. Biochemistry 2009, 48, 1543-1552
28. Eidenschink, L. A.; Kier, B. L.; Huggins, K. N. L.; Andersen, N. H. Proteins 2009, 75, 308-322
29. Andersen, N. A.; Olsen, K. A.; Fesinmeyer, R. M.; Tan, X.; Hudson, F. M.; Eidenschink, L. A.; Farazi, S. R. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 6101-6110
30. Hatfield, M. P. D.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Biopolymers 2010, 93, 442-450
31. Hatfield, M. P. D.; Murphy, R. F.; Lovas, S. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 3028-3037
32. Szendrei, G. I.; Fabian, H.; Mantsch, H. H.; Lovas, S.; Nyeki, O.; Schon, I.; Otvos, L., Jr. Eur. J. Biochem. 1994, 226, 917-924
33. Lindahl, E; Hess, B; Van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317
34. Berendsen, H. J. C; Van der Spoel, D; Van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56
35. Oostenbrink, C; Villa, A; Mark, A. E; Gunsteren, W. F. V. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1656-1676
36. Oostenbrink, C; Soares, T. A; van der Vegt, N. F; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2005, 34, 273-284
37. Hess, B; Bekker, H; Berendsen, H. J. C; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
38. Berendsen, H. J. C; Postma, J. P. M; DiNola, A; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
39. Ryckaert, J. P; Ciccotti, G; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
40. Miyamoto, S; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962
41. Daura, X.; Gademann, K.; Juan, B.; Seebach, D.; van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. Agnew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 236-240
42. Chass, G. A.; Sahai, M. A.; Law, J. M. S.; Lovas, S.; Farkas, O.; Perczel, A.; Rivail, J.; Csizmadia, I. G. Int. J. Quantum Chem. 2002, 90, 933-968
43. Samanta, U.; Pal, D.; Chakrabarti, P. Acta Crystallogr. 1999, D55, 1421-1427
44. Boned, R.; van Gunsteren, W. F.; Daura, X. Chem. - Eur. J. 2008, 14, 5039-5046
45. Suenaga, A.; Narumi, T.; Futatsugi, N.; Yanai, R.; Ohno, Y.; Okimoto, N.; Taiji, M. Chem. - Asian. J. 2007, 2, 591-598
46. Holthauzen, L. M.; Rosgen, J.; Bolen, D. W. Biochemistry 2010, 49, 1310-1318
47. Ubersky, V. N.; Fink, A. L. FEBS Lett. 2002, 515, 79-83
48. Pace, C. N.; Huyghues-Despointes, B. M. P.; Fu, H.; Takano, K.; Scholtz, J. M.; Grimsley, G. R. Protein Sci. 2010, 10.1002/pro.370
49. Maynard, A. J.; Sharman, G. J.; Searle, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1996-2007
50. Riemen, A. J.; Waters, M. L. Biochemistry 2009, 48, 1525-1531
51. Wu, L.; McElheny, D.; Huang, R.; Keiderling, T. A. Biochemistry 2009, 48, 10362-10371
52. Cooper, A. Biophys. Chem. 2000, 85, 25-39
53. Streicher, W. W.; Makhatadze, G. I. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 30-31
54. Taylor, J. W.; Greenfield, N. J.; Wu, B.; Privalov, P. L. J. Mol. Biol. 1999, 291, 965-976
55. Streicher, W. W.; Makhatadze, G. I. Biochemistry 2007, 46, 2876-2880
56. Rodriguez, A.; Mokoema, P.; Corcho, F.; Bisetty, K.; Perez, J. J. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 1440-1449
57. Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G.; Luthey-Schulten, Z.; Socci, N. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 3626-3630
58. Go, N. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1983, 12, 183-210
59. Bryngelson, J. D.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 7524-7528
60. Neidigh, J. W.; Fesinmeyer, R. W.; Andersen, N. H. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 425-430
61. Canchi, D. R.; Paschek, D.; Garcia, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 2338-2344
62. Gattin, Z.; Riniker, S.; Hore, P. J.; Mok, K. H.; van Gunsteren, W. F. Protein Sci. 2009, 18, 2090-2099
63. Copps, J.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Pept. Sci. 2007, 88, 427-437
64. Zhang, H.; Wong, C. F.; Thacher, T.; Rabitz, H. Proteins 1995, 23, 218
65. Xiao, S.; Bi, Y.; Shan, B.; Raleigh, D. P. Biochemistry 2009, 48, 4607-4616
66. Woll, M. G; Hadley, E. B; Mecozzi, S; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15932-15933
67. Tang, Y; Rigotti, D. J; Fairman, R; Raleigh, D. P. Biochemistry 2004, 43, 3264-3272
68. Frank, B. S; Vardar, D; Buckley, D. A; McKnight, C. J. Protein Sci. 2002, 11, 680-687