Molecular dynamics analysis of the conformations of a β-hairpin miniprotein

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 8, 2010, Pages 3028-3037

  Hatfield, Marcus P D ^a   Murphy, Richard F ^a   Lovas, Sándor ^a  

^a CREIGHTON UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARGON; HYDROGEN BONDS; MELTING POINT; METAL MELTING; MOLECULAR DYNAMICS; PEPTIDES; QUANTUM CHEMISTRY;

CHIGNOLIN; CONFORMATIONAL STABILITIES; ELECTROSTATIC INTERACTIONS; HAIRPIN CONFORMATION; INTRAMOLECULAR INTERACTIONS; MELTING TEMPERATURES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; QUANTUM CHEMICAL CALCULATIONS; STABILIZATION ENERGY; WEAKLY POLAR INTERACTIONS;

CONFORMATIONS;

EID: 77749344672     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp910465e     Document Type: Article

References (48)

1. Ramirez-Alvarado, M.; Kortemme, T.; Blanco, F. J.; Serrano, L. Bioorg. Med. Chem. 1999, 7, 93-103.
2. Maynard, A. J.; Sharman, G. J.; Searle, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1996-2007.
3. Andersen, N. H.; Dyer, R. B.; Fesinmeyer, R. M.; Gai, F.; Liu, Z.; Neidigh, J. W.; Tong, H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9879-9880.
4. Cochran, A. G.; Skelton, N. J.; Starovasnik, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 5578-5583.
5. Xu, Y.; Oyola, R.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15388-15394.
6. Takekiyo, T.; Wu, L.; Yoshimura, Y.; Shimizu, A.; Keiderling, T. A. Biochemistry. 2009, 48, 1543-1552.
7. Eidenschink, L. A.; Kier, B. L.; Huggins, K. N. L.; Andersen, N. H. Proteins 2009, 75, 308-322.
8. Andersen, N. A.; Olsen, K. A.; Fesinmeyer, R. M.; Tan, X.; Hudson, F. M.; Eidenschink, L. A.; Farazi, S. R. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 6101-6110.
9. Riemen, A. J.; Waters, M. L. Biochemistry 2009, 48, 1525-1531.
10. Palermo, N. Y.; Csontos, J.; Owen, M. C.; Murphy, R. F.; Lovas, S. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1208-1214.
11. Borics, A.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Protein Pept. Lett. 2007, 14, 353-359.
12. Csontos, J.; Palermo, N. Y.; Murphy, R. F.; Lovas, S. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1344-1352.
13. Hatfield, M. P. D.; Palermo, N. Y.; Csontos, J.; Murphy, R. F.; Lovas, S. J. Phys. Chem. B. 2008, 112, 3503-3508.
14. Csontos, J.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Biopolymers 2008, 89, 1002-1011.
15. Palermo, N. Y.; Csontos, J.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Int. J. Quantum Chem. 2008, 108, 814-819.
16. Csontos, J.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Adv. Exp. Med. Biol. 2009, 611, 79-80.
17. Palermo, N. Y.; Csontos, J.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Adv. Exp. Med. Biol. 2009, 611, 89-90.
18. Gervasio, F. L.; Chelli, R.; Procacci, P.; Schettino, V. Proteins 2002, 48, 117-125.
19. Ribas, J.; Cubero, E.; Luque, J.; Orozco, M. J. Org. Chem. 2002, 67, 7057-7065.
20. Lee, E. C.; Kim, D.; Jurecka, P.; Tarakeshwar, P.; Hobza, P.; Kim, K. S. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 3446-3457.
21. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 104-112.
22. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. J. Chem. Phys. 1990, 93, 5893-5897.
23. Gwench, O.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4668-4674.
24. McGaughey, G. B.; Gagne, M.; Rappe, A. K. J. Biol. Chem. 1998, 273, 15458-15463.
25. Thomas, A.; Meurisse, R.; Charloteaux, B.; Brasseur, R. Proteins 2002, 48, 628-634.
26. Vondrasek, J.; Bendova, L.; Klusak, V.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2615-2619.
27. Honda, S.; Akiba, T.; Kato, Y. S.; Sawada, Y.; Sekijima, M.; Ishimura, M.; Ooishi, A.; Watanabe, H.; Odahara, T.; Harata, K. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 15327-15331.
28. Lindahl, E.; Hess, B.; Van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317.
29. Berendsen, H. J. C.; Van der Spoel, D.; Van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56.
30. Oostenbrink, C.; Villa, A.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1656-1676.
31. Oostenbrink, C.; Soares, T. A.; van der Vegt, N. F.; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2005, 34, 273-284.
32. Weast, R. C. CRC Handbook of Chemistry and Physics 1st student ed.; CRC Pres, Inc: Boca Raton, FL, 1988.
33. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472.
34. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
35. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
36. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962.
37. Daura, X.; Gademann, K.; Juan, B.; Seebach, D.; van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. Agnew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, 236-240.
38. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
39. Toth, G.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Protein Eng. 2001, 14, 543-547.
40. Hatfield, M. P. D.; Palermo, N. Y.; Csontos, J.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Int. J. Quantum Chem. 2008, 108, 1017-1021.
41. Zhang, D.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599-3605.
42. Zhang, D. W.; Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1846-1852.
43. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mil. Phys. 1970, 19, 553-566.
44. Hatfield, M. P. D.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Biopolymers. 2009, DOI 10.1002/bip.21356.
45. Creighton, T. E. Protein Folding; W.H. Freeman and Company: New York, 1992; Chapter 1.
46. Burley, S. K.; Petsko, G. A. Science 1985, 229, 23-28.
47. Singh, N. J.; Min, S. K.; Kim, D. Y.; Kim, K. S. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 515-529.
48. Gallivan, J. P.; Dougherty, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9459-9464.