Folding dynamics of ID-residue β-hairpin peptide chignolin

Chemistry - An Asian Journal

Volumn 2, Issue 5, 2007, Pages 591-598

  Suenaga, Atsushi ^a   Narumi, Tetsu ^a   Futatsugi, Noriyuki ^a   Yanai, Ryoko ^a   Ohno, Yousuke ^a   Okimoto, Noriaki ^a   Taiji, Makoto ^a  

^a RIKEN YOKOHAMA INSTITUTE   (Japan)

Author keywords

Beta hairpin; Chignolin; Molecular dynamics; Protein folding; Protein structures

Indexed keywords

CHIGNOLIN; OLIGOPEPTIDE; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING;

HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; OLIGOPEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING;

EID: 34250623720     PISSN: 18614728     EISSN: 1861471X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/asia.200600385     Document Type: Article

References (55)

1. S. Honda, N. Kobayashi, E. Munekata, J. Mol. Biol. 2000, 295, 269.
2. S. Honda, K. Yamasaki, Y. Sawada, H. Morii, Structure 2004, 12, 1507.
3. V. Muñoz, E. R. Henry, J. Hofrichter, W. A. Eaton, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 5872.
4. V. Muñoz, P. A. Thompson, J. Hofrichter, W. A. Eaton, Nature 1997, 390, 196.
5. R. P. Chen, J. J. Huang, H.-L. Chen, H. Jan, M. Velusamy, C.-T. Lee, W. Fann, R. W. Larsen, S. I. Chan, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 7305.
6. D. Du, Y. Zhu, C.-Y. Huang, F. Gai, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 15915.
7. R. B. Dyer, S. J. Maness, E. S. Peterson, S. Franzen, R. M. Fesinmeyer, N. H. Anderson, Biochemistry 2004, 43, 11560.
8. N. Kobayashi, S. Honda, H. Yoshii, E. Munekata, Biochemistry 2000, 39, 6564.
9. N. N. Kuo, J. J. Huang, J. Miksovska, R. P. Chen, R. W. Larsen, S. I. Chan, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 16945.
10. S. J. Maness, S. Franzen, A. C. Gibbs, T. P. Causgrove, R. B. Dyer, Biophys. J. 2003, 84, 3874.
11. Y. Xu, R. Oyola, F. Gai, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15388.
12. A. R. Dinner, T. Lazaridis, M. Karplus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 9068.
13. O. J. Galzitskaya, J. Higo, A. V. Finkelstein, Curr. Protein Pept. Sci. 2002, 3, 191.
14. A. E. Garcí, K. Y. Sanbonmatsu, Proteins 2001, 42, 345.
15. D. K. Klimov, D. Thirumalai, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 2544.
16. A. Kolinski, B. Ilkowski, J. Skolnick, Biophys. J. 1999, 77, 2942.
17. J. Lee, S. Shin, Biophys. J. 2001, 81, 2507.
18. B. Ma, R., Nussinov, J. Mol. Biol. 2000,296,1091.
19. P. H. Nguyen, G. Stock, E. Mittag, C. K. Hu, M. S. Li, Proteins 2005, 61, 195.
20. V. S. Pande, D. Rokhsar, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 9062.
21. D. Roccatano, A. Amadei, A. DiNola, H. J. C. Berendsen. Protein Sci. 1999, 8, 2130.
22. M. M. Seibert, A. Patriksson, B. Hess. D. van der Spoel, J. Mol. Biol. 2005, 354, 173.
23. C. D. Snow, L. Qui, D. Du, F. Gai, S. J. Hagen, V. S. Pande. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 4077.
24. J. Tsai, M. Levitt, Biophys. Chem. 2002, 101-102, 187.
25. G. Wei, N. Mousseau, P. Derreumaux, Proteins 2004, 56, 464.
26. X. Wu, B. R. Brooks, Biophys. J. 2004, 86, 1946.
27. B. Zagrobic, E. J. Sorin, V. S. Pande, J. Mol. Biol. 2001, 313, 151.
28. J. Zhang, M. Qin, W. Wang, Proteins 2006, 62, 672.
29. R. Zhou, B. J. Berne, R. Germain, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 14931.
30. Y. Zhou, A. Linhananta, Proteins 2002, 47, 154.
31. D. Satoh, K. Shimizu, S. Nakamura, T. Terada, FEBS Lett. 2006, 580, 3422.
32. P. A. Thompson, W. A. Eaton, J. Hofrichter, Biochemistry 1997, 36, 9200.
33. S. Williams, T. P. Causgrove, R. Gilmanshin, K. S. Fang, R. H. Callender, W. H. Woodruff, R. B. Dyer, Biochemistry 1996, 35, 691.
34. U. Mayor, N. R. Guydosh, C. M. Johnson, J. G. Grossmann, S. Sato, G.S. Jas, S.M. Freund, D.O. Alonso, V. Daggett, A.R. Fersht, Nature 2003, 421, 863.
35. C. D. Snow, H. Nguyen, V. S. Pande, M. Gruebele, Nature 2002, 420, 102.
36. B. Zagrobic, C. D. Snow, M. R. Shirts, V. S. Pande, J. Mol. Biol. 2002, 323, 927.
37. G. Jayachandran, V. Vishal, V. S. Pande, J. Chem. Phys. 2006, 124, 164902.
38. Y. Duan, P. A. Kollman, Science 1998, 282, 740.
39. M. Taiji, T. Narumi, Y. Ohno, N. Futatsugi, A. Suenaga, N. Takada, A. Konagaya, Proc. Supercomputing 2003, in CD-ROM.
40. M. Taiji, Proc. Hot Chips 2004, 16, in CD-ROM.
41. T. Narumi, Y. Ohno, N. Okimoto, T. Koishi, A. Suenaga, N. Futatsugi, R. Yanai, R. Himeno, S. Fujikawa, M. Ikei, M. Taiji, Proc. Supercomputing 2006, in CD-ROM.
42. K. Ikeda, J. Higo, Protein Sci. 2003, 12, 2542.
43. C. M. Stultz, Protein Sci. 2006, 15, 2166.
44. T. Kimura, T. Uzawa, K. Ishimori, I. Morishima, S. Takahashi, T. Konno, S. Akiyama, T. Fujisawa, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 2748.
45. J.-E. Shea, J. N. Onuchic, C. L. Brooks III, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 16064.
46. B. K. Ho, K. A. Dill, PLoS Comput. Biol. 2006, 2, e27.
47. M. Ota, M. Ikeguchi, A. Kidera, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 17658.
48. D. van der Spoel, M. M. Seibert, Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 238102.
49. W. Kabsch, C. Sander, Biopolymers 1983, 22, 2577.
50. D. A. Evans, D. Wales, J. Chem. Phys. 2004, 121, 1080.
51. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, M. L. Klein, J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
52. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, B. Wang, D. A. Pearlman, M. Crowley, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, C. Schafmeister, J. W. Caldwell, W. S. Ross, P. A. Kollman, Amber 8.0, University of California San Francisco, San Francisco (USA), 2004.
53. J. Wang, P. Cieplak, P. A. Kollman, J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
54. J.-P. Ryckeart, G. Ciccotti, H. J. C. Berendsen, J. Comput. Chem. 1997, 23, 327.
55. H. J. C. Berendsen, J. M. P. Postma, W. F. van Gunsteren, A. DiNola, J. R. Haak, J. Comput. Phys. 1984, 81, 3684.