Polarization-angle-scanning two-dimensional spectroscopy: Application to dipeptide structure determination

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 115, Issue 16, 2011, Pages 3766-3777

  Choi, Jun Ho ^a   Cho, Minhaeng ^a,b  

^a Korea University   (South Korea)

^b Korea Basic Science Institute (KBSI)   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE I; ANGLE-SCANNING; COUPLED MODE; DIAGONAL PEAKS; DIPEPTIDE; ELECTRONIC SPECTROSCOPY; MODEL PEPTIDES; POLARIZATION ANGLE; POLARIZATION DIRECTION; PULSE DELAY; QUANTUM TRANSITIONS; STIMULATED PHOTON ECHO; STRUCTURE DETERMINATION; TRANSITION DIPOLE; TWO-DIMENSIONAL OPTICAL SPECTROSCOPY; TWO-DIMENSIONAL SPECTRA; UNDERLYING PRINCIPLES; WAVE VECTOR;

AMIDES; ISOTOPES; PEPTIDES; PHOTONS; SCANNING; TWO DIMENSIONAL;

POLARIZATION;

AMIDE; DIPEPTIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; PROTEIN CONFORMATION; QUANTUM THEORY;

AMIDES; DIPEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; QUANTUM THEORY; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED;

EID: 79955423374     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp106458j     Document Type: Article

References (55)

1. Cho, M. Two-Dimensional Optical Spectroscopy; CRC Press: Boca Raton, FL, U.S., 2009.
2. Hybl, J. D.; Albrecht, A. W.; Gallagher Faeder, S. M.; Jonas, D. M. Chem. Phys. Lett. 1998, 297, 307
3. Brixner, T.; Stiopkin, I. V.; Fleming, G. R. Opt. Lett. 2004, 29, 884
4. Zanni, M. T.; Ge, N.-H.; Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 11265
5. Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5258
6. Zheng, J.; Kwak, K.; Fayer, M. D. Acc. Chem. Res. 2007, 40, 75
7. Cho, M. Chem. Rev. 2008, 108, 1331
8. Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford University Press: Oxford, U.K., 1995.
9. Jonas, D. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 2003, 54, 425
10. Lepetit, L.; Joffre, M. Opt. Lett. 1996, 21, 564
11. Lepetit, L.; Cheriaux, G.; Joffre, M. J. Opt. Soc. Am. B 1995, 12, 2467
12. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 115, 7737
13. Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2001, 266, 273
14. Ge, N. H.; Hochstrasser, R. M. PhysChemComm 2002, 17
15. Cho, M.; Fleming, G. R.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5314
16. Hubbard, P. S. Phys. Rev. A 1972, 6, 2421
17. Sung, J. Y.; Silbey, R. J. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9266
18. Golonzka, O.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. B 2001, 115, 297
19. Cho, M.; Brixner, T.; Stiopkin, I.; Vaswani, H.; Fleming, G. R. J. Chin. Chem. Soc. 2006, 53, 15
20. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181
21. Krimm, S.; Abe, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1972, 69, 2788
22. Setnicka, V.; Huang, R.; Thomas, C. L.; Etienne, M. A.; Kubelka, J.; Hammer, R. P.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4992
23. Huang, R.; Kubelka, J.; Barber-Armstrong, W.; Silva, R. A. G. D.; Decatur, S. M.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2346
24. Schweitzer-Stenner, R. Vibr. Spectrosc. 2006, 42, 98
25. Ganim, Z.; Chung, H. S.; Smith, A. W.; DeFlores, L. P.; Jones, K. C.; Tokmakoff, A. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 432
26. Kolano, C.; Helbing, J.; Kozinski, M.; Sander, W.; Hamm, P. Nature 2006, 444, 469
27. Asplund, M. C.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 8219
28. Rubtsov, I. V.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 5601
29. Mukherjee, P.; Kass, I.; Arkin, I. T.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 3528
30. Decatur, S. M. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 169
31. Brauner, J. W.; Dugan, C.; Mendelsohn, R. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 677
32. Decatur, S. M. Biophys. J. 1999, 76, A392
33. Ham, S.; Cha, S.; Choi, J.-H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1451
34. Huang, R.; Krejtschi, C.; Hauser, K.; Kim, J.; Keiderling, T. A. Biophys. J. 2007, 208A
35. Lin, Y. S.; Shorb, J. M.; Mukherjee, P.; Zanni, M. T.; Skinner, J. L. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 592
36. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2727
37. Oh, K.-I.; Lee, K.-K.; Park, E.-K.; Yoo, D.-G.; Hwang, G.-S.; Cho, M. Chirality 2010, 22, 186
38. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, U.S., 2004.
39. Scott, A. P.; Radom, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16502
40. Lee, C.; Park, K. H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2006, 125, 114508
41. Hahn, S.; Ham, S.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11789
42. Choi, J.-H.; Cho, M. Chem. Phys. 2009, 361, 168
43. Choi, J.-H.; Ham, S.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9132
44. Choi, J.-H.; Kim, J.-S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2005, 122, 174903
45. Lee, H.; Kim, S.-S.; Choi, J.-H.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5331
46. Cho, M. Bull. Korean Chem. Soc. 2006, 27, 1940
47. Hahn, S.; Kim, S.-S.; Lee, C.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2005, 123 084905
48. Wang, J. P.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3798
49. Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 4247
50. Kwac, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5903
51. Eker, F.; Cao, X. L.; Nafie, L.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14330
52. Eker, F.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8178
53. Graf, J.; Nguyen, P. H.; Stock, G.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1179
54. Shi, Z. S.; Olson, C. A.; Rose, G. D.; Baldwin, R. L.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 9190
55. Lee, K.-K.; Park, K.-H.; Choi, J.-H.; Ha, J.-H.; Jeon, S.-J.; Cho, M. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 2757