Understanding drug-protein interactions in Escherichia coli FabI and various FabI inhibitor complexes

Bulletin of the Korean Chemical Society

Volumn 32, Issue 1, 2011, Pages 162-168

  Lee, Han Myoung ^a   Singh, N Jiten ^a  

^a Pohang University of Science and Technology (POSTECH)   (South Korea)

Author keywords

Enoyl acyl carrier protein reductase; ENR inhibitor; ENR NAD + ligand interaction; Molecular dynamics

Indexed keywords

ACIDIC HYDROXYL GROUPS; ACYL CARRIER PROTEINS; BOND INTERACTIONS; CARBONYL GROUPS; E. COLI; ENR INHIBITOR; ENR-NAD +-LIGAND INTERACTION; INHIBITOR COMPLEX; LARGE SIZES; LIGAND BINDING; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; POSITIVELY CHARGED; PROTEIN INTERACTION; STRONG INTERACTION;

AMIDES; CARBONYLATION; COMPLEXATION; DRUG INTERACTIONS; ESCHERICHIA COLI; FUNCTIONAL GROUPS; LIGANDS; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR ENERGY; POTENTIAL ENERGY; PROTEINS;

BINDING ENERGY;

EID: 78951490232     PISSN: 02532964     EISSN: 12295949     Source Type: Journal    
DOI: 10.5012/bkcs.2011.32.1.162     Document Type: Article

References (33)

1. Kruh, N. A.; Borgaro, J. G.; Ruzsicska, B. P.; Xu, H.; Tonge, P. J. J. Biol. Chem. 2008, 283, 31719.
2. Baldock, C.; Rafferty, J. B.; Sedelnikova, S. E.; Baker, P. J.; Stuitje, A. R.; Slabas, A. R.; Hawkes, T. R.; Rice, D. W. Science 1996, 274, 2107.
3. Heath, R. J.; Li, J.; Roland, G. E.; Rock, C. O. J. Biol. Chem. 2000, 275, 4654.
4. Priyadarshi, A.; Kim, E. E.; Hwang, K. Y. Proteins 2010, 78, 480.
5. Gagneux, S.; Long, C. D.; Small, P. M.; Van, T.; Schoolnik, G. K.; Bohannan, B. J. M. Science 2006, 312, 1944.
6. Hall, N.; Karras, M.; Raine, J. D.; Carlton, J. M.; Kooij, T. W. A.; Berriman, M.; Florens, L.; Janssen, C. S.; Pain, A.; Christophides, G. K.; James, K.; Rutherford, K.; Harris, B.; Harris, D.; Churcher, C.; Quail, M. A.; Ormond, D.; Doggett, J.; Trueman, H. E.; Mendoza, J.; Bidwell, S. L.; Rajandream, M. A.; Carucci, D. J.; Yates, J. R.; Kafatos, F. C.; Janse, C. J.; Barrell, B.; Turner, C. M. R.; Waters, A. P.; Sinden, R. E. Science 2005, 307, 82.
7. Kapoor, M.; Gopalakrishnapai, J.; Surolia, N.; Surolia, A. Biochem. J. 2004, 381, 735.
8. Perozzo, R.; Kuo, M.; bir Singh Sidhu, A.; Valiyaveettil, J. T.; Bittman, R.; Jacobs, Jr., W. R.; Fidock, D. A.; Sacchettini, J. C. J. Biol. Chem. 2002, 277, 13106.
9. McMurray, L. M.; Oethinger, M.; Levy, S. B. Nature 1998, 394, 531.
10. Heath, R. J.; Yu, Y. T.; Shapiro, M. A.; Olson, E.; Rock, C. O. J. Biol. Chem. 1998, 273, 30316.
11. Levy, C. W.; Roujeinikova, A.; Sedelnikova, S.; Baker, P. J.; Stuitje, A. R.; Slabas, A. R.; Rice, D. W.; Rafferty, J. B. Nature 1999, 398, 383.
12. McMurry, L. M.; McDermott, P. F.; Levy, S. B. Antimicrob. Agents Chemother. 1999, 43, 711.
13. Slater-Radosti, C.; Van Aller, G.; Greenwood, R.; Nicholas. R.; Keller, P. M.; DeWolf, W. E., Jr.; Fan, F.; Payne, D. J.; Jaworski, D. D. J. Antimicrob. Chemother. 2001, 48, 1.
14. Levy, S. B. Emerg. Infect. Dis. 2001, 7, 512.
15. Qiu, X.; Janson, C. A.; Court, R. I.; Smyth, M. G.; Payne, D. J.; Abdel-Meguid, S. S. Protein Sc. 1999, 8, 2529.
16. Takahata, S.; Iida, M.; Yoshida, T.; Kumura, K.; Kitagawa, H.; Hoshiko, S. J. Antibiol. 2007, 60, 123.
17. Oliveira, J. S.; Pereira, J. H.; Canduri, F.; Rodrigues, N. C.; de Souza, O. N.; de Azevedo, W. F.; Basso, L. A.; Santos, D. S. J. Mol. Biol. 2006, 359, 646.
18. Baldock, C.; Rafferty, J. B.; Sedelnikova, S. E.; Bithell, S.; Stuitje, A. R.; Slabas, A. R.; Rice, D. W. Acta Cryst. 1996, D52, 1181.
19. Heerding, D. A.; Chan, G.; Dewolf, W. E., Jr.; Fosberry, A. P.; Janson, C. A.; Jaworski, D. D.; McManus, E.; Miller, W. H.; Moore, T. D.; Payne, D. J.; Qiu, X.; Rittenhouse, S. F.; Slater-Radosti, C.; Smith, W.; Takata, D. T.; Vaidya, K. S.; Yuan, C. C. K.; Huffman, W. F. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2001, 11, 2061.
20. Seefeld, M. A.; Miller, W. H.; Newlander, K. A.; Burgess, W. J.; Payne, D. J.; Rittenhouse, S. F.; Moore, T. D.; DeWolf, W. E., Jr.; Keller, P. M.; Qiu, X.; Janson, C. A.; Vaidya, K.; Fosberry, A. P.; Smyth, M. G.; Jaworski, D. D.; Slater-Radosti, C.; Huffman, W. F. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2001, 11, 2241.
21. Miller, W. H.; Seefeld, M. A.; Newlander, K. A.; Uzinskas, I. N.; Burgess, W. J.; Heerding, D. A.; Yuan, C. C. K.; Head, M. S.; Payne, D. J.; Rittenhouse, S. F.; Moore, T. D.; Pearson, S. C.; Berry, V.; DeWolf, W. E., Jr.; Keller, P. M.; Polizzi, B. J.; Qiu, X.; Janson, C. A.; Huffman, W. F. J. Med. Chem. 2002, 45, 3246.
22. Seefeld, M. A.; Miller, W. H.; Newlander, K. A.; Burgess, W. J.; DeWolf, W. E., Jr.; Elkins, P. A.; Head, M. S.; Jakas, D. R.; Janson, C. A.; Keller, P. M.; Manley, P. J.; Moore, T. D.; Payne, D. J.; Pearson, S.; Polizzi, B. J.; Qiu, X.; Rittenhouse, S. F.; Uzinskas, I. N.; Wallis, N. G.; Huffman, W. F. J. Med. Chem. 2003, 46, 1627.
23. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B. et al. GAUSSIAN 09, Revision A.02, Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2009.
24. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
25. Holmberg, N.; Ryde, U.; Bulow, L. Protein Eng. 1999, 12, 851.
26. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Wlker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9, University of California: San Francisco, 2006.
27. Kim, K. S.; Tarakeshwar, P.; Lee, J. Y. Chem. Rev. 2000, 100, 4145.
28. Singh, N. J.; Min, S. K.; Kim, D. Y.; Kim, K. S. J. Chem. Theory. Comput. 2009, 5, 515.
29. Kim, K. S.; Lee, J. Y.; Lee, S. J.; Ha, T. K.; Kim, D. H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 7399.
30. Hunter, C. A.; Sanders, J. K. M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5525.
31. Kim, K. S.; Suh, S. B.; Kim, J. C.; Hong, B. H.; Lee, E. C.; Yun, S.; Tarakeshwar, P.; Lee, J. Y.; Kim, Y.; Ihm, H.; Kim, H. G.; Lee, J. W.; Kim, J. K.; Lee, H. M.; Kim, D.; Cui, C.; Youn, S. J.; Chung, H. Y.; Choi, H. S.; Lee, C.-W.; Cho, S. J.; Cho, J.-H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14268.
32. Lee, E. C.; Hong, B. H.; Lee, J. Y.; Kim, J. C.; Kim, D.; Kim, Y.; Tarakeshwar, P.; Kim, K. S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4530.
33. Lee, E. C.; Kim, D.; Jurečka, P.; Tarakeshwar, P.; Hobza, P.; Kim, K. S. J Phys. Chem. A 2007, 111, 3446.