Multicolor single-molecule FRET to explore protein folding and binding

Molecular BioSystems

Volumn 6, Issue 9, 2010, Pages 1540-1547

  Gambin, Yann ^a   Deniz, Ashok A ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN;

CHEMISTRY; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; METHODOLOGY; PROTEIN BINDING; PROTEIN FOLDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; REVIEW;

FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; PROTEIN BINDING; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEINS;

EID: 78149497691     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c003024d     Document Type: Review

References (99)

1. H. Frauenfelder S. G. Sligar P. G. Wolynes Science 1991 254 1598 1603
2. P. E. Leopold M. Montal J. N. Onuchic Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992 89 8721 8725
3. J. D. Bryngelson J. N. Onuchic N. D. Socci P. G. Wolynes Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995 21 167 195
4. J. N. Onuchic Z. Luthey-Schulten P. G. Wolynes Annu. Rev. Phys. Chem. 1997 48 545 600
5. K. A. Dill H. S. Chan Nat. Struct. Biol. 1997 4 10 19
6. C. D. Snow N. Nguyen V. S. Pande M. Gruebele Nature 2002 420 102 106
7. A. R. Fersht Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008 9 650 654
8. K. Lindorff-Larsen P. Rogen E. Paci M. Vendruscolo C. M. Dobson Trends Biochem. Sci. 2005 30 13 19
9. K. A. Dill S. B. Ozkan M. S. Shell T. R. Weikl Annu. Rev. Biophys. 2008 37 289 316
10. P. E. Wright H. J. Dyson J. Mol. Biol. 1999 293 321 331
11. P. E. Wright H. J. Dyson Curr. Opin. Struct. Biol. 2009 19 31 38
12. D. Thirumalai E. P. O'Brien G. Morrison C. Hyeon Annu. Rev. Biophys. 2010
13. A. L. Horwich W. A. Fenton Q. Rev. Biophys. 2009 42 83 116
14. F. U. Hartl M. Hayer-Hartl Nat. Struct. Mol. Biol. 2009 16 574 581
15. L. D. Cabrita C. M. Dobson J. Christodoulou Curr. Opin. Struct. Biol. 2010 20 33 45
16. E. T. Powers R. I. Morimoto A. Dillin J. W. Kelly W. E. Balch Annu. Rev. Biochem. 2009 78 959 991
17. H. A. Lashuel D. Hartley B. M. Petre T. Walz P. T. Lansbury, Jr Nature 2002 418 291
18. H. A. Lashuel P. T. Lansbury, Jr Q. Rev. Biophys. 2006 39 167 201
19. D. M. Fowler A. V. Koulov W. E. Balch J. W. Kelly Trends Biochem. Sci. 2007 32 217 224
20. L. M. Luheshi D. C. Crowther C. M. Dobson Curr. Opin. Chem. Biol. 2008 12 25 31
21. C. M. Dobson Nature 2003 426 884 890
22. M. J. Bennett S. Choe D. Eisenberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 3127 3131
23. S. C. Yang S. S. Cho Y. Levy M. S. Cheung H. Levine P. G. Wolynes J. N. Onuchic Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 13786 13791
24. P. G. Wolynes J. N. Onuchic D. Thirumalai Science 1995 267 1619 1620
25. A. A. Deniz T. A. Laurence G. S. Beligere M. Dahan A. B. Martin D. S. Chemla P. E. Dawson P. G. Schultz S. Weiss Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 5179 5184
26. X. Michalet S. Weiss M. Jager Chem. Rev. 2006 106 1785 1813
27. D. J. Muller K. T. Sapra S. Scheuring A. Kedrov P. L. Frederix D. Fotiadis A. Engel Curr. Opin. Struct. Biol. 2006 16 489 495
28. A. Borgia P. M. Williams J. Clarke Annu. Rev. Biochem. 2008 77 101 125
29. B. Schuler W. A. Eaton Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 16 26
30. A. A. Deniz S. Mukhopadhyay E. A. Lemke J. R. Soc. Interface 2008 5 15 45
31. T. Torres M. Levitus J. Phys. Chem. 2007 111 7392 7400
32. E. A. Aleman R. Lamichhane D. Rueda Curr. Opin. Chem. Biol. 2008 12 647 654
33. O. K. Dudko G. Hummer A. Szabo Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 15755 15760
34. C. Joo H. Balci Y. Ishitsuka C. Buranachai T. Ha Annu. Rev. Biochem. 2008 77 51 76
35. M. A. Karymov A. Bogdanov Y. L. Lyubchenko Biophys. J. 2008 95 1239 1247
36. M. Mickler R. I. Dima H. Dietz C. Hyeon D. Thirumalai M. Rief Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 20268 20273
37. M. Steiner K. S. Karunatilaka R. K. O. Sigel D. Rueda Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 18071 18071
38. P. V. Cornish T. Ha ACS Chem. Biol. 2007 2 53 61
39. B. Schuler ChemPhysChem 2005 6 1206 1220
40. I. Rasnik S. A. Mckinney T. Ha Acc. Chem. Res. 2005 38 542 548
41. M. Friedel A. Baumketner J. E. Shea Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 8396 8401
42. A. A. Deniz M. Dahan J. R. Grunwell T. J. Ha A. E. Faulhaber D. S. Chemla S. Weiss P. G. Schultz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 3670 3675
43. A. A. Deniz T. A. Laurence M. Dahan D. S. Chemla P. G. Schultz S. Weiss Annu. Rev. Phys. Chem. 2001 52 233 253
44. A. C. M. Ferreon Y. Gambin E. A. Lemke A. A. Deniz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 5645 5650
45. W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 5897 5899
46. N. Ferguson P. J. Schartau T. D. Sharpe S. Sato A. R. Fersht J. Mol. Biol. 2004 344 295 301
47. R. B. Dyer Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 38 47
48. M. Gruebele C. R. Biol. 2005 328 701 712
49. V. Munoz Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2007 36 395 412
50. F. Huang S. Sato T. D. Sharpe L. Ying A. R. Fersht Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 123 127
51. Y. Gambin A. Schug E. A. Lemke J. J. Lavinder A. C. M. Ferreon T. J. Magliery J. N. Onuchic A. A. Deniz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 10153 10158
52. D. W. Banner G. Cesareni D. Tsernoglou J. Mol. Biol. 1983 170 1059 1060
53. D. W. Banner M. Kokkinidis D. Tsernoglou J. Mol. Biol. 1987 196 657 675
54. T. J. Magliery L. Regan Protein Eng., Des. Sel. 2004 17 77 83
55. M. Munson K. S. Anderson L. Regan Folding Des. 1997 2 77 87
56. M. Munson S. Balasubramanian K. G. Fleming A. D. Nagi R. Obrien J. M. Sturtevant L. Regan Protein Sci. 1996 5 1584 1593
57. M. Munson R. Obrien J. M. Sturtevant L. Regan Protein Sci. 1994 3 2015 2022
58. P. G. Wolynes Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 14249 14255
59. Y. Levy S. S. Cho T. Shen J. N. Onuchic P. G. Wolynes Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 2373 2378
60. A. Schug P. C. Whitford Y. Levy J. N. Onuchic Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 17674 17679
61. S. Hohng C. Joo T. Ha Biophys. J. 2004 87 1328 1337
62. J. P. Clamme A. A. Deniz ChemPhysChem 2005 6 74 77
63. M. Heilemann P. Tinnefeld G. Sanchez Mosteiro M. Garcia Parajo N. F. Van Hulst M. Sauer J. Am. Chem. Soc. 2004 126 6514 6515
64. N. K. Lee A. N. Kapanidis H. R. Koh Y. Korlann S. O. Ho Y. Kim N. Gassman S. K. Kim S. Weiss Biophys. J. 2007 92 303 312
65. J. Ross P. Buschkamp D. Fetting A. Donnermeyer C. M. Roth P. Tinnefeld J. Phys. Chem. 2007 111 321 326
66. N. K. Lee H. R. Koh K. Y. Han S. K. Kim J. Am. Chem. Soc. 2007 129 15526 15534
67. B. Person I. H. Stein C. Steinhauer J. Vogelsang P. Tinnefeld ChemPhysChem 2009 10 1455 1460
68. M. Heilemann R. Kasper P. Tinnefeld M. Sauer J. Am. Chem. Soc. 2006 128 16864 16875
69. G. Donnert C. Eggeling S. W. Hell Nat. Methods 2007 4 81 86
70. C. Eggeling J. Widengren L. Brand J. Schaffer S. Felekyan C. A. M. Seidel J. Phys. Chem. A 2006 110 2979 2995
71. X. X. Kong E. Nir K. Hamadani S. Weiss J. Am. Chem. Soc. 2007 129 4643 4654
72. I. Rasnik S. A. McKinney T. Ha Nat. Methods 2006 3 891 893
73. E. A. Lemke Y. Gambin V. Vandelinder E. M. Brustad H. W. Liu P. G. Schultz A. Groisman A. A. Deniz J. Am. Chem. Soc. 2009 131 13610 13612
74. G. Mehta K. Mehta D. Sud J. W. Song T. Bersano-Begey N. Futai Y. S. Heo M. A. Mycek J. J. Linderman S. Takayama Biomed. Microdevices 2007 9 123 134
75. T. C. Merkel V. I. Bondar K. Nagai B. D. Freeman I. Pinnau J. Polym. Sci., Part B: Polym. Phys. 2000 38 415 434
76. D. Sud G. Mehta K. Mehta J. Linderman S. Takayama M. A. Mycek J. Biomed. Opt. 2006 11 050504
77. A. P. Vollmer R. F. Probstein R. Gilbert T. Thorsen Lab Chip 2005 5 1059 1066
78. J. Vogelsang R. Kasper C. Steinhauer B. Person M. Heilemann M. Sauer P. Tinnefeld Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 5465 5469
79. J. B. Knight A. Vishwanath J. P. Brody R. H. Austin Phys. Rev. Lett. 1998 80 3863 3866
80. D. E. Hertzog X. Michalet M. Jager X. X. Kong J. G. Santiago S. Weiss O. Bakajin Anal. Chem. 2004 76 7169 7178
81. D. E. Hertzog B. Ivorra B. Mohammadi O. Bakajin J. G. Santiago Anal. Chem. 2006 78 4299 4306
82. H. Y. Park X. Y. Qiu E. Rhoades J. Korlach L. W. Kwok W. R. Zipfel W. W. Webb L. Pollack Anal. Chem. 2006 78 4465 4473
83. Y. Gambin C. Simonnet V. VanDelinder A. A. Deniz A. Groisman Lab Chip 2010 10 598 609
84. E. A. Lipman B. Schuler O. Bakajin W. A. Eaton Science 2003 301 1233 1235
85. K. M. Hamadani S. Weiss Biophys. J. 2008 95 352 365
86. S. H. Pfeil C. E. Wickersham A. Hoffmann E. A. Lipman Rev. Sci. Instrum. 2009 80 055105
87. M. Jager X. Michalet S. Weiss Protein Sci. 2005 14 2059 2068
88. A. A. Deniz T. A. Laurence G. S. Beligere M. Dahan A. B. Martin D. S. Chemla P. E. Dawson P. G. Schultz S. Weiss Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 5179 5184
89. E. M. Brustad E. A. Lemke P. G. Schultz A. A. Deniz J. Am. Chem. Soc. 2008 130 17664 17665
90. A. Stein R. A. Pache P. Bernado M. Pons P. Aloy FEBS J. 2009 276 5390 5405
91. A. K. Dunker C. J. Oldfield J. Meng P. Romero J. Y. Yang J. W. Chen V. Vacic Z. Obradovic V. N. Uversky BMC Genomics 2008 9 suppl 2 S1
92. V. N. Uversky A. K. Dunker Biochim. Biophys. Acta 2010 1804 1231 1264
93. S. Mukhopadhyay R. Krishnan E. A. Lemke S. Lindquist A. A. Deniz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 2649 2654
94. J. Yu S. Malkova Y. L. Lyubchenko J. Mol. Biol. 2008 384 992 1001
95. M. Brucale M. Sandal S. Di Maio A. Rampioni I. Tessari L. Tosatto M. Bisaglia L. Bubacco B. Samori ChemBioChem 2009 10 176 183
96. A. C. M. Ferreon C. R. Moran J. C. Ferreon A. A. Deniz Angew. Chem. Int. Ed. 2010 49 3469 3472
97. A. J. Trexler E. Rhoades Biochemistry 2009 48 2304 2306
98. G. Veldhuis I. Segers-Nolten E. Ferlemann V. Subramaniam ChemBioChem 2009 10 436 439
99. A. C. M. Ferreon C. R. Moran Y. Gambin A. A. Deniz Methods Enzymol. 2010 472 179 204