Peptide Free-Energy Profile Is Strongly Dependent on the Force Field: Comparison of C96 and AMBER95

Journal of Computational Chemistry

Volumn 21, Issue 9, 2000, Pages 748-762

  Ono, Satoshi ^a   Nakajima, Nobuyuki ^a   Higo, Junichi ^a   Nakamura, Haruki ^a,b  

^a BIOMOL ENG RESEARCH INSTITUTE   (Japan)

^b OSAKA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

Alanine peptide; AMBER95 force field; C96 force field; Force field; Multicanonical molecular dynamics

Indexed keywords

EID: 0000626498     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(20000715)21:9<748::AID-JCC4>3.0.CO;2-2     Document Type: Article

References (25)

1. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
2. Beachy, M. D.; Chasman, D.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Friesner, R. A. J Am Chem Soc 1997, 119, 5908.
3. Kollman, P.; Dixon, R.; Cornell, W.; Fox, T.; Chipot, C.; Pohorille, A. In Computer Simulation of Biomolecular Systems; van Gunsteren, W. F.; Weiner, P. K.; Wilkinson, A. J., Eds.; Kluwer/ESCOM, The Netherlands, 1997, p. 83, Vol. 3.
4. Brooks, C. L., III; Case, D. A. Chem Rev 1993, 93, 2487.
5. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Ngyuen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J Phys Chem B 1998, 102, 3586.
6. Tobias, D. J.; Sneddon, S. F.; Brooks, C. L., III J Mol Biol 1990, 216, 783.
7. Beglov, D.; Roux, B. Biopolymers 1995, 35, 171.
8. Tobias, D. J.; Brooks, C. L., III Biochemistry 1991, 30, 6059.
9. Boczko, E. M.; Brooks, C. L., III J Phys Chem 1993, 97, 4509.
10. Samuelson, S.; Tobias, D. J.; Martyna, G. J. J Phys Chem B 1997, 101, 7592.
11. Berg, B. A.; Neuhaus, T. Phys Lett B 1991, 267, 249.
12. Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y. J Comput Chem 1993, 14, 1333.
13. Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y. Physica A 1994, 212, 415.
14. Okamoto, Y.; Hansmann, U. H. E. J Phys Chem 1995, 99, 11276.
15. Kidera, A. Proc Natl Acad Sci USA 1995, 92, 9886.
16. Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y.; Eisenmenger, F. Chem Phys Lett 1996, 259, 321.
17. Nakajima, N.; Nakamura, H.; Kidera, A. J Phys Chem B 1997, 101, 817.
18. Nakajima, N.; Higo, J.; Kidera, A.; Nakamura, H. Chem Phys Lett 1997, 278, 297.
19. Shirai, H.; Nakajima, N.; Higo, J.; Kidera, A.; Nakamura, H. J Mol Biol 1998, 278, 481.
20. Nakajima, N. Chem Phys Lett 1998, 288, 319.
21. Morikami, K.; Nakai, T.; Kidera, A.; Saito, M.; Nakamura, H. Comput Chem 1992, 16, 243.
22. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J Chem Phys 1983, 79, 926.
23. Evans, D. J.; Morriss, G. P. Phys Lett A 1983, 98, 433.
24. Hoover, W. G.; Ladd, A. J. C.; Moran, B. Phys Rev Lett 1982, 48, 1818.
25. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J Comput Phys 1977, 23, 327.