A new strategy to improve the predictive ability of the local lazy regression and its application to the QSAR study of melanin-concentrating hormone receptor 1 antagonists

Journal of Computational Chemistry

Volumn 31, Issue 5, 2010, Pages 973-985

  Li, Jiazhong ^a,b   Li, Shuyan ^a   Lei, Beilei ^a   Liu, Huanxiang ^c   Yao, Xiaojun ^a   Liu, Mancang ^a   Gramatica, Paola ^b  

^a LANZHOU UNIVERSITY   (China)

^b UNIVERSITY OF INSUBRIA   (Italy)

^c LANZHOU UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Local lazy regression; Melanin concentrating hormone receptor; Multiple linear regression

Indexed keywords

BEST MODEL; COMMONLY USED; CORRELATION COEFFICIENT; CROSS VALIDATION; HORMONE RECEPTORS; LEAVE-ONE-OUT; LINEAR MODEL; LOCAL LAZY REGRESSION; LOCAL MODEL; MELANIN-CONCENTRATING HORMONE RECEPTOR; MULTIPLE LINEAR REGRESSIONS; NEAREST NEIGHBORS; NEW STRATEGY; PREDICTIVE ABILITIES; PREDICTIVE POWER; QSAR MODEL; QSAR STUDIES; QUANTITATIVE STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP STUDIES; SUFFICIENT CONDITIONS;

ENDOCRINOLOGY; LINEAR REGRESSION; LUNAR SURFACE ANALYSIS; MOLECULAR GRAPHICS;

FORECASTING;

HORMONE RECEPTOR; MELANIN CONCENTRATING HORMONE RECEPTOR; MELANIN-CONCENTRATING HORMONE RECEPTOR; PYRIMIDINONE DERIVATIVE;

ARTICLE; CHEMISTRY; DRUG ANTAGONISM; HUMAN; METABOLISM; QUANTITATIVE STRUCTURE ACTIVITY RELATION; STATISTICAL MODEL;

HUMANS; MODELS, STATISTICAL; PYRIMIDINONES; QUANTITATIVE STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP; RECEPTORS, PITUITARY HORMONE;

EID: 77953077501     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.21383     Document Type: Article

References (57)

1. http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fe311/en/.
2. http://www.iaso.org/.
3. Bray, G. A.; Tartaglia. L. A. Nature 2000, 404, 672.
4. Fernández-López, J. A.; Remesar, X.; Foz, M.; Alemany, M. Drugs 2002, 62, 915.
5. DeFronzo, R. A.; Ferrannini, E.; Keen, H.; Zimmet, P., Eds. International Textbook of Diabetes Mellitus, 3rd ed.; Wiley: Chichester, U.K., 2004; pp. 673-690.
6. Schwartz, M. W.; Woods, S. C.; Porte, D, Jr.; Seeley, R. J.; Baskin, D. G. Nature 2000, 404, 661.
7. Dhillo, W. S.; Bloom, S. R. Curr Opin Pharmacol 2001, 1, 651.
8. Largent, B. L.; Robichaud, A. J.; Miller, K. J. Ann Rep Med Chem 2002, 37, 1.
9. Saito, Y.; Nothacker, H. P.; Civelli, O. Trends Endocrinol Metab 2000, 11, 299.
10. Qu, D.; Ludwig, D. S.; Gammeltoft, S.; Piper, M.; Pelleymounter, M. A.; Cullen, M. J.; Matties, W. F.; Przypek, J.; Kanárek, R.; Maratos-FIier, E. Nature 1996, 380, 243.
11. Della-Zuana, O.; Presse, F.; Ortola, C.; Duhault, J.; Nahon, J. L.; Levens, N. Int J Obes Relat Metab Disord 2002, 26, 1289.
12. Hervieu, G. Expert Opin Ther Targets 2003, 7, 495.
13. Tan, C. P.; Sano, H.; Iwaasa, H.; Pan, J.; Sailer, A. W.; Hreniuk, D. L.; Feighner, S. D.; Palyha, O. C.; Pong, S. S.; Figueroa, D. J.; Austin, C. P.; Jiang. M. M.; Yu, H.; lto, H.; Ito, J.; Ito, M.; Guan. X. M.; MacNcil, D. J.; Kanatani, A.; Van der Ploeg, L. H.; Howard, A. D. Genomics 2002, 79, 785.
14. Ludwig, D. S.; Mountjoy, K. G.; Tatro, J. B.; Gillette, J. A.; Frederich, R. C.: Flier, J. S.; Maratos-Flier, E. Am J Physiol 1998, 274, 627.
15. Marsh, D. J.; Weingarth, D. T.; Novi, D. E.; Chen, H. Y.; Trumbauer, M. E.; Chen, A. S.; Guan, X. M.; Jiang, M. M.; Feng, Y.; Camacho, R. E.; Shen, Z.; Frazier, E. G.; Yu, H.; Metzger, J. M.; Kuca, S. J.; Shearman, L. P.; Gopal-Truter, S.; MacNeil, D. J.; Strack, A. M.; Maclntyre, D. E.; Van der Ploeg, L. H. T.; Qian, S. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 3240.
16. Takekawa, S.; Asami, A.; Ishihara, Y.; Terauchi, J.; Kato, K.; Shimomura, Y.; Mori, M.; Murakoshi, H.; Kato, K.; Suzuki, N.; Nishimura, O.; Fujino, M. Eur J Pharmacol 2002, 438, 129.
17. Dyck, B.; Markison, S.; Zhao, L.; Tamiya, J.; Grey, J.; Rowbottom, M. W.; Zhang, M. Z.; Vickers, T.; Sorensen, K.; Norton, C.: Wen. J.; Heise, C. E.; Saunders, J.; Conlon, P.; Madan, A.; Schwarz, D.; Goodfeliow, V. S. J Med Chem 2006, 49, 3753.
18. Ulven, T.; Frimurer, T. M.; Receveur, J. M.; Little, P. B.; Rist, ø.; Nørregaard, P. K.: Högberg, T. J Med Chem 2005, 48, 5684.
19. McBriar, M. D.; Guzik, H.: Xu, R.; Paruchova, J.; Li, S. J.; Palani. A.; Clader, J. W.; Greenlee, W. J.; Hawes, B. E.; Kowalski, T. J.; O'Neill, K.; Spar, B.; Weig, B. J Med Chem 2005, 48, 2274.
20. Kym, P. R.; Iyengar. R.; Souers, A. J.; Lynch, J. K.; Judd. A. S.; Gao, J.; Freeman, J.; Mulhern, M.; Zhao, G.; Vasudevan, A.; Wodka, D.; Blackburn, C.; Brown, J.; Che, J. L.; Cullis, C.; Lai, S. J.; LaMarche, M. J.; Marsilje, T.; Roses, J.; Sells, T.; Geddes, B.; Govek, E.; Patane, M.: Fry, D.; Dayton, B. D.; Brodjian, S.; Falls, D.; Brune, M.; Bush, E.; Shapiro, R.; Knourek-Segel, V.; Fey, T.; McDowell, C.; Reinhart, G. A.; Preusser, L. C.; Marsh, K.; Hernandez, L.; Sham, H. L.; Collins, C. A. J Med Chem 2005, 48, 5888.
21. Souers. A. J.; Gao, J.; Brune, M.; Bush, E.; Wodka, D.; Vasudevan. A.; Judd, A. S.; Mulhern, M.; Brodjian, S.; Dayton, B.; Shapiro, R.; Hernandez, L. E.; Marsh. K. C.; Sham, H. L.; Collins, C. A.; Kym, P. R. J Med Chem 2005, 48, 1318.
22. Lynch, J. K.; Freeman, J. C.; Judd, A. S.; Iyengar, R.; Mulhern, M.; Zhao, G.; Napier, J. J.; Wodka, D.; Brodjian, S.; Dayton, B. D.; Falls, D.; Ogieia, C.; Reilly, R. M.; Campbell, T. J.; Polakowski, J. S.; Hernandez, L.; Marsh, K. C.; Shapiro, R.; Knourek-Segel, V.; Droz, B.; Bush, E.; Brune, M.; Preusser, L. C.; Fryer, R. M.; Reinhart, G. A.; Houseman, K.; Diaz, G.; Mikhail, A.; Limberis, J. T.; Sham. H. L.; Collins, C. A.; Kym. P. R. J Med Chem 2006, 49, 6569.
23. Clark, D. E.; Higgs, C.; Wren, S. P.; Dyke, H. J.; Wong, M.; Norman, D.; Lockey, P. M.; Roach, A. G. J Med Chem 2004, 47, 3962.
24. Palani, A.; Shapiro, S.; McBriar, M. D.; Clader, J. W.; Greenlee, W. J.; Spar, B.; Kowalski, T. J.; Farley, C.; Cook, J.; van Heek, M.; Weig, B.; O'Neill, K.; Graziano, M.; Hawes, B. J Med Chem 2005, 48, 4746.
25. McBriar, M. D.; Guzik, H.; Shapiro, S.; Paruchova, J.; Xu, R.; Palani, A.; Clader, J. W.; Cox, K.; Greenlee, W. J.; Hawes, B. E.; Kowalski, T. J.; O'Neill, K.; Spar, B. D.; Weig, B.; Weston, D. J.; Farley, C.; Cook, J. J Med Chem 2006, 49, 2294.
26. Tavares, F. X.; Al-Barazanji, K. A.; Bigham, E. C.; Bishop, M. J.; Britt, C. S.; Carlton, D. L.; Feldman, P. L.; Goetz, A. S.; Grizzle, M. K.; Guo, Y. C.; Handlon, A. L.; Hertzog, D. L.; Ignar, D. M.; Lang, D. G.; Ott, R. J.; Peat. A. J.; Zhou, H. Q. J Med Chem 2006. 49, 7095.
27. Tavares, F. X.; Al-Barazanji, K. A.; Bishop, M. J.; Britt, C. S.; Carlton, D. L.; Cooper, J. P.; Feldman, P. L.; Garrido, D. M.; Goetz, A. S.; Grizzle, M. K.; Hertzog, D. L.; Ignar, D. M.; Lang, D. G.; McIntyre, M. S.; Ott. R. J.: Peat. A. J.; Zhou, H. Q. J Med Chem 2006. 49 7108.
28. Aha, D. W. Artif Intell Rev 1997, 11, 7.
29. Atkeson, C. G.; Moore, A. W.; Schaal, S. Artif Intell Rev 1997, 11, 11.
30. Birattari, M.; Bontempi, G.; Bersini, H. Int j Control 1999, 72, 643.
31. Armengol, E.; Plaza, E. Knowledge-Based Intelligent Information And Engineering System, Part 2 Proceeding, Volume 2774; Springer; Berlin, 2003; pp. 919-926.
32. Armengol, E.; Plaza, E. Artif Intell Rev 2003, 20, 121.
33. Wettschereck, D.; Aha, D. W.; Mohri, T. Artif Intell Rev 1997, 11, 273.
34. Birattari, M.; Bontempi, G.; Bersini, H. Fuzzy Set Syst 2001, 121, 59.
35. Aha, D.; Kibler, D.; Albert, M. Mach Learn 1991, 6, 37.
36. Guha, R.; Dutta, D.; Jurs, P. C.; Chen, T. J Chem Inf Model 2006, 46, 1836.
37. Gunturi, S. B.; Archana, K.; Khandelwal, A.;Narayanan R. QSAR Comb Sei 2008,27, 1305.
38. Coram, G. Ecol Model 2005, 185, 513.
39. Kipouros, K.; Kachrimanis, K.; Nikolakakis, I.; Malamataris, S. Anal Chim Acta 2005, 550, 191.
40. Gramatica, P. QSAR Comb Sci 2007, 26, 694.
41. Golbraikh, A.; Tropsha, A. J Mol Graph Model 2002, 20 269.
42. Tropsha, A.; Gramatica, P.; Combar, V. K. QSAR Comb Sci 2003, 22, 69.
43. Zhang, S.; Golbraikh, A.; Oloff, S.; Kohn, H.; Tropsha, A. J Chem Inf Model 1984, 2006, 46.
44. HyperChem 7.0, Hypercube. Inc., 2002. Gainesville, FL 32601, USA.
45. Hocquet, A.; Langgård, M. J Mol Model 1998, 4, 94.
46. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J Am Chem Soc 1985, 107, 3902.
47. Talete srl, DRAGON for Windows (Software for molecular descriptor calculation). Version 5.4-2006. Available at: http://www.talete.mi.it.
48. Todeschini, R.; Consonni, V. Handbook of Molecular Descriptors; Wiley-VCH: Weinheim, Germany, 2000.
49. Li, J. Z.; Du, J.: Xi, L. L.; Liu, H. X.; Yao, X. J.; Liu, M. C. Anal Chim Acta 2009, 631, 29.
50. Li, J. Z.; Lei, B. L.; Liu, H. X.; Li, S. Y.; Yao, X. J.; Liu, M. C.; Gramatica, P. J Comput Chem 2008, 29, 2636.
51. Zupan, J.: Novic, M.; Ruisánchez, I. Chemotn Int Lab Syst 1997. 38, 1.
52. Gasteiger, J.; Zupan, J. Angew Chem Int Ed Engl 1993, 32, 503.
53. Rogers, D.; Hopfinger, A. J. J Chem Inf Comput Sci 1994, 34, 854.
54. Leardi, R.; Boggia, R.; Terrile, M. j Chemom 1992, 6, 267.
55. Martin, Y. C.; Kofron, J. L.; Traphagen. L. M. J Med Chem 2002. 45, 4350.
56. Birattari, M.; Bontempi, G. The lazy learning toolbox, for use with matlab, version 1.1, 1999. Available at: http://iridia.ulb.ac.be/lazy/.
57. Atkinson, A. C. Plots, Transformations and Regression: An Introduction to Graphical Methods of Diagnostic Regression Analysis; Clarendon Press: Oxford, UK, 1985; p. 282.