Interdomain interactions modulate collective dynamics of the metal-binding domains in the wilson disease protein

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 5, 2010, Pages 1836-1848

  Rodriguez Granillo, Agustina ^a   Crespo, Alejandro ^b   Wittung Stafshede, Pernilla ^a,c  

^a RICE UNIVERSITY   (United States)

^b Rice University   (United States)

^c UMEÅ UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MOLECULAR DYNAMICS;

ATPASES; C-TERMINAL DOMAINS; COLLECTIVE DYNAMICS; CONFORMATIONAL DYNAMICS; CONFORMATIONAL PLASTICITY; COOPERATIVITY; CORRELATED MOTIONS; COVALENT LINKAGE; HUMAN PROTEINS; INTER-DOMAIN; INTERDOMAIN COMMUNICATION; LONG-RANGE COMMUNICATIONS; METAL BINDING DOMAIN; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; N-TERMINALS; SOLUBLE DOMAINS; WILSON DISEASE;

PROTEINS;

EID: 77149172863     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp909450x     Document Type: Article

References (52)

1. Arnesano, F.; Banci, L.; Bertini, I.; Ciofi-Baffoni, S.; Molteni, E.; Huffman, D. L.; O'Halloran, T. V. Genome Res. 2002, 12, 255.
2. Pufahl, R. A.; Singer, C. P.; Peariso, K. L.; Lin, S. J.; Schmidt, P. J.; Fahrni, C. J.; Culotta, V. C.; Penner-Hahn, J. E.; O'Halloran, T. V. Science 1997, 278, 853.
3. Klomp, L. W.; Lin, S. J.; Yuan, D. S.; Klausner, R. D.; Culotta, V. C.; Gitlin, J. D. J. Biol. Chem. 1997, 272, 9221.
4. Hung, I. H.; Casareno, R. L.; Labesse, G.; Mathews, F. S.; Gitlin, J. D. J. Biol. Chem. 1998, 273, 1749.
5. Terada, K.; Schilsky, M. L.; Miura, N.; Sugiyama, T. Int. J. Biochem. Cell Biol. 1998, 30, 1063.
6. Arguello, J. M.; Eren, E.; Gonzalez-Guerrero, M. Biometals 2007, 20, 233.
7. DiDonato, M.; Narindrasorasak, S.; Forbes, J. R.; Cox, D. W.; Sarkar, B. J. Biol. Chem. 1997, 272, 33279.
8. Lutsenko, S.; Petrukhin, K.; Cooper, M. J.; Gilliam, C. T.; Kaplan, J. H. J. Biol. Chem. 1997, 272, 18939.
9. Larin, D.; Mekios, C.; Das, K.; Ross, B.; Yang, A. S.; Gilliam, T. C. J. Biol. Chem. 1999, 274, 28497.
10. Strausak, D.; Howie, M. K.; Firth, S. D.; Schlicksupp, A.; Pipkorn, R.; Multhaup, G.; Mercer, J. F. J. Biol. Chem. 2003, 278, 20821.
11. van Dongen, E. M.; Klomp, L. W.; Merkx, M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 323, 789.
12. Walker, J. M.; Huster, D.; Ralle, M.; Morgan, C. T.; Blackburn, N. J.; Lutsenko, S. J. Biol. Chem. 2004, 279, 15376.
13. Achila, D.; Banci, L.; Bertini, I.; Bunce, J.; Ciofi-Baffoni, S.; Huffman, D. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 5729.
14. Banci, L.; Bertini, I.; Cantini, F.; Rosenzweig, A. C.; Yatsunyk, L. A. Biochemistry 2008, 47, 7423.
15. Rodriguez-Granillo, A.; Crespo, A.; Wittung-Stafshede, P. Biochemistry 2009, 48, 5849.
16. Banci, L.; Bertini, I.; Cantini, F.; Massagni, C.; Migliardi, M.; Rosato, A. J. Biol. Chem. 2009, 284, 9354.
17. Lutsenko, S.; Leshane, E. S.; Shinde, U. Arch. Biochem. Biophys. 2007, 463, 134.
18. Voskoboinik, I.; Mar, J.; Strausak, D.; Camakaris, J. J. Biol. Chem. 2001, 276, 28620.
19. Tsivkovskii, R.; MacArthur, B. C.; Lutsenko, S. J. Biol. Chem. 2001, 276, 2234.
20. DiDonato, M.; Hsu, H. F.; Narindrasorasak, S.; Que, L., Jr.; Sarkar, B. Biochemistry 2000, 39, 1890.
21. Sali, A.; Blundell, T. L. J. Mol. Biol. 1993, 234, 779.
22. Fiser, A.; Do, R. K.; Sali, A. Protein Sci. 2000, 9, 1753.
23. Marti-Renom, M. A.; Stuart, A. C.; Fiser, A.; Sanchez, R.; Melo, F.; Sali, A. Annu. ReV. Biophys. Biomol. Struct. 2000, 29, 291.
24. Eswar, N.; Webb, B.; Marti-Renom, M. A.; Madhusudhan, M. S.; Eramian, D.; Shen, M. Y.; Pieper, U.; Sali, A. Current Protocols in Protein Science; John Wiley & Sons, Inc., 2007; Chapter 2, Unit 2 9.
25. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
26. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E., III; DeBolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
27. Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M., Jr.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668.
28. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9; University of California: San Francisco, CA, 2006.
29. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
30. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712.
31. Berendsen, H. J.; Postma, J. P.; van Gunsteren, W. F.; Di Nola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
32. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
33. Karplus, M.; Ichiye, T. J. Mol. Biol. 1996, 263, 120.
34. Naim, M.; Bhat, S.; Rankin, K. N.; Dennis, S.; Chowdhury, S. F.; Siddiqi, I.; Drabik, P.; Sulea, T.; Bayly, C. I.; Jakalian, A.; Purisima, E. O. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 122.
35. Cui, Q.; Sulea, T.; Schrag, J. D.; Munger, C.; Hung, M. N.; Naim, M.; Cygler, M.; Purisima, E. O. J. Mol. Biol. 2008, 379, 787.
36. Chen, W.; Chang, C. E.; Gilson, M. K. Biophys. J. 2004, 87, 3035.
37. Caca, K.; Ferenci, P.; Kuhn, H. J.; Polli, C.; Willgerodt, H.; Kunath, B.; Hermann, W.; Mossner, J.; Berr, F. J. Hepatol. 2001, 35, 575.
38. Todorov, T.; Savov, A.; Jelev, H.; Panteleeva, E.; Konstantinova, D.; Krustev, Z.; Mihaylova, V.; Tournev, I.; Tankova, L.; Tzolova, N.; Kremensky, I. Clin. Genet. 2005, 68, 474.
39. Gromadzka, G.; Schmidt, H. H.; Genschel, J.; Bochow, B.; Rodo, M.; Tarnacka, B.; Litwin, T.; Chabik, G.; Czlonkowska, A. Clin. Gen. 2005, 68, 524.
40. Ichiye, T.; Karplus, M. Proteins 1991, 11, 205.
41. Falconi, M.; Altobelli, G.; Iovino, M. C.; Politi, V.; Desideria, A. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2003, 17, 837.
42. Cansu, S.; Doruker, P. Biochemistry 2008, 47, 1358.
43. Banci, L.; Bertini, I.; Cantini, F.; Della-Malva, N.; Migliardi, M.; Rosato, A. J. Biol. Chem. 2007, 282, 23140.
44. Banci, L.; Bertini, I.; Cantini, F.; Massagni, C.; Migliardi, M.; Rosato, A. J. Biol. Chem. 2009, 284, 9354.
45. Hussain, F.; Olson, J. S.; Wittung-Stafshede, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 11158.
46. Rodriguez-Granillo, A.; Wittung-Stafshede, P. Biochemistry 2009, 48, 960.
47. Rodriguez-Granillo, A.; Wittung-Stafshede, P. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1919.
48. Tsay, M. J.; Fatemi, N.; Narindrasorasak, S.; Forbes, J. R.; Sarkar, B.Biochim. Biophys. Acta 2004, 1688, 78.
49. Bartee, M. Y.; Ralle, M.; Lutsenko, S. Biochemistry 2009, 48, 5573.
50. Guo, Y.; Nyasae, L.; Braiterman, L. T.; Hubbard, A. L. Am. J. Physiol. Gastrointest. LiVer Physiol. 2005, 289, G904.
51. Schaefer, M.; Hopkins, R. G.; Failla, M. L.; Gitlin, J. D. Am. J. Physiol. 1999, 276, G639.
52. Sharma, S.; Rosato, A. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 76.