Tuning of copper-loop flexibility in bacillus subtilis CopZ copper chaperone: Role of conserved residues

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 7, 2009, Pages 1919-1932

  Rodriguez Granillo, Agustina ^a   Wittung Stafshede, Pernilla ^a,b  

^a RICE UNIVERSITY   (United States)

^b UMEÅ UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIOLOGY; COPPER; ELECTROSTATICS; MOLECULAR DYNAMICS; TUNING;

BACILLUS SUBTILIS; CONSERVED RESIDUES; DYNAMIC ROLES; HUMAN HOMOLOGUES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS;

DYNAMICS;

ATOX1 PROTEIN, HUMAN; BACTERIAL PROTEIN; CATION TRANSPORT PROTEIN; CHAPERONE; COPA PROTEIN, BACTERIA; COPPER;

ARTICLE; BACILLUS SUBTILIS; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; HUMAN; METABOLISM; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE;

BACILLUS SUBTILIS; BACTERIAL PROTEINS; CATION TRANSPORT PROTEINS; COMPUTER SIMULATION; COPPER; HUMANS; MODELS, CHEMICAL; MOLECULAR CHAPERONES; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY;

EID: 65349172080     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp807594q     Document Type: Article

References (42)

1. O'Halloran, T. V.; Culotta, V. C. J. Biol. Chem. 2000, 275, 25057.
2. Huffman, D. L.; O'Halloran, T. V. Annu. Rev. Biochem. 2001, 70, 677.
3. Puig, S.; Rees, E. M.; Thiele, D. J. Structure 2002, 10, 1292.
4. Puig, S.; Thiele, D. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 171.
5. Harris, E. D. Crit. Rev. Clin. Lab. Sci. 2003, 40, 547.
6. Rae, T. D.; Schmidt, P. J.; Pufahl, R. A.; Culotta, V. C.; O'Halloran, T. V. Science 1999, 284, 805.
7. Rosenzweig, A. C.; O'Halloran, T. V. Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 140.
8. Harrison, M. D.; Jones, C. E.; Solioz, M.; Dameron, C. T. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 29.
9. Hamza, I.; Schaefer, M.; Klomp, L. W.; Gitlin, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 13363.
10. Hung, I. H.; Casareno, R. L.; Labesse, G.; Mathews, F. S.; Gitlin, J. D. J. Biol. Chem. 1998, 273, 1749.
11. Klomp, L. W.; Lin, S. J.; Yuan, D. S.; Klausner, R. D.; Culotta, V. C.; Gitlin, J. D. J. Biol. Chem. 1997, 272, 9221.
12. Hung, I. H.; Suzuki, M.; Yamaguchi, Y.; Yuan, D. S.; Klausner, R. D.; Gitlin, J. D. J. Biol. Chem. 1997, 272, 21461.
13. Kihlken, M. A.; Leech, A. P.; Le Brun, N. E. Biochem. J. 2002, 368, 729.
14. Radford, D. S.; Kihlken, M. A.; Borrelly, G. P.; Harwood, C. R.; Le Brun, N. E.; Cavet, J. S. FEMS Microbiol. Lett. 2003, 220, 105.
15. Banci, L.; Bertini, I.; Ciofi-Baffoni, S.; Del Conte, R.; Gonnelli, L. Biochemistry 2003, 42, 1939.
16. Banci, L.; Bertini, I.; Del Conte, R.; Markey, J.; Ruiz-Duenas, F. J. Biochemistry 2001, 40, 15660.
17. Banci, L.; Bertini, I.; Del Conte, R. Biochemistry 2003, 42, 13422.
18. Rosenzweig, A. C.; Huffman, D. L.; Hou, M. Y.; Wernimont, A. K.; Pufahl, R. A.; O'Halloran, T. V. Structure 1999, 7, 605.
19. Banci, L.; Bertini, I.; Ciofi-Baffoni, S.; Huffman, D. L.; O'Halloran, T. V. J. Biol. Chem. 2001, 276, 8415.
20. Arnesano, F.; Banci, L.; Bertini, I.; Huffman, D. L.; O'Halloran, T. V. Biochemistry 2001, 40, 1528.
21. Arnesano, F.; Banci, L.; Bertini, I.; Ciofi-Baffoni, S.; Molteni, E.; Huffman, D. L.; O'Halloran, T. V. Genome Res. 2002, 12, 255.
22. Ralle, M.; Lutsenko, S.; Blackburn, N. J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 23163.
23. DeSilva, T. M.; Veglia, G.; Opella, S. J. Proteins 2005, 61, 1038.
24. Pufahl, R. A.; Singer, C. P.; Peariso, K. L.; Lin, S. J.; Schmidt, P. J.; Fahrni, C. J.; Culotta, V. C.; Penner-Hahn, J. E.; O'Halloran, T. V. Science 1997, 278, 853.
25. Rodriguez-Granillo, A.; Wittung-Stafshede, P. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 4583.
26. Zhou, L.; Singleton, C.; Le Brun, N. E. Biochem. J. 2008, 413, 459.
27. Poger, D.; Fuchs, J. F.; Nedev, H.; Ferrand, M.; Crouzy, S. FEBS Lett. 2005, 579, 5287.
28. Wernimont, A. K.; Huffman, D. L.; Lamb, A. L.; O'Halloran, T. V.; Rosenzweig, A. C. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 766.
29. Hussain, F.; Wittung-Stafshede, P. Biochim. Biophys. Acta 2007, 1774, 1316.
30. Leach, A. R. Molecular Modeling; Addison Wesley Longman: New York, 1997.
31. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
32. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham III, T. E.; DeBolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
33. Case, D. A.; Cheatham, T. E., 3rd; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M., Jr.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668.
34. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., 3rd; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9; University of California: San Francisco, 2006.
35. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
36. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712.
37. Berendsen, H. J.; Postma, J. P.; van Gunsteren, W. F.; Di Nola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
38. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
39. Anastassopoulou, I.; Banci, L.; Bertini, I.; Cantini, F.; Katsari, E.; Rosato, A. Biochemistry 2004, 43, 13046.
40. Hussain, F.; Olson, J. S.; Wittung-Stafshede, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 11158.
41. Banci, L.; Bertini, I.; Cantini, F.; Felli, I. C.; Gonnelli, L.; Hadjiliadis, N.; Pierattelli, R.; Rosato, A.; Voulgaris, P. Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 367.
42. Rodriguez-Granillo, A.; Wittung-Stafshede, P. Biochemistry 2009, in press.