On the denaturation mechanisms of the ligand binding domain of thyroid hormone receptors

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 3, 2010, Pages 1529-1540

  Martínez, Leandro ^a   Souza, Paulo C T ^b   Garcia, Wanius ^b   Batista, Fernanda A H ^b   Portugal, Rodrigo V ^b   Nascimento, Alessandro S ^b   Nakahira, Marcel ^c   Lima, Luis M T R ^c   Polikarpov, Igor ^a   Skaf, Munir S ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMPINAS   (Brazil)

^b UNIVERSITY OF SÃO PAULO   (Brazil)

^c FEDERAL UNIVERSITY OF RIO DE JANEIRO   (Brazil)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CIRCULAR DICHROISM SPECTROSCOPY; DENATURATION; DICHROISM; ENDOCRINOLOGY; HORMONES; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; PYROLYSIS;

FOLDING MECHANISM; HELICAL STRUCTURES; HIGH AFFINITY; HIGH TEMPERATURE; HYDROPHOBIC COLLAPSE; ISOFORMS; LIGAND BINDING; LIGAND BINDING DOMAIN; MOLECULAR DESCRIPTIONS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; MOLTEN GLOBULE STATE; NATURAL LIGANDS; NUCLEAR HORMONE RECEPTOR; PROTEIN DENATURATION; SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS; SELECTIVE LIGANDS; THERMAL DENATURATIONS; THERMAL UNFOLDING; THYROID HORMONE RECEPTOR;

LIGANDS;

EID: 76249104052     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp911554p     Document Type: Article

References (56)

1. Evans, R. M. Science 1998, 240, 889.
2. Bain, D. L.; Heneghan, A. F.; Connaghan-Jones, K. D.; Miura, M. T. Annu. Rev. Physiol. 2007, 69, 201.
3. Tsai, M. J.; O'Malley, B. W. Annu. Rev. Biochem. 1994, 63, 451.
4. Gronemeyer, H.; Gustafsson, J. A.; Laudet, V. Nat Rev. Drug Discovery 2004, 2, 950.
5. Webb, P. Expert Opin. Investig. Drugs 2005, 13, 489.
6. Ribeiro, R. C. J.; Kushner, P. J.; Baxter, J. D. Annu. Rev. Med. 1995, 46, 443.
7. Wagner, R. L.; Apriletti, J. W.; McGrath, M. E.; West, B. L.; Baxter, J. D.; Fletterick, R. J. Nature 1995, 378, 690.
8. Yen, P. Physiol. Rev. 2001, 81, 1097.
9. Wagner, R. L.; Huber, B. R.; Shiau, A. K.; Kelly, A.; Lima, S. T. C.; Scanlan, T. S.; Apriletti, J. W.; Baxter, J. D.; West, B. L.; Fletterick, R. J. Mol. Endocrinol. 2001, 15, 398.
10. Ye, L.; Li, Y. L.; Mellstrom, K.; Mellin, C.; Bladh, L. G.; Koehler, K.; Garg, N.; Garcia Collazo, A. M.; Litten, C.; Husman, B.; Persson, K.; Ljunggren, J.; Grover, G.; Sleph, P. G.; George, R.; Malm, J. J. Med. Chem. 2003, 46, 1580.
11. Dow, R. L.; Schneller, S. R.; Paight, E. S.; Hank, R. F.; Chiang, P.; Cornelius, P.; Lee, E.; Newsome, W. P.; Swick, A. G.; Spitzer, J.; Hargrove, D. M.; Patterson, T. A.; Pandit, J.; Chrunyk, B. A.; LeMotte, P. K.; Danley, D. E.; Rosner, M. H.; Ammirati, M. J.; Simons, S. P.; Schulte, G. K.; Tate, B. F.; DaSilva-Jardine, P. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13, 379.
12. Borngraeber, S.; Budny, M.-J.; Chiellini, G.; Cunha-Lima, S. T.; Togashi, M.; Webb, P.; Baxter, J. D.; Scanlan, T. S.; Fletterick, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15358.
13. Sandler, B.; Webb, P.; Apriletti, J. W.; Huber, B. R.; Togashi, M.; Cunha-Lima, S. T.; Juric, S.; Nilsson, S.; Wagner, R. L.; Fletterick, R. J.; Baxter, J. D. J. Biol. Chem. 2004, 279, 55801.
14. Nascimento, A. S.; Dias, S. M.; Nunes, F. M.; Ambrosio, A. L. B.; Aparicio, R.; Bleicher, L.; Figueira, A. C. M.; Neto, M. D.; Santos, M. A. M.; Fischer, H.; Togashi, M.; Craievich, A. F.; Garratt, R. C.; Baxter, J. D.; Webb, P.; Polikarpov, I. J. Mol. Biol. 2006, 360, 586.
15. Renaud, J. P.; Rochel, N.; Ruff, M.; Vivat, V.; Chambon, P.; Gronemeyer, H.; Moras, D. Nature 1995, 378, 681.
16. Nolte, R. T.; Wisely, G. B.; Westin, S.; Cobb, J. E.; Lambert, M. H.; Kurokawa, R.; Rosenfeld, M. G.; Wilson, T. M.; Glass, C. K.; Milburn, M. V. Nature 1998, 395, 137.
17. Bledsoe, R. K.; Montana, V. G.; Stanley, T. B.; Delves, C. J.; Apolito, C. J.; McKee, D. D.; Consler, T. G.; Parks, D. J.; Stewart, E. L.; Wilson, T. M.; Lambert, M. H.; Moore, J. T.; Pearce, K. H.; Xu, H. E. Cell 2002, 110, 93.
18. Blondel, A.; Renaud, J. P.; Fischer, S.; Moras, D.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1999, 297, 101.
19. Kosztin, D.; Israilev, K. S.; Schulten, K. Biophys. J. 1999, 76, 188.
20. Martínez, L.; Sonoda, M. T.; Webb, P.; Skaf, M. S.; Polikarpov, I. Biophys. J. 2005, 89, 2011.
21. Martínez, L.; Webb, P.; Polikarpov, I.; Skaf, M. S. J. Med. Chem. 2006, 49, 23.
22. Sonoda, M. T.; Martínez, L.; Webb, P.; Skaf, M. S.; Polikarpov, I. Mol. Endocrinol. 2008, 22, 1565.
23. Carlsson, P.; Burendahl, S.; Nilsson, L. Biophys. J. 2006, 9, 3151.
24. Martinez, L.; Polikarpov, I.; Skaf, M. S. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 10741.
25. Bleicher, L.; Aparicio, R.; Nunes, F. M.; Martínez, L.; Dias, S. M. G.; Figueira, A. C. M.; Santos, M. A. M.; Venturelli, W. H.; Silva, R.; Donate, P. M.; Neves, F. A. R.; Simeoni, L. A.; Baxter, J. D.; Webb, P.; Skaf, M. S.; Polikarpov, I. BMC Struct Biol. 2008, 8, 8.
26. Martínez, L.; Nascimento, A. S.; Nunes, F. M.; Phillips, K.; Aparicio, R.; Dias, S. M. G.; Figueira, A. C. M.; Lin, J. H.; Nguyen, P.; Apriletti, J. W.; Neves, F. A. R.; Baxter, J. D.; Webb, P.; Skaf, M. S.; Polikarpov, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 20717.
27. Mayor, U.; Guydosh, N. R.; Johnson, C. M.; Grossmann, J. G.; Sato, S.; Jas, G. S.; Freund, S. M. V.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Nature 2003, 421, 863.
28. (a) Daggett, V. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 422.
29. (b) Daggett, V. Chem. Rev. 2006, 106, 1898.
30. Li, A. J.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 1996, 257, 412.
31. Zhou, Y.; Karplus, M. Nature 1999, 401, 400.
32. Agashe, V. R.; Shastry, M. C. R.; Udgaonkar, J. B. Nature 1995, 377, 754.
33. Caflisch, A.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1995, 252, 672.
34. Daggett, V.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1993, 232, 600.
35. Snow, C. D.; Sorin, E. J.; Rhee, Y. M.; Pande, V. S. Annu. Rev. Biomol. Struct 2005, 34, 43.
36. Cavalli, A.; Ferrara, P.; Caflisch, A. Proteins 2002, 47, 305.
37. Paliwal, A.; Asthagiri, D.; Bossev, D. P.; Paulaitis, M. E. Biophys. J. 2004, 87, 3479.
38. Johansson, L.; Rudling, M.; Scanlan, T. S.; Lundasen, T.; Webb, P.; Baxter, J. D.; Angelin, B.; Parini, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 10297.
39. Nunes, F. M.; Aparicio, M. A.; Santos, M. A. M.; Portugal, R. V.; Dias, S. M. G.; Neves, F. A. R.; Simeoni, L. A.; Baxter, J. D.; Webb, P.; Polikarpov, I. Acta Crystallogr., Sect D 2004, 10, 1867.
40. Greenfield, N.; Vijayanathan, V.; Thomas, T. J.; Gallo, M. A.; Thomas, T. Biochem. 2001, 40, 6646.
41. Martínez, J. M.; Martínez, L. J. Comput Chem. 2003, 24, 819.
42. Martínez, L.; Andrade, R.; Birgin, E. G.; Martínez, J. M. J. Comput. Chem. 2009, 77, 2157.
43. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Takhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput Chem. 2005, 26, 1781.
44. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
45. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
46. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
47. Heinig, M.; Frishman, D. Nucl. Acid Res. 1998, 32 (Suppl. 2), W500-W502.
48. Kearsley, S. K. Acta Cryst A 1989, 45, 208.
49. Holt, J. A.; Consler, T. G.; Williams, S. P.; Ayscue, A. H.; Leesnitzer, L. M.; Wisely, G. B.; Billin, A. N. Mol. Endocrinol. 2003, 17, 1704.
50. Englander, S. W. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2000, 29, 213.
51. McLaughlin, S. H.; Jackson, S. E. Protein Sci. 2002, 11, 1926.
52. Nair, S. K.; Thomas, T. J.; Greenfield, N. J.; Chen, A.; He, H.; Thomas, T. J. Mol. Endocrinol. 2005, 35, 211.
53. Gee, A C.; Katzenellenbogen, J. A. Mol. Endocrinol. 2001, 15, 421.
54. Sali, A.; Shakhnovich, E.; Karplus, M. Nature 1994, 369, 248.
55. Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 70.
56. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.