Computational analysis of the cathepsin B inhibitors activities through LR-MMPBSA binding affinity calculation based on docked complex

Journal of Computational Chemistry

Volumn 30, Issue 14, 2009, Pages 2165-2175

  Zhigang, Zhou ^a   Yanli, Wang ^a   Bryant, Stephen H ^a  

^a NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH   (United States)

Author keywords

Cathepsin B protein; Drug design; Free energy of binding; Modeling; Pubchem; Regression; Virtual screening

Indexed keywords

CATHEPSIN B PROTEIN; DRUG DESIGN; FREE ENERGY OF BINDING; MODELING; PUBCHEM; REGRESSION; VIRTUAL SCREENING;

BIOASSAY; CATALYST ACTIVITY; CHEMICAL COMPOUNDS; ELECTRIC REACTORS; EXPERIMENTAL REACTORS; FORECASTING; FREE ENERGY;

BINDING ENERGY;

CATHEPSIN B; CYSTEINE PROTEINASE INHIBITOR;

ARTICLE; BINDING SITE; BIOASSAY; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; DRUG ANTAGONISM; FACTUAL DATABASE; METABOLISM; STRUCTURE ACTIVITY RELATION;

BINDING SITES; BIOLOGICAL ASSAY; CATHEPSIN B; COMPUTER SIMULATION; CYSTEINE PROTEINASE INHIBITORS; DATABASES, FACTUAL; MODELS, CHEMICAL; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP;

EID: 70349459449     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.21214     Document Type: Article

References (41)

1. Barrett, A. J.; Kirschke H. Methods Enzymol 1981, 80, 535.
2. Chapman, H. A., Jr.; Munger, J. S.; Shi, G. P. Am. J Respir Crit Care Med 1994, 150, S155.
3. Rooprai, H. K.; McCormick, D. Anticancer Res 1997, 17, 4151.
4. Roberts, L. R..; Adjei, P. N.; Gores, G. J. Cell Biochem Biophys 1999, 30, 71.
5. Giusti, I.; D'Ascenzo, S.; Millimaggi, D.; Taraboletti, G.; Carta, G.; Franceschini, N.; Pavan, A.; Dolo, V. Neoplasia 2008, 10, 481.
6. Gounaris, E.; Tung, C. H.; Restaino, C.; Maehr, R.; Köhler, R.; Joyce, J. A.; Plough, H. L.; Barrett, T. A.; Weissleder, R.; Khazaie, K. PLOS ONE 2008, 3, e2916.
7. Ha, S. D.; Martins, A.; Khazaie, K.; Han, J.; Chan, B. M.; Kim, S. O. J Immunol 2008, 181, 690.
8. Haque, A.; Banik, N. L.; Ray, S. K. CNS Neurol Disord Drug Targets 2008, 7, 270.
9. Sandes, E.; Lodillinsky, C.; Cwirenbaum, R.; Arguelles, C.; Casabe, A; Eijan, A. M. Int J Mol Med 2007, 20, 823.
10. Lutgens, S. P.; Cleutjens, K. B.; Daemen, M. J.; Heeneman, S. Faseb J 2007, 21, 3029.
11. Hook, V.; Kindy, M.; Hook, G. Biol Chem 2007, 388, 247.
12. Downs, L. S., Jr.; Lima, P. H.; Bliss, R. L.; Blomquist, C. H. J Soc Gynecol Investig 2005, 12, 539.
13. Vasiljeva, O.; Korovin, M.; Gajda, M.; Brodoefel, H.; Bojic, L.; Kruger, A.; Schurigt, U.; Sevenich, L.; Turk, B.; Peters, C.; Reinheckel, T. Oncogene 2008, 27, 4191.
14. Vasiljeva, O.; Papazoglou, A.; Kruger, A.; Brodoefel, H.; Korovin, M.; Deussing, J.; Augustin, N.; Nielsen, B. S.; Almholt, K.; Bogyo, M.; Peters, C.; Reinheckel, T. Cancer Res 2006, 66, 5242.
15. Jane, D. T.; Morvay, L.; Dasilva, L.; Cavallo-Medved, D.; Sloane, B. F.; Dufresne, M. J. Biol Chem 2006, 387, 223.
16. Akache, B.; Grimm, D.; Shen, X.; Fuess, S.; Yant, S. R.; Glazer, D. S.; Park, J.; Kay, M. A. Mol Ther 2007, 15, 330.
17. Hook, V. Y.; Kindy, M.; Hook, G. J Biol Chem 2008, 283, 7745.
18. Hosokawa, M.; Kashiwaya, K.; Eguchi, H.; Ohigashi, H.; Ishikawa, O.; Furihata, M.; Shinomura, Y.; Imai, K.; Nakamura, Y.; Nakagawa, H. Cancer Sci 2008, 99, 1626.
19. Parker, B. S.; Ciocca, D. R.; Bidwell, B. N.; Gago, F. E.; Fanelli, M. A.; George, J.; Slavin, J. L.; Moller, A.; Steel, R.; Pouliot, N.; Eckhardt, B. L.; Henderson, M. A.; Anderson, R. L. J Pathol 2008, 214, 337.
20. Greenspan, P. D.; Clark, K. L.; Tommasi, R. A.; Cowen, S. D.; McQuire, L. W.; Farley, D. L.; van Duzer, J. H.; Goldberg, R. L.; Zhou, H.; Du, Z.; Fitt, J. J.; Coppa, D. E.; Fang, Z.; Macchia, W.; Zhu, L.; Capparelli, M, P.; Goldstein, R.; Wigg, A. M.; Doughty, J. R.; Bohaček, R. S.; Knap, A. K. J Med Chem 2001, 44, 4524.
21. Otto, H. H.; Schirmeister, T. Chem Rev 1997, 97, 133.
22. Yamamoto, A.; Tomoo, K.; Hara, T.; Murata, M.; Kitamura, K.; Ishida, T. J Biochem 2000, 127, 635.
23. Mladenovic, M.; Ansorg, K.; Fink, R. F.; Thiel, W.; Schirmeister, T.; Engels, B. J Phys Chem B 2008, 112, 11798.
24. Redzynia, I.; Ljunggren, A.; Abrahamson, M.; Mort, J. S.; Krupa, J. C.; Jaskolski, M.; Bujacz, G. J Biol Chem 2008, 283, 22815.
25. Watanabe, D.; Yamamoto, A.; Tomoo, K.; Matsumoto, K.; Murata, M.; Kitamura, K.; Ishida, T. J Mol Biol 2006, 362, 979.
26. Beavers, M. P.; Myers, M. C.; Shah, P. P.; Purvis, J. E.; Diamond, S. L.; Cooperman, B. S.; Huryn, D. M.; Smith, A. B., III. J Chem Inf Model. 2008, 48, 1464.
27. Warshel, A. Biochemistry 1981, 20, 3167.
28. Warshel, A.; Levitt, M. J Mol Biol 1976, 103, 227.
29. Wang, J.; Morin, P.; Wang, W.; Kollman, P. A. J Am. Chem Soc 2001, 123, 5221.
30. Kuhn, B.; Donini, O.; Huo, S.; Wang, J.; Kollman PA. Free Energy Calculations Ration Drug Des 2001, 243.
31. Zhou, Z.; Madura, J. D. Proteins: Struct Funct Bioinf 2004, 57, 493.
32. Zhou, Z.; Bates, M.; Madura, J. D. Proteins 2006, 65, 580.
33. Kim, R.; Skolnick, J. J Comput Chem 2008, 29, 1316.
34. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J Am Chem Soc 1988, 110, 1657.
35. Damm, W.; Frontera, A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J Comput Chem 1997, 18, 1955.
36. Rizzo, R. C.; Jorgensen, W. L. J Am Chem Soc 1999, 121, 4827.
37. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J Am Chem Soc 1996, 118, 11225.
38. Friesner, R. A.; Banks, J. L.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Klicic, J. J.; Mainz, D. T.; Repasky, M. P.; Knoll, E. H.; Shelley, M.; Perry, J. K.; Shaw, D. E.; Francis, P.; Shenkin, P. S. J Med Chem 2004, 47, 1739.
39. Halgren, T. A.; Murphy, R. B.; Friesner, R. A,; Beard, H. S.; Frye, L. L.; Pollard, W. T.; Banks, J. L. J Med Chem 2004, 47, 1750.
40. Grant, J. A.; Pickup, B. T.; Nicholls, A. J Comput Chem 2001, 22, 608.
41. Rocchia, W.; Sridharan, S.; Nicholls, A.; Alexov, E.; Chiabrera, A.; Honig, B. J Comput Chem 2002, 23, 128.