Assessment of programs for ligand binding affinity prediction

Journal of Computational Chemistry

Volumn 29, Issue 8, 2008, Pages 1316-1331

  Kim, Ryangguk ^a   Skolnick, Jeffrey ^a  

^a GEORGIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

AutoDock; Binding free energy; BLEEP; Cross docking; FlexX; Randomized ligand decoy; Rigid receptor docking; Unfolded receptor decoy; X score

Indexed keywords

BINDING ENERGY; COMPLEXATION; CORRELATION METHODS; DRUG DELIVERY; FREE ENERGY; MOLECULAR WEIGHT;

AUTODOCK; BINDING FREE ENERGY; CROSS DOCKING; RANDOMIZED LIGAND DECOY; UNFOLDED RECEPTOR DECOY;

LIGANDS;

EID: 42649138533     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20893     Document Type: Article

References (53)

1. 1 Ewing, T. J. ; Makino, S. ; Skillman, A. G. ; Kuntz, I. D. J Comput Aided Mol Des 2001, 15, 411.
2. 2 Jones, G. ; Willett, P. ; Glen, R. C. ; Leach, A. R. ; Taylor, R. J Mol Biol 1997, 267, 727.
3. 3 Rarey, M. ; Kramer, B. ; Lengauer, T. ; Klebe, G. J Mol Biol 1996, 261, 470.
4. 4 Eldridge, M. D. ; Murray, C. W. ; Auton, T. R. ; Paolini, G. V. ; Mee, R. P. J Comput Aided Mol Des 1997, 11, 425.
5. 5 Bohm, H. J. J Comput Aided Mol Des 1994, 8, 243.
6. 6 Wang, R. ; Lai, L. ; Wang, S. J Comput Aided Mol Des 2002, 16, 11.
7. 7 Muegge, I. ; Martin, Y. C. J Med Chem 1999, 42, 791.
8. 8 Gohlke, H. ; Hendlich, M. ; Klebe, G. J Mol Biol 2000, 295, 337.
9. 9 Acton, F. S. Analysis of Straight‐Line Data ; Dover: New York, 1966.
10. 10 Ferrara, P. ; Gohlke, H. ; Price, D. J. ; Klebe, G. ; Brooks, C. L., III. J Med Chem 2004, 47, 3032.
11. 11 Wang, R. ; Lu, Y. ; Fang, X. ; Wang, S. J Chem Inf Comput Sci 2004, 44, 2114.
12. 12 Wang, R. ; Lu, Y. ; Wang, S. J Med Chem 2003, 46, 2287.
13. 13 Murray, C. W. ; Baxter, C. A. ; Frenkel, A. D. J Comput Aided Mol Des 1999, 13, 547.
14. 14 Perez, C. ; Ortiz, A. R. J Med Chem 2001, 44, 3768.
15. 15 Cavasotto, C. N. ; Abagyan, R. A. J Mol Biol 2004, 337, 209.
16. 16 Frimurer, T. M. ; Peters, G. H. ; Iversen, L. F. ; Andersen, H. S. ; Moller, N. P. ; Olsen, O. H. Biophys J 2003, 84, 2273.
17. 17 Cavasotto, C. N. ; Kovacs, J. A. ; Abagyan, R. A. J Am Chem Soc 2005, 127, 9632.
18. 18 Claussen, H. ; Buning, C. ; Rarey, M. ; Lengauer, T. J Mol Biol 2001, 308, 377.
19. 19 Jenwitheesuk, E. ; Samudrala, R. BMC Struct Biol 2003, 3 2.
20. 20 Ragno, R. ; Frasca, S. ; Manetti, F. ; Brizzi, A. ; Massa, S. J Med Chem 2005, 48, 200.
21. 21 Yang, J. M. ; Chen, C. C. Proteins 2004, 55, 288.
22. 22 Wei, B. Q. ; Weaver, L. H. ; Ferrari, A. M. ; Matthews, B. W. ; Shoichet, B. K. J Mol Biol 2004, 337, 1161.
23. 23 Adams, M. D. ; Celniker, S. E. ; Holt, R. A. ; Evans, C. A. ; Gocayne, J. D. ; Amanatides, P. G. ; Scherer, S. E. ; Li, P. W. ; Hoskins, R. A. ; Galle, R. F. ; George, R. A. ; Lewis, S. E. ; Richards, S. ; Ashburner, M. ; Henderson, S. N. ; Sutton, G. G. ; Wortman, J. R. ; Yandell, M. D. ; Zhang, Q. ; Chen, L. X. ; Brandon, R. C. ; Rogers, Y. H. ; Blazej, R. G. ; Champe, M. ; Pfeiffer, B. D. ; Wan, K. H. ; Doyle, C. ; Baxter, E. G. ; Helt, G. ; Nelson, C. R. ; Gabor, G. L. ; Abril, J. F. ; Agbayani, A. ; An, H. J. ; Andrews‐Pfannkoch, C. ; Baldwin, D. ; Ballew, R. M. ; Basu, A. ; Baxendale, J. ; Bayraktaroglu, L. ; Beasley, E. M. ; Beeson, K. Y. ; Benos, P. V. ; Berman, B. P. ; Bhandari, D. ; Bolshakov, S. ; Borkova, D. ; Botchan, M. R. ; Bouck, J. ; Brokstein, P. ; Brottier, P. ; Burtis, K. C. ; Busam, D. A. ; Butler, H. ; Cadieu, E. ; Center, A. ; Chandra, I. ; Cherry, J. M. ; Cawley, S. ; Dahlke, C. ; Davenport, L. B. ; Davies, P. ; de Pablos, B. ; Delcher, A. ; Deng, Z. ; Mays, A. D. ; Dew, I. ; Dietz, S. M. ; Dodson, K. ; Doup, L. E. ; Downes, M. ; Dugan‐Rocha, S. ; Dunkov, B. C. ; Dunn, P. ; Durbin, K. J. ; Evangelista, C. C. ; Ferraz, C. ; Ferriera, S. ; Fleischmann, W. ; Fosler, C. ; Gabrielian, A. E. ; Garg, N. S. ; Gelbart, W. M. ; Glasser, K. ; Glodek, A. ; Gong, F. ; Gorrell, J. H. ; Gu, Z. ; Guan, P. ; Harris, M. ; Harris, N. L. ; Harvey, D. ; Heiman, T. J. ; Hernandez, J. R. ; Houck, J. ; Hostin, D. ; Houston, K. A. ; Howland, T. J. ; Wei, M. H. ; Ibegwam, C. ; Jalali, M. ; Kalush, F. ; Karpen, G. H. ; Ke, Z. ; Kennison, J. A. ; Ketchum, K. A. ; Kimmel, B. E. ; Kodira, C. D. ; Kraft, C. ; Kravitz, S. ; Kulp, D. ; Lai, Z. ; Lasko, P. ; Lei, Y. ; Levitsky, A. A. ; Li, J. ; Li, Z. ; Liang, Y. ; Lin, X. ; Liu, X. ; Mattei, B. ; McIntosh, T. C. ; McLeod, M. P. ; McPherson, D. ; Merkulov, G. ; Milshina, N. V. ; Mobarry, C. ; Morris, J. ; Moshrefi, A. ; Mount, S. M. ; Moy, M. ; Murphy, B. ; Murphy, L. ; Muzny, D. M. ; Nelson, D. L. ; Nelson, D. R. ; Nelson, K. A. ; Nixon, K. ; Nusskern, D. R. ; Pacleb, J. M. ; Palazzolo, M. ; Pittman, G. S. ; Pan, S. ; Pollard, J. ; Puri, V. ; Reese, M. G. ; Reinert, K. ; Remington, K. ; Saunders, R. D. ; Scheeler, F. ; Shen, H. ; Shue, B. C. ; Siden‐Kiamos, I. ; Simpson, M. ; Skupski, M. P. ; Smith, T. ; Spier, E. ; Spradling, A. C. ; Stapleton, M. ; Strong, R. ; Sun, E. ; Svirskas, R. ; Tector, C. ; Turner, R. ; Venter, E. ; Wang, A. H. ; Wang, X. ; Wang, Z. Y. ; Wassarman, D. A. ; Weinstock, G. M. ; Weissenbach, J. ; Williams, S. M. ; Woodage T. ; Worley, K. C. ; Wu, D. ; Yang, S. ; Yao, Q. A. ; Ye, J. ; Yeh, R. F. ; Zaveri, J. S. ; Zhan, M. ; Zhang, G. ; Zhao, Q. ; Zheng, L. ; Zheng, X. H. ; Zhong, F. N. ; Zhong, W. ; Zhou, X. ; Zhu, S. ; Zhu, X. ; Smith, H. O. ; Gibbs, R. A. ; Myers, E. W. ; Rubin, G. M. ; Venter, J. C. Science 2000, 287, 2185.
24. 24 Lander, E. S. ; Linton, L. M. ; Birren, B. ; Nusbaum, C. ; Zody, M. C. ; Baldwin, J. ; Devon, K. ; Dewar, K. ; Doyle, M. ; FitzHugh, W. ; Funke, R. ; Gage, D. ; Harris, K. ; Heaford, A. ; Howland, J. ; Kann, L. ; Lehoczky, J. ; LeVine, R. ; McEwan, P. ; McKernan, K. ; Meldrim, J. ; Mesirov, J. P. ; Miranda, C. ; Morris, W. ; Naylor, J. ; Raymond, C. ; Rosetti, M. ; Santos, R. ; Sheridan, A. ; Sougnez, C. ; Stange‐Thomann, N. ; Stojanovic, N. ; Subramanian, A. ; Wyman, D. ; Rogers, J. ; Sulston, J. ; Ainscough, R. ; Beck, S. ; Bentley, D. ; Burton, J. ; Clee, C. ; Carter, N. ; Coulson, A. ; Deadman, R. ; Deloukas, P. ; Dunham, A. ; Dunham, I. ; Durbin, R. ; French, L. ; Grafham, D. ; Gregory, S. ; Hubbard, T. ; Humphray, S. ; Hunt, A. ; Jones, M. ; Lloyd, C. ; McMurray, A. ; Matthews, L. ; Mercer, S. ; Milne, S. ; Mullikin, J. C. ; Mungall, A. ; Plumb, R. ; Ross, M. ; Shownkeen, R. ; Sims, S. ; Waterston, R. H. ; Wilson, R. K. ; Hillier, L. W. ; McPherson, J. D. ; Marra, M. A. ; Mardis, E. R. ; Fulton, L. A. ; Chinwalla, A. T. ; Pepin, K. H. ; Gish, W. R. ; Chissoe, S. L. ; Wendl, M. C. ; Delehaunty, K. D. ; Miner, T. L. ; Delehaunty, A. ; Kramer, J. B. ; Cook, L. L. ; Fulton, R. S. ; Johnson, D. L. ; Minx, P. J. ; Clifton, S. W. ; Hawkins, T. ; Branscomb, E. ; Predki, P. ; Richardson, P. ; Wenning, S. ; Slezak, T. ; Doggett, N. ; Cheng, J. F. ; Olsen, A. ; Lucas, S. ; Elkin, C. ; Uberbacher, E. ; Frazier, M. ; Gibbs, R. A. ; Muzny, D. M. ; Scherer, S. E. ; Bouck, J. B. ; Sodergren, E. J. ; Worley, K. C. ; Rives, C. M. ; Gorrell, J. H. ; Metzker, M. L. ; Naylor, S. L. ; Kucherlapati, R. S. ; Nelson, D. L. ; Weinstock, G. M. ; Sakaki, Y. ; Fujiyama, A. ; Hattori, M. ; Yada, T. ; Toyoda, A. ; Itoh, T. ; Kawagoe, C. ; Watanabe, H. ; Totoki, Y. ; Taylor, T. ; Weissenbach, J. ; Heilig, R. ; Saurin, W. ; Artiguenave, F. ; Brottier, P. ; Bruls, T. ; Pelletier, E. ; Robert, C. ; Wincker, P. ; Smith, D. R. ; Doucette‐Stamm, L. ; Rubenfield, M. ; Weinstock, K. ; Lee, H. M. ; Dubois, J. ; Rosenthal, A. ; Platzer, M. ; Nyakatura, G. ; Taudien, S. ; Rump, A. ; Yang, H. ; Yu, J. ; Wang, J. ; Huang, G. ; Gu, J. ; Hood, L. ; Rowen, L. ; Madan, A. ; Qin, S. ; Davis, R. W. ; Federspiel, N. A. ; Abola, A. P. ; Proctor, M. J. ; Myers, R. M. ; Schmutz, J. ; Dickson, M. ; Grimwood, J. ; Cox, D. R. ; Olson, M. V. ; Kaul, R. ; Raymond, C. ; Shimizu, N. ; Kawasaki, K. ; Minoshima, S. ; Evans, G. A. ; Athanasiou, M. ; Schultz, R. ; Roe, B. A. ; Chen, F. ; Pan, H. ; Ramser, J. ; Lehrach, H. ; Reinhardt, R. ; McCombie, W. R. ; de la Bastide, M. ; Dedhia, N. ; Blocker, H. ; Hornischer, K. ; Nordsiek, G. ; Agarwala, R. ; Aravind, L. ; Bailey, J. A. ; Bateman, A. ; Batzoglou, S. ; Birney, E. ; Bork, P. ; Brown, D. G. ; Burge, C. B. ; Cerutti, L. ; Chen, H. C. ; Church, D. ; Clamp, M. ; Copley, R. R. ; Doerks, T. ; Eddy, S. R. ; Eichler, E. E. ; Furey, T. S. ; Galagan, J. ; Gilbert, J. G. ; Harmon, C. ; Hayashizaki, Y. ; Haussler, D. ; Hermjakob, H. ; Hokamp, K. ; Jang, W. ; Johnson, L. S. ; Jones, T. A. ; Kasif, S. ; Kaspryzk, A. ; Kennedy, S. ; Kent, W. J. ; Kitts, P. ; Koonin, E. V. ; Korf, I. ; Kulp, D. ; Lancet, D. ; Lowe, T. M. ; McLysaght, A. ; Mikkelsen, T. ; Moran, J. V. ; Mulder, N. ; Pollara, V. J. ; Ponting, C. P. ; Schuler, G. ; Schultz, J. ; Slater, G. ; Smit, A. F. ; Stupka, E. ; Szustakowski, J. ; Thierry‐Mieg, D. ; Thierry‐Mieg, J. ; Wagner, L. ; Wallis, J. ; Wheeler, R. ; Williams, A. ; Wolf, Y. I. ; Wolfe, K. H. ; Yang, S. P. ; Yeh, R. F. ; Collins, F. ; Guyer, M. S. ; Peterson, J. ; Felsenfeld, A. ; Wetterstrand, K. A. ; Patrinos, A. ; Morgan, M. J. ; de Jong, P. ; Catanese, J. J. ; Osoegawa, K. ; Shizuya, H. ; Choi, S. ; Chen, Y. J. Nature 2001, 409, 860.
25. 25 Strausberg, R. L. ; Feingold, E. A. ; Klausner, R. D. ; Collins, F. S. Science 1999, 286, 455.
26. 26 Venter, J. C. ; Adams, M. D. ; Myers, E. W. ; Li, P. W. ; Mural, R. J. ; Sutton, G. G. ; Smith, H. O. ; Yandell, M. ; Evans, C. A. ; Holt, R. A. ; Gocayne, J. D. ; Amanatides, P. ; Ballew, R. M. ; Huson, D. H. ; Wortman, J. R. ; Zhang, Q. ; Kodira, C. D. ; Zheng, X. H. ; Chen, L. ; Skupski, M. ; Subramanian, G. ; Thomas, P. D. ; Zhang, J. ; Gabor Miklos, G. L. ; Nelson, C. ; Broder, S. ; Clark, A. G. ; Nadeau, J. ; McKusick, V. A. ; Zinder, N. ; Levine, A. J. ; Roberts, R. J. ; Simon, M. ; Slayman, C. ; Hunkapiller, M. ; Bolanos, R. ; Delcher, A. ; Dew, I. ; Fasulo, D. ; Flanigan, M. ; Florea, L. ; Halpern, A. ; Hannenhalli, S. ; Kravitz, S. ; Levy, S. ; Mobarry, C. ; Reinert, K. ; Remington, K. ; Abu‐Threideh, J. ; Beasley, E. ; Biddick, K. ; Bonazzi, V. ; Brandon, R. ; Cargill, M. ; Chandramouliswaran, I. ; Charlab, R. ; Chaturvedi, K. ; Deng, Z. ; Di Francesco, V. ; Dunn, P. ; Eilbeck, K. ; Evangelista, C. ; Gabrielian, A. E. ; Gan, W. ; Ge, W. ; Gong, F. ; Gu, Z. ; Guan, P. ; Heiman, T. J. ; Higgins, M. E. ; Ji, R. R. ; Ke, Z. ; Ketchum, K. A. ; Lai, Z. ; Lei, Y. ; Li, Z. ; Li, J. ; Liang, Y. ; Lin, X. ; Lu, F. ; Merkulov, G. V. ; Milshina, N. ; Moore, H. M. ; Naik, A. K. ; Narayan, V. A. ; Neelam, B. ; Nusskern, D. ; Rusch, D. B. ; Salzberg, S. ; Shao, W. ; Shue, B. ; Sun, J. ; Wang, Z. ; Wang, A. ; Wang, X. ; Wang, J. ; Wei, M. ; Wides, R. ; Xiao, C. ; Yan, C. ; Yao, A. ; Ye, J. ; Zhan, M. ; Zhang, W. ; Zhang, H. ; Zhao, Q. ; Zheng, L. ; Zhong, F. ; Zhong, W. ; Zhu, S. ; Zhao, S. ; Gilbert, D. ; Baumhueter, S. ; Spier, G. ; Carter, C. ; Cravchik, A. ; Woodage, T. ; Ali, F. ; An, H. ; Awe, A. ; Baldwin, D. ; Baden, H. ; Barnstead, M. ; Barrow, I. ; Beeson, K. ; Busam, D. ; Carver, A. ; Center, A. ; Cheng, M. L. ; Curry, L. ; Danaher, S. ; Davenport, L. ; Desilets, R. ; Dietz, S. ; Dodson, K. ; Doup, L. ; Ferriera, S. ; Garg, N. ; Gluecksmann, A. ; Hart, B. ; Haynes, J. ; Haynes, C. ; Heiner, C. ; Hladun, S. ; Hostin, D. ; Houck, J. ; Howland, T. ; Ibegwam, C. ; Johnson, J. ; Kalush, F. ; Kline, L. ; Koduru, S. ; Love, A. ; Mann, F. ; May, D. ; McCawley, S. ; McIntosh, T. ; McMullen, I. ; Moy, M. ; Moy, L. ; Murphy, B. ; Nelson, K. ; Pfannkoch, C. ; Pratts, E. ; Puri, V. ; Qureshi, H. ; Reardon, M. ; Rodriguez, R. ; Rogers, Y. H. ; Romblad, D. ; Ruhfel, B. ; Scott, R. ; Sitter, C. ; Smallwood, M. ; Stewart, E. ; Strong, R. ; Suh, E. ; Thomas, R. ; Tint, N. N. ; Tse, S. ; Vech, C. ; Wang, G. ; Wetter, J. ; Williams, S. ; Williams, M. ; Windsor, S. ; Winn‐Deen, E. ; Wolfe, K. ; Zaveri, J. ; Zaveri, K. ; Abril, J. F. ; Guigo, R. ; Campbell, M. J. ; Sjolander, K. V. ; Karlak, B. ; Kejariwal, A. ; Mi, H. ; Lazareva, B. ; Hatton, T. ; Narechania, A. ; Diemer, K. ; Muruganujan, A. ; Guo, N. ; Sato, S. ; Bafna, V. ; Istrail, S. ; Lippert, R. ; Schwartz, R. ; Walenz, B. ; Yooseph, S. ; Allen, D. ; Basu, A. ; Baxendale, J. ; Blick, L. ; Caminha, M. ; Carnes‐Stine, J. ; Caulk, P. ; Chiang, Y. H. ; Coyne, M. ; Dahlke, C. ; Mays, A. ; Dombroski, M. ; Donnelly, M. ; Ely, D. ; Esparham, S. ; Fosler, C. ; Gire, H. ; Glanowski, S. ; Glasser, K. ; Glodek, A. ; Gorokhov, M. ; Graham, K. ; Gropman, B. ; Harris, M. ; Heil, J. ; Henderson, S. ; Hoover, J. ; Jennings, D. ; Jordan, C. ; Jordan, J. ; Kasha, J. ; Kagan, L. ; Kraft, C. ; Levitsky, A. ; Lewis, M. ; Liu, X. ; Lopez, J. ; Ma, D. ; Majoros, W. ; McDaniel, J. ; Murphy, S. ; Newman, M. ; Nguyen, T. ; Nguyen, N. ; Nodell, M. ; Pan, S. ; Peck, J. ; Peterson, M. ; Rowe, W. ; Sanders, R. ; Scott, J. ; Simpson, M. ; Smith, T. ; Sprague, A. ; Stockwell, T. ; Turner, R. ; Venter, E. ; Wang, M. ; Wen, M. ; Wu, D. ; Wu, M. ; Xia, A. ; Zandieh, A. ; Zhu, X. Science 2001, 291, 1304.
27. 27 Waterston, R. H. ; Lindblad‐Toh, K. ; Birney, E. ; Rogers, J. ; Abril, J. F. ; Agarwal, P. ; Agarwala, R. ; Ainscough, R. ; Alexandersson, M. ; An, P. ; Antonarakis, S. E. ; Attwood, J. ; Baertsch, R. ; Bailey, J. ; Barlow, K. ; Beck, S. ; Berry, E. ; Birren, B. ; Bloom, T. ; Bork, P. ; Botcherby, M. ; Bray, N. ; Brent, M. R. ; Brown, D. G. ; Brown, S. D. ; Bult, C. ; Burton, J. ; Butler, J. ; Campbell, R. D. ; Carninci, P. ; Cawley, S. ; Chiaromonte, F. ; Chinwalla, A. T. ; Church, D. M. ; Clamp, M. ; Clee, C. ; Collins, F. S. ; Cook, L. L. ; Copley, R. R. ; Coulson, A. ; Couronne, O. ; Cuff, J. ; Curwen, V. ; Cutts, T. ; Daly, M. ; David, R. ; Davies, J. ; Delehaunty, K. D. ; Deri, J. ; Dermitzakis, E. T. ; Dewey, C. ; Dickens, N. J. ; Diekhans, M. ; Dodge, S. ; Dubchak, I. ; Dunn, D. M. ; Eddy, S. R. ; Elnitski, L. ; Emes, R. D. ; Eswara, P. ; Eyras, E. ; Felsenfeld, A. ; Fewell, G. A. ; Flicek, P. ; Foley, K. ; Frankel, W. N. ; Fulton, L. A. ; Fulton, R. S. ; Furey, T. S. ; Gage, D. ; Gibbs, R. A. ; Glusman, G. ; Gnerre, S. ; Goldman, N. ; Goodstadt, L. ; Grafham, D. ; Graves, T. A. ; Green, E. D. ; Gregory, S. ; Guigo, R. ; Guyer, M. ; Hardison, R. C. ; Haussler, D. ; Hayashizaki, Y. ; Hillier, L. W. ; Hinrichs, A. ; Hlavina, W. ; Holzer, T. ; Hsu, F. ; Hua, A. ; Hubbard, T. ; Hunt, A. ; Jackson, I. ; Jaffe, D. B. ; Johnson, L. S. ; Jones, M. ; Jones, T. A. ; Joy, A. ; Kamal, M. ; Karlsson, E. K. ; Karolchik, D. ; Kasprzyk, A. ; Kawai, J. ; Keibler, E. ; Kells, C. ; Kent, W. J. ; Kirby, A. ; Kolbe, D. L. ; Korf, I. ; Kucherlapati, R. S. ; Kulbokas, E. J. ; Kulp, D. ; Landers, T. ; Leger, J. P. ; Leonard, S. ; Letunic, I. ; Levine, R. ; Li, J. ; Li, M. ; Lloyd, C. ; Lucas, S. ; Ma, B. ; Maglott, D. R. ; Mardis, E. R. ; Matthews, L. ; Mauceli, E. ; Mayer, J. H. ; McCarthy, M. ; McCombie, W. R. ; McLaren, S. ; McLay, K. ; McPherson, J. D. ; Meldrim, J. ; Meredith, B. ; Mesirov, J. P. ; Miller, W. ; Miner, T. L. ; Mongin, E. ; Montgomery, K. T. ; Morgan, M. ; Mott, R. ; Mullikin, J. C. ; Muzny, D. M. ; Nash, W. E. ; Nelson, J. O. ; Nhan, M. N. ; Nicol, R. ; Ning, Z. ; Nusbaum, C. ; O'Connor, M. J. ; Okazaki, Y. ; Oliver, K. ; Overton‐Larty, E. ; Pachter, L. ; Parra, G. ; Pepin, K. H. ; Peterson, J. ; Pevzner, P. ; Plumb, R. ; Pohl, C. S. ; Poliakov, A. ; Ponce, T. C. ; Ponting, C. P. ; Potter, S. ; Quail, M. ; Reymond, A. ; Roe, B. A. ; Roskin, K. M. ; Rubin, E. M. ; Rust, A. G. ; Santos, R. ; Sapojnikov, V. ; Schultz, B. ; Schultz, J. ; Schwartz, M. S. ; Schwartz, S. ; Scott, C. ; Seaman, S. ; Searle, S. ; Sharpe, T. ; Sheridan, A. ; Shownkeen, R. ; Sims, S. ; Singer, J. B. ; Slater, G. ; Smit, A. ; Smith, D. R. ; Spencer, B. ; Stabenau, A. ; Stange‐Thomann, N. ; Sugnet, C. ; Suyama, M. ; Tesler, G. ; Thompson, J. ; Torrents, D. ; Trevaskis, E. ; Tromp, J. ; Ucla, C. ; Ureta‐Vidal, A. ; Vinson, J. P. ; Von Niederhausern, A. C. ; Wade, C. M. ; Wall, M. ; Weber, R. J. ; Weiss, R. B. ; Wendl, M. C. ; West, A. P. ; Wetterstrand, K. ; Wheeler, R. ; Whelan, S. ; Wierzbowski, J. ; Willey, D. ; Williams, S. ; Wilson, R. K. ; Winter, E. ; Worley, K. C. ; Wyman, D. ; Yang, S. ; Yang, S. P. ; Zdobnov, E. M. ; Zody, M. C. ; Lander, E. S. Nature 2002, 420, 520.
28. 28 Welch, R. A. ; Burland, V. ; Plunkett, G., III ; Redford, P. ; Roesch, P. ; Rasko, D. ; Buckles, E. L. ; Liou, S. R. ; Boutin, A. ; Hackett, J. ; Stroud, D. ; Mayhew, G. F. ; Rose, D. J. ; Zhou, S. ; Schwartz, D. C. ; Perna, N. T. ; Mobley, H. L. ; Donnenberg, M. S. ; Blattner, F. R. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 17020.
29. 29 Andriy, K. ; Ccaron ; eslovas Venclovas, K. F. J. M. Proteins: Struct Funct Bioinformatics 2005, 61, 225.
30. 30 Skolnick, J. ; Zhang, Y. Available at www.predictioncenter.com/casp6 (accessed May 19, 2006), 2005.
31. 31 Good, A. C. ; Cheney, D. L. ; Sitkoff, D. F. ; Tokarski, J. S. ; Stouch, T. R. ; Bassolino, D. A. ; Krystek, S. R. ; Li, Y. ; Mason, J. S. ; Perkins, T. D. J Mol Graph Model 2003, 22, 31.
32. 32 Sotriffer, C. A. ; Gohlke, H. ; Klebe, G. J Med Chem 2002, 45, 1967.
33. 33 Kontoyianni, M. ; McClellan, L. M. ; Sokol, G. S. J Med Chem 2004, 47, 558.
34. 34 Morris, G. M. ; Goodsell, D. S. ; Halliday, R. S. ; Huey, R. ; Hart, W. E. ; Belew, R. K. ; Olson, A. J. J Comput Chem 1998, 19, 1639.
35. 35 Mitchell, J. B. ; Laskowski, R. A. ; Alex, A. ; Forster, M. J. ; Thornton, J. M. J Comput Chem 1999, 20, 1165.
36. 36 Puvanendrampillai, D. ; Mitchell, J. B. Bioinformatics 2003, 19, 1856.
37. 37 Wang, R. ; Fang, X. ; Lu, Y. ; Yang, C. Y. ; Wang, S. J Med Chem 2005, 48, 4111.
38. 38 Zhang, Y. ; Skolnick, J. Nucleic Acids Res 2005, 33, 2302.
39. 39 Halgren, T. A. J Comput Chem 1998, 17, 490.
40. 40 Wang, S. H. Available at http://home.pchome.com.tw/team/gentamicin/mol/mol.htm, 2006.
41. 41 Sanner, M. F. J Mol Graphics Mod 1999, 17, 57.
42. 42 Edwards, A. L. An Introduction to Linear Regression and Correlation ; San Francisco: W. H. Freeman, 1976.
43. 43 Zhang, Y. ; Arakaki, A. K. ; Skolnick, J. Proteins: Struct Funct Bioinformatics 2005, 61, 91.
44. 44 Bindewald, E. ; Skolnick, J. J Comput Chem 2005, 26, 374.
45. 45 Ponder, J. W. ; Richards, F. M. J Comput Chem 1987, 8, 1016.
46. 46 Guha, R. ; Howard, M. T. ; Hutchison, G. R. ; Murray‐Rust, P. ; Rzepa, H. ; Steinbeck, C. ; Wegner, J. ; Willighagen, E. L. J Chem Inf Model 2006, 46, 991.
47. 47 Gasteiger, J. ; Marsili, M. Tetrahedron 1980, 36, 3219.
48. 48 Willet, P. Similarity and Clustering in Chemical Information Systems ; Research Studies Press: Letchworth, UK, 1987.
49. 49 Warren, G. L. ; Andrews, C. W. ; Capelli, A.‐M. ; Clarke, B. ; LaLonde, J. ; Lambert, M. H. ; Lindvall, M. ; Nevins, N. ; Semus, S. F. ; Senger, S. ; Tedesco, G. ; Wall, I. D. ; Woolven, J. M. ; Peishoff, C. E. ; Head, M. S. J Med Chem 2006, 49, 5912.
50. 50 Velec, H. F. ; Gohlke, H. ; Klebe, G. J Med Chem 2005, 48, 6296.
51. 51 Ishchenko, A. V. ; Shakhnovich, E. I. J Med Chem 2002, 45, 2770.
52. 52 Fahmy, A. ; Wagner, G. J Am Chem Soc 2002, 124, 1241.
53. 53 Kramer, B. ; Rarey, M. ; Lengauer, T. Proteins 1999, 37, 228.