Electron delocalization and charge transfer in polypeptide chains

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 113, Issue 39, 2009, Pages 10521-10526

  Wang, Ye Fei ^a   Yu, Zhang ^a,b   Wu, Jian ^c   Liu, Cheng Bu ^a  

^a SHANDONG UNIVERSITY   (China)

^b HEZE UNIVERSITY   (China)

^c DALHOUSIE UNIVERSITY   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARGE-TRANSFER MECHANISM; DELOCALIZATION EFFECTS; ELECTRON DELOCALIZATION; ELECTRON STRUCTURES; ELECTRON TRANSFER PROCESS; HYPERCONJUGATIVE INTERACTIONS; NATURAL BOND ORBITAL; POLYPEPTIDE CHAIN; SUPEREXCHANGES;

AMINATION; CHARGE TRANSFER; ELECTRONS; HYDROGEN; HYDROGEN BONDS; ION EXCHANGE; PEPTIDES;

AMINES;

DNA; DNA GLYCOSYLASE MUTY; DNA GLYCOSYLTRANSFERASE; OLIGOPEPTIDE;

ARTICLE; BIOLOGY; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; DNA DAMAGE; DNA REPAIR; ELECTRON; ELECTRON TRANSPORT; HYDROGEN BOND; OXIDATION REDUCTION REACTION; PROTEIN CONFORMATION;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; DNA; DNA DAMAGE; DNA GLYCOSYLASES; DNA REPAIR; ELECTRON TRANSPORT; ELECTRONS; HYDROGEN BONDING; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; OLIGOPEPTIDES; OXIDATION-REDUCTION; PROTEIN CONFORMATION;

EID: 70349448696     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9020036     Document Type: Article

References (68)

1. Lindahl, T. Nature 1993, 362, 709.
2. Berwick, M.; Vineis, P. J. Natl. Cancer Inst. 2000, 92, 874.
3. Zhou, B. B. S.; Elledge, S. J. Nature 2000, 408, 433.
4. Shigenaga, M. K.; Ames, B. N. Free Radical Biol. Med. 1991, 10, 211.
5. Evan, G. I.; Vousden, K. H. Nature 2001, 411, 342.
6. Takata, M.; Sasakil, M. S.; Sonoda, E.; Morrison, C.; Hashimoto, M.; Utsumi, H.; Yamaguchi-Iwai, Y.; Shinohara, A.; Takeda, S. EMBO J. 1998, 17, 5497.
7. Krokan, H. E.; Standal, R.; Slupphaug, G. Biochem. J. 1997, 325, 1.
8. Scharer, O. D. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 2946.
9. David, S. S.; Williams, S. D. Chem. Rev. 1998, 98, 1221.
10. Michaels, M. L.; Tchou, J.; Grollman, A. P.; Miller, J. H. Biochemistry 1992, 31, 10964.
11. Shibutani, S.; Takeshita, M.; Grollman, A. P. Nature 1991, 349, 431.
12. Gogos, A.; Cilio, J.; Clarke, N. D.; Lu, A. L. Biochemistry 1996, 35, 16665.
13. Yavin, E.; Boal, A. K.; Stemp, E. D. A.; Boon, E. M.; Livingston, A. L.; O'Shea, V. L.; David, S. S.; Barton, J. K. Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 3546.
14. Boal, A. K.; Yavin, E.; Lukianova, O. A.; O'Shea, V. L.; David, S. S.; Barton, J. K. Biochemistry 2005, 44, 8397.
15. Gorodetsky, A. A.; Boal, A. K.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12082.
16. Yavin, E.; Stemp, E. D. A.; O'Shea, V. L.; David, S. S.; Barton, J. K. Proc. Natl Acad Sci. USA. 2006, 103, 3610.
17. Winkler, J. R.; Gray, H. B. J. Biol. Inorg. Chem. 1997, 2, 399.
18. Mayo, S. L.; Ellis, W. R. J.; Crutchley, R. J.; Gray, H. B. Science 1986, 233, 948.
19. Gray, H. B. Science 2005, 307, 99.
20. Schlag, E. W.; Sheu, S. Y.; Yang, D. Y.; Selzle, H. L.; Lin, S. H. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7790.
21. Sheu, S. Y.; Yang, D. Y.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. J. Phys.Chem A 2002, 106, 9390.
22. Lehr, L.; Horneff, T.; Weinkauf, R.; Schlag, E. W. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 8074.
23. Sheu, S. Y.; Schlag, E. W.; Yang, D. Y.; Selzle, H. L. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 6353.
24. Kulhanek, P.; Schlag, E. W.; Koca, J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13678.
25. Schlag, E. W.; Weinkauf, R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 18567.
26. Schlag, E. W.; Lin, S. H. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 3196.
27. Beratan, D. N.; Onuchic, J. N.; Betts, J. N.; Bowler, B. E.; Gray, H. B. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 7915.
28. Beratan, D. N.; Onuchic, J. N.; Hopfield, J. J. J. Chem. Phys. 1987, 86, 4488.
29. Onuchic, J. N.; Beratan, D. N. J. Chem. Phys. 1990, 92, 722.
30. Beratan, D. N.; Betts, J. N.; Onuchic, J. N. Science 1991, 252, 1285.
31. Onuchic, J. N.; Beratan, D. N.; Hopfield, J. J. J. Phys. Chem. 1986, 90, 3707.
32. Prytkova, T. R.; Kurnikov, I. V.; Beratan, D. N. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 1618.
33. Improta, R.; Antonello, S.; Formaggio, F.; Maran, F.; Rega, N.; Barone, V. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 1023.
34. Remacle, F.; Ratner, M. A.; Levine, R. D. Chem. Phys. Lett. 1998, 285, 25.
35. Jones, G.; Lu, L. N.; Fu, H.; Farahat, C. W.; Oh, C.; Greenfield, S. R.; Gosztola, D. J.; Wasielewski, M. R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 572.
36. Dreuw, A.; Head-Gordon, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4007.
37. Dreuw, A.; Worth, G. A.; Cederbaum, L. S.; Head-Gordon, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 19049.
38. Vaswani, H. M.; Hsu, C. P.; Head-Gordon, M.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 7940.
39. Foster, J. P.; Weinhold, F. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 7211.
40. Reed, A. E.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1983, 78, 4066.
41. Reed, A. E.; Weinstock, R. B.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1985, 83 735
42. Weinhold, F.; Brunck, T. K. J. Am. Chem. Soc. 1976, 98, 3745.
43. Brunck, T. K.; Weinhold, F. J. Am. Chem. Soc. 1976, 98, 4392.
44. Reed, A. E.; Curtis, L. A.; Weinhold, F. A. Chem. Rev. 1988, 88, 899.
45. Gilboa, R.; Kilshtein, A.; Zharkov, D. O.; Kycia, J. H.; Gerchman, S. E.; Grollman, A. P.; Shoham, G. To be published; http://www.rcsb.org/ pdb/explore/explore.do?structureId=lKG2.
46. Galoppini, E.; Fox, M. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2299.
47. Pliego, J. R.; De Almeida, W. B.; Celebi, S.; Zhu, Z. D.; Platz, M. S. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 7481.
48. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 39, 3098.
49. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
50. Lee, C.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
51. Baboul, A. G.; Curtiss, L. A.; Redfern, P. C.; Raghavachari, K. J. Chem. Phys. 1999, 1410, 7650.
52. Curtiss, L. A.; Miller, J. R. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 160.
53. Lii, J. H.; Ma, B. Y. J. Comput. Chem. 1999, 15, 1593.
54. Cho, K. H.; Kang, Y. K.; No, K. T.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 3624.
55. Turecek, F.; Chen, X. H.; Hao, C. T. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 8818.
56. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
57. Reed, A. E.; Schleyer, P. R. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 1362.
58. Jeffrey, G. A. An introduction to hydrogen bonding; Oxford University Press: New York, 1997.
59. Hunt, P. A.; Kirchner, B.; Welton, T. Chem. Eur. J. 2006, 12, 6762.
60. Yang, Y.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3999.
61. Sosa, G. L.; Peruchena, N. M.; Contreras, R. H.; Castro, E. A. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2002, 577, 219.
62. Newton, M. D. Chem. Rev. 1991, 91, 767.
63. Isied, S. S.; Ogawa, M. Y.; Wishart, J. F. Chem. Rev. 1992, 92, 381.
64. Schuster, G. B. Ace Chem. Res. 2000, 33, 253.
65. Bixon, M.; Jortner, J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12556.
66. Turro, N. J.; Barton, J. K. J. Biol. Inorg. Chem. 1998, 3, 201.
67. Ly, D.; Kan, Y.; Armitage, B.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8747.
68. Gorodetsky, A. A.; Boal, A. K.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12082.