Discovery of potent Anti-SARS-CoV MPro inhibitors

Current Computer-Aided Drug Design

Volumn 3, Issue 3, 2007, Pages 191-200

  Sirois, Suzanne ^a,b   Zhang, Rui ^c   Gao, Weina ^c   Gao, Hui ^c   Li, Yun ^c   Zheng, Huiqin ^c   Wei, Dong Qing ^a  

^a SHANGHAI JIAO TONG UNIVERSITY   (China)

^b UNIVERSITÉ DU QUÉBEC À MONTRÉAL   (Canada)

^c TIANJIN NORMAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Binding pocket; Computer assisted drug design; Coronavirus main proteinase; Docking; KZ7088; Pharmacophore search; SARS; Severe acute respiratory syndrome; Virtual screening

Indexed keywords

AMINO ACIDS; DIAGNOSIS; DISEASES; HYDROGEN BONDS; PHARMACODYNAMICS;

BINDING POCKETS; COMPUTER ASSISTED; COMPUTER-ASSISTED DRUG DESIGN; CORONAVIRUS MAIN PROTEINASE; CORONAVIRUSES; DOCKING; DRUG DESIGN; KZ7088; PHARMACOPHORE SEARCH; PHARMACOPHORES; SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME; VIRTUAL SCREENING;

CORONAVIRUS;

ALPHA INTERFERON; ANTIVIRUS AGENT; CYSTEINE PROTEINASE INHIBITOR; OCTOPEPTIDE; PEPTIDOMIMETIC AGENT; RIBAVIRIN; RUPINTRIVIR; STEROID; UNCLASSIFIED DRUG; VIRUS RNA;

ANTIVIRAL ACTIVITY; CLINICAL TRIAL; CRYSTAL STRUCTURE; DRUG DESIGN; DRUG DETERMINATION; DRUG EFFICACY; DRUG POTENCY; DRUG TARGETING; ENZYME ACTIVE SITE; ENZYME SPECIFICITY; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HUMAN; HYDROGEN BOND; MOLECULAR DOCKING; NONHUMAN; PHARMACOPHORE; PROTEIN CLEAVAGE; PROTEIN TARGETING; REVIEW; SARS CORONAVIRUS; SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME; STRUCTURAL HOMOLOGY; STRUCTURE ANALYSIS; THREE DIMENSIONAL IMAGING; VIRUS INHIBITION;

EID: 66149143503     PISSN: 15734099     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/157340907781695440     Document Type: Review

References (54)

1. Zhong, N.S.; Wong, G.W. Paediatr. Respir. Rev., 2004, 5, 270-4.
2. Enserink, M. Science, 2003, 300, 413-4.
3. Enserink, M.; Vogel, G. Science, 2003, 300, 715-7.
4. Wenzel, R.P.; Edmond, M.B. N. Engl. J. Med., 2003, 348, 1947-8.
5. van Vonderen, M.G.; Bos, J.C.; Prins, J.M.; Wertheim-van Dillen, P.; Speelman, P. Neth. J. Med., 2003, 61, 238-41.
6. Koren, G.; King, S.; Knowles, S.; Phillips, E. CMAJ, 2003, 168, 1289-92.
7. Cheng, W.T.; Li, C.K.; Leung, T.F.; Li, A.M.; Hon, K.L.; Ng, P.C.; Fok, T.F. Clin. Pediatr. [Phila], 2004, 43, 193-6.
8. Jones, B.M.; Ma, E.S.; Peiris, J.S.; Wong, P.C.; Ho, J.C.; Lam, B.; Lai, K.N.; Tsang, K.W. Clin. Exp. Immunol., 2004, 135, 467-73.
9. Saijo, M.; Morikawa, S.; Fukushi, S.; Mizutani, T.; Hasegawa, H.; Nagata, N.; Iwata, N.; Kurane, I. Antiviral Res., 2005, 66, 159-63.
10. Morgenstern, B.; Michaelis, M.; Baer, P.C.; Doerr, H.W.; Cinatl, J., Jr. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2005, 326, 905-8.
11. Kargel, M.J.; Lapinsky, S.E. Crit. Care, 2004, 8, 105-7.
12. Gomersall, C.D. Crit. Care, 2004, 8, 105-7.
13. Sainz, B., Jr.; Mossel, E.C.; Peters, C.J.; Garry, R.F. Virology, 2004, 329, 11-7.
14. Ward, S.E.; Loutfy, M.R.; Blatt, L.M.; Siminovitch, K.A.; Chen, J.; Hinek, A.; Wolff, B.; Pham, D.H.; Deif, H.; LaMere, E.A.; Kain, K.C.; Farcas, G.A.; Ferguson, P.; Latchford, M.; Levy, G.; Fung, L.; Dennis, J.W.; Lai, E.K.; Fish, E.N. Antivir. Ther., 2005, 10, 263-75.
15. Li, N.; Wang, G.F.; Wu, Y.F.; Xie, G.Q.; Xiao, F.; Chen, B.W.; Wang, Y.X.; Han, D.M. Beijing Da Xue Xue Bao, 2004, 36, 519-24.
16. Oba, Y. N. Engl. J. Med., 2003, 348, 2034-5.
17. Ding, Y.; Wang, H.; Shen, H.; Li, Z.; Geng, J.; Han, H.; Cai, J.; Li, X.; Kang, W.; Weng, D.; Lu, Y.; Wu, D.; He, L.; Yao, K. J. Pathol., 2003, 200, 282-9.
18. Li, Y.M.; Wang, S.X.; Gao, H.S.; Wang, J.G.; Wei, C.S.; Chen, L.M.; Hui, W.L.; Yuan, S.L.; Jiao, Z.S.; Yang, Z.; Su, B. Zhonghua Yi Xue Za Zhin 2004, 84, 1348-53.
19. Woo, P.C.; Lau, S.K.; Chu, C.M.; Chan, K.H.; Tsoi, H.W.; Huang, Y.; Wong, B.H.; Poon, R.W.; Cai, J.J.; Luk, W.K.; Poon, L.L.; Wong, S.S.; Guan, Y.; Peiris, J.S.; Yuen, K.Y. J. Virol., 2005, 79, 884-95.
20. Snijder, E.J.; Bredenbeek, P.J.; Dobbe, J.C.; Thiel, V.; Ziebuhr, J.; Poon, L.L.; Guan, Y.; Rozanov, M.; Spaan, W.J.; Gorbalenya, A.E. J. Mol. Biol., 2003, 331, 991-1004.
21. Anand, K.; Ziebuhr, J.; Wadhwani, P.; Mesters, J.R.; Hilgenfeld, R. Science, 2003, 300, 1763-7.
22. Yang, H.; Yang, M.; Ding, Y.; Liu, Y.; Lou, Z.; Zhou, Z.; Sun, L.; Mo, L.; Ye, S.; Pang, H.; Gao, G.F.; Anand, K.; Bartlam, M.; Hilgenfeld, R.; Rao, Z. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2003, 100, 13190-5.
23. Anand, K.; Palm, G.J.; Mesters, J.R.; Siddell, S.G.; Ziebuhr, J.; Hilgenfeld, R. EMBO J, 2002, 21, 3213-24.
24. Chou, K.C. J. Biol. Chem., 1993, 268, 16938-48.
25. Chou, J.J. J. Protein Chem., 1993, 12, 291-302.
26. Miller, M.; Schneider, J.; Sathyanarayana, B.K.; Toth, M.V.; Marshall, G.R.; Clawson, L.; Selk, L.; Kent, S.B.; Wlodawer, A. Science, 1989, 246, 1149-52.
27. Schechter, I.; Berger, A. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1967, 27, 157-62.
28. Abramowitz, N.; Schechter, I.; Berger, A. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1967, 26, 862-7.
29. Chou, K.C. Anal. Biochem., 1996, 233, 1-14.
30. Ziebuhr, J.; Snijder, E.J.; Gorbalenya, A.E. J. Gen, Virol., 2000, 81, 853-79.
31. Hegyi, A.; Friebe, A.; Gorbalenya, A.E.; Ziebuhr, J. J. Gen. Virol., 2002, 83, 581-93.
32. Yang, H.; Xie, W.; Xue, X.;. Yang, K.; Ma, J.; Liang, W.; Zhao, Q.; Zhou, Z.; Pei, D.; Ziebuhr, J.; Hilgenfeld, R.; Yuen, K.Y.; Wong, L.; Gao, G.; Chen, S.; Chen, Z.; Ma, D.; Bartlam, M.; Rao, Z. PLoS Biol., 2005, 3, e324.
33. Pang, Y.P. Proteins, 2004, 57, 747-57.
34. Xiong, B.; Gui, C.S.; Xu, X.Y.; Luo, C.; Chen, J.; Luo, H.B.; Chen, L.L.; Li, G.W.; Sun, T.; Yu, C.Y.; Yue, L.D.; Duan, W.H.; Shen, J.K.; Qin, L.; Shi, T.L.; Li, Y.X.; Chen, K.X.; Luo, X.M.; Shen, X.; Shen, J.H.; Liang, H.L. Acta Pharmacol. Sin., 2003, 24, 497-504.
35. Chou, K.C.; Wei, D.Q.; Zhong, W.Z. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2003, 308, 148-151.
36. Otto, H.H.; Schirmeister, T. Chem. Rev., 1997, 97, 133-172.
37. Johnson, F.A.; Lewis, S.D.; Shafer, J.A. Biochemistry, 1901, 20, 52-58.
38. Dardenne, L.E.; Werneck, A.S.; de Oliveira Neto, M.; Bisch, P.M. Proteins, 2003, 52, 236-253.
39. Asboth, B.; Stokum, E.; Khan, I.U.; Polgar, L. Biochemistry, 1985, 24, 606-609.
40. Huang, C.; Wei, P.; Fan, K.; Liu, Y.; Lai, L. Biochemistry, 2004, 43, 4568-4574.
41. Sirois, S.; Wei, D.Q.; Du, Q.; Chou, K.C. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004, 44, 1111-1122.
42. Chou, K.C. Curr. Med. Chem., 2004, 11, 2105-34.
43. Gan, Y.R.; Huang, H.; Huang, Y.D.; Rao, C.M.; Zhao, Y.; Liu, J. S.; Wu, L.; Wei, D.Q. Peptides, 2005.
44. Du, Q.S.; Wang, S.Q.; Zhu, Y.; Wei, D.Q.; Guo, H.; Sirois, S.; Chou, K.C. Peptides, 2004, 25, 1857-64.
45. Du, Q.C.; Wang, S.Q.; Jiang, Z.Q.; Gao, W.N.; Li, Y.D.; Wei, D.Q. Med. Chem., 2005, 1, 209-213.
46. Du, Q.; Wang, S.; Wei, D.; Sirois, S.; Chou, K.C. Anal. Biochem., 2005, 337, 262-70.
47. Sirois, S.; Hatzakis, G.; Wei, D.; Du, Q.; Chou, K.C. Comput. Biol. Chem., 2005, 29, 55-67.
48. Wei, D.; Zhang, R.; Du, Q.; Gao, W.; Li, Y.; Gao, H.; Wang, S.-Q.; Zhang, X.; Li, A.-X.; Sirois, S.; Chou, K.C. Amino acids, 2006, 31, 73-80.
49. Liu, Z.; Huang, C.; Fan, K.; Wei, P.; Chen, H.; Liu, S.; Pei, J.; Shi, L.; Li, B.; Yang, K.; Liu, Y.; Lai, L. J. Chem. Inf. Model., 2005, 45, 10-17.
50. Liu, B.; Zhou, J. J Comput. Chem., 2005, 26, 484-90.
51. Hsu, C.H.; Ko, T.P.; Yu, H.M.; Tang, T.K.; Chen, S.T.; Wang, A.H. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2004, 324, 761-7.
52. Lee, T.W.; Cherney, M.M.; Huitema, C.; Liu, J.; James, K.E.; Powers, J.C.; Eltis, L.D.; James, M.N. J. Mol. Biol., 2005, 353, 1137-51.
53. Tan, J.; Verschueren, K.H.; Anand, K.; Shen, J.; Yang, M.; Xu, Y.; Rao, Z.; Bigalke, J.; Heisen, B.; Mesters, J.R.; Chen, K.; Shen, X.; Jiang, H.; Hilgenfeld, R. J. Mol. Biol., 2005 354, 25-40.
54. Xu, Y.; Su, N.; Qin, L.; Bai, Z.; Gao, G.F.; Rao, Z. Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr., 2004, 60, 2377-9.