Mechanisms of single-stranded DNA-binding protein functioning in cellular DNA metabolism

Biochemistry (Moscow)

Volumn 73, Issue 13, 2008, Pages 1388-1404

  Pestryakov, P E ^a   Lavrik, O I ^a  

^a INSTITUTE OF CHEMICAL BIOLOGY AND FUNDAMENTAL MEDICINE   (Russian Federation)

Author keywords

DNA repair; DNA replication; Protein DNA complexes; Replication protein A; SSB proteins

Indexed keywords

DNA; METABOLISM; REPAIR;

ANALYSIS OF MECHANISMS; DNA REPAIR; DNA REPLICATIONS; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN-DNA COMPLEXES; REPLICATION PROTEIN A; SINGLE-STRANDED DNA BINDING PROTEINS; STRUCTURAL ORGANIZATION;

PROTEINS;

ARCHAEA; EUKARYOTA; PROKARYOTA;

DNA; DNA BINDING PROTEIN;

ANIMAL; CHEMISTRY; DNA REPAIR; DNA REPLICATION; GENETIC RECOMBINATION; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; REVIEW;

ANIMALS; DNA; DNA REPAIR; DNA REPLICATION; DNA-BINDING PROTEINS; HUMANS; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; RECOMBINATION, GENETIC;

EID: 59449091270     PISSN: 00062979     EISSN: 16083040     Source Type: Journal    
DOI: 10.1134/S0006297908130026     Document Type: Review

References (118)

1. M. S. Wold 1997 Annu. Rev. Biochem. 66 61 92
2. T. M. Lohman M. E. Ferrari 1994 Annu. Rev. Biochem. 63 527 570
3. T. A. Cha B. M. Alberts 1989 J. Biol. Chem. 264 12220 12225
4. Y. T. Kim C. C. Richardson 1993 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90 10173 10177
5. C. Perales F. Cava W. J. J. Meijer 2003 Nucleic Acids Res. 31 6473 6380
6. J. W. Chase K. R. Williams 1986 Annu. Rev. Biochem. 55 103 136
7. Y. Zou Y. Liu X. Wu S. M. Shell 2006 J. Cell. Physiol. 208 267 273
8. G. S. Stein S. K. Zaidi C. D. Braastad M. Montecino A. J. van Wijnen J. Y. Choi J. L. Stein J. B. Lian A. Javed 2003 Trends Cell. Biol. 13 584 592
9. M. J. Davey M. O'Donnell 2000 Curr. Opin. Chem. Biol. 4 581 586
10. J. Kur M. Olszewski A. Dlugolecka P. Filipkowski 2005 Acta Biochim. Pol. 52 569 574
11. A. Yuzhakov Z. Kelman J. Hurwitz M. O'Donnell 1999 EMBO J. 18 6189 6199
12. G. Maga M. Stucki S. Spadari U. Hubscher 2000 J. Mol. Biol. 295 791 801
13. M. P. Carty A. S. Levine K. Dixon 1992 Mutat. Res. 274 29 34
14. G. Maga I. Frouin S. Spadari U. Hubscher 2001 J. Biol. Chem. 276 18235 18242
15. J. B. Robbins M. C. Murphy B. A. White R. I. Mackie T. Ha I. K. Cann 2004 J. Biol. Chem. 279 6315 6326
16. I. K. Cann S. Ishino M. Yuasa H. Daiyasu H. Toh Y. Ishino 2001 J. Bacteriol. 183 2614 2623
17. J. B. Robbins M. C. McKinney C. E. Guzman B. Sriratana S. Fitz-Gibbon T. Ha I. K. Cann 2005 J. Biol. Chem. 280 15325 15339
18. Z. Kelman S. Pietrokovski J. Hurwitz 1999 J. Biol. Chem. 274 28751 28761
19. M. E. Stauffer W. J. Chazin 2004 J. Biol. Chem. 279 30915 30918
20. S. J. Benkovic A. M. Valentine F. Salinas 2001 Annu. Rev. Biochem. 70 181 208
21. D. Yu. Khlimankov N. A. Rechkunova O. I. Lavrik 2004 Biochemistry (Moscow) 69 248 261
22. S. Rademakers M. Volker D. Hoogstraten A. L. Nigg M. J. Mone A. A. van Zeeland J. H. Hoeijmakers A. B. Houtsmuller W. Vermeulen 2003 Mol. Cell. Biol. 23 5755 5767
23. J. Essers A. B. Houtsmuller L. van Veelen C. Paulusma A. L. Nigg A. Pastink W. Vermeulen J. H. Hoeijmakers R. Kanaar 2002 EMBO J. 21 2030 2037
24. A. I. Arunkumar M. E. Stauffer E. Bochkareva A. Bochkarev W. J. Chazin 2003 J. Biol. Chem. 17 41077 41082
25. A. G. Murzin S. E. Brenner T. Hubbard C. Chothia 1995 J. Mol. Biol. 247 536 540
26. A. G. Murzin 1993 EMBO J. 12 861 867
27. D. L. Theobald R. M. Mitton-Fry D. S. Wuttke 2003 Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 32 115 133
28. K. R. Williams E. K. Spicer M. B. LoPresti R. A. Guggenheimer J. W. Chase 1983 J. Biol. Chem. 258 3346 3355
29. L. Carlini U. Curth B. Kindler C. Urbanke R. D. Porter 1998 FEBS Lett. 430 197 200
30. C. Iftode Y. Daniely J. A. Borowiec 1999 Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 34 141 180
31. E. Bochkareva S. Korolev S. P. Lees-Miller A. Bochkarev 2002 EMBO J. 21 1855 1863
32. G. W. Daughdrill G. W. Buchko M. V. Botuyan C. Arrowsmith M. S. Wold M. A. Kennedy D. F. Lowry 2003 Nucleic Acids Res. 31 4176 4183
33. K. Weisshart P. Taneja E. Fanning 1998 J. Virol. 72 9771 9781
34. E. I. Golub R. C. Gupta T. Haaf M. S. Wold C. M. Radding 1998 Nucleic Acids Res. 26 5388 5393
35. E. Bochkareva L. Kaustov A. Ayed G. S. Yi Y. Lu A. Pineda-Lucena J. C. Liao A. L. Okorokov J. Milner C. H. Arrowsmith A. Bochkarev 2005 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102 15412 15417
36. G. W. Daughdrill J. Ackerman N. G. Isern M. V. Botuyan C. Arrowsmith M. S. Wold D. F. Lowry 2001 Nucleic Acids Res. 29 3270 3276
37. Z. He B. T. Brinton J. Greenblatt J. A. Hassell C. J. Ingles 1993 Cell 73 1223 1232
38. G. Mer A. Bochkarev R. Gupta E. Bochkareva L. Frappier C. J. Ingles A. M. Edwards W. J. Chazin 2000 Cell 103 449 456
39. K. S. Gajiwala S. K. Burley 2000 Curr. Opin. Struct. Biol. 10 110 116
40. K. A. Braun Y. Lao Z. He C. J. Ingles M. S. Wold 1997 Biochemistry 36 8443 8454
41. M. E. Stauffer W. J. Chazin 2004 J. Biol. Chem. 279 25638 25645
42. T. J. Kelly P. Simancek G. S. Brush 1998 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 14634 14639
43. D. Philipova J. R. Mullen H. S. Maniar J. Lu C. Gu S. J. Brill 1996 Genes Dev. 10 2222 2233
44. J. De Vries W. Wackernagel 1993 Gene 127 39 45
45. J. Genschel L. Litz H. Thole U. Roemling C. Urbanke 1996 Gene 182 137 143
46. K. Purnapatre U. Varshney 1999 Eur. J. Biochem. 264 591 598
47. A. Sancar K. Williams J. Chase W. Rupp 1981 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78 4274 4278
48. J. H. Weiner L. L. Bertsch A. Kornberg 1975 J. Biol. Chem. 250 1972 1980
49. G. Webster J. Genschel U. Curth C. Urbanke C. Kang R. Hilgenfeld 1997 FEBS Lett. 411 313 316
50. C. Yang U. Curth C. Urbanke C.-H. Kang 1997 Nat. Struct. Biol. 4 153 157
51. U. Curth C. Urbanke J. Greipel H. Gerberding V. Tiranti M. Zeviani 1994 Eur. J. Biochem. 221 435 443
52. S. Dabrowski M. Olszewski R. Piatek A. Brillowska-Dabrowska G. Konopa J. Kur 2002 Microbiology 148 3307 3315
53. J. M. Eggington N. Haruta E. A. Wood M. M. Cox 2004 BMC Microbiol. 4 2
54. G. Witte C. Urbanke U. Curth 2005 Nucleic Acids Res. 33 1662 1670
55. D. A. Bernstein J. M. Eggington M. P. Killoran A. M. Misic M. M. Cox J. L. Keck 2004 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101 8575 8580
56. A. Bochkarev R. A. Pfuetzner A. M. Edwards L. Frappier 1997 Nature 385 176 181
57. Y. Lin J. B. Robbins E. K. Nyannor Y. H. Chen I. K. Cann 2005 J. Bacteriol. 187 7881 7889
58. Y. L. Lin K. K. Shivji C. Chen R. Kolodner R. D. Wood A. Dutta 1998 J. Biol. Chem. 273 1453 1461
59. E. Bochkareva L. Frappier A. M. Edwards A. Bochkarev 1998 J. Biol. Chem. 273 3932 3936
60. A. Bochkarev E. Bochkareva L. Frappier A. M. Edwards 1999 EMBO J. 18 4498 4504
61. F. Chedin E. M. Seitz S. C. Kowalczykowski 1998 Trends Biochem. Sci. 23 273 277
62. I. D. Kerr R. I. Wadsworth L. Cubeddu W. Blankenfeldt J. H. Naismith M. F. White 2003 EMBO J. 22 2561 2570
63. R. I. Wadsworth M. F. White 2001 Nucleic Acids Res. 29 914 920
64. A. Bochkarev E. Bochkareva 2004 Curr. Opin. Struct. Biol. 14 36 42
65. S. Raghunathan C. S. Ricard T. M. Lohman G. Waksman 1997 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94 6652 6657
66. S. Raghunathan A. G. Kozlov T. M. Lohman G. Waksman 2000 Nat. Struct. Biol. 7 648 652
67. A. A. Antson 2000 Curr. Opin. Struct. Biol. 10 87 94
68. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne 2000 Nucleic Acids Res. 28 235 242
69. A. P. Carter W. M. Clemons Jr. D. E. Brodersen R. J. Morgan-Warren T. Hartsch B. T. Wimberly V. Ramakrishnan 2001 Science 291 498 501
70. E. Bochkareva V. Belegu S. Korolev A. Bochkarev 2001 EMBO J. 20 612 618
71. C. E. Bogden D. Fass N. Bergman M. D. Nichols J. M. Berger 1999 Mol. Cell 3 487 493
72. O. B. Peersen J. A. Ruggles S. C. Schultz 2002 Nat. Struct. Biol. 9 182 187
73. S. N. Savvides S. Raghunathan K. Futterer A. G. Kozlov T. M. Lohman G. Waksman 2004 Protein Sci. 13 1942 1947
74. N. V. Grishin 2001 Nucleic Acids Res. 29 1703 1714
75. J. M. Matthews M. Sunde 2002 IUBMB Life 54 351 355
76. S. S. Krishna I. Majumdar N. V. Grishin 2003 Nucleic Acids Res. 31 532 550
77. M. J. Lachenmann J. E. Ladbury J. Dong K. Huang P. Carey M. A. Weiss 2004 Biochemistry 43 13910 13925
78. J. S. Park M. Wang S. J. Park S. H. Lee 1999 J. Biol. Chem. 274 29075 29080
79. K. Komori Y. Ishino 2001 J. Biol. Chem. 276 25654 25660
80. E. Bochkareva S. Korolev A. Bochkarev 2000 J. Biol. Chem. 275 27332 27338
81. W. Bujalowski L. B. Overman T. M. Lohman 1988 J. Biol. Chem. 163 4629 4640
82. A. G. Kozlov T. M. Lohman 2002 Biochemistry 41 11611 11627
83. S. A. Bastin-Shanower S. J. Brill 2001 J. Biol. Chem. 276 36446 36453
84. O. I. Lavrik D. M. Kolpashchikov K. Weisshart H. P. Nasheuer S. N. Khodyreva A. Favre 1999 Nucleic Acids Res. 27 4235 4240
85. X. V. Gomes L. A. Henricksen M. S. Wold 1996 Biochemistry 35 5586 5595
86. P. E. Pestryakov K. Weisshart B. Schlott S. N. Khodyreva E. Kremmer F. Grosse O. I. Lavrik H.-P. Nasheuer 2003 J. Biol. Chem. 278 17515 17524
87. P. E. Pestryakov Yu. S. Krasikova I. O. Petruseva S. N. Khodyreva O. I. Lavrik 2007 Dokl. AN SSSR 412 118 122
88. W. L. De Laat E. Appeldoorn K. Sugasawa E. Weterings N. G. Jaspers J. H. Hoeijmakers 1998 Genes Dev. 12 2598 2609
89. K. Treuner U. Ramsperger R. J. Knippers 1996 Mol. Biol. 259 104 112
90. L. J. Blackwell J. A. Borowiec I. A. Masrangelo 1996 Mol. Cell. Biol. 16 4798 4807
91. T. M. Lohman L. B. Overman 1985 J. Biol. Chem. 260 3594 3603
92. C. Kim M. S. Wold 1995 Biochemistry 34 2058 2064
93. S. J. Brill B. Stillman 1991 Genes Dev. 5 1589 1600
94. W.-D. Heyer M. R. S. Rao L. F. Erdile T. J. Kelly R. D. Kolodner 1990 EMBO J. 9 2321 2329
95. D. M. Kolpashchikov S. N. Khodyreva D. Y. Khlimankov M. S. Wold A. Favre O. I. Lavrik 2001 Nucleic Acids Res. 29 373 379
96. P. E. Pestryakov D. Yu. Khlimankov E. Bochkareva A. Bochkarev O. I. Lavrik 2004 Nucleic Acids Res. 32 1894 1903
97. K. Weisshart P. Pestryakov R. W. Smith H. Hartmann E. Kremmer O. Lavrik H.-P. Nasheuer 2004 J. Biol. Chem. 279 35368 35376
98. T. M. Lohman W. Bujalowski 1994 Biochemistry 33 6167 6176
99. E. Fanning V. Klimovich A. R. Nager 2006 Nucleic Acids Res. 34 4126 4137
100. G. Mass T. Nethanel G. Kaufmann 1998 Mol. Cell. Biol. 18 6399 6407
101. G. Mass T. Nethanel O. I. Lavrik M. S. Wold G. Kaufmann 2001 Nucleic Acids Res. 29 3892 3899
102. Krasikova, Yu. S., Belousova, E. A., Lebedeva, N. A., Pestryakov, P. E., and Lavrik, O. I. (2008) Biochemistry (Moscow), accepted for publication.
103. G. Maga I. Shevelev G. Villani S. Spadari U. Hubscher 2006 Nucleic Acids Res. 34 1405 1415
104. G. Maga G. Villani E. Crespan U. Wimmer E. Ferrari B. Bertocci U. Hubscher 2007 Nature 447 606 608
105. E. Crespan U. Hubscher G. Maga 2007 Nucleic Acids Res. 35 5173 5181
106. L. Gillet O. Scharer 2006 Chem. Rev. 106 253 276
107. K. Sugasawa J. M. Ng C. Masutani S. Iwai P. J. van der Spek A. P. Eker F. Hanaoka D. Bootsma J. H. Hoeijmakers 1998 Mol. Cell. 2 223 232
108. M. Volker M. J. Mone P. Karmakar A. van Hoffen W. Schul W. Vermeulen J. H. Hoeijmakers R. van Driel A. A. van Zeeland L. H. Mullenders 2001 Mol. Cell. 8 213 224
109. N. I. Rechkunova E. A. Maltseva O. I. Lavrik 2008 Mol. Biol. (Moscow) 42 24 31
110. S. M. Patrick J. J. Turchi 1999 J. Biol. Chem. 274 14972 14978
111. M. Missura T. Buterin R. Hindges U. Hubscher J. Kasparkova V. Brabec H. Naegeli 2001 EMBO J. 20 3554 3564
112. J. T. Reardon A. Sancar 2002 Mol. Cell Biol. 22 5938 5945
113. S. M. Patrick J. J. Turchi 1998 Biochemistry 37 8808 8815
114. S. C. Shuck E. A. Short J. J. Turchi 2008 Cell Res. 18 64 72
115. J. Smith H. Zou R. Rothstein 2000 Biochimie 82 71 78
116. V. Schramke P. Luciano V. Brevet S. Guillot Y. Corda M. P. Longhese E. Gilson V. Geli 2004 Nat. Genet. 36 46 54
117. S. Cohen E. Jacob H. Manor 2004 Biochim. Biophys. Acta 1679 129 140
118. T. R. Salas I. Petruseva O. Lavrik A. Bourdoncle J. L. Mergny A. Favre C. Saintome 2006 Nucleic Acids Res. 34 4857 4865