Transient 2D-IR spectroscopy of thiopeptide isomerization

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 28, 2008, Pages 8398-8405

  Cervetto, Valentina ^a   Hamm, Peter ^a   Helbing, Jan ^a  

^a Physikalisch Chemisches Institut   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

INFORMATION CONTENTS; IR SPECTRUM; IR-SPECTROSCOPY; MODEL SPECTRA; PHOTO REACTIONS; PUMP-PROBE SPECTRA; THIOPEPTIDE; VIBRATIONAL BANDS;

EID: 50249149504     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp801166q     Document Type: Article

References (47)

1. Mukamel, S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 691-729.
2. Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 516.
3. Khalil, M.; Demirdöven, N.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem A 2003, 107, 5258-5279.
4. Jonas, D. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 2003, 54, 425-463.
5. Zheng, J.; Kwak, K.; Fayer, M. D. Acc. Chem. Res. 2007, 40, 75-83.
6. Asbury, J. B.; Steinel, T.; Stromberg, C.; Gaffney, K. J.; Piletic, I. R.; Goun, A.; Fayer, M. D. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 237402.
7. Yeremenko, S.; Pschenichnikov, M. S.; Wiersma, D. A. Chem. Phys. Lett. 2003, 369, 107-113.
8. Cowan, M. L.; Bruner, B. D.; Huse, N.; Dwyer, J. R.; Chugh, B.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T.; Miller, R. J. D. Nature 2005, 434, 199-202.
9. Loparo, J. J.; Roberts, S. T.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 194521.
10. Bredenbeck, J.; Ghosh, A.; Smits, M.; Bonn, M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2152-2153.
11. Larsen, O. F. A.; Bodis, P.; Buma, W. J.; Hannam, J. S.; Leigh, D. A.; Woutersen, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2005, 102, 13378-13382.
12. Krummel, A. T.; Mukherjee, P.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9165-9169.
13. Moran, A. M.; Park, S.-M.; Dreyer, J.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3651-3659.
14. Fang, C.; Wang, J.; Charnley, A. K.; Barber-Armstrong, W.; Smith, A.; Decatur, S.; Hochstrasser, R. Chem. Phys. Lett. 2003, 382, 586-592.
15. Demirdöven, N.; Cheatum, C. M.; Chung, H. S.; Khalil, M.; Knoester, J.; Tokmakoff, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7981-7990.
16. Maekawa, H.; Toniolo, C.; Moretto, A.; Broxterman, Q. B.; Ge, N. H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 5834-5837.
17. Choi, J.-H.; Hahn, S.; Cho, M. Biopolymers 2006, 83, 519-536.
18. Smith, A. W.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2007, 126, 045109.
19. Jansen, T. I. C.; Knoester, J. Biophys. J. 2007, 94, 1818-1825.
20. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. 2000, 104, 11316-11320.
21. Gnanakaran, S.; Hochstrasser, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12886-12898.
22. Zanni, M. T.; Gnanakaran, S.; Stenger, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6520-6535.
23. Woutersen, S.; Pfister, R.; Hamm, P.; Mu, Y.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6833-6840.
24. Ham, S.; Cha, S.; Choi, J.-H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1451.
25. Bredenbeck, J.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1569-1578.
26. Moran, A.; Mukamel, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2004, 101, 506-510.
27. Kim, Y. S.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7511-7521.
28. Sul, S.; Karaiskaj, D.; Jiang, Y.; Ge, N. H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 19891-19905.
29. Woutersen, S.; Mu, Y.; Stock, G.; Hamm, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2001, 98, 11254-11258.
30. Mukherjee, P.; Kass, I.; Arkin, I.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 3528-3533.
31. Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Renner, C.; Behrendt, R.; Moroder, L.; Wachtveitl, J.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 8654-8660.
32. Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5943-5957.
33. Kolano, C.; Helbing, J.; Kozinski, M.; Sander, W.; Hamm, P. Nature 2006, 444, 469-472.
34. Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Kolano, C.; Hamm, P. ChemPhysChem 2007, 5, 1747-1756.
35. Chung, H. S.; Khalil, M.; Smith, A. W.; Tokmakoff, A. Rev. Sci. Instrum. 2007, 78, 063101.
36. Chung, H. S.; Ganim, Z.; Jones, K. C.; Tokmakoff, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14237-14242.
37. Hamm, P.; Helbing, J.; Bredenbeck, J. Annu. Rev. Phys. Chem. 2008, 59, 291-317.
38. Woutersen, S.; Mu, Y.; Stock, G.; Hamm, P. Chem. Phys. 2001, 266, 137-147.
39. Cervetto, V.; Pfister, R.; Helbing, J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 3540-3544.
40. Cervetto, V.; Pfister, R.; Kolano, C.; Bregy, H.; Heimgartner, H.; Helbing, J. Chem.-Eur. J. 2007, 13, 9004-9011.
41. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys.: Condens. Matter 2002, 14, R1035.
42. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. 1998, 102, 6123-6138.
43. Helbing, J.; Bregy, H.; Bredenbeck, J.; Pfister, R.; Hamm, R. H. P.; Wachtveitl, J.; Vico, L. D.; Olivucci, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8823-8834.
44. Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Hamm, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 990-991.
45. Zhuang, W.; Abramavicius, D.; Hayashi, T.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3362-3374.
46. Wildemann, D.; Schiene-Fischer, C.; Aumüller, T.; Bachmann, A.; Kiefhaber, T.; Lücke, C.; Fischer, G. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4910-4918.
47. Relatively large amounts of sample are needed because of this frequent renewal. Unlike the equilibrium 2D-IR and the pump-probe measurements in refs 39 and 40, T-2D-IR measurements have therefore been performed on only molecules without isotope labels.