Conformations of N-acetyl-L-prolinamide by two-dimensional infrared spectroscopy

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 40, 2006, Pages 19891-19905

  Sul, Soohwan ^a   Karaiskaj, Denis ^a,b   Jiang, Ying ^a   Ge, Nien Hui ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b NATIONAL RENEWABLE ENERGY LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AROMATIC COMPOUNDS; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; HAMILTONIANS; INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE; PHOTONS; POLARIZATION; POLYPEPTIDES; SPECTRUM ANALYSIS;

MULTIPLE CONFORMERS; N-ACETYL-L-PROLINAMIDE; REVERSE PHOTON ECHO (RPE); SPECTRAL SIMULATIONS; TWO-DIMENSIONAL INFRARED SPECTROSCOPY;

NITROGEN COMPOUNDS;

EID: 33750347591     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp062039h     Document Type: Article

References (77)

1. Madison, V.; Schellman, J. Biopolymers 1970, 9, 511.
2. Pogliani, L.; Ellenberger, M.; Valat, J.; Bellocq, A. M. Int. J. Pept. Protein Res. 1975, 7, 345.
3. Benedetti, E.; Christensen, A.; Gilon, C.; Fuller, W.; Goodman, M. Biopolymers 1976, 15, 2523.
4. Radding, W.; Ueyama, N.; Gilon, C.; Goodman, M. Biopolymers 1976, 15, 591.
5. Madison, V.; Kopple, K. D. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 4855.
6. Ramek, M.; Kelterer, A. M.; Teppen, B. J.; Schafer, L. J. Mol. Struct. 1995, 352, 59.
7. Zanni, M. T.; Gnanakaran, S.; Stenger, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6520.
8. Zanni, M. T.; Ge, N.-H.; Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11265.
9. Ge, N.-H.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 962.
10. Rubtsov, I. V.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 9165.
11. Hahn, S.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2004, 121, 1849.
12. Sahai, M. A.; Kehoe, T. A. K.; Koo, J. C. P.; Setiadi, D. H.; Chass, G. A.; Viskolcz, B.; Penke, B.; Pai, E. F.; Csizmadia, I. G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2660.
13. Lee, K.-K.; Hahn, S.; Oh, K.-I.; Choi, J. S.; Joo, C.; Lee, H.; Han, H.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2006, http://dx.doi.org/10.1021/jp055846+.
14. MaCarthur, M. W.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1991, 218, 397.
15. Brandts, J. F.; Halvorson, H. R.; Brennan, M. Biochemistry 1975, 14, 4953.
16. Schmid, F. X.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1978, 75, 4764.
17. Madison, V.; Delaney, N. G. Biopolymers 1983, 22, 869.
18. Higashijima, T.; Tasumi, M.; Miyazawa, T. Biopolymers 1977, 16, 1259.
19. Liang, G.-B.; Rito, C. J.; Gellman, S. H. Biopolymers 1992, 32, 293.
20. Akiyama, M.; Ohtani, T.; Furuta, Y.; Watanabe, E. Spectrochim. Acta, Part A 1994, 50, 1675.
21. Hamm, P.; Lim, M. H.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 702, 6123.
22. Asplund, M. C.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8219.
23. Golonzka, O.; Khalil, M.; Demirdöven, N.; Tokmakoff, A. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 2154.
24. Asbury, J. B.; Steinel, T.; Stromberg, C.; Gaffney, K. J.; Piletic, I. R.; Goun, A.; Fayer, M. D. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 237402.
25. Yeremenko, S.; Pschenichnikov, M. S.; Wiersma, D. A. Chem. Phys. Lett. 2003, 369, 107.
26. Fulmer, E. C.; Ding, F.; Mukherjee, P.; Zanni, M. T. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 067402.
27. Cowan, M. L.; Bruner, B. D.; Huse, N.; Dwyer, J. R.; Chugh, B.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T.; Miller, R. J. D. Nature 2005, 434, 199.
28. Larsen, O. F. A.; Bodis, P.; Buma, W. J.; Hannam, J. S.; Leigh, D. A.; Woutersen, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13378.
29. Kurochkin, D. V.; Naraharisetty, S. R. G.; Rubtsov, I. V. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 10799
30. Mukamel, S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 57, 691.
31. Hamm, P.; Lim, M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2036.
32. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2727.
33. Woutersen, S.; Mu, Y.; Stock, G.; Hamm, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11254.
34. Rubtsov, I. V.; Wang, J. P.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5601.
35. Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Behrendt, R.; Renner, C.; Moroder, L.; Wachtveitl, J.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 8654.
36. Volkov, V.; Hamm, P. Biophys. J. 2004, 87, 4213.
37. Mukherjee, P.; Krummel, A. T.; Fulmer, E. C.; Kass, I.; Arkin, I. T.; Zanni, M. T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10215.
38. Fang, C.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 18652.
39. Kim, Y. S.; Wang, J. P.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7511.
40. Chung, H. S.; Khalil, M.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15332.
41. Maekawa, H.; Toniolo, C.; Moretto, A.; Broxterman, Q. B.; Ge, N.-H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 5834.
42. Demirdöven, N.; Cheatum, C. M.; Chung, H. S.; Khalil, M.; Knoester, J.; Tokmakoff, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7981.
43. Mukherjee, P.; Kass, I.; Arkin, I.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 3528.
44. Wang, J. P.; Chen, J. X.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7545.
45. Smith, P. E.; Pettitt, B. M. J. Phys. Chem. 1993, 97, 6907.
46. Bolhuis, P. G.; Dellago, C.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5877.
47. 2 by Coherent 2D IR Spectroscopy. In Ultrafast Phenomena XIV; Kobayashi, T., Okada, T., Kobayashi, T., Nelson, K. A., De Silvestri, S., Eds.; Springer-Verlag: Berlin, 2005; p 545.
48. Hamm, P.; Kaindl, R. A.; Stenger, J. Opt. Lett. 2000, 25, 1798.
49. Zhang, W. M.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1999, 110, 5011.
50. Scheurer, C.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2001, 115, 4989.
51. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379.
52. Venkatramani, R.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2002, 117, 11089.
53. Fulmer, E. C.; Mukherjee, P.; Krummel, A. T.; Zanni, M. T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8067.
54. Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2001, 266, 273.
55. Golonzka, O.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 297.
56. Zhuang, W.; Abramavicius, D.; Mukamel, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 7443.
57. Krummel, A. T.; Mukherjee, P.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9165.
58. Beausoleil, E.; Lubell, W. D. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12902.
59. Jhon, J. S.; Kang, Y. K. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 5436.
60. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scusería, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
61. Kang, Y. K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11589.
62. Kang, Y. K. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2002, 585, 209.
63. Andersson, M. P.; Uvdal, P. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2937.
64. Garbuzova, I. A.; Lokshin, B. V. Russ. Chem. Bull. 2004, 53, 1894.
65. Torii, H.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 81.
66. Ham, S.; Cha, S.; Choi, J.-H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1451.
67. Hamm, P.; Hochstrasser, R. M. Structure and Dynamics of Proteins and Peptides: Femtosecond Two-Dimensional Infrared Spectroscopy. In Ultrafast Infared and Roman Spectroscopy; Fayer, M. D., Ed.; Marcel Dekker Inc.: New York, 2001; p 273.
68. Rubtsov, I. V.; Kumar, K.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 2005, 402, 439.
69. Wang, J. P.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3798.
70. Gnanakaran, S.; Hochstrasser, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12886.
71. Owrutsky, J. C.; Raftery, D.; Hochstrasser, R. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 1994, 45, 519.
72. Oxtoby, D. W. Adv. Chem. Phys. 1981, 47, 487.
73. Tominaga, K.; Yoshihara, K. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 4222.
74. Reichardt, C. Solvents and Solvent Effects in Organic Chemistry, 3rd ed., updated and enlarged; Wiley-VCH: Weinheim, 2003; pp 126-132.
75. Pimentel, G. C.; McClellan, A. L. The Hydrogen Bond; W. H. Freeman: San Francisco, 1960.
76. DeCamp, M. F.; DeFlores, L.; McCracken, J. M.; Tokmakoff, A.; Kwac, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11016.
77. Hu, H.; Elstner, M.; Hermans, J. Proteins 2003, 50, 451.