Proteomics- and transcriptomics-based screening of differentially expressed proteins and genes in brain of wig rat: A model for attention deficit hyperactivity disorder (ADHD) research

Journal of Proteome Research

Volumn 7, Issue 6, 2008, Pages 2471-2489

  Hirano, Misato ^a   Rakwal, Randeep ^a   Shibato, Junko ^a   Sawa, Hirofumi ^b   Nagashima, Kazuo ^b   Ogawa, Yoko ^a   Yoshida, Yasukazu ^a   Iwahashi, Hitoshi ^a   Niki, Etsuo ^a   Masuo, Yoshinori ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF ADVANCED INDUSTRIAL SCIENCE AND TECHNOLOGY AIST   (Japan)

^b HOKKAIDO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

ADHD; Biomarkers; Brain regions; Gel based proteomics; Neurodegenerative diseases; Wig

Indexed keywords

NEUROTRANSMITTER; SILVER NITRATE; UNINDEXED DRUG; PROTEIN;

ALZHEIMER DISEASE; ANIMAL TISSUE; ARTICLE; ATTENTION DEFICIT DISORDER; BRAIN REGION; CELL TRANSPORT; CONTROLLED STUDY; CORPUS STRIATUM; CYTOSKELETON; DNA MICROARRAY; DOWN REGULATION; ENERGY METABOLISM; FRAGILE X SYNDROME; FRONTAL CORTEX; GENE EXPRESSION; GENE IDENTIFICATION; GENETIC TRANSCRIPTION; MALE; MESENCEPHALON; NEUROTRANSMITTER RELEASE; NONHUMAN; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PARKINSON DISEASE; PATHOGENESIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN SYNTHESIS; PROTEOMICS; RAT; SCHIZOPHRENIA; SIGNAL TRANSDUCTION; SYNAPSE VESICLE; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TRANSCRIPTOMICS; TWO DIMENSIONAL GEL ELECTROPHORESIS; UPREGULATION; ANIMAL; BASAL GANGLION; BRAIN; DISEASE MODEL; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; FRONTAL LOBE; GENE EXPRESSION PROFILING; GENETICS; LONG EVANS CINNAMON RAT; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; METHODOLOGY; PATHOLOGY; RAT STRAIN; WISTAR RAT;

ANIMALIA; RATTUS;

ANIMALS; ATTENTION DEFICIT DISORDER WITH HYPERACTIVITY; BASAL GANGLIA; BRAIN; DISEASE MODELS, ANIMAL; ELECTROPHORESIS, GEL, TWO-DIMENSIONAL; FRONTAL LOBE; GENE EXPRESSION PROFILING; MALE; MESENCEPHALON; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; PROTEINS; PROTEOMICS; RATS; RATS, INBRED LEC; RATS, MUTANT STRAINS; RATS, WISTAR; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 49849105297     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr800025t     Document Type: Article

References (108)

1. Russell, V. A. Neurosci. Biobehav. Rev. 2003, 27, 671-682.
2. Viggiano, D.; Vallone, D.; Ruocco, L. A.; Sadile, A. G. Neurosci. Biobehav. Rev. 2003, 27, 683-689.
3. Russell, V. A. J. Neurosci. Methods 2007, 161, 185-198.
4. Kamimura, E.; Ueno, Y.; Tanaka, S.; Sawa, H.; Yoshioka, M.; Ueno, K. I.; Inoue, T.; Li, X.; Koyama, T.; Ishikawa, R.; Nagashima, K. Comp. Med. 2001, 51, 245-251.
5. Davids, E.; Zhang, K.; Kula, N. S.; Tarazi, F. I.; Baldessarini, R. J. J. Pharmacol. Exp. Ther. 2002, 301, 1097-1102.
6. Zhang, K.; Tarazi, F. I.; Baldessarini, R. J. Neuropsychopharmacology 2001, 25, 624-632.
7. Masuo, Y.; Ishido, M.; Morita, M.; Oka, S.; Niki, E. J. Neurochem. 2004, 91, 9-19.
8. Masuo, Y.; Ishido, M.; Morita, M.; Sawa, H.; Nagashima, K.; Niki, E. Eur. J. Neurosci. 2007, 25, 3659-3666.
9. Sonuga-Barke, E. J. Neurosci. Biobehav. Rev. 2003, 27, 593-604.
10. Fountoulakis, M.; Kossida, S. Electrophoresis 2006, 27, 1556-1573.
11. Yang, L.; Sun, Z. S.; Zhu, Y. P. J. Proteome Res. 2007, 6, 2239- 2247.
12. Almeras, L.; Eyles, D.; Benech, P.; Laffite, D.; Villard, C.; Patatian, A.; Boucraut, J.; Mackay-Sim, A.; McGrath, J.; Feron, F. Proteomics 2007, 7, 769-780.
13. Zhang, L.; Jie, C.; Obie, C.; Abidi, F.; Schwartz, C. E.; Stevenson, R. E.; Valle, D.; Wang, T. Genome Res. 2007, 17, 641-648.
14. DeRisi, J. L.; Iyer, V. R.; Brown, P. O. Science 1997, 278, 680-686.
15. Arion, D.; Unger, T.; Lewis, D. A.; Mimics, K Eur. J. Neurosci. 2007, 25, 1843-1854.
16. Hirano, M.; Rakwal, R.; Shibato, J.; Agrawal, G. K.; Jwa, N. S.; Iwahashi, H.; Masuo, Y. Mol. Cells 2006, 22, 119-125.
17. Gygi, S. P.; Rochon, Y.; Franza, B. R.; Aebersold, R. Mol. Cell. Biol. 1999, 19, 1720-1730.
18. Masuo, Y.; Ishido, M.; Morita, M.; Oka, S. Neural Plast. 2004, 11, 59-76.
19. Glowinski, J.; Iversen, L. L. J. Neurochem. 1966, 13, 655-669.
20. Hirano, M.; Rakwal, R.; Kouyama, N.; Katayama, Y.; Hayashi, M.; Shibato, J.; Ogawa, Y.; Yoshida, Y.; Iwahashi, H.; Masuo, Y. J. Proteome Res. 2007, 6, 2656-2668.
21. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
22. Shevchenko, A.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 850-858.
23. Jung, Y. H.; Rakwal, R.; Agrawal, G. K.; Shibato, J.; Kim, J. A.; Lee, M. O.; Choi, P. K.; Jung, S. H.; Kim, S. H.; Koh, H. J.; Yonekura, M.; Iwahashi, H.; Jwa, N. S. J. Proteome Res. 2006, 5, 2586-2598.
24. Rosenzweig, B. A.; Pine, P. S.; Domon, O. E.; Morris, S. M.; Chen, J. J.; Sistare, F. D. Environ. Health Perspect. 2004, 112, 480-487.
25. Altaian, N. Appl. Bioinf. 2005, 4, 33-44.
26. Martin-Magniette, M. L.; Aubert, J.; Cabannes, E.; Daudin, J. J. Bioinformatics 2005, 21, 1995-2000.
27. Cho, K.; Agrawal, G. K.; Shibato, J.; Jung, Y. H.; Kim, Y. K.; Nahm, B. H.; Jwa, N. S.; Tamogami, S.; Han, O.; Kohda, K.; Iwahashi, H.; Rakwal, R. J. Proteome Res. 2007, 6, 3581-3603.
28. Umahara, T.; Uchihara, T.; Tsuchiya, K.; Nakamura, A.; Iwamoto, T.; Ikeda, K.; Takasaki, M. Acta Neuropathol. (Berlin) 2004, 108, 279-286.
29. Fountoulakis, M.; Cairns, N.; Lubec, G. J. Neural Transm. Suppl. 1999, 57, 323-335.
30. Satoh, J.; Yamamura, T.; Arima, K. Am. J. Pathol. 2004, 165, 577- 592.
31. Layfleld, R.; Fergusson, J.; Aitken, A; Lowe, J.; Landon, M.; Mayer, R. J. Neurosci. Lett. 1996, 209, 57-60.
32. Yoshimura, T.; Kawano, Y.; Arimura, N.; Kawabata, S.; Kikuchi, A.; Kaibuchi, K. Cell 2005, 120, 137-149.
33. Fukata, Y.; Itoh, T. J.; Kimura, T.; Menager, C.; Nishimura, T.; Shiromizu, T.; Watanabe, H.; Inagaki, N.; Iwamatsu, A.; Hotani, H.; Kaibuchi, K. Nat. Cell Biol. 2002, 4, 583-591.
34. Paulson, L.; Martin, P.; Nilsson, C. L.; Ljung, E.; Westman- Brinkmalm, A.; Blennow, K.; Davidsson, P. Proteomics 2004, 4, 819-825.
35. Beasley, C. L.; Pennington, K.; Behan, A.; Wait, R.; Dunn, M. J.; Cotter, D. Proteomics 2006, 6, 3414-3425.
36. Rosslenbroich, V.; Dai, L.; Baader, S. L.; Noegel, A. A.; Gieselmann, V.; Kappler, J. Exp. Cell Res. 2005, 310, 434-444.
37. Wang, L. H.; Strittmatter, S. M. J. Neurosci. 1996, 16, 6197-6207.
38. Iwase, T.; Ojika, K.; Matsukawa, N.; Nishino, H.; Yamamoto, T.; Okada, H.; Fujimori, O.; Ueda, R. Neuroscience 2001, 102, 341- 352.
39. Ishii, H.; Wang, Y.; Huebner, K. Cell Cycle 2007, 6, 1044-1048.
40. Golebiowski, F.; Kowara, R.; Pawelczyk, T. Mol. Cell. Biochem. 2001, 226, 49-55.
41. Ignacio, P. C.; Baldwin, B. A.; Vijayan, V. K.; Tait, R. C.; Gorin, F. A. Brain Res. 1990, 529, 42-49.
42. Shulman, R. G.; Hyder, F.; Rothman, D. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 6417-6422.
43. Poblete, J. C.; Azmitia, E. C. Brain Res. 1995, 680, 9-15.
44. Levivier, M.; Donaldson, D. Neurol. Res. 2000, 22, 425-429.
45. Sultana, R.; Boyd-Kimball, D.; Poon, H. F.; Cat, J.; Pierce, W. M.; Klein, J. B.; Merchant, M.; Markesbery, W. R.; Butterfield, D. A. Neurobiol. Aging 2006, 27, 1564-1576.
46. Martin, E.; Rosenthal, R. E.; Fiskum, G. J. Neurosci. Res. 2005, 79, 240-247.
47. Reed, L. J. J. Biol. Chem. 2001, 276, 38329-38336.
48. Hoshi, M.; Takashima, A.; Noguchi, K.; Murayama, M.; Sato, M.; Kondo, S.; Saitoh, Y.; Ishiguro, K.; Hoshino, T.; Imahori, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 2719-2723.
49. Kelly, B. L.; Ferreira, A. J. Biol. Chem. 2006, 281, 28079-28089.
50. Torre, E.; McNiven, M. A.; Urrutia, R. J. Biol. Chem. 1994, 269, 32411-32417.
51. Puschel, A. W.; O'Connor, V.; Betz, H. FEBS Lett. 1994, 347, 55- 58.
52. Clary, D. O.; Griff, I. C.; Rothman, J. E. Cell 1990, 61, 709-721.
53. Stenbeck, G. Int. J. Biochem. Cell Biol. 1998, 30, 573-577.
54. Mitchell, S. J.; Ryan, T. A. Neuropharmacology 2005, 48, 372-380.
55. Gonzalez-Hernandez, T.; Rodriguez, M. J. Comp. Neurol. 2000, 421, 107-135.
56. Yus-Najera, E.; Santana-Castro, I.; Villarroel, A. J. Biol. Chem. 2002, 277, 28545-28553.
57. Suzuki, H.; Ueda, T.; Taguchi, H.; Takeuchi, N. J. Biol. Chem. 2007, 282, 4076-4084.
58. Kinoshita, A.; Noda, M.; Kinoshita, M. J. Comp. Neurol. 2000, 428, 223-239.
59. Beites, C. L.; Xie, H.; Bowser, R.; Trimble, W. S. Nat. Neurosci. 1999, 2, 434-439.
60. Periquet, M.; Corti, O.; Jacquier, S.; Brice, A. J. Neurochem. 2005, 95, 1259-1276.
61. D'Souza, S. M.; Brown, I. R. Cell Stress Chaperones 1998, 3, 188- 199.
62. Sidera, K.; Samiotaki, M.; Yfanti, E.; Panayotou, G.; Patsavoudi, E. J. Biol. Chem. 2004, 279, 45379-45388.
63. Gerges, N. Z.; Tran, I. C.; Backos, D. S.; Harrell, J. M.; Clunkers, M.; Pratt, W. B.; Esteban, J. A. J. Neurosci. 2004, 24, 4758-4766.
64. Takata, K.; Kitamura, Y.; Tsuchiya, D.; Kawasaki, T.; Taniguchi, T.; Shimohama, S. Neurosci. Lett. 2003, 344, 87-90.
65. Uryu, K.; Richter-Landsberg, C.; Welch, W.; Sun, E.; Goldbaum, O.; Norris, E. H.; Pham, C. T.; Yazawa, I.; Hilburger, K.; Micsenyl, M.; Giasson, B. I.; Bonini, N. M.; Lee, V. M.; Trojanowski, J. Q. Am. J. Pathol. 2006, 168, 947-961.
66. Normant, E.; Gros, C.; Schwartz, J. C. J. Biol. Chem. 1995, 270, 20543-20549.
67. Uetani, N.; Chagnon, M. J.; Kennedy, T. E.; Iwakura, Y; Tremblay, M. L. J. Neurosci. 2006, 26, 5872-5880.
68. Tremmel, D.; Duarte, M.; Videira, A.; Tropschug, M. FEBS Lett. 2007, 581, 2036-2040.
69. Ravichandran, V.; Sabath, B. F.; Jensen, P. N.; Houff, S. A.; Major, E. O. J. Virol. 2006, 80, 10506-10513.
70. Gopalan, S. M.; Wilczynska, K. M.; Konik, B. S.; Bryan, L.; Kordula, T. J. Biol. Chem. 2006, 281, 13126-13133.
71. Egeo, A.; Mazzocco, M.; Sotgia, F.; Arrigo, P.; Oliva, R.; Bergonon, S.; Nizetic, D.; Rasore-Quartino, A.; Scartezzini, P. Hum. Genet. 1998, 102, 289-293.
72. Ishibashi, K.; Sasaki, S.; Fushimi, K.; Uchida, S.; Kuwahara, M.; Saito, H.; Furukawa, T.; Nakajima, K.; Yamaguchi, Y.; Gojobori, T.; et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 6269-6273.
73. Blagitko, N.; Schulz, U.; Schinzel, A. A.; Ropers, H. H.; Kalscheuer, V. M. Hum. Mol. Genet. 1999, 8, 2387-2396.
74. Verheijen, F. W.; Verbeek, E.; Aula, N.; Beerens, C. E.; Havelaar, A. C.; Joosse, M.; Peltonen, L.; Aula, P.; Galjaard, H.; van der Spek, P. J.; Mancini, G. M. Nat. Genet. 1999, 23, 462-465.
75. Kuvbachieva, A.; Bestel, A. M.; Tissir, F.; Maloum, I.; Guimiot, F.; Ramoz, N.; Bourgeois, F.; Moalic, J. M.; Goffinet, A. M.; Simon- neau, M. Eur. J. Neurosci. 2004, 20, 603-610.
76. Kato, H.; Chen, S.; Kiyama, H.; Ikeda, K.; Kimura, N.; Nakashima, K.; Taga, T. J. Biochem. (Tokyo) 2000, 128, 923-932.
77. Farhang-Fallah, J.; Yin, X.; Trentin, G.; Cheng, A. M.; Rozakis- Adcock, M. J. Biol. Chem. 2000, 275, 40492-40497.
78. Bauer, P. H.; Muller, S.; Puzicha, M.; Pippig, S.; Obermaier, B.; Helmreich, E. J.; Lohse, M. J. Nature 1992, 358, 73-76.
79. Kambouris, M.; Triarhou, L. C.; Dlouhy, S. R.; Sangameswaran, L.; Luo, F.; Ghetti, B.; Hodes, M. E. Brain Res. Mol. Brain Res. 1994, 25, 183-191.
80. Ko, J. L.; Loh, H. H. J. Neurochem. 2005, 93, 749-761.
81. Haque, S. J.; Petersen, D. D.; Nebert, D. W.; Mackenzie, P. I. DNA Cell Biol. 1991, 10, 515-524.
82. Martinasevic, M. K.; King, C. D.; Rios, G. R.; Tephly, T. R. Drug Metab. Dispos. 1998, 26, 1039-1041.
83. Li, J.; Wang, Y.; Zhou, R.; Zhang, H.; Yang, L.; Wang, B.; Faraone, S. V. Am. 1. Med. Genet, Part B 2006, 141, 126-129.
84. Sheehan, K.; Hawi, Z.; Gill, M.; Kent, L. Neurosci. Lett. 2007, 412, 105-107.
85. Shi, J. D.; Kukar, T.; Wang, C. Y.; Li, Q. Z.; Cruz, P. E.; Davoodi-Semiromi, A; Yang, P.; Gu, Y.; Lian, W.; Wu, D. H.; She, J. X. J. Biol. Chem. 2001, 276, 17474-17478.
86. Suzuki, K.; Suzuki, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 1970, 66, 302-309.
87. Kondo, Y.; Wenger, D. A; Gallo, V.; Duncan, I. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 18670-18675.
88. Lufei, C.; Ma, J.; Huang, G.; Zhang, T.; Novotny-Diermayr, V.; Ong, C. T.; Cao, X. EMBO J. 2003, 22, 1325-1335.
89. Voigt, P.; Dorner, M. B.; Schaefer, M. J. Biol. Chem. 2006, 281, 9977-9986.
90. Narita, M.; Imai, S.; Narita, M.; Kasukawa, A.; Yajima, Y.; Suzuki, T. Neuroscience 2004, 124, 515-521.
91. Baquet, Z. C.; Bickford, P. C.; Jones, K. R. J. Neurosci. 2005, 25, 6251-6259.
92. Mogi, M.; Togari, A.; Kondo, T.; Mizuno, Y.; Komure, O.; Kuno, S.; Ichinose, H.; Nagatsu, T. Neurosci. Lett. 1999, 270, 45-48.
93. Zuccato, C.; Ciammola, A; Rigamonti, D.; Leavitt, B. R.; Goftredo, D.; Conti, L.; MacDonald, M. E.; Friedlander, R. M.; Silani, V.; Hayden, M. R.; Timmusk, T.; Sipione, S.; Cattaneo, E. Science 2001, 293, 493-498.
94. Watson, D.; Ando, T.; Knight, J. F. Immunogenetics 2000, 51, 714- 722.
95. Hvas, J.; Oksenberg, J. R.; Fernando, R.; Steinman, L.; Bernard, C. C. J. Neuroimmunol. 1993, 46, 225-234.
96. Parker, M. G.; White, R.; Hurst, H.; Needham, M.; Tilly, R. J. Biol. Chem. 1983, 258, 12-15.
97. Bardoni, B.; Castets, M.; Huot, M. E.; Schenck, A.; Adinolfi, S.; Corbin, F.; Pastore, A.; Khandjian, E. W.; Mandel, J. L. Hum. Mol. Genet. 2003, 12, 1689-1698.
98. Reddi, P. P.; Flickinger, C. J.; Herr, J. C. Biol. Reprod. 1999, 61, 1256-1266.
99. Zhang, H.; Jones, R.; Martin-DeLeon, P. A. Matrix Biol. 2004, 22, 653-661.
100. Dang, D. T.; Pevsner, J.; Yang, V. W. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2000, 32, 1103-1121.
101. Chanchevalap, S.; Nandan, M. O.; Merlin, D.; Yang, V. W. FEBS Lett. 2004, 578, 99-105.
102. Maitra, R.; Grigoryev, D. N.; Bera, T. K.; Pastan, I. H.; Lee, B. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 303, 842-847.
103. Yue, Y.; Grossmann, B.; Holder, S. E.; Haaf, T. Hum. Genet. 2005, 117, 1-8.
104. Liu, L.; Chen, G.; Ji, X.; Gao, G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 321, 517-523.
105. Xia, X.; Hou, F.; Li, J.; Nie, H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005, 336, 281-286.
106. Yoshimura, Y.; Shinkawa, T.; Taoka, M.; Kobayashi, K.; Isobe, T.; Yamauchi, T. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002, 290, 948- 954.
107. Tang, G.; Ren, D.; Xin, R.; Qian, Y.; Wang, D.; Jiang, S. Am. J. Med. Genet. 2001, 105, 485-488.
108. Murphy, E. V.; Zhang, Y.; Zhu, W.; Biggs, J. Gene 1995, 159, 131-135.