메뉴 건너뛰기




Volumn 77, Issue 1, 2008, Pages

Interacting RNA polymerase motors on a DNA track: Effects of traffic congestion and intrinsic noise on RNA synthesis

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOSYNTHESIS; DNA; ENZYME ACTIVITY; MATHEMATICAL MODELS; TRAFFIC CONGESTION;

EID: 38749103885     PISSN: 15393755     EISSN: 15502376     Source Type: Journal    
DOI: 10.1103/PhysRevE.77.011921     Document Type: Article
Times cited : (82)

References (92)
  • 1
    • 0013217441 scopus 로고    scopus 로고
    • edited by M. Schliwa (Wiley-VCH, New York
    • Molecular Motors, edited by, M. Schliwa, (Wiley-VCH, New York, 2003).
    • (2003) Molecular Motors
  • 3
    • 33847272113 scopus 로고    scopus 로고
    • ARPLAP 0066-426X 10.1146/annurev.physchem.58.032806.104532
    • A. B. Kolomeisky and M. E. Fisher, Annu. Rev. Phys. Chem. ARPLAP 0066-426X 10.1146/annurev.physchem.58.032806.104532 58, 675 (2007).
    • (2007) Annu. Rev. Phys. Chem. , vol.58 , pp. 675
    • Kolomeisky, A.B.1    Fisher, M.E.2
  • 5
    • 33748938008 scopus 로고    scopus 로고
    • edited by D. Chowdhury, B. K. Chakrabarti, and A. Dutta, special issue of PHYADX 0378-4371 10.1016/j.physa.2006.05.013
    • R. Stinchcombe, in Common Trends in Traffic Systems, edited by, D. Chowdhury, B. K. Chakrabarti, and, A. Dutta, special issue of Physica A PHYADX 0378-4371 10.1016/j.physa.2006.05.013 372, 1 (2006).
    • (2006) Physica A , vol.372 , pp. 1
    • Stinchcombe, R.1
  • 8
    • 42749106314 scopus 로고    scopus 로고
    • PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.68.026117
    • M. R. Evans, R. Juhasz, and L. Santen, Phys. Rev. E PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.68.026117 68, 026117 (2003).
    • (2003) Phys. Rev. e , vol.68 , pp. 026117
    • Evans, M.R.1    Juhasz, R.2    Santen, L.3
  • 10
    • 33846838995 scopus 로고    scopus 로고
    • PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.75.021902
    • A. Basu and D. Chowdhury, Phys. Rev. E PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.75.021902 75, 021902 (2007).
    • (2007) Phys. Rev. e , vol.75 , pp. 021902
    • Basu, A.1    Chowdhury, D.2
  • 14
    • 0032478549 scopus 로고    scopus 로고
    • CELLB5 0092-8674 10.1016/S0092-8674(00)81140-X
    • J. Gelles and R. Landick, Cell CELLB5 0092-8674 10.1016/S0092-8674(00) 81140-X 93, 13 (1998).
    • (1998) Cell , vol.93 , pp. 13
    • Gelles, J.1    Landick, R.2
  • 16
    • 0014245158 scopus 로고
    • BIPMAA 0006-3525 10.1002/bip.1968.360060102
    • C. MacDonald, J. Gibbs, and A. Pipkin, Biopolymers BIPMAA 0006-3525 10.1002/bip.1968.360060102 6, 1 (1968).
    • (1968) Biopolymers , vol.6 , pp. 1
    • MacDonald, C.1    Gibbs, J.2    Pipkin, A.3
  • 17
    • 84984085494 scopus 로고
    • BIPMAA 0006-3525 10.1002/bip.1969.360070508
    • C. MacDonald and J. Gibbs, Biopolymers BIPMAA 0006-3525 10.1002/bip.1969.360070508 7, 707 (1969).
    • (1969) Biopolymers , vol.7 , pp. 707
    • MacDonald, C.1    Gibbs, J.2
  • 18
    • 0037470280 scopus 로고    scopus 로고
    • JPHAC5 0305-4470 10.1088/0305-4470/36/8/302
    • G. Lakatos and T. Chou, J. Phys. A JPHAC5 0305-4470 10.1088/0305-4470/36/ 8/302 36, 2027 (2003).
    • (2003) J. Phys. A , vol.36 , pp. 2027
    • Lakatos, G.1    Chou, T.2
  • 19
    • 42749107428 scopus 로고    scopus 로고
    • PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.68.021910
    • L. B. Shaw, R. K. P. Zia, and K. H. Lee, Phys. Rev. E PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.68.021910 68, 021910 (2003).
    • (2003) Phys. Rev. e , vol.68 , pp. 021910
    • Shaw, L.B.1    Zia, R.K.P.2    Lee, K.H.3
  • 20
    • 42749107950 scopus 로고    scopus 로고
    • PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.70.021901
    • L. B. Shaw, J. P. Sethna, and K. H. Lee, Phys. Rev. E PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.70.021901 70, 021901 (2004).
    • (2004) Phys. Rev. e , vol.70 , pp. 021901
    • Shaw, L.B.1    Sethna, J.P.2    Lee, K.H.3
  • 21
    • 1342347334 scopus 로고    scopus 로고
    • JPHAC5 0305-4470 10.1088/0305-4470/37/6/010
    • L. B. Shaw, A. B. Kolomeisky, and K. H. Lee, J. Phys. A JPHAC5 0305-4470 10.1088/0305-4470/37/6/010 37, 2105 (2004).
    • (2004) J. Phys. A , vol.37 , pp. 2105
    • Shaw, L.B.1    Kolomeisky, A.B.2    Lee, K.H.3
  • 22
    • 0042845842 scopus 로고    scopus 로고
    • 0006-3495
    • T. Chou, Biophys. J. 0006-3495 85, 755 (2003).
    • (2003) Biophys. J. , vol.85 , pp. 755
    • Chou, T.1
  • 23
    • 18144385852 scopus 로고    scopus 로고
    • PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.93.198101
    • T. Chou and G. Lakatos, Phys. Rev. Lett. PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.93.198101 93, 198101 (2004).
    • (2004) Phys. Rev. Lett. , vol.93 , pp. 198101
    • Chou, T.1    Lakatos, G.2
  • 24
    • 4444383723 scopus 로고    scopus 로고
    • JPHAC5 0305-4470 10.1088/0305-4470/37/34/002
    • G. Schönherr and G. M. Schütz, J. Phys. A JPHAC5 0305-4470 10.1088/0305-4470/37/34/002 37, 8215 (2004).
    • (2004) J. Phys. A , vol.37 , pp. 8215
    • Schönherr, G.1    Schütz, G.M.2
  • 25
    • 37649027860 scopus 로고    scopus 로고
    • PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.71.026122
    • G. Schönherr, Phys. Rev. E PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.71. 026122 71, 026122 (2005).
    • (2005) Phys. Rev. e , vol.71 , pp. 026122
    • Schönherr, G.1
  • 26
    • 34249900723 scopus 로고    scopus 로고
    • JSTPBS 0022-4715 10.1007/s10955-006-9134-7
    • J. J. Dong, B. Schmittmann, and R. K. P. Zia, J. Stat. Phys. JSTPBS 0022-4715 10.1007/s10955-006-9134-7 128, 21 (2007).
    • (2007) J. Stat. Phys. , vol.128 , pp. 21
    • Dong, J.J.1    Schmittmann, B.2    Zia, R.K.P.3
  • 29
    • 0029881023 scopus 로고    scopus 로고
    • TBSCDB 0167-7640 10.1016/0968-0004(96)10023-2
    • R. Sousa, Trends Biochem. Sci. TBSCDB 0167-7640 10.1016/0968-0004(96) 10023-2 21, 186 (1996).
    • (1996) Trends Biochem. Sci. , vol.21 , pp. 186
    • Sousa, R.1
  • 30
    • 0031561795 scopus 로고    scopus 로고
    • JMOBAK 0022-2836 10.1006/jmbi.1996.0707
    • R. Guajardo and R. Sousa, J. Mol. Biol. JMOBAK 0022-2836 10.1006/jmbi.1996.0707 265, 8 (1997).
    • (1997) J. Mol. Biol. , vol.265 , pp. 8
    • Guajardo, R.1    Sousa, R.2
  • 31
    • 33645097171 scopus 로고    scopus 로고
    • JMOBAK 0022-2836 10.1016/j.jmb.2006.02.001
    • Q. Guo and R. Sousa, J. Mol. Biol. JMOBAK 0022-2836 10.1016/j.jmb.2006. 02.001 358, 241 (2006).
    • (2006) J. Mol. Biol. , vol.358 , pp. 241
    • Guo, Q.1    Sousa, R.2
  • 32
    • 7444253928 scopus 로고    scopus 로고
    • JMOBAK 0022-2836 10.1016/j.jmb.2004.08.107
    • L. Bai, A. Shundrovsky, and M. D. Wang, J. Mol. Biol. JMOBAK 0022-2836 10.1016/j.jmb.2004.08.107 344, 335 (2004).
    • (2004) J. Mol. Biol. , vol.344 , pp. 335
    • Bai, L.1    Shundrovsky, A.2    Wang, M.D.3
  • 33
    • 33846958387 scopus 로고    scopus 로고
    • PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.98.068103
    • L. Bai, R. M. Fulbright, and M. D. Wang, Phys. Rev. Lett. PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.98.068103 98, 068103 (2007).
    • (2007) Phys. Rev. Lett. , vol.98 , pp. 068103
    • Bai, L.1    Fulbright, R.M.2    Wang, M.D.3
  • 36
  • 37
    • 33746092909 scopus 로고    scopus 로고
    • PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.74.011907
    • H. J. Woo, Phys. Rev. E PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.74.011907 74, 011907 (2006).
    • (2006) Phys. Rev. e , vol.74 , pp. 011907
    • Woo, H.J.1
  • 44
    • 0001405969 scopus 로고    scopus 로고
    • PRPLCM 0370-1573 10.1016/S0370-1573(99)00117-9
    • D. Chowdhury, L. Santen, and A. Schadschneider, Phys. Rep. PRPLCM 0370-1573 10.1016/S0370-1573(99)00117-9 329, 199 (2000).
    • (2000) Phys. Rep. , vol.329 , pp. 199
    • Chowdhury, D.1    Santen, L.2    Schadschneider, A.3
  • 47
    • 28944434119 scopus 로고    scopus 로고
    • CELLB5 0092-8674 10.1016/j.cell.2005.09.031
    • I. Golding, J. Paulsson, S. M. Zawilski, and E. C. Cox, Cell CELLB5 0092-8674 10.1016/j.cell.2005.09.031 123, 1025 (2005).
    • (2005) Cell , vol.123 , pp. 1025
    • Golding, I.1    Paulsson, J.2    Zawilski, S.M.3    Cox, E.C.4
  • 52
    • 0036468364 scopus 로고    scopus 로고
    • COSBEF 0959-440X 10.1016/S0959-440X(02)00294-4
    • P. Cramer, Curr. Opin. Struct. Biol. COSBEF 0959-440X 10.1016/S0959-440X(02)00294-4 12, 89 (2002).
    • (2002) Curr. Opin. Struct. Biol. , vol.12 , pp. 89
    • Cramer, P.1
  • 55
    • 0032584643 scopus 로고    scopus 로고
    • SCIEAS 0036-8075 10.1126/science.281.5377.660
    • P. H. von Hippel, Science SCIEAS 0036-8075 10.1126/science.281.5377.660 281, 660 (1998).
    • (1998) Science , vol.281 , pp. 660
    • Von Hippel, P.H.1
  • 59
    • 18844386816 scopus 로고
    • PLRAAN 1050-2947 10.1103/PhysRevA.45.618
    • S. A. Janowsky and J. L. Lebowitz, Phys. Rev. A PLRAAN 1050-2947 10.1103/PhysRevA.45.618 45, 618 (1992).
    • (1992) Phys. Rev. A , vol.45 , pp. 618
    • Janowsky, S.A.1    Lebowitz, J.L.2
  • 60
    • 0002038523 scopus 로고
    • JSTPBS 0022-4715 10.1007/BF01058433
    • G. Schütz, J. Stat. Phys. JSTPBS 0022-4715 10.1007/BF01058433 71, 471 (1993).
    • (1993) J. Stat. Phys. , vol.71 , pp. 471
    • Schütz, G.1
  • 61
    • 0002789119 scopus 로고    scopus 로고
    • PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.78.3039
    • G. Tripathy and M. Barma, Phys. Rev. Lett. PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.78.3039 78, 3039 (1997)
    • (1997) Phys. Rev. Lett. , vol.78 , pp. 3039
    • Tripathy, G.1    Barma, M.2
  • 62
    • 4243740606 scopus 로고    scopus 로고
    • PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.58.1911
    • G. Tripathy and M. Barma, Phys. Rev. E PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.58.1911 58, 1911 (1998).
    • (1998) Phys. Rev. e , vol.58 , pp. 1911
    • Tripathy, G.1    Barma, M.2
  • 63
    • 0347297688 scopus 로고    scopus 로고
    • PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.58.4226
    • S. Goldstein and E. R. Speer, Phys. Rev. E PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.58.4226 58, 4226 (1998).
    • (1998) Phys. Rev. e , vol.58 , pp. 4226
    • Goldstein, S.1    Speer, E.R.2
  • 64
    • 4243604629 scopus 로고    scopus 로고
    • PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.61.2453
    • K. M. Kolwankar and A. Punnoose, Phys. Rev. E PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.61.2453 61, 2453 (2000).
    • (2000) Phys. Rev. e , vol.61 , pp. 2453
    • Kolwankar, K.M.1    Punnoose, A.2
  • 65
    • 42749104044 scopus 로고    scopus 로고
    • PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.70.016108
    • R. J. Harris and R. B. Stinchcombe, Phys. Rev. E PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.70.016108 70, 016108 (2004).
    • (2004) Phys. Rev. e , vol.70 , pp. 016108
    • Harris, R.J.1    Stinchcombe, R.B.2
  • 66
    • 1842864957 scopus 로고    scopus 로고
    • EULEEJ 0295-5075 10.1209/epl/i2003-10153-8
    • C. Enaud and B. Derrida, Europhys. Lett. EULEEJ 0295-5075 10.1209/epl/i2003-10153-8 66, 83 (2004).
    • (2004) Europhys. Lett. , vol.66 , pp. 83
    • Enaud, C.1    Derrida, B.2
  • 67
    • 18244368724 scopus 로고    scopus 로고
    • PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.94.010601
    • R. Juhasz, L. Santen, and F. Igloi, Phys. Rev. Lett. PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.94.010601 94, 010601 (2005).
    • (2005) Phys. Rev. Lett. , vol.94 , pp. 010601
    • Juhasz, R.1    Santen, L.2    Igloi, F.3
  • 69
    • 0001576997 scopus 로고    scopus 로고
    • PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.79.2895
    • T. Harms and R. Lipowsky, Phys. Rev. Lett. PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.79.2895 79, 2895 (1997).
    • (1997) Phys. Rev. Lett. , vol.79 , pp. 2895
    • Harms, T.1    Lipowsky, R.2
  • 70
    • 0001753863 scopus 로고    scopus 로고
    • PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.56.2492
    • F. Marchesoni, Phys. Rev. E PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.56.2492 56, 2492 (1997).
    • (1997) Phys. Rev. e , vol.56 , pp. 2492
    • Marchesoni, F.1
  • 72
    • 0035334656 scopus 로고    scopus 로고
    • PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.63.052101
    • Y. Jia, S. N. Yu, and J. R. Li, Phys. Rev. E PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.63.052101 63, 052101 (2001).
    • (2001) Phys. Rev. e , vol.63 , pp. 052101
    • Jia, Y.1    Yu, S.N.2    Li, J.R.3
  • 73
    • 2942685818 scopus 로고    scopus 로고
    • BIOJAU 0006-3495 10.1529/biophysj.103.036152
    • Y. Kafri, D. K. Lubensky, and D. R. Nelson, Biophys. J. BIOJAU 0006-3495 10.1529/biophysj.103.036152 86, 3373 (2004).
    • (2004) Biophys. J. , vol.86 , pp. 3373
    • Kafri, Y.1    Lubensky, D.K.2    Nelson, D.R.3
  • 74
    • 27744607689 scopus 로고    scopus 로고
    • JCOMEL 0953-8984 10.1088/0953-8984/17/47/016
    • Y. Kafri and D. R. Nelson, J. Phys.: Condens. Matter JCOMEL 0953-8984 10.1088/0953-8984/17/47/016 17, S3871 (2005).
    • (2005) J. Phys.: Condens. Matter , vol.17 , pp. 3871
    • Kafri, Y.1    Nelson, D.R.2
  • 76
    • 34547246979 scopus 로고    scopus 로고
    • PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.98.228101
    • L. G. Morelli and F. Jülicher, Phys. Rev. Lett. PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.98.228101 98, 228101 (2007).
    • (2007) Phys. Rev. Lett. , vol.98 , pp. 228101
    • Morelli, L.G.1    Jülicher, F.2
  • 78
    • 0009479450 scopus 로고    scopus 로고
    • PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.58.4012
    • K. Ghosh, A. Majumdar, and D. Chowdhury, Phys. Rev. E PLEEE8 1063-651X 10.1103/PhysRevE.58.4012 58, 4012 (1998).
    • (1998) Phys. Rev. e , vol.58 , pp. 4012
    • Ghosh, K.1    Majumdar, A.2    Chowdhury, D.3
  • 80
    • 19444377759 scopus 로고    scopus 로고
    • TRGEE2 0168-9525 10.1016/j.tig.2005.04.009
    • K. E. Shearwin, B. P. Callen, and J. B. Egan, Trends Genet. TRGEE2 0168-9525 10.1016/j.tig.2005.04.009 21, 339 (2005).
    • (2005) Trends Genet. , vol.21 , pp. 339
    • Shearwin, K.E.1    Callen, B.P.2    Egan, J.B.3
  • 86
    • 33749517049 scopus 로고    scopus 로고
    • 1078-8956
    • J. G. Gall, Nat. Med. 12, 1142 (2006). 1078-8956
    • (2006) Nat. Med. , vol.12 , pp. 1142
    • Gall, J.G.1
  • 87
    • 33646568466 scopus 로고    scopus 로고
    • CUBLE2 0960-9822 10.1016/j.cub.2006.04.014
    • I. Golding and E. C. Cox, Curr. Biol. CUBLE2 0960-9822 10.1016/j.cub.2006.04.014 16, R371 (2006).
    • (2006) Curr. Biol. , vol.16 , pp. 371
    • Golding, I.1    Cox, E.C.2
  • 91
    • 33644885029 scopus 로고    scopus 로고
    • PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.96.098102
    • I. Golding and E. C. Cox, Phys. Rev. Lett. PRLTAO 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.96.098102 96, 098102 (2006).
    • (2006) Phys. Rev. Lett. , vol.96 , pp. 098102
    • Golding, I.1    Cox, E.C.2


* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.