Pseudo internal standard approach for label-free quantitative proteomics

Analytical Chemistry

Volumn 79, Issue 22, 2007, Pages 8440-8445

  Tabata, Tsuyoshi ^a,b   Sato, Toshitaka ^a   Kuromitsu, Junro ^a   Oda, Yoshiya ^a,b  

^a EISAI CO LTD   (Japan)

^b JAPAN SCIENCE AND TECHNOLOGY AGENCY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GENES; ISOTOPES; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR STRUCTURE;

BIOLOGICAL FUNCTIONS; ISOTOPE-LABELED COMPOUNDS; PSEUDO INTERNAL STANDARDS (PIS); QUANTITATIVE PROTEOME ANALYSIS;

PROTEINS;

ARTICLE; GENE EXPRESSION; NORTHERN BLOTTING; PROTEOMICS; PSEUDO INTERNAL STANDARD; QUANTITATIVE ANALYSIS; STANDARD;

ANIMALS; FEMALE; MICE; PROTEOMICS; REFERENCE STANDARDS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

EID: 36448956829     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac701628m     Document Type: Article

References (30)

1. Sechi, S.; Oda, Y. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 70-77.
2. Ong, S. E.; Mann, M. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 252-262.
3. Rinner, O.; Mueller, L. N.; Hubalek, M.; Muller, M.; Gstaiger, M.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 345-352.
4. Fang, R.; Elias, D. A.; Monroe, M. E.; Shen, Y.; Mcintosh, M.; Wang, P.; Goddard, C. D.; Callister, S. J.; Moore, R. J.; Gorby, Y. A.; Adkins, J. N.; Fredrickson, J. K.; Lipton, M. S.; Smith, R. D. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 714-725.
5. Wu, C. C.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 262-267.
6. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207.
7. Domon, B.; Aebersold, R. Science 2006, 312, 212-217.
8. Kostiainen, R.; Kotiaho, T.; Kuuranne, T.; Auriola, S. J. Mass Spectrom. 2003, 38, 357-372.
9. Maurer, H. H. J. Mass Spectrom. 2006, 41, 1399-1413.
10. Jemal, M. Biomed. Chromatogr. 2000, 14, 422-429.
11. Farre, M.; Petrovic, M.; Barcelo, D. Anal. Bioanal. Chem. 2007, 387, 1203-1214.
12. Picó, Y.; Blasco, C.; Font, G. Mass Spectrom. Rev. 2004, 23, 45-85.
13. King, R.; Bonfiglio, R.; Fernandez-Metzler, C.; Miller-Stein, C.; Olah, T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 942-950.
14. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591-6596.
15. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386.
16. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Matthews, D. E.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2004, 76, 4951-4959.
17. Ishihama, Y.; Sato, T.; Tabata, T.; Miyamoto, N.; Sagane, K.; Nagasu, T.; Oda, Y. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 617-621.
18. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
19. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154-1169.
20. Risha, K.; Flaherty, J.; Wille, R.; Buck, W.; Morandi, F.; Isemura, T. Anal. Chem. 2005, 77, 1503-1508.
21. Ishii, Y.; Ogara, A.; Okamura, T.; Umemura, T.; Nishikawa, A.; Iwasaki, Y.; Ito, R.; Saito, K.; Hirose, M.; Nakazawa, H. J. Pharm. Biomed. Anal. 2007, 43, 1737-1743.
22. Ternes, T.; Bonerz, M.; Schmidt, T. J. Chromatogr., A 2001, 938, 175-185.
23. Löffler, D.; Ternes, T. A. J. Chromatogr.; A 2003, 1000, 583-588.
24. Lewis, J.; Dickson, D. W.; Un, W.-L.; Chisholm, L.; Corral, A.; Jones, G.; Yen, S.-H.; Sahara, N.; Skipper, L.; Yager, D.; Eckman, C.; Hardy, J.; Hutton, M.; McGowan, E. Science 2001, 293, 1487-1491.
25. Rappsilber, J.; Ryder, U.; Lamond, A. L.; Mann, M. Genome Res. 2002, 12, 1231-1245.
26. Gay, S.; Binz, P. A.; Hochstrasser, D. F.; Appel, R. D. Proteomics 2002, 2, 1374-1391.
27. Zybailov, B.; Coleman, M. K.; Florens, L.; Washburn, M. P. Anal. Chem. 2005, 77, 6218-6224.
28. Ishihama, Y.; Oda, Y.; Tabata, T.; Sato, T.; Nagasu, T.; Rappsilber, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1265-1272.
29. Oda, Y.; Owa, T.; Sato, T.; Boucher, B.; Daniels, S.; Yamanaka, H.; Shinohara, Y.; Yokoi, A.; Kuromitsu, J.; Nagasu, T. Anal. Chem. 2003, 75, 2159-2165.
30. Katayama, H.; Tabata, T.; Ishihama, Y.; Sato, T.; Oda, Y.; Nagasu, T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2388-2394.