Structure of N-acetylproline amide in liquid water: Experimentally measured and numerically simulated infrared and vibrational circular dichroism spectra

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 38, 2006, Pages 18834-18843

  Lee, Kyung Koo ^a   Hahn, Seungsoo ^a   Oh, Kwang Im ^a   Choi, Jin Seok ^a   Joo, Cheonik ^a   Lee, Hochan ^a   Han, Hogyu ^a   Cho, Minhaeng ^a  

^a Korea University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULAR STRUCTURE; MOLECULAR VIBRATIONS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; SOLUTIONS;

CIRCULAR DICHROISM; N-ACETYLPROLINE; POLYPROLINE;

NITROGEN COMPOUNDS;

EID: 33749623120     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp055846     Document Type: Article

References (47)

1. Infrared Spectroscopy of Biomolecules; Mantsch, H. H., Chapman, D., Eds.; Wiley-Liss: New York, 1996.
2. Infrared and Raman Spectroscopy of Biological Materials; Gremlich, H.-U., Yan, B., Eds.; Marcel Dekker: New York, 2000.
3. Surewicz, W. K.; Manisch, H. H. In Spectroscopic Methods for Determining Protein Structure in Solution; Havel, H. A., Ed.; VCH: New York, 1996; p 135.
4. Nafie, L. A.; Freedman, T. B. In Circular Dichroism: Principles and Applications; Berova, N., Nakanishi, K., Woody, R. W., Eds.; Wiley-Liss: New York, 2000; p 97.
5. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
6. Susi, H.; Byler, D. M. Arch. Biochem. Biophys. 1987, 258, 465.
7. Surewicz, W. K.; Mantsch, H. H. Biochim. Biophys. Acta 1988, 952, 115.
8. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys.: Condens. Matter 2002, 14, R1035.
9. Khalil, M.; Demirdöven, N.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5258.
10. Mukamel, S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 691.
11. Ham, S.; Hahn, S.; Lee, C.; Kim, T.-K.; Kwak, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9333.
12. Choi, J.-H.; Hahn, S.; Cho, M. Int. J. Quantum Chem. 2005, 104, 616.
13. Hahn, S.; Kim, S.; Lee, C.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2005, 123, 084905.
14. Wang, J.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2004, 297, 195.
15. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2000, 114, 2727.
16. (a) Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Perez, A.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L. A. Biopolymers 2003, 71, 558.
17. (b) Measey, T.; Schweitzer-Stenner, R. Chem. Phys. Lett. 2005, 408, 123.
18. Eker, F.; Cao, X.; Nafie, L.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14330.
19. Eker, F.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8178.
20. Kim, Y. S.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7511.
21. Poon, C.-D.; Samulski, E. T.; Weise, C. F.; Weisshaar, J. C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5642.
22. Hu, H.; Elstner, M.; Hermans, J. Proteins 2003, 50, 451.
23. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C., Jr.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
24. Ponder, J. W.; Case, D. A. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 27.
25. Zanni, M. T.; Gnanakaran, S.; Stenger, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6520.
26. Ge, N.-H.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 962.
27. Rubtsov, I. V.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 9165.
28. Ge, N. H.; Hochstrasser, R. M. PhysChemComm 2002, 5, 17.
29. Madison, V.; Kopple, K. D. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 4855.
30. Hahn, S.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2004, 121, 1849.
31. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
32. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 7; University of California: San Francisco, 2002.
33. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999.
34. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California: San Francisco, 2004.
35. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
36. Hahn, S.; Ham, S.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11789.
37. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
38. Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3712.
39. Salsburg, Z. W.; Jacobson, J. D.; Fickett, W.; Wood, W. W. J. Chem. Phys. 1959, 30, 65.
40. Kwac, K.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 2247.
41. Mukamel, S. In Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995.
42. Stephens, P. J. J. Phys. Chem. 1985, 89, 748.
43. Cheeseman, J. R.; Frisch, M. J.; Devlin, F. J.; Stephens, P. J. Chem. Phys. Lett. 1996, 252, 211.
44. Kwac, K.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1477.
45. Han, W.-G.; Jalkanen, K. J.; Elstner, M.; Suhai, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2587.
46. Drozdov, A. N.; Grossfield, A.; Pappu, R. V. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2574.
47. Schweitzer-Stenner, R. J. Raman Spectrosc. 2001, 32, 711.