Site-specific hydrogen-bonding interaction between N-acetylproline amide and protic solvent molecules: Comparisons of IR and VCD measurements with MD simulations

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 110, Issue 50, 2006, Pages 13355-13365

  Oh, Kwang Im ^a   Han, Jaebeom ^a   Lee, Kyung Koo ^a   Hahn, Seungsoo ^a   Han, Hogyu ^a   Cho, Minhaeng ^a  

^a Korea University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; HYDROGEN BONDS; INFRARED RADIATION; MOLECULAR DYNAMICS; SOLVENTS; SPECTRUM ANALYSIS;

PEPTIDE BONDS; SOLVENT MOLECULES; SOLVENT POLARITY;

AMINO ACIDS;

EID: 33846671676     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp065475c     Document Type: Article

References (39)

1. Lee, K.-K.; Hahn, S.; Oh, K.-I.; Choi, J. S.; Joo, C.; Lee, H.; Han, H.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2006, 170, 18834.
2. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999.
3. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California: San Francisco, 2004.
4. Kim, Y. S.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7511.
5. Poon, C.-D.; Samulski, E. T.; Weise, C. F.; Weisshaar, J. C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5642.
6. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2727.
7. Schweitzer-Stenner, R. Biophys. J. 2002, 83, 523.
8. Madison, V.; Kopple, K. D. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 4855.
9. Vargas, R.; Garza, J.; Hay, B. P.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3213.
10. Neria, E.; Fischer, S.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1902.
11. Wei, D.; Guo, H.; Salahub, D. R. Phys. Rev. E 2001, 64, 011907.
12. Dadarlat, V. M. Biophys. J. 2005, 89, 1433.
13. Hu, H.; Elstner, M.; Hermans, J. Proteins 2003, 50, 451.
14. Hahn, S.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2004, 121, 1849.
15. Wang, Z.-X.; Duan, Y. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1699.
16. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
17. Pappu, R. V.; Rose, G. D. Protein Sci. 2002, 11, 2437.
18. Chi, Z.; Chen, X. G.; Holtz, J. S. W.; Asher, S. A. Biochemistry 1998, 37, 2854.
19. Moran, A.; Mukamel, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 506.
20. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12048.
21. Hugosson, H. W.; Laio, A.; Maurer, P.; Rothlisberger, U. J. Comput. Chem. 2006, 27, 672.
22. Mu, Y.; Stock, G. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 5294.
23. Han, W.-G.; Jalkanen, K. J.; Elstner, M.; Suhai, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2587.
24. Drozdov, A. N.; Grossfield, A.; Pappu, R. V. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2574.
25. Ge, N.-H.; Hochstrasser, R. M. PhysChemComm 2002, 5, 17.
26. Kwac, K.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 2247.
27. Kwac, K.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1477.
28. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
29. Fox, T.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 8070.
30. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
31. Darden, T.; York, D.; Pederson, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
32. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
33. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 361.
34. Ham, S.; Kim, J.-H.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3491.
35. Bouř, P.; Keiderling, T. A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11253.
36. Choi, J.-H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4383.
37. Hahn, S.; Ham, S.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11789.
38. Ham, S.; Hahn, S.; Lee, C.; Kim, T.-K.; Kwak, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9333.
39. CRC Handbook of Chemistry and Physics, 81st ed.; David, R. L., Ed.; CRC Press: New York, 2000-2001.