Defining absolute confidence limits in the identification of Caulobacter proteins by peptide mass mapping

Journal of Proteome Research

Volumn 1, Issue 4, 2002, Pages 325-335

  Karty, Jonathan A ^a   Ireland, Marcia M E ^a   Brun, Yves V ^a   Reilly, James P ^a  

^a INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Caulobacter; Database searching; MALDI TOF; Mass mapping; Peptide; Proteomics

Indexed keywords

PEPTIDE; PROTEIN;

ALGORITHM; ARTICLE; BACTERIUM; CAULOBACTER; CELL ORGANELLE; COMPUTER; DATA ANALYSIS; DATA BASE; MONTE CARLO METHOD; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; THEORY;

ALGORITHMS; BACTERIAL PROTEINS; CAULOBACTER CRESCENTUS; DATABASES, PROTEIN; ELECTROPHORESIS, GEL, TWO-DIMENSIONAL; GUANIDINE; MONTE CARLO METHOD; PEPTIDE MAPPING; PEPTIDES; SEQUENCE ANALYSIS, PROTEIN; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

BACTERIA (MICROORGANISMS); CAULOBACTER; CAULOBACTER VIBRIOIDES;

EID: 0344608889     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr025518b     Document Type: Article

References (51)

1. Henzel, W. J.; Billeci, T. M.; Stults, J. T.; Wong, S. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5011-5015.
2. James, P.; Quadroni, M.; Carafoli, E.; Gonnet, G. Biophys. Biochem. Res. Commun. 1993, 195, 58-64.
3. Mann, M.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 338-345.
4. Pappin, D. J. C.; Hojrup, P.; Bleasby, A. J. Curr. Biol. 1993, 3, 327-332.
5. Yates, J. R.; Speicher, S.; Griffin, P. R.; Hunkapiller, T. Anal. Biochem. 1993, 214, 397-408.
6. Quadroni, M.; James, P. Electrophoresis 1993, 20, 664-677.
7. Nordhoff, E.; Egelhofer, V.; Giavalisco, P.; Eickhoff, H.; Horn, M.; Przewieslik, T.; Theiss, D.; Schneider, U.; Lehrach, H.; Gobom, J. Electrophoresis 2001, 22, 2844-2855.
8. Jensen, O. N.; Podtelejnikov, A. V.; Mann, M. Anal. Chem. 1997, 69, 4741-4750.
9. Jensen, O. N.; Larsen, M. R.; Roepstorff, P. Proteins: Struct. Funct. Genet. Suppl. 1998, 2, 74-89.
10. Krause, E.; Wenschuh, H.; Jungblut, P. R. Anal. Chem. 1999, 71, 4160-4165.
11. Brancia, F. L.; Oliver, S. G.; Gaskell, S. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 2070-2073.
12. Beardsley, R. L.; Karty, J. A.; Reilly, J. P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 2147-2153.
13. Hale, J. E.; Butler, J. P.; Knierman, M. D.; Becker, G. W. Anal. Biochem. 2000, 287, 110-117.
14. Keough, T.; Lacey, M. P.; Youngquist, R. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 2348-2356.
15. Brancia, F. L.; Butt, A.; Beynon, R. J.; Hubbard, S. J.; Oliver, S. G.; Gaskell, S. J. Electrophoresis 2001, 22, 552-559.
16. Shevchenko, A.; Jensen, O. N.; Podtelejnikov, A. V.; Sagliocco, F.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mortensen, P.; Shevchenko, A.; Boucherie, H.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14440-14445.
17. Zhang, W.; Chait, B. T. Anal. Chem. 2000, 72, 2482-2489.
18. Brun, Y. V.; Janakiraman, R. The Dimorphic Life Cycle of Caulobacter and Stalked Bacteria. In Prokaryotic Development; Brun, Y. V., Shimkets, L. J., Eds.; ASM Press: Washington, 2000; p 297-317.
19. Nierman, W. C.; Feldblyum, T. V.; Laub, M. T.; Paulsen, I. T.; Nelson, K. E.; Eisen, J.; Heidelberg, J. F.; Alley, M. R.; Ohta, N.; Maddock, J. R.; Potocka, I.; Nelson, W. C.; Newton, A.; Stephens, C.; Phadke, N. D.; Ely, B.; DeBoy, R. T.; Dodson, R. J.; Durkin, A. S.; Gwinn, M. L.; Haft, D. H.; Kolonay, J. F.; Smit, J.; Craven, M. B.; Khouri, H.; Shetty, J.; Berry, K.; Utterback, T.; Tran, K.; Wolf, A.; Vamathevan, J.; Ermolaeva, M.; White, O.; Salzberg, S. L.; Venter, J. C.; Shapiro, L.; Fraser, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 4136-4141.
20. Grunenfelder, B.; Rummel, G.; Vohradsky, J.; Roder, D.; Langen, H.; Jenal, U. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 4681-4686.
21. Poindexter, J. S. J. Bacteriol. 1978, 135, 1141-1145.
22. Ireland, M. M. E.; Karty, J. A.; Quardokus, E. M.; Reilly, J. P.; Brun, Y. V. Mol. Microbiol. 2002, submitted for publication.
23. Dully, J. R.; Grieve, P. A. Anal. Biochem. 1975, 64, 136-141.
24. Markwell, M. A.; Haas, S. M.; Bieber, L. L. Anal. Biochem. 1978, 87, 206-210.
25. Fountoulakis, M.; Langen, H. Anal. Biochem. 1997, 250, 153-156.
26. Beardsley, R. L.; Reilly, J. P. Anal. Chem. 2002, 74, 1884-1890.
27. Stewart, I. I.; Thomson, T.; Figeys, D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 2456-2465.
28. Sidhu, K. S.; Sangvanich, P.; Brancia, F. L.; Sullivan, A. G.; Gaskell, S. J.; Oliver, S. G.; Hubbard, S. J. Proteomics 2001, 1, 1368-1377.
29. Clauser, K. R.; Baker, P. R.; Burlingame, A. L. Anal. Chem. 1999, 71, 2871-2882.
30. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
31. Wilkins, M. R.; Williams, K. L. J. Theor. Biol. 1997, 186, 7-15.
32. Poindexter, J. S. Bacteriol. Rev. 1964, 28, 231-295.
33. Poindexter, J. L. S.; Basire, G. C. Cell Biol. 1964, 23, 587-607.
34. Phadke, N. D.; Molloy, M. P.; Steinhoff, S. A.; Ulnitz, P. J.; Andrews, P. C.; Maddock, J. R. Proteomics 2001, 1, 705-720.
35. Molloy, M. P.; Phadke, N. D.; Maddock, M. P.; Andrews P. C. Electrophoresis 2001, 22, 1686-1696.
36. Keller, B. O.; Li, L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 11, 88-93.
37. Locke, S.; Figeys, D. Anal. Chem. 2000, 72, 2684-2689.
38. Jungblut, P.; Thiede, B. Mass Spectrom. Rev. 1997, 16, 145-162.
39. Keil-Dlouha, V.; Zylber, N.; Imhoff, J. M.; Tong, N. T.; Keil, B. FEBS Lett. 1971, 16, 291-295.
40. Sarioglu, H.; Lottspeich, F.; Walk, T.; Jung, G.; Eckerskron, C. Electrophoresis 2000, 21, 2209-2218.
41. Gobom, J.; Schuerenberg, M.; Mueller, M.; Theiss, D.; Lehrach, H.; Nordhoff, E. Anal. Chem. 2001, 2001, 434-438.
42. Lundblad, R. L. Techniques in Protein Modification; CRC Press: Boca Raton, FL, 1995; p 288.
43. Yates, J. R. Electrophoresis 1998, 19, 893-900.
44. McCormick, J. P.; Thomason, T. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 312.
45. Belghazi, M.; Bathany, K.; Hountondji, C.; Grandier-Vazeille, X.; Manon, S.; Schmitter, J.-M. Eur. J. Mass Spectrom. 2001, 7, 101-109.
46. Karty, J. A.; Ireland, M. M. E.; Brun, Y. V.; Reilly, J. P. J. Chromatogr. B, submitted for publication.
47. Harris, W. A.; Janecki, D. J.; Reilly J. P. Manuscript in preparation.
48. Gygi, S. P.; Corthals, G. L.; Zhang, Y.; Rochan, Y.; Aebersold, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9390-9395.
49. Spengler, B. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 1019-1036.
50. Verhaert, P.; Uttenweiler-Joseph, S.; de Vries, N.; Loboda, A.; Ens, W.; Standing, K. G. Proteomics 2001, 1, 118-131.
51. Nielsen, M. L.; Bennett, K. L.; Larsen, B.; Moniatte, M. Mann, M. J. Proteome Res. 2002, 1, 63-71.