Lifetime proteomic profiling of an A30P α-synuclein Drosophila model of Parkinson's disease

Journal of Proteome Research

Volumn 6, Issue 9, 2007, Pages 3729-3738

  Xun, Zhiyin ^a   Sowell, Renã A ^a   Kaufman, Thomas C ^a   Clemmer, David E ^a  

^a INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

synuclein; Drosophila; Liquid chromatography; Mass spectrometry; Parkinson's disease; Proteomics

Indexed keywords

ACTIN; ALPHA SYNUCLEIN; MITOCHONDRIAL PROTEIN;

ANIMAL EXPERIMENT; ANIMAL MODEL; ARTICLE; CONTROLLED STUDY; DROSOPHILA; LIFESPAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PARKINSON DISEASE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN EXPRESSION;

ACTINS; ALPHA-SYNUCLEIN; AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; DROSOPHILA; GENE EXPRESSION REGULATION; GENOTYPE; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MITOCHONDRIA; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NEURONS; PARKINSON DISEASE; PROTEOMICS;

ANIMALIA;

EID: 34948826976     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0700504     Document Type: Article

References (52)

1. Martin, J. B. New Engl. J. Med. 1999, 340, 1970-1980.
2. Fearnley, J. M.; Lees, A. J. Brain 1991, 114, 2283-2301.
3. Olanow, C. W.; Tatton, W. G. Annu. Rev. Neurosci. 1999, 22, 123-144.
4. Maries, E.; Dass, B.; Collier, T. J.; Kordower, J. H.; Steece-Collier, K. Nature Rev. Neurosci. 2003, 4, 727-738.
5. Lees, A. J. Mov. Disord. 1992, 7, 110-116.
6. Goetz, C. G.; Poewe, W.; Rascol, O.; Sampaio, C. Mov. Disord. 2005, 20, 523-539.
7. Lang, A. E.; Lozano, A. M. New Engl. J. Med. 1998, 339, 1130-1143.
8. Basso, M.; Giraudo, S.; Corpillo, D.; Bergamasco, B.; Lopiano, L.; Fasano, M. Proteomics 2004, 4, 3943-3952.
9. Leenders, K. L. Eur. Neuropsychopharmacol. 2002, 12, 575-580.
10. Zarranz, J. J.; Alegre, J.; Gómez-Esteba, J. C.; Lezcano, E.; Ros, R.; Ampuero, I.; Vidal, L.; Hoenicka, J.; Rodriguez, O.; Atarés, B.; et al. Ann. Neurol. 2004, 55, 164-173.
11. Spillantini, M. G.; Schmidt, M. L.; Lee V. M.-Y.; Trojanowski, J. Q.; Jakes, R.; Goedert, M. Nature 1997, 388, 839-840.
12. Feany, M. B.; Bender, W. W. Nature 2000, 404, 394-398.
13. Matsuoka, Y.; Vila, M.; Lincoln, S.; McCormack. A.; Picciano, M.; LaFrancois, J.;Yu. X.; Dickson, D.; Langston, J. W.; McGowan, E.; Farrer, M.; Hardy, J.; Duff, K.; Przedborski, S.; Di Monte, D. A. Neurobiol. Dis. 2001, 8, 535-539.
14. Klein, R. L.; King, M. A.; Hamby, M. E.; Meyer, E. M. Hum. Gene Ther. 2002, 13, 605-612.
15. Kirik, D.; Annett, L. E.; Burger, C.; Muzyczka, N.; Mandel, R. J.; Bjorklund, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 2884-2889.
16. Drysdale, R. A.; Crosby, M. A. The FlyBase Consortium. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D390-D395. http://flybase.org/.
17. Adams, M. D.; Celniker, S. E.; Holt, R. A.; Evans, C. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P. G.; Scherer, S. E.; Li, P. W.; Hoskins, R. A.; Galle, R. F.; George, R. A.; Lewis, S. E.; Richards, S.; Ashburner, M.; et al. Science 2000, 287, 2185-2195.
18. Scherzer, C. R.; Jensen, R. V.; Gullans, S. R.; Feany, M. B. Hum. Mol. Genet. 2003, 12, 2457-2466.
19. Taraszka, J. A.; Kurulugama, R.; Sowell, R. A.; Valentine, S. J.; Koeniger, S. L.; Arnold, R. J.; Miller, D. F.; Kaufman, T.; Clemmer, D. E. J. Proteome Res. 2005, 4, 1223-1237.
20. Taraszka, J. A.; Gao, X. F.; Valentine, S. J.; Sowell, R. A; Koeniger, S. L.; Miller, D. F.; Kaufman, T. C.; Clemmer, D. E. J. Proteome Res. 2005, 4, 1238-1247.
21. Chen, L.; Feany M. B. Nat. Neurosci. 2005, 8, 657-663.
22. Ghosh, S.; Feany, M. B. Hum. Mol. Genet. 2004, 13, 2011-2018.
23. Myung, S.; Lee, Y. L.; Moon, M. H.; Taraszka, J. A.; Sowell, R.; Koeniger, S. L.; Hilderbrand A. E.; Valentine, S. J.; Cherbas, L.; Cherbas, P.; Kaufmann, T. C.; Miller, D. F.; Mechref, Y.; Novotny, M. V.; Ewing, M.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2003, 75, 5137-5145.
24. Xun, Z.; Sowell, S. A.; Kaufman, T. C.; Clemmer, D. E. J. Proteome Res. 2007, 6, 348-357.
25. Qian, W. J.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G.; Monroe, M. E.; Moore, R. J.; Gritsenko, M. A.; Calvano, S. E.; Lowry, S. F.; Xiao, W. Z.; Moldawer, L. L; Davis, R. W.; Tompkins, R. G.; Smith, R. D. Proteomics 2005, 2, 572-584.
26. Gao, J.; Friedrichs, M. S.; Dongre, A. R.; Opiteck, G. J. J. Am. Soc. Mass Spectr. 2005, 16, 1231-1238.
27. Gao, J.; Opiteck, G., J.; Friedrichs, M. S.; Dongre, A. R.; Hefta, S. A. J. Proteome Res. 2003, 2, 643-649.
28. Fach, E. M.; Garulacan, L. A.; Gao, J.; Xiao, Q.; Storm, S. M.; Dubaquie, Y. P.; Hefta, S. A.; Opiteck, G. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1200-1210.
29. Gao, J.; Garulacan, L. A.; Storm, S. M.; Hefta, S. A.; Opiteck, G. J.; Lin, J. H.; Moulin, F.; Dambach, D. M. Toxicol. in Vitro 2004, 18, 533-541.
30. Pang, J. X.; Ginanni, N.; Dongre, A. R.; Hefta, S. A.; Opiteck, G. J. J. Proteome Res. 2002, 1, 161-169.
31. Zhang, B.; VerBerkmoes, N. C.; Langston, M. A.; Uberbacher, E.; Hettich, R. L.; Samatova, N. F. J. Proteome Res. 2006, 5, 2909-2918.
32. Chakraborty, A.; Regnier, F. E. J. Chromatogr. A 2002, 949, 173-184.
33. Kindy, J. M.; Taraszka, J. A.; Regnier, F. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2002, 74, 950-958.
34. http://www.matrixscience.com.
35. http://www.ncbi.nlm.nih.gov.
36. Analytical Methods Committee. Analyst. 1988, 113, 1469-1471.
37. Qian, W. J.; Monroe, M. E.; Liu, T.; Jacobs, J. M.; Anderson, G. A.; Shen, Y. F.; Moore, R. J.; Anderson, D. J.; Zhang, R.; Calvano, S. E.; Lowry, S. F.; Xiao, W. Z.; Moldawer, L. L.; Davis, R. W.; Tompkins, R. G.; Camp, D. G.; Smith, R. D.; Injury, I. H. R. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 700-709.
38. Liu, H. B.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2004, 76, 4193-4201.
39. Zhang, B.; VerBerkmoes, N. C.; Langston, M. A.; Uberbacher, E.; Hettich, R. L.; Samatova, N. F. J. Proteome Res. 2006, 5, 2909-2918.
40. Sokal R. R.; Rohlf, F. J. Biometry; W. H. Freeman and Company: New York, 1995; pp 239-240.
41. Ashburner, M.; Ball, C. A.; Blake, J. A.; Botstein, D.; Butler, H.; Cherry, J. M.; Davis, A. P.; Dolinski, K.; Dwight, S. S.; Eppig, J. T.; Harris, M. A.; Hill, D. P.; Issel-Tarver, L.; Kasarskis, A.; Lewis, S.; Matese, J. C.; Richardson, J. E.; Ringwald, M.; Rubin, G. M.; Sherlock, G.; Consortium, G. O. Nat. Genet. 2000, 25, 25-29.
42. Winder, S. J.; Ayscough, K. R. J. Cell Sci. 2005, 118, 651-654.
43. Featherstone, D. E.; Rushton, E.; Broadie, K. Nat. Neurosci. 2002, 5, 141-146.
44. Periz, G.; Fortini, M. E. Embo. J. 1999, 18, 5983-5993.
45. DeSouza, L.; Diehl, G.; Rodrigues, M. J.; Guo, J. Z.; Romaschin, A. D.; Colgan, T. J.; Siu, K. W. M. J. Proteome Res. 2005, 4, 377-386.
46. Smith-Beckerman, D. M.; Fung, K. W.; Williams, K. E.; Auersperg, N.; Godwin, A. K.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 156-168.
47. Kim, S. W.; Hwang, H. J.; Cho, E. J.; Oh, J. Y.; Baek, Y. M.; Choi, J. W.; Yun, J. W. J. Proteome Res. 2006, 5, 2966-2976.
48. McNaught, K. S. P.; Olanow, C. W.; Halliwell, B.; Isacson, O.; Jenner, P. Nat. Rev. Neurosci. 2001, 2, 589-594.
49. Cooper, A. A.; Gitler, A. D.; Cashikar, A.; Haynes, C. M.; Hill, K. J.; Bhullar, B.; Liu, K. N.; Xu, K. X.; Strathearn, K. E.; Liu, F.; Cao, S. S.; Caldwell, K. A.; Caldwell, G. A.; Marsischky, G.; Kolodner, R. D.; LaBaer, J.; Rochet, J. C.; Bonini, N. M.; Lindquist, S. Science 2006, 313, 324-328.
50. Hirayama, K.; Kapatos, G. J. Neurochem. 1998, 70, 164-170.
51. Nagatsu, T.; Levitt, M.; Udenfriend, S. J. Biol. Chem. 1964, 239, 2910-2917.
52. Lovenberg, W.; Levine, R. A.; Robinson, D. S.; Ebert, M.; Williams, A. C.; Calne, D. B. Science 1979, 204, 624-626.