Changes in the Protein Expression of Yeast as a Function of Carbon Source

Journal of Proteome Research

Volumn 2, Issue 6, 2003, Pages 643-649

  Gao, Ji ^a   Opiteck, Gregory J ^a   Friedrichs, Mark S ^a   Dongre, Ashok R ^a   Hefta, Stanley A ^a  

^a BRISTOL MYERS SQUIBB   (United States)

Author keywords

Galactose; Gas phase fractionation; Glucose; Multidimensional HPLC; Proteomics; Yeast

Indexed keywords

CARBON; GALACTOSE; GLUCOSE;

ARTICLE; CARBON SOURCE; CELL LYSATE; FRACTIONATION; GEL PERMEATION CHROMATOGRAPHY; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DEGRADATION; PROTEIN EXPRESSION; REPRODUCIBILITY; STUDENT T TEST; YEAST;

ALGORITHMS; CARBON; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; GALACTOSE; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION, FUNGAL; GLUCOSE; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEINS;

EID: 0348142993     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr034038x     Document Type: Article

References (42)

1. Page, M. J.; Amess, B.; Townsend, R. R.; Parekh, R.; Herath, A.; Brusten, L.; Zvelebil, M. J.; Stein, R. C.; Waterfield, M. D.; Davies, S. C.; O'Hare, M. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 12 589-12 594.
2. Frontline SMC, I., 6/1/02 ed.; FSMC, Inc., 2002; Vol. 2002.
3. MacCoss, M. J.; Yates, J. R., 3rd Curr. Opin. Clin. Nutr. Metab. Care 2001, 4, 369-375.
4. Haynes, P. A.; Yates, J. R., 3rd Yeast 2000, 17, 81-87.
5. Bushey, M. M.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1990, 62, 161-167.
6. Opiteck, G. J.; Jorgenson, J. W.; Anderegg, R. J. Anal. Chem. 1997, 69, 2283-2291.
7. Opiteck, G. J.; Ramirez, S. M.; Jorgenson, J. W.; Moseley, M. A., 3rd Anal. Biochem 1998, 258, 349-361.
8. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
9. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., 3rd Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
10. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
11. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2002, 73, 5683-5690.
12. Gygi, S. P.; Rochon, Y.; Franze, B. R.; Aebersold, R. Mol. Cell. Biol. 1999, 19, 1720-1730.
13. Griffin, T. J.; Gygi, S. P.; Rist, B.; Aebersold, R.; Loboda, A.; Jilkine, A.; Ens, W.; Standing, K. G. Anal. Chem. 2001, 73, 978-986.
14. Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Schieltz, D. M.; Yates, J. R., 3rd Anal. Chem. 2002, 74, 1650-1657.
15. Pang, J. X.; Ginanni, N.; Dongre, A. R.; Hefta, S. A.; Opiteck, G. J. J. Proteome Res. 2002, 1, 161-169.
16. Theilhaber, J.; Bushnell, S.; Jackson, A.; Fuchs, R. J. Comput. Biol. 2001, 8, 585-614.
17. Baldi, P.; Long, A. D. Bioinformatics 2001, 17, 509-519.
18. Yi, E. C.; Marelli, M.; Lee, H.; Purvine, S. O.; Aebersold, R.; Aitchison, J. D.; Goodlett, D. R. Electrophoresis 2002, 23, 3205-3216.
19. Moore, R. E.; Young, M. K.; Lee, T. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 378-386.
20. Smith, P. K.; Krohn, R. I.; Hermanson, G. T.; Mallia, A. K.; Gartner, F. H.; Provenzano, M. D.; Fujimoto, E. K.; Goeke, N. M.; Olson, B. J.; Klenk, D. C. Anal. Biochem. 1985, 150, 76-85.
21. Gatlin, C. L.; Eng, J. K.; Cross, S. T.; Detter, J. C.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2000, 72, 757-763.
22. Costanzo, M. C.; Crawford, M. E.; Hirschman, J. E.; Kranz, J. E.; Olsen, P.; Robertson, L. S.; Skrzypek, M. S.; Braun, B. R.; Hopkins, K. L.; Kondu, P.; Lengieza, C.; Lew-Smith, J. E.; Tillberg, M.; Garrels, J. I. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 75-79.
23. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R. I. J. Proteome Res. 2002, 1, 21-26.
24. Hessner, M. J.; Wang, X.; Hulse, K.; Meyer, L.; Wu, Y.; Nye, S.; Guo, S. W.; Ghosh, S. Nucleic Acids Res. 2003, 31, e14.
25. Hoheisel, J. D.; Vingron, M. Res. Microbiol. 2000, 151, 113-119.
26. Hiltunen, M.; Tuomisto, T.; Niemi, M.; Brasen, J.; Rissanen, T.; Toronen, P.; Vajanto, I.; Yla-Herttuala, S. Atherosclerosis 2002, 165, 23.
27. Sanders, S. L.; Jennings, J.; Canutescu, A.; Link, A. J.; Weil, P. A. Mol. Cell Biol. 2002, 22, 4723-4738.
28. Rappsilber, J.; Ryder, U.; Lamond, A. I.; Mann, M. Genome Res. 2002, 12, 1231-1245.
29. Lasonder, E.; Ishihama, Y.; Andersen, J. S.; Vermunt, A. M.; Pain, A.; Sauerwein, R. W.; Eling, W. M.; Hall, N.; Waters, A. P.; Stunnenberg, H. G.; Mann, M. Nature 2002, 419, 537-542.
30. Johnston, M.; Carlson, M. In The Yeast Saccharomyces: Gene Expression; Jones, E. W., Pringle, J. R., Broach, J. R., Eds.; Cold Spring Harbor Press: Woodbury, NY, 1993; Vol. II, pp 193-259.
31. Lashkari, D. A.; DeRisi, J. L.; McCusker, J. H.; Namath, A. F.; Gentile, C.; Hwang, S. Y.; Brown, P. O.; Davis, R. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 13 057-13 062.
32. Ideker, T.; Thorsson, V.; Ranish, J. A.; Christmas, R.; Buhler, J.; Eng, J. K.; Bumgarner, R.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Hood, L. Science 2001, 292, 929-934.
33. Gancedo, J. M. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1998, 62, 334-361.
34. Oh, D.; Hopper, J. E. Mol. Cell Biol. 1990, 10, 1415-1422.
35. Zheng, W.; Xu, H. E.; Johnston, S. A. J. Biol. Chem. 1997, 272, 30 350-30 355.
36. Suzuki, Y.; Nogi, Y.; Abe, A.; Fukasawa, T. Mol. Cell Biol. 1988, 8, 4991-4999.
37. Yang, X.; Jiang, R.; Carlson, M. Embo. J. 1994, 13, 5878-5886.
38. Lee, S. S.; Ruvkun, G. Nature 2002, 418, 287-288.
39. Toke, D. A.; Martin, C. E. J. Biol. Chem. 1996, 271, 18 413-18 422.
40. Norbeck, J.; Blomberg, A. Yeast 1997, 13, 1519-1534.
41. Ren, B.; Robert, F.; Wyrick, J. J.; Aparicio, O.; Jennings, E. G.; Simon, I.; Zeitlinger, J.; Schreiber, J.; Hannett, N.; Kanin, E.; Volkert, T. L.; Wilson, C. J.; Bell, S. P.; Young, R. A. Science 2000, 290, 2306-2309.
42. Freedonia, G.; Freedonia Group: Cleveland, OH, 2002, pp 1-18.