Using genomics to understand intestinal biology

Journal of Physiology and Biochemistry

Volumn 63, Issue 1, 2007, Pages 83-96

  Fleet, J C ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Genomics; Intestine; Microarray; Transcript profile

Indexed keywords

TRANSCRIPTOME;

CELL DIFFERENTIATION; CYTOLOGY; DATA ANALYSIS SOFTWARE; GENE CLUSTER; GENE EXPRESSION PROFILING; GENETIC DATABASE; GENETIC REGULATION; GENOME ANALYSIS; GENOMICS; HUMAN; INTESTINE CELL; INTESTINE FUNCTION; MICROARRAY ANALYSIS; NONHUMAN; SHORT SURVEY; STATISTICAL ANALYSIS; TRANSCRIPTOMICS; VALIDATION PROCESS; YEAST;

CAENORHABDITIS ELEGANS;

EID: 34547541508     PISSN: 11387548     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1007/BF03174088     Document Type: Short Survey

References (56)

1. Allison, D.B., Cui, X., Page, G. P. & Sabripour, M. (2006): Nat. Rev. Genet.., 7, 55-65.
2. Altman, N. (2005): Appl. Bioinformatics, 4, 33-44.
3. Álvarez-Buylla, E. R., Benítez, M., Davila, E. B., Chaos, A., Espinosa-Soto, C. & Padilla-Longoria, P. (2007): Curr. Opin. Plant. Biol., 10, 83-91.
4. Anderle, P., Sengstag, T., Mutch, D. M., Rumbo, M., Praz, V., Mansourian, R., Delorenzi, M., Williamson, G. & Roberts, M. A. (2005): BMC Genomics, 6, 69.
5. Bates, M. D., Erwin, C. R., Sanford, L. P., Wiginton, D., Bezerra, J. A., Schatzman, L. C., Jegga, A. G., Ley-Ebert, C., Williams, S. S., Steinbrecher, K. A. et al. (2002): Gastroenterology, 122, 1467-1482.
6. Beaulieu, J. F. (1999): Front Biosci., 4, D310-D321.
7. Bedrine-Ferran, H., Le Meur, N., Gicquel, I., Le Cunff, M., Soriano, N., Guisle, I., Mottier, S., Monnier, A., Teusan, R., Fergelot, P. et al. (2004): Genomics, 83, 772-789.
8. Beer, M. A. & Tavazoie, S. (2004): Cell, 117, 185-198.
9. Cummins, J. M., He, Y., Leary, R. J., Pagliarini, R., Diaz, L. A., Jr., Sjoblom, T., Barad, O., Bentwich, Z., Szafranska, A. E., Labourier, E. et al. (2006): Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 103, 3687-3692.
10. Dusing, M. R., Brickner, A. G., Lowe, S. Y., Cohen, M. B. & Wiginton, D. A. (2000): Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol., 279, G1080-G1093.
11. Eide, D. J. (2001): Genome Biol., 2, 1028.
12. Elnitski, L., Jin, V. X., Farnham, P. J. & Jones, S. J. (2006) Genome Res., 16, 1455-1464.
13. Fang, R., Olds, L. C., Santiago, N. A. & Sibley, E. (2001): Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Pbysiol., 280, G58-G67.
14. Fleet, J. C., Wang, L., Vitek, O., Craig, B. A. & Edenberg, H. J. (2003): Physiol. Genomics, 13, 57-68.
15. Freund, J. N., Domon-Dell, C., Kedinger, M. & Duluc, I. (1998): Biocbem. Cell Biol., 76, 957-969.
16. Frey, M. R., Clark, J. A., Leontieva, O., Uronis, J. M., Black, A. R. & Black, J. D. (2000): J. Cell. Biol., 151, 763-778.
17. Gao, X., Sedgwick, T., Shi, Y. B. & Evans, T. (1998): Mol. Cell. Biol., 18, 2901-2911.
18. Glebov, O. K., Rodriguez, L. M., Nakahara, K., Jenkins, J., Cliatt, J., Humbyrd, C. J., DeNobile, J., Soballe, P., Simon, R., Wright, G. et al. (2003): Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev., 12, 755-762.
19. Gustafsson, A. C., Kupershmidt, I., Edlundh Rose, E., Greco, G., Serafino, A., Krasnowska, E. K., Lundeberg, T., Bracci-Laudiero, L., Romano, M. C., Parasassi, T. et al. (2005): BMC. Cancer, 5, 75.
20. Hoheisel, J. D. (2006): Nat. Rev. Genet. 7, 200-210.
21. Ideker, T., Galitski, T. & Hood, L. (2001): Annu. Rev. Genomics Hum. Genet., 2, 343-372.
22. Ideker, T., Thorsson, V., Ranish, J. A., Christmas, R., Buhler, J., Eng, J. K., Bumgarner, R., Goodlett, D. R., Aebersold, R. & Hood, L. (2001): Science, 292, 929-934.
23. Juuti-Uusitalo, K. M., Kaukinen, K., Maki, M., Tuimala, J. & Kainulainen, H. (2006): BMC Genomics, 7, 279.
24. Karam, S. M. (1999): Front Biosci., 4, D286-D298.
25. Kawasaki, E. S. (2006): J. Biomol. Tech., 17, 200-206.
26. Ko, T. C., Bresnahan, W. A. & Thompson, E. A. (1997): Prog. Cell Cycle Res., 3, 43-52.
27. Krasinski, S. D., Van Wering, H. M., Tannemaat, M. R. & Grand, R. J. (2001): Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol., 281, G69-G84.
28. LeBlond, C. P. (1981): Am. J. Anat., 160, 114-158.
29. Luzzi, V. I., Holtschlag, V. & Watson, M. A. (2005): Methods Mol. Biol., 293, 187-207.
30. Mariadason, J. M., Arango, D., Corner, G. A., Aranes, M. J., Hotchkiss, K. A., Yang, W. & Augenlicht, L. H. (2002): Cancer Res., 62, 4791-4904.
31. Mariadason, J. M., Corner, G. A. & Augenlicht, L. H. (2000): Cancer Res., 60, 4561-4572.
32. Mariadason, J. M., Nicholas, C., L'Italien, K. E., Zhuang, M., Smartt, H. J., Heerdt, B. G., Yang, W., Corner, G. A., Wilson, A. J., Klampfer, L. et al. (2005): Gastroenterology, 128, 1081-1088.
33. Mendell, J. T. (2005) Cell. Cycle., 4, 1179-1184.
34. Nadon, R. & Shoemaker, J. (2002): Trends Genet., 18, 265-271.
35. Park, Y. K., Franklin, J. L., Settle, S. H., Levy, S.E., Chung, E., Jeyakumar, L. H., Shyr, Y., Washington, M. K., Whitehead, R. H., Aronow, B. J. et al. (2005): Genesis, 41, 1-12.
36. Pauli, F., Liu, Y., Kim, Y. A., Chen, P. J. & Kim, S. K. (2006): Development., 133, 287-295.
37. Ploner, A., Miller, L. D., Hall, P., Bergh, J. & Pawitan, Y. (2005) BMC Bioinformatics, 6, 80.
38. Pounds, S. & Cheng, C. (2006): Bioinformatics, 22, 1979-1987.
39. Quaroni, A., Tian, J., Seth, P. & Rhys, C. (2000): Am. J. Physiol., 279, C1045-C1057.
40. Reimers, M. & Carey, V. J. (2006): Methods Enzymol., 411, 119-134.
41. Schonhoff, S. E., Giel-Moloney, M. & Leiter, A. B. (2004): Endocrinology, 145, 2639-2644.
42. Shedden, K., Chen, W., Kuick, R., Ghosh, D., Macdonald, J., Cho, K. R., Giordano, T. J., Gruber, S. B., Fearon, E. R., Taylor, J. M. et al. (2005): BMC Bioinformatics,. 6, 26.
43. Stappenbeck, T. S., Mills, J. C. & Gordon, J.I. (2003): Proc. Nad. Acad. Sci. U. S. A., 100, 1004-1009.
44. Stegmann, A., Hansen, M., Wang, Y., Larsen, J. B., Lund, L. R., Ritie, L., Nicholson, J. K., Quistorff, B., Simon-Assmann, P., Troelsen, J. T. et al. (2006): Physiol. Genomics., 27, 141-155.
45. Steinmetz, L. M. & Davis, R. W. (2004): Nat. Rev. Genet., 5, 190-201.
46. Su, A. I., Wiltshire, T., Batalov, S., Lapp, H., Ching, K. A., Block, D., Zhang, J., Soden, R., Hayakawa, M., Kreiman, G. et al. (2004): Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 101, 6062-6067.
47. Tabuchi, Y., Takasaki, L, Doi, T., Ishii, Y., Sakai, H. & Kondo, T. (2006): FEBS. Lett., 580, 3035-3041.
48. Thomson, A. B., Keelan, M., Thiesen, A., Clandinin, M. T., Ropeleski, M. & Wild, G. E. (2001): Dig. Dis. Sci., 46, 2555-2566.
49. Tompa, M., Li N., Bailey, T. L., Church, G. M., De Moor, B., Eskin, E., Favorov, A. V., Frith, M. C., Fu, Y., Kent, W. J. et al. (2005): Nat. Biotechnol., 23, 137-144.
50. Traber, P. G. & Silberg, D. G. (1996): Annu. Rev. Physiol., 58, 275-297.
51. Tremblay, E., Auclair, J., Delvin, E., Levy, E., Menard, D., Pshezhetsky, A. V., Rivard, N., Seidman, E. G., Sinnett, D., Vachon, P. H. et al. (2006): J. Cell. Biochem., 99, 1175-1186.
52. Uesaka, T., Kageyama, N. & Watanabe, H. (2004): J. Mol. Biol., 337, 647-660.
53. Velcich, A., Corner, G., Paul, D., Zhuang, M., Mariadason, J. M., Laboisse, C. & Augenlicht, L. (2005): Exp. Cell. Res., 304, 28-39.
54. Voy, B. H., Scharff, J. A., Perkins, A. D., Saxton, A. M., Borate, B., Chesler, E. J., Branstetter, L. K. & Langston, M. A. (2006): PLoS. Comput. Biol., 2, e89.
55. Walters, J. R. (2005): Curr. Opin. Gastroenterol., 21, 135-140.
56. Wang, L., Klopot, A., Freund, J. N., Dowling, L. N., Krasinski, S. D. & Fleet, J. C. (2004): Am. J. Pbysiol., 287, G943-G953.