Molecular structures and energetics associated with hydrogen atom addition to the guanine-cytosine base pair

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 3, Issue 1, 2007, Pages 115-126

  Zhang, Jun D ^a   Schaefer III, Henry F ^a  

^a UNIVERSITY OF GEORGIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 34347363305     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct600262p     Document Type: Article

References (72)

1. (a) O'Neill, P.; Fielden, M. Adv. Radiat. Biol. 1993, 17, 53.
2. (b) Becker, D.; Sevilla, M. D. Adv. Radiat. Biol. 1993, 17, 121.
3. (c) Colson, A. O.; Sevilla, M. D. Int. J. Radiat. Biol. 1995, 67, 627.
4. (d) Sanche, L. Mass Spectrom. Rev. 2002, 21, 349.
5. von Sonntag, C. The Chemical Basis of Radiation Biology; New York, 1987.
6. Hieda, K. Int. J. Radiat. Biol. 1994, 66, 561.
7. Cai, Z.; Cloutier, P.; Hunting, D.; Sanche, L. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 4796.
8. Steenken, S.; Goldbergerova, L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3928.
9. Douki, T.; Angelov, D.; Cadet, J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11360.
10. Zheng, Y.; Cloutier, P.; Hunting, D. J.; Sanche, L.; Wagner, J. R. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 16592.
11. Abdoul-Carime, H.; Cloutier, P.; Sanche, L. Radiat. Res. 2001, 155, 625.
12. Abdoul-Carime, H.; Sanche, L. J. Radiat. Res. 2002, 78, 89.
13. Huels, M. A.; Boudaiffa, B.; Cloutier, P.; Hunting, D.; Sanche, L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 467.
14. Gohlke, S.; Illenberger, E. Europhys. News 2002, 33, 207.
15. (a) Evangelista, F. A.; Paul, A.; Schaefer, H. F. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 3565.
16. (b) Close, D.; Forde, G.; Gorb, L.; Leszczynski, J. Struct. Chem. 2003, 14, 451.
17. (a) Slupphaug, G.; Kavil, B.; Krokan, H. E. Mutat. Res. 2003, 531, 231.
18. (b) Garrett, B. C.; Dixon, D. A. Chem. Rev. 2005, 105, 335.
19. Purkayastha, S.; Milligan, J. R.; Bernhard, W. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16967.
20. Karagiannis, T. C.; El-Osta, A. Cell. Mol. Life Sci. 2004, 61, 2137.
21. Llano, J.; Eriksson, L. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 4707.
22. Aydogan, B.; Marshall, D. T.; Swarts, S. G.; Turner, J. E.; Boone, A. J.; Richards, N. G.; Bolch, W. E. Radiat. Res. 2002, 157, 38.
23. Nikjoo, H.; O'Neill, P.; Goodhead, D. T.; Terrissol, M. Int. J. Radiat. Biol. 1997, 71, 467.
24. Fulford, J.; Nikjoo, H.; Goodhead, D. T.; O'Neill, P. Int. J. Radiat. Biol. 2001, 77, 1053.
25. Malins, D. C.; Hellstrom, K. E.; Anderson, K. M.; Johnson, P. M.; Vinson, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5937.
26. Milligan, J.; Ng, J.; Wu, C.; Augilera, J.; Fahey, R.; Ward, J. Radiat. Res. 1995, 143, 273.
27. Jean, C.; Thierry, D.; Didier, G.; Jean-Luc, R. Mutat. Res. 2003, 531, 5.
28. Adam, W.; Arnold, M. A.; Nau, W. M.; Pischel, U.; Saha-Moller, C. R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3893.
29. Steenken, S. Chem. Rev. 1989, 89, 503.
30. Colson, A. O.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. 1996, 100, 4420.
31. Wetmore, S. D.; Boyd, R.; Eriksson, L. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9332.
32. (a) Turecek, F.; Yao, C. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 9221.
33. (b) Chen, X.; Syrstad, E. A.; Nguyen, M. T.; Gerbaux, P. G.; Turecek, F. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 8121.
34. Rienstra-Kiracofe, J. C.; Tschumper, G. S.; Schaefer, H. F.; Nandi, S.; Ellison, G. B. Chem. Rev. 2002, 102, 231.
35. Debije, M. D.; Bernhard, W. A. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 4608.
36. Hole, E. O.; Nelson, W. H.; Close, D. M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 8269.
37. (a) Cater, K. N.; Greenberg, M. M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13376.
38. (b) Hong, I. S.; Greenberg, M. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 3692.
39. Becker, D.; Summerfield, S.; Gillich, S.; Sevilla, M. D. Int. J. Radiat. Biol. 1994, 65, 537.
40. Bera, P. P.; Schaefer, H. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6698.
41. Brocklehurst, B. Radiat. Res. 2001, 155, 637.
42. Tuppurainen, K.; Lotjonen, S.; Laatikainen, R.; Vartiainen, T.; Maran, U.; Strandberg, M.; Tamm, T. Mutat. Res. 1991, 247, 97.
43. (a) Kelley, S. O.; Barton, J. K. Science 1999, 283, 375.
44. (b) Shao, F.; O'Neill, M. A.; Barton, J. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17914.
45. Ratner, M. Nature 1999, 397, 480.
46. Anusiewicz, I.; Berdys, J.; Sobczyk, M.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 11381.
47. Gu, J.; Xie, Y.; Schaefer, H. F. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1053.
48. Ray, S. G.; Daube, S. S.; Naaman, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 15.
49. Zoete, V.; Meuwly, M. J. Chem. Phys. 2004, 121, 4377.
50. Gorb, L.; Podolyan, Y.; Dziekonski, P.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10119.
51. Florian, J.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3010.
52. Taylor, J.; Eliezer, I.; Sevilla, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1614.
53. Hutter, M.; Clark, T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7574.
54. Gu, J.; Wang, J.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 12651.
55. Guerra, C. F.; Bicklhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4117.
56. Sponer, J.; Jurecka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10142.
57. Coutinho, K.; Ludwig, V.; Canute, S. Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 2004, 69, 61902.
58. Richardson, N. A.; Wesolowski, S. S.; Schaefer, H. F. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10163.
59. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structures; Springer-Verlag: New York, 1984.
60. Colson, A. O.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. 1996, 100, 4420.
61. Gu, J.; Xie, Y.; Schaefer, H. F. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13067.
62. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
63. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988, 37, 785.
64. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T. A.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. A.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94, revision c.3; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1995.
65. Huzinaga, S. J. Chem. Phys. 1965, 42, 1293.
66. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1970, 53, 2823.
67. Lee, T. J.; Schaefer, H. F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 1784.
68. Reed, A. E.; Weinstock, R. B.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 735.
69. Reed, A. E.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 1736.
70. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899.
71. Reed, A. E.; Schleyer, P. R. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 1434.
72. Malins, D. C.; Polissar, N. L.; Ostrander, G. K.; Vinson, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 12442.