Computational study of a single surface-immobilized two-stranded coiled-coil polypeptide

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 16, 2007, Pages 4178-4188

  Shang, Jianyuan ^a   Geva, Eitan ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENATURATION; DIMERS; ENERGY TRANSFER; ENZYME IMMOBILIZATION; PROTEIN FOLDING; SURFACE CHEMISTRY; YEAST;

EQUILIBRIUM STRUCTURE; FOLDING KINETICS; LANGEVIN DYNAMICS SIMULATIONS; SURFACE IMMOBILIZATION;

POLYPEPTIDES;

EID: 34248337951     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp067138     Document Type: Article

References (79)

1. Fersht, A. Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding; Freeman and Company: New York, 1998.
2. Bloomfield, V. A.; Crothers, D. M.; Tinoco, I. Nucleic Acids: Structures, Properties, and Functions; University Science Books: Sausalito, CA, 2000.
3. Edman, L.; Mets, Ü.; Rigler, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 6710.
4. Nie, S.; Zare, R. N. Anna. Rev. Biophys. Struct 1997, 26, 567.
5. Jia, Y.; Sytnik, A.; Li, L.; Vladimirov, S.; Cooperman, B. S.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 7932.
6. Bopp, M. A.; Jia, Y.; Haran, G.; Morlino, E. A.; Hochstrasser, R. M. Appl. Phys. Lett. 1998, 73, 7.
7. Xie, X. S.; Trautman, J. K. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 441.
8. Geva, E.; Skinner, J. L. Chem. Phys. Lett. 1998, 288, 225.
9. Lu, H. P.; Xun, L.; Xie, X. S. Science 1998, 282, 1877.
10. Weiss, S. Science 1999, 283, 1676.
11. Dahan, M.; Deniz, A. A.; Ha, T.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Chem. Phys. 1999, 247, 85.
12. Hu, D.; Yu, J.; Wong, K.; Bagchi, B.; Rossky, P.; Barabara, P. F. Nature 2000, 405, 1030.
13. Moerner, W. E. J. Phys. Chem. B. 2002, 106, 910.
14. Russel, R.; Zhuang, X. W.; Babcock, H. P.; Millet, I. S.; Doniach, S.; Chu, S.; Herschlag, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 155.
15. Yang, H.; Luo, G.; Karnchanaphanurach, P.; Louie, T.; Rech, I.; Cova, S.; Xun, L.; Xie, X. S. Science 2003, 302, 262.
16. Bartley, L. E.; Zhuang, X. W.; Das, R.; Chu, S.; Herschlag, D. J. Mol. Biol. 2003, 6, 923.
17. Zhuang, X. W.; Reif, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 88.
18. Chu, S. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 2003, 361, 689.
19. Haran, G.; Vöhringer, P. ChemPhysChem 2005, 6, 755.
20. Sherman, E.; Haran, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 11539.
21. Ha, T. Biochemistry 2004, 43, 4055.
22. Kubelka, J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 76.
23. Fernandez, J. M.; Li, H. Chem. Phys. 2004, 303, 1674.
24. Boukobza, E.; Sonnenfeld, A.; Haran, G. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 12165.
25. Xie, Z.; Srividya, N.; Sosnick, T. R.; Pan, T.; Scherer, N. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 534.
26. Ha, T.; Enderle, T.; Oglertee, D. F.; Chemla, D. S.; Selvin, P. R.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 6264.
27. Ha, T.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Denize, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Chem. Phys. 1999, 247, 107.
28. Ha, T.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Caldwell, D. B.; Denize, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 893.
29. Ha, T.; Zhuang, X.; Kim, H. D.; Orr, J. W.; Williamson, J. R.; Chu, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9077.
30. Jia, Y.; Talaga, D. S.; Lau, W. L.; Lu, H. S. M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 1999, 247, 69.
31. Deniz, A. A.; Dahan, M.; Grunwell, J. R.; Ha, T.; Faulhaber, A. E.; Chemla, D. S.; Weiss, S.; Schultz, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3670.
32. Ishii, Y.; Yoshida, T.; Funatsu, T.; Wazawa, T.; Yanagida, T. Chem. Phys. 1999, 247, 163.
33. Talaga, D. S.; Lau, W. L.; Roder, H.; Tang, J.; Jia, Y.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 13021.
34. Deniz, A. A.; Laurence, T. A.; Beligere, G. S.; Dahan, M.; Martin, A. B.; Chemla, D. S.; Dawson, P. E.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5179.
35. Weiss, S. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 724.
36. Ying, L.; Wallace, M. L.; Balasubramainian, S.; Klenerman, D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 5171.
37. Brasselet, S.; Peterman, E. J. G.; Miyawaki, A.; Moerner, W. E. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3676.
38. Zhuang, X.; Kim, H.; Pereira, M. J.; Babcock, H. P.; Walter, N. G.; Chu, S. Science 2002, 296, 1473.
39. Schuler, B.; Lipman, E. A.; Eaton, W. A. Nature 2002, 419, 743.
40. Lipman, E. A.; Schuler, B.; Bakajin, O.; Eaton, W. A. Science 2003, 301, 1233.
41. Haran, G. J. Phys.: Condens. Matter 2003, 15, R1291.
42. Rhoades, E.; Gussakovsky, E.; Haran, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3197.
43. Rhoades, E.; Cohen, M.; Schuler, B.; Haran, G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14686.
44. Slaughter, B. D.; Allen, M. W.; Unruh, J. R.; Bieber-Urbauer, R. J.; Johnson, C. K. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 10388.
45. Hodak, J. H.; Downey, C. D.; Fiore, J. L.; Pardi, A.; Nesbitt, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 10505.
46. Sabanayagam, C. R.; Eid, J. S.; Meller, A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 224708.
47. Liu, H.-W.; Cosa, G.; Landes, C. F.; Zeng, Y.; Kovaleski, B. J.; Mullen, D. G.; Barany, G.; Musier-Forsyth, K.; Barbara, P. F. Biophys. J. 2005, 89, 3470.
48. Kuzmenkina, E. V.; Heyes, C. D.; Nienhaus, G. U. J. Mol. Biol. 2006, 257, 313.
49. Srinivas, G.; Yethiraj, A.; Bagchi, B. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 2475.
50. Srinivas, G.; Bagchi, B. J. Chem. Phys. 2002, 116, 837.
51. Srinivas, G.; Bagchi, B. Phys. Chem. Commun. 2002, 5, 59.
52. Yang, H.; Witkoskie, J. B.; Cao, J. S. J. Chem. Phys. 2002, 117, 11010.
53. Gopich, I. V.; Szabo, A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5058.
54. Wang, D.; Geva, E. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 1626.
55. Shang, J.; Geva, E. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16340.
56. Stryer, L.; Haugland, R. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1967, 58, 719.
57. Haas, E.; Wilchek, M.; Katchalski-Katzir, E.; Steinberg, I. Z. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1975, 72, 1807.
58. Selvin, P. R. Methods Enzymol. 1995, 246, 300.
59. Andrews, D. L.; Demidov, A. A. Resonance Energy Transfer; Wiley: New York, 1999.
60. Selvin, P. R. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 730.
61. Förster, T. Ann. Phys. 1948, 2, 55.
62. Dexter, D. L. J. Chem. Phys. 1953, 21, 836.
63. Lakowicz, J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy; Plenum Publishing: New York, 1999.
64. Scholes, G. D. Annu. Rev. Phys. Chem. 2003, 54, 57.
65. O'Shea, E. K.; Rutkowski, R.; Kim, P. S. Science 1989, 243, 538.
66. O'Shea, E. K.; Klemm, J. D.; Kim, P. S.; Alber, T. Science 1991, 254, 539.
67. Lumb, K. J.; Carr, C. M.; Kim, P. S. Biochemistry 1994, 33, 7361.
68. Zitzewitz, J. A.; Bilsel, O.; Luo, J.; Jones, B. E.; Matthews, C. R. Biochemistry 1995, 34, 12812.
69. Wendt, H.; Berger, C.; Baici, A.; Thomas, R. M.; Bosshard, H. R. Biochemistry 1995, 34, 4097.
70. Jelesarov, I.; Durr, E.; Thomas, R. M.; Bosshard, H. R. Biochemistry 1998, 37, 7539.
71. Sosnick, T. R.; Jackson, S.; Wilk, R. R.; Englander, S. W.; DeGrado, W. F. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1996, 24, 427-432.
72. Guo, Z.; Thirumalai, D. J. Mol. Biol. 1996, 263, 323-343.
73. Klimov, D. K.; Betancourt, M. R.; Thirumalai, D. Folding Des. 1998, 3, 481-496.
74. Honeycutt, J. D.; Thirumalai, D. Biopolymers 1992, 32, 695.
75. Veithans, T.; Klimov, D.; Thirumalai, D. Folding Des. 1996, 2, 1.
76. Klimov, D. K.; Thirumalai, D. Phys. Rev. Lett. 1997, 79, 317.
77. Walqwist, A.; Covell, D. G.; Thirumalai, D. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 427.
78. Durr, E.; Jelesarov, I.; Bosshard, H. R. Biochemistry 1999, 38, 870.
79. de Gennes, P. G. Scaling Concepts in Polymer Physics; Cornell University Press: Ithaca, NY, 1979.