Ratiometric Analysis of Single-Molecule Fluorescence Resonance Energy Transfer Using Logical Combinations of Threshold Criteria: A Study of 12-mer DNA

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 21, 2000, Pages 5171-5178

  Ying, Liming ^a   Wallace, Mark I ^a   Balasubramanian, Shankar ^a   Klenerman, David ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001526496     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp993914k     Document Type: Article

References (50)

1. Xie, X. S.; Trautman, J. K. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 441.
2. Nie, S. M.; Zare, R. N. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 567.
3. Ha, T.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Caldwell, W. B.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 893.
4. Weiss, S. Science 1999, 283, 1676.
5. Lu, H. P.; Xun, L.; Xie, X. S. Science 1998, 282, 1877.
6. Dickson, R. M.; Cubitt, A. B.; Tien, R. Y.; Moerner, W. E. Nature 1997, 388, 355.
7. Vale, R. D.; Funatsu, T.; Pierce, D. W.; Romberg, L.; Harada, Y.; Yanagida, T. Nature 1996, 380, 451.
8. Ying, L.; Xie, X. S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10399.
9. Ha, T.; Zhuang, X.; Kim, H. D.; Orr, J. W.; Williamson, J. R.; Chu, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9077.
10. Jia, Y.; Talaga, D. S.; Lau, W. L.; Lu, H. S. M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 1999, 247, 69.
11. Bartko, A. P.; Dickson, R. M. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 11237.
12. Higgins, D. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7231.
13. Dunn, R. C.; Talley, C. E. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 10214.
14. Empedocles, S. A.; Neuhauser, R.; Bawendi, M. G. Nature 1999, 399, 126.
15. Ha, T.; Enderle, T.; Ogletree, D. F.; Chemla, D. S.; Selvin, P. R.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 6264.
16. Ruiter, A. G. T.; Veerman, J. A.; Garcia Parajo, M. F.; van Hulst, N. F. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 7318.
17. Clegg, R. M. Methods Enzymol. 1992, 211, 353.
18. Selvin, P. R. Methods Enzymol. 1995, 246, 300.
19. Dahan, M.; Deniz, A. A.; Ha, T.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Chem. Phys. 1999, 247, 85.
20. Deniz, A. A.; Dahan, M.; Grunwell, J. R.; Ha, T.; Faulhaber, A. E.; Chemla, D. S.; Weiss, S.; Schultz, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3670.
21. Bopp, M. A.; Jia, Y.; Li, L.; Cogdell, R. J.; Hochstrasser, R. M. Pmc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10630.
22. Vanderbout, D. A.; Yip, W. T.; Hu, D.; Fu, D. K.; Swager, T. M.; Barbara, P. F. Science 1997, 277, 1074.
23. Sanchez, E. J.; Novotny, L.; Holtom, G. R.; Xie, X. S. J. Phys. Chem. A 1997, 7019.
24. Veerman, J. A.; Garcia Parajo, M. F.; Kuipers, L.; van Hulst, N. F. Phys. Rev. Lett. 1999, 85, 2155.
25. Lu, H. P.; Xie, X. S. Nature 1997, 385, 143.
26. Ha, T.; Enderle, T.; Chemla, D. S.; Selvin, P. R.; Weiss, S. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3979.
27. Ha, T.; Glass, J.; Enderle, T.; Chemla, D. S.; Weiss, S. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 2093.
28. Ha, T.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Chem. Phys. 1999, 247, 107.
29. Clegg, R. M.; Murchie, A. I. H.; Zechel, A.; Lilley, D. M. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 2994.
30. Furey, W. S.; Joyce, C. M.; Osborne, M. A.; Klenerman, D.; Peliska, J. A.; Balasubramanian, S. Biochemistry 1998, 37, 2979.
31. Tóth, K.; Sauermann, V.; Langowski, J. Biochemistry 1998, 37, 8173.
32. Ota, N.; Hirano, K.; Warashina, M.; Andrus, A.; Mullah, B.; Hatanaka, K,; Taira, K. Nucleic Acid Res. 1998, 26, 735.
33. Simonsson, T.; Sjoback, R. J. Biol. Chem. 1999, 274, 17379.
34. Mao, C.; Sun, W.; Shen, Z.; Seeman, N. C. Nature 1999, 397, 144.
35. Lorenz, M.; Hillisch, A.; Payet, D.; Buttinelli, M.; Travers, A.; Diekmann, S. Biochemistry 1999, 38, 12150.
36. Vámosi, G.; Gohlke, C.; Clegg, R. M. Biophys. J. 1996, 71, 972.
37. Edman, L.; Mets, U.; Rigler, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 6710.
38. Wennmalm, S.; Edman, L.; Rigler, R. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 1997, 94, 10641.
39. Edman, L.; Wennmalm, S.; Tamsen, F.; Rigler, R. Chem. Phys. Lett. 1998, 292, 15.
40. Wennmalm, S.; Edman, L.; Rigler, R. Chem. Phys. 1999, 247, 61.
41. Osborne, M. A.; Balasubramanian, S.; Furey, W. S.; Klenerman, D. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3160.
42. Clegg, R. M. In Fluorescence Imaging Spectroscopy and Microscopy; Wang, X. F., Herman, B., Eds.; John Wiley & Sons: New York, 1996; Chapter 7.
43. Dale, R. E.; Eisinger, J. Biopolymers 1974, 13, 1573.
44. Haas, E.; Katchalski-Katzir, E.; Steinberg, I. Z. Biopolymers 1978, 17, 11.
45. Stryer, L. Annu. Rev. Biochem. 1978, 47, 819.
46. Dovichi, N. J.; Chen, D. D. In Single Molecule Optical Detection, Imaging and Spectroscopy, Basche, T., Moerner, W. E., Orrit, M., Wild, U. P., Eds.; Wiley: New York, 1997; P223.
47. Bustamante, C.; Marko, J. F.; Siggia, E. D.; Smith, S. Science 1994, 265, 1599.
48. Smith, S. B.; Cui, Y.; Bustamante, C. Science 1996, 271, 795.
49. Rivetti, C.; Walker, C.; Bustamante, C. J. Mol. Biol. 1998, 280, 41.
50. Mills, J. B.; Vacano, E.; Hagerman, P. J. J. Mol. Biol. 1999, 285, 245.