Docking kinetics and equilibrium of a GAAA tetraloop-receptor motif probed by single-molecule FRET

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 102, Issue 30, 2005, Pages 10505-10510

  Hodak, Jose H ^a   Fiore, Julie L ^a   Nesbitt, David J ^a   Downey, Christopher D ^a   Pardi, Arthur ^a  

^a UNIVERSITY OF COLORADO   (United States)

Author keywords

Heterogeneity; RNA; Tertiary interactions; Time correlated single photon counting

Indexed keywords

ADENINE; GUANINE; MAGNESIUM; RNA;

ARTICLE; BLEACHING; DOCKING KINETICS; FLUORESCENCE; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; HISTOGRAM; KINETICS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN MOTIF;

BASE SEQUENCE; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; KINETICS; MAGNESIUM; NUCLEIC ACID CONFORMATION; RNA;

EID: 23044431628     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0408645102     Document Type: Article

References (36)

1. Ha, T., Zhuang, X., Kim, H. D., Orr, J. W., Williamson, J. R. & Chu, S. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 9077-9082.
2. Kim, H. D., Nienhaus, G. U., Ha, T., Orr, J. W., Williamson, J. R. & Chu, S. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 4284-4289.
3. Zhuang, X., Kim, H., Pereira, M. J. B., Babcock, H. P., Walter, N. G. & Chu, S. (2002) Science 296, 1473-1476.
4. Zhuang, X., Bartley, L. E., Babcock, H. P., Russell, R., Ha, T., Herschlag, D. & Chu, S. (2000) Science 288, 2048-2051.
5. Tan, E., Wilson, T. J., Nahas, M. K., Clegg, R. M., Lilley, D. M. J. & Ha, T. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 9308-9313.
6. Bokinsky, G., Rueda, D., Misra, V. K., Rhodes, M. M., Gordus, A., Babcock, H. P., Walter, N. G. & Zhuang, X. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 9302-9307.
7. Xie, S. N. (2001) Single Molecules 2, 229-236.
8. Xie, Z., Srividya, N., Sosnick, T. R., Pan, T. & Scherer, N. F. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 534-539.
9. Murphy, F. L. & Cech, T. R. (1994) J. Mol. Biol. 236, 49-63.
10. Costa, M. & Michel, F. (1995) EMBO J. 14, 1276-1285.
11. Tanner, M. A. & Cech, T. R. (1995) RNA 1, 349-350.
12. Gate, J. H., Gooding, A. R., Podell, E., Zhou, K., Golden, B. L., Kundrot, C. E., Cech, T. R. & Doudna, J. A. (1996) Science 273, 1678-1685.
13. Jucker, F. M. & Pardi, A. (1995) RNA 1, 219-222.
14. Butcher, S. E., Dieckmann, T. & Feigon, J. (1997) EMBO J. 16, 7490-7499.
15. Jaeger, L. & Leontis, N. (2000) Angew. Chem. Int. Ed. 39, 2521-2524.
16. Qin, P. Z., Butcher, S. E., Feigon, J. & Hubbell, W. L. (2001) Biochemistry 40, 6929-6936.
17. Bartley, L. E., Zhuang, X., Das, R., Chu, S. & Herschlag, D. (2003) J. Mol. Biol. 328, 1011-1026.
18. Serwer, P. & Hayes, S. J. (2001) Biophys. J. 81, 3398-3408.
19. Harada, Y., Sakurada, K., Aoki, T., Thomas, D. D. & Yanagida, T. (1990) J. Mol. Biol. 216, 49-68.
20. Kuno, M., Fromm, D. P., Hamann, H. F., Gallagher, A. & Nesbitt, D. J. (2001) J. Chem. Phys. 115, 1028-1040.
21. Deniz, A. A., Laurence, T. A., Dahan, M., Chemla, D. S., Schultz, P. G. & Weiss, S. (2001) Annu. Rev. Phys. Chem. 52, 233-253.
22. Nissen, P., Ippolito, J. A., Ban, N., Moore, P. B. & Steitz, T. A. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 4899-4903.
23. Schindelin, H., Zhang, M., Bald, R., Furste, J.-P., Erdmann, V. A. & Heinemann, U. (1995) J. Mol. Biol. 249, 595-603.
24. Wagner, E. G. H. & Simons, R. W. (1994) Annu. Rev. Microbiol. 48, 713-742.
25. Lehnert, V., Jaeger, L., Michele, F. & Westhof, E. (1996) Chem. Biol. 3, 993-1009.
26. Szewczak, A. A. & Cech, T. R. (1997) RNA 3, 838-849.
27. Klein, D. J., Schmeing, T. M., Moore, P. B. & Steitz, T. A. (2001) EMBO J. 20, 4214-4221.
28. Murchie, A. I. H., Thomson, J. B., Walter, F. & Lilley, D. M. J. (1998) Mol. Cell 1, 873-881.
29. Walter, N. G., Burke, J. M. & Millar, D. P. (1999) Nat. Struct. Biol. 6, 544-549.
30. Pley, H. W., Flaherty, K. M. & McKay, D. B. (1994) Nature 372, 68-74.
31. Ban, N., Nissen, P., Hansen, J., Moore, P. B. & Steitz, T. A. (2000) Science 289, 905-920.
32. Zhao, Z. Y., Wilson, T. J., Maxwell, K. & Lilley, D. M. (2000) RNA 6, 1833-1846.
33. Khvorova, A., Lescoute, A., Westhof, E. & Jayasena, S. D. (2003) Nat. Struct. Biol. 10, 708-712.
34. De la Pena, M., Gago, S. & Flores, R. (2003) EMBO J. 22, 5561-5570.
35. Misra, V. K. & Draper, D. E. (2002) J. Mol. Biol. 317, 507-521.
36. Young, B. T. & Silverman, S. K. (2002) Biochemistry 41, 12271-12276.