Single-molecule resonance energy transfer and fluorescence correlation spectroscopy of calmodulin in solution

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 29, 2004, Pages 10388-10397

  Slaughter, Brian D ^a   Allen, Michael W ^a   Unruh, Jay R ^a   Bieber Urbauer, Ramona J ^a,b   Johnson, Carey K ^a  

^a UNIVERSITY OF KANSAS   (United States)

^b UNIVERSITY OF GEORGIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FLUORESCENCE CORRELATION SPECTROSCOPY (FCS); RESONANCE ENERGY TRANSFER; SINGLE-MOLECULE SPECTROSCOPY; X RAY STRUCTURE;

ANISOTROPY; CONCENTRATION (PROCESS); CONFORMATIONS; CRYSTAL STRUCTURE; DECAY (ORGANIC); DIFFUSION; FLUORESCENCE; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR SPECTROSCOPY; PROTEINS; RESONANCE; SOLUTIONS;

ENERGY TRANSFER;

EID: 3442896792     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp040098u     Document Type: Article

References (77)

1. Chin, D.; Means, A. R. Trends Cell Biol. 2000, 10, 322-328.
2. Babu, Y. S.; Sack, J. S.; Greenhough, T. J.; Bugg, C. E.; Means, A. R.; Cook, W. J. Nature 1985, 315, 37-40.
3. Chattopadhyaya, R.; Meador, W. E.; Means, A. R.; Quiocho, F. A. J. Mol. Biol. 1992, 228, 1177-1192.
4. Kuboniwa, H.; Tjandra, N.; Grzesiek, S.; Ren. H.; Klee, C. B.; Bax, A. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 768-776.
5. Crivici, A.; Ikura, M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1995, 24, 85-116.
6. Jaren, O. R.; Kranz, J. K.; Sorensen, B. R.; Wand, A. J.; Shea, M. A. Biochemistry 2002, 41, 14158-14166.
7. Zhang, M.; Tanaka, T.; Ikura, M. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 758-767.
8. Vetter, S. W.; Leclerc, E. Eur. J. Biochem. 2003, 270, 404-414.
9. Barbato, G.; Ikura, M.; Kay, L. E.; Pastor, R. W.; Bax, A. Biochemistry 1992, 31, 5269-5278.
10. Tjandra, N.; Kuboniwa, H.; Ren, H.; Bax, A. Eur. J. Biochem. 1995, 230, 1014-1024.
11. Baber, J. L.; Szabo, A.; Tjandra, N. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3953-3959.
12. Yao, Y.; Schoeneich, C.; Squier, T. C. Biochemistry 1994, 33, 7797-7810.
13. Evenas, J.; Forsen, S.; Malmendal, A.; Akke, M. J. Mol. Biol. 1999, 289, 603-617.
14. Malmendal, A.; Evenas, J.; Forsen, S.; Akke, M. J. Mol. Biol. 1999, 293, 883-899.
15. Johnson, J. D.; Snyder, C.; Walsh, M.; Flynn, M. J. Biol. Chem. 1996, 271, 761-767.
16. Kasturi, R.; Vasulka, C.; Johnson, J. D. J. Biol. Chem. 1993, 268, 7958-7964.
17. Peersen, O. B.; Madsen, T. S.; Falke, J. J. Protein Sci. 1997, 6, 794-807.
18. Török, K.; Tzortzopoulos, A.; Grabarek, Z.; Best, S. L.; Thorogate, R. Biochemistry 2001, 40, 14878-14890.
19. Yang, C.; Jas, G. S.; Kuczera, K. J. Biomol. Struct. Dyn. 2001, 19, 247-271.
20. Fallon, J. L.; Quiocho, F. A. Structure 2003, 11, 1303-1307.
21. Chang, S.-L.; Szabo, A.; Tjandra, N. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 11379-11384.
22. Wilson, M. A.; Brunger, A. T. J. Mol. Biol. 2000, 301, 1237-1256.
23. Moerner, W. E.; Orrit, M. Science 1999, 283, 1670-1676.
24. Xie, X. S.; Trautman, J. K. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 441-480.
25. Stryer, L.; Haugland, R. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1967, 58, 719-726.
26. Selvin, P. R. Methods Enzymol. 1995, 246, 300-335.
27. Ha, T.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Caldwell, W. B.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 893-898.
28. Ha, T.; Zhuang, X.; Kim, H. D.; Orr, J. W.; Williamson, J. R.; Chu, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9077-9082.
29. Jia, Y.; Talaga, D. S.; Lau, W. L.; Lu, H. S. M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 1999, 247, 69-83.
30. Deniz, A. A.; Laurence, T. A.; Beligere, G. S.; Dahan, M.; Martin, A. B. ; Chemla, D. S.; Dawson, P. E.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5179-5184.
31. Chen, Y.; Hu, D.; Vorpagel, E. R.; Lu, H. P. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 7947-7956.
32. Dietrich, A.; Buschmann, V.; Muller, C.; Sauer, M. Rev. Mol. Biotechnol. 2002, 82, 211-231.
33. Schuler, B.; Lipman, E. A.; Eaton, W. A. Nature 2003, 421, 94.
34. Margittai, M.; Widengren, J.; Schweinberger, E.; Schroeder, G. F.; Felekyan, S.; Haustein, E.; Koenig, M.; Fasshauer, D.; Grubmueller, H.; Jahn, R.; Seidel, C. A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15516-15521.
35. Brasselet, S.; Peterman, E. J. G.; Miyawaki, A.; Moerner, W. E. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3676-3682.
36. Magde, D.; Elson, E. L.; Webb, W. W. Biopolymers 1974, 13, 29-61.
37. Aragon, S. R.; Pecora, R. J. Chem. Phys. 1976, 64, 1791-1803.
38. Nie, S.; Chiu, D. T.; Zare, R. N. Anal. Chem. 1995, 67, 2849-2857.
39. Widengren, J.; Rigler, R.; Mets, U. J. Fluoresc. 1994, 4, 255-258.
40. Meissner, O.; Haeberlein, H. Biochemistry 2003, 42, 1667-1672.
41. Widengren, J.; Schwille, P. J. Phys. Chem. A. 2000, 104, 6416-6428.
42. Ying, L.; Wallace, M. I.; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 5171-5178.
43. Eid, J. S. Ph.D. Thesis, University of Illinois at Urbana-Champaign, 2002.
44. Allen, M. W.; Urbauer, R. J. B.; Zaidi, A.; Williams, T. D.; Urbauer, J. L.; Johnson, C. K. Anal. Biochem. 2004, 325, 273-284.
45. Hemsley, A.; Arnheim, N.; Toney, M. D.; Cortopassi, G.; Galas, D. J. Nucleic Acids Res. 1989, 17, 6545-6551.
46. Weiner, M. P.; Costa, G. L.; Schoettlin, W.; Cline, J.; Mauther, E.; Bauer, J. C. Gene 1994, 151, 119-123.
47. Widengren, J.; Mets, U.; Rigler, R. J. Phys. Chem. 1995, 99, 13368-13379.
48. Lakowicz, J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy, 2nd ed.; Kluwer Academic/Plenum: New York. 1999.
49. Harms, G. S.; Pauls, S. W.; Hedstrom, J. F.; Johnson, C. K. J. Fluoresc. 1997, 7, 273-281.
50. Johnson, M. L.; Faunt, L. M. Methods Enzymol. 1992, 210, 1-37.
51. Swaminathan, R.; Krishnamoorthy, G.; Periasamy, N. Biophys. J. 1994, 67, 2013-2023.
52. Luby-Phelps, K.; Lanni, F.; Taylor, D. L. J. Cell. Biol. 1985, 101, 1245-1256.
53. Dedman, J. R.; Potter, J. D.; Jackson, R. L.; Johnson, J. D.; Means, A. R. J. Biol. Chem. 1977, 252, 8415-8422.
54. Yang, C.; Kuczera, K. J. Biomol. Struct. Dyn. 2002, 19, 801-819.
55. Maiti, S.; Haupts, U.; Webb, W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 11753-11757.
56. Schwillle, P.; Kummer, S.; Heikal, A. A.; Moerner, W. E.; Webb, W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 151-156.
57. Coles, B. A.; Compton, R. G. J. Electroanal. Chem. Interfacial Electrochem. 1983, 144, 87-98.
58. Daly, P. J.; Page, D. J.; Compton, R. G. Anal. Chem. 1983, 55, 1191-1192.
59. Rigler, R.; Mets, U.; Widengren, J.; Kask, P. Eur. Biophys. J. 1993, 22, 169-175.
60. Osborne, M. A.; Balasubramanian, S.; Furey, W. S.; Klenerman, D. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3160-3167.
61. Hess, S. T.; Webb, W. W. Biophys. J. 2002, 83, 2300-2317.
62. Ha, T.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Chem. Phys. 1999, 247, 107-118.
63. Kim, S. A.; Heinze, K. G.; Waxham, M. N.; Schwille, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 105-110.
64. Kohl, T.; Heinze, K. G.; Kuhlemann, R.; Koltermann, A.; Schwille, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12161-12166.
65. Schwille, P.; Meyer-Almes, F.-J.; Rigler, R. Biophys. J. 1997, 72, 1878-1886.
66. Evenas, J.; Malmendal, A.; Thulin, E.; Carlstrom, G.; Forsen, S. Biochemistry 1998, 37, 13744-13754.
67. Evenas, J.; Thulin, E.; Malmendal, A.; Forsen, S.; Carlstrom, G. Biochemistry 1997, 36, 3448-3457.
68. Bayley, P.; Ahlstroem, P.; Martin, S. R.; Forsen, S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1984, 120, 185-191.
69. Talaga, D. S.; Lau, W. L.; Roder, H.; Tang, J.; Jia, Y.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 13021-13026.
70. Grunwell, J. R.; Glass, J. L.; Lacoste, T. D.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4295-4303.
71. Kinosita, K. K. S., Jr.; Ikegami, A. Biophys. J. 1977, 20, 289-305.
72. Haas, E.; Ephraim-Katchalski-Katzir; Steinberg, I. Z. Biochemistry 1978, 17, 5064-5070.
73. Rothwell, P. J.; Berger, S.; Kensch, O.; Felekyan, S.; Antonik, M.; Wohrl, B. M.; Restle, T.; Goody, R. S.; Seidel, C. A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 1655-1660.
74. Heidorn, D. B.; Trewhella, J. Biochemistry 1988, 27, 909-915.
75. Seaton, B. A.; Head, J. F.; Engelman, D. M.; Richards, F. M. Biochemistry 1985, 24, 6740-6743.
76. Van der Meer, B. W. Rev. Mol. Biotechnol. 2002, 82, 181-196.
77. James, L. C.; Tawfik, D. S. Trends Biochem. Sci. 2003, 28, 361-368.