Two-dimensional infrared spectral signatures of 310- And α-helical peptides

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 12, 2007, Pages 3222-3235

  Maekawa, Hiroaki ^a   Toniolo, Claudio ^b   Broxterman, Quirinus B ^c   Ge, Nien Hui ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF PADOVA   (Italy)

^c DSM RESEARCH   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSORPTION SPECTRA; CONFORMATIONS; INFRARED SPECTROSCOPY; LIGHT POLARIZATION; NITROGEN COMPOUNDS; TWO DIMENSIONAL;

HELICAL CONFORMATIONS; INFRARED SPECTRAL SIGNATURES;

PEPTIDES;

EID: 34147137123     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0674874     Document Type: Article

References (91)

1. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
2. Jackson, M.; Mantsch, H. H. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1995, 30, 95.
3. Dyer, R. B.; Gai, F.; Woodruff, W. H. Acc. Chem. Res. 1998, 31, 709.
4. Asplund, M. C.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8219.
5. Zanni, M. T.; Asplund, M. C.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 2001, 114, 4579.
6. Zanni, M. T.; Ge, N.-H.; Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11265.
7. Rubtsov, I. V.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 7733.
8. Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Behrendt, R.; Renner, C.; Moroder, L.; Wachtveitl, J.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 8654.
9. Mukherjee, P.; Krummel, A. T.; Fulmer, E. C.; Kass, I.; Arkin, I. T.; Zanni, M. T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10215.
10. Chung, H. S.; Khalil, M.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15332.
11. Maekawa, H.; Toniolo, C.; Moretto, A.; Broxterman, Q. B.; Ge, N.-H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 5834.
12. Zanni, M. T.; Gnanakaran, S.; Stenger, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6520.
13. Rubtsov, I. V.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5601.
14. Sul, S.; Karaiskaj, D.; Jiang, Y.; Ge, N.-H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 19891.
15. Kim, Y. S.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7511.
16. Mukamel, S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 57, 691.
17. Scheurer, C.; Piryatinski, A.; Mukamel, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 125, 3114.
18. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
19. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316.
20. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 115, 7737.
21. Fang, C.; Wang, J.; Kim, Y. S.; Charnley, A. K.; Barber-Armstrong, W.; Smith, A. B.; III.; Decatur, S. M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 10415.
22. Wang, J.; Chen, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7545.
23. Demirdöven, N.; Cheatum, C. M.; Chung, H. S.; Khalil, M.; Knoester, J.; Tokmakoff, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7981.
24. Moran, A. M.; Park, S.-M.; Dreyer, J.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3651.
25. Wang, J.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2004, 297, 195.
26. Abramavicius, D.; Zhuang, W.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 18034.
27. Harn, S.; Hahn, S.; Lee, C.; Kim, T.-K.; Kwak, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9333.
28. Chung, H. S.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 2888.
29. DeCamp, M. F.; DeFlores, L.; McCracken, J. M.; Tokmakoff, A.; Kwac, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11016.
30. Khalil, M.; Demirdöven, N.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5258.
31. Asbury, J. B.; Steinel, T.; Payer, M. D. Chem. Phys. Lett. 2003, 381, 139.
32. Asbury, J. B.; Steinel, T.; Kwak, K.; Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L.; Payer, M. D. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12431.
33. Cowan, M. L.; Bruner, B. D.; Huse, N.; Dwyer, J. R.; Chugh, B.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T.; Miller, R. J. D. Nature 2005, 434, 199.
34. Toniolo, C.; Benedetti, E. Trends Biochem. Sci. 1991, 16, 350.
35. Bolin, K. A.; Millhauser, G. L. Acc. Chem. Res. 1999, 32, 1027.
36. Creighton, T. E. Proteins: Structures and Molecular Properties, 2nd ed.; W.H. Freeman: New York, 1993.
37. De Guzman, R. N.; Wu, Z. R.; Stalling, C. C.; Pappalardo, L.; Borer, P. N.; Summers, M. F. Science 1998, 279, 384.
38. Hashimoto, Y.; Kohri, K.; Kaneko, Y.; Morisaki, H.; Kato, T.; Ikeda, K.; Nakanishi, M. J. Biol. Chem. 1998, 273, 16544.
39. Di Matteo, A.; Federici, L.; Mattei, B.; Salvi, G.; Johnson, K. A.; Savino, C.; De Lorenzo, G.; Tsernoglou, D.; Cervone, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 10124.
40. Nagaraj, R.; Balaram, P. Acc. Chem. Res. 1981, 14, 356.
41. Shea, J. E.; Brooks, C. L. Annu. Rev. Phys. Chem. 2001, 52, 499.
42. Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. Biochemistry 1991, 30, 3864.
43. Soman, K. V.; Karimi, A.; Case, D. A. Biopolymers 1991, 31, 1351.
44. Toniolo, C.; Polese, A.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Kamphuis, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2744.
45. Yoder, G.; Polese, A.; Silva, R. A. G. D.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Broxterman, Q. B.; Kamphuis, J.; Toniolo, C.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 10278.
46. Mammi, S.; Rainaldi, M.; Bellanda, M.; Schievano, E.; Peggion, E.; Broxterman, Q. B.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Toniolo, C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11735.
47. Bellanda, M.; Mammi, S.; Geremia, S.; Demitri, N.; Randaccio, L.; Broxterman, Q. B.; Kaptein, B.; Pengo, P.; Pasquato, L.; Scrimin, P. Chem.-Eur. J. 2007, 13, 407.
48. Martinez, G.; Millhauser, G. J. Struct. Biol. 1995, 114, 23.
49. Silva, R. A. G. D.; Yasui, S. C.; Kubelka, J.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Toniolo, C.; Keiderling, T. A. Biopolymers 2002, 65, 229.
50. Kubelka, J.; Silva, R. A. G. D.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5325.
51. Toniolo, C.; Bonora, G. M.; Bavoso, A.; Benedetti, E.; Di Blasio, B.; Pavone, V.; Pedone, C. Macromolecules 1986, 19, 472.
52. Bavoso, A.; Benedetti, E.; Di Blasio, B.; Pavone, V.; Pedone, C.; Toniolo, C.; Bonora, G. M.; Formaggio, F.; Crisma, M. J. Biomol. Struct. Dyn. 1988, 5, 803.
53. Polese, A.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Valle, G.; Toniolo, C.; Bonora, G. M.; Broxterman, Q. B.; Kamphuis, J. Chem.-Eur. J. 1996, 2, 1104.
54. Toniolo, C.; Bonora, G. M.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Bavoso, A.; Benedetti, E.; Di Blasio, B.; Pavone, V.; Pedone, C. Gazz. Chim. Ital. 1988, 118, 47.
55. Yasui, S. C.; Keiderling, T. A.; Formaggio, F.; Bonora, G. M.; Toniolo, C. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 4988.
56. Higgs, P. W. Proc. R. Soc. London, Ser. A 1953, 220, 472.
57. Miyazawa, T. J. Chem. Phys. 1960, 32, 1647.
58. Nevskaya, N. A.; Chirgadze, Y. N. Biopolymers 1976, 15, 637.
59. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379.
60. Torii, H.; Tasumi, M. J. Roman Spectrosc. 1998, 29, 81.
61. Hamm, P.; Woutersen, S. Bull. Chem. Soc. Jpn. 2002, 75, 985.
62. Cha, S.; Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 740.
63. Lepetit, L.; Cheriaux, G.; Joffre, M. J. Opt. Soc. Am. B 1995, 12, 2467.
64. Jonas, D. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 2003, 54, 425.
65. Toniolo, C.; Bonora, G. M.; Barone, V.; Bavoso, A.; Benedetti, E.; Di Blasio, B.; Grimaldi, P.; Lelj, F.; Pavone, V.; Pedone, C. Macromolecules 1985, 18, 895.
66. Yasui, S. C.; Keiderling, T. A.; Bonora, G. M.; Toniolo, C. Biopolymers 1986, 25, 79.
67. Kennedy, D. F.; Crisma, M.; Toniolo, C.; Chapman, D. Biochemistry 1991, 30, 6541.
68. Plass, M.; Griehl, C.; Kolbe, A. J. Mol. Struct. 2001, 570, 203.
69. Chalapathi, V. V.; Ramiah, K. V. J. Mol. Spectrosc. 1968, 26, 444.
70. Cheam, T. C.; Krimm, S. J. Chem. Phys. 1985, 82, 1631.
71. Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6915.
72. McDonald, I. K.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1994, 238, 777.
73. Torii, H.; Tatsumi, T.; Kanazawa, T.; Tasumi, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 309.
74. Torii, H.; Tatsumi, T.; Tasumi, M. Mikrochim. Acta 1997, 14, 531.
75. Kim, J.-H.; Cho, M. Bull. Korean Chem. Soc. 2003, 24, 1061.
76. Choi, J.-H.; Ham, S.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9132.
77. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577.
78. Tonge, P. J.; Fausto, R.; Carey, P. R. J. Mol. Struct. 1996, 379, 135.
79. Faria, M. D. G.; Teixeira-Dias, J. J. C.; Fausto, R. J. Mol. Struct. 1991, 263, 87.
80. Thijs, R.; Zeegers-Huyskens, T. Spectrochim. Acta, Part A 1984, 40, 307.
81. Lewell, X. Q.; Hillier, I. H.; Field, M. J.; Morris, J. J.; Taylor, P. J. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 2 1988, 84, 893.
82. Latajka, Z.; Scheiner, S. Chem. Phys. Lett. 1990, 174, 179.
83. Torii, H.; Tatsumi, T.; Tasumi, M. J. Roman Spectrosc. 1998, 29, 537.
84. Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3798.
85. Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2001, 266, 273.
86. Ramachandran, G. N.; Kolaskar, A. S.; Ramakrishnan, C.; Sasisekharan, V. Biochim. Biophys. Acta 1974, 359, 298.
87. Paterson, Y.; Rumsey, S. M.; Benedetti, E.; Nemethy, G.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 2947.
88. Tirado-Rives, J.; Maxwell, D. S.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 11590.
89. Thouless, D. J. Phys. Rep. 1974, 13, 93.
90. Cutmore, E. A.; Hallam, H. E. Spectrochim. Acta, Part A 1969, 25, 1767.
91. Pimentel, G. C.; McClellan, A. L. The Hydrogen Bond; W.H. Freeman: New York, 1960.