Interplay of the Intramolecular Water Vibrations and Hydrogen Bond in N-Methylacetamide-Water Complexes: Ab Initio Calculation Studies

Bulletin of the Korean Chemical Society

Volumn 24, Issue 8, 2003, Pages 1061-1068

  Kim, Joo Hee ^a   Cho, Minhaeng ^a  

^a Korea University   (South Korea)

Author keywords

2D spectroscopy; Hydrogen bond; Peptide vibration

Indexed keywords

AMIDE; DEUTERIUM OXIDE; N METHYLACETAMIDE; POLYPEPTIDE; WATER;

AB INITIO CALCULATION; AQUEOUS SOLUTION; ARTICLE; COMPLEX FORMATION; HYDROGEN BOND; PROTEIN STRUCTURE; QUANTUM CHEMISTRY; SPECTROSCOPY; STRETCHING; VIBRATION; VIBRATION SPECTROSCOPY;

EID: 0344444154     PISSN: 02532964     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.5012/bkcs.2003.24.8.1061     Document Type: Article

References (63)

1. Spectroscopic Methods for Determining Protein Structure in Solution; Havel, H. A., Ed.; VCH: New York, U. S. A., 1996.
2. Arrondo, J. L. R.; Goni, F. M. Progr. Biophys. Mol. Biol. 1999, 72, 367.
3. Infrared and Raman Spectroscopy of Biological Materials; Gremlich, H.-U. ; Yan, B., Eds.; Marcel Dekker: New York, 2000.
4. Surewicz, W. K.; Mantsch, H. H. Biochim. Biophys. Acta 1988, 952, 115.
5. Torii, H.; Tasumi, M. In Infrared Spectroscopy of Biomolecules; Mantsch, H. H.; Chapman, D., Eds.; Wiley-Liss: New York, U. S. A., 1996; p 1.
6. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
7. Susi, H.; Byler, D. M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1983, 115, 391.
8. Prestrelski, S. J.; Byler, D. M.; Thompson, M. P. Int. J. Pept. Protein Res. 1991, 37, 508.
9. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379.
10. Choi, J.-H.; Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6821.
11. Cha, S.; Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 740.
12. Chen, X. G.; Schweitzer-Stenner, R.; Krimm, S.; Mirkin, N. G.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 166, 11141.
13. Chen, X. G.; Asher, S. A.; Schweitzer-Stenner, R.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2884.
14. Lee, S.-H.; Krimm, S. Chem. Phys. 1998, 230, 277.
15. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6142.
16. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10922.
17. Ultrafast Infrared and Raman Spectroscopy; Fayer, M. D., Ed.; Marcel Dekker: New York, U. S. A., 2001.
18. Chemical Physics, 266, issues 2-3, 2001.
19. Tanimura, Y.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1993, 99, 9496.
20. Tominaga, K.; Yoshihara, K. Phys. Rev. Lett. 1996, 74, 3061.
21. Okumura, K.; Tanimura, Y. J. Chem. Phys. 1997, 106, 1687; 1997, 107, 2267.
22. Okumura, K.; Tanimura, Y. J. Chem. Phys. 1997, 106, 1687; 1997, 107, 2267.
23. Cho, M.; Okumura, K.; Tanimura, Y. J. Chem. Phys. 1997, 108, 1326.
24. Tokmakoff, A.; Lang, M. J.; Larsen, D. S.; Fleming, G. R.; Chernyak, V.; Mukamel, S. Phys. Rev. Lett. 1997, 79, 2702.
25. Zhao, W.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1998, 110, 5011.
26. Steffen, T.; Duppen, K. Chem. Phys. Lett. 1997, 273, 47.
27. Cho, M. In Advances in Multi-photon Process and Spectroscopy; Lin, S. H. ; Villaeys, A. A.; Fujimura, Y., Eds.; World Scientific: Singapore, 1999; Vol. 12, p 229.
28. Hahn, S.; Park, K.; Cho, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 4121.
29. Park, K.; Hahn, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 4131.
30. Cho, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 4140.
31. Hahn, S.; Kwak, K.; Cho, M. J. Chem. Phys. 1999, 112, 4553.
32. Cho, M. J. Chem. Phys. 2000, 112, 9978.
33. Kaufman, L. J.; Heo, J.; Fleming, G. R.; Sung, J.; Cho, M. Chem. Phys. 2001, 266, 251.
34. Cho, M. Phys. Rev. A 2000, 61, 23406.
35. Blank, D.; Kaufman, L.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 2000, 113, 771.
36. Zhao, W.; Wright, J. C. Phys. Rev. Lett. 1999, 83, 1950.
37. Bonn, M.; Hess, Ch.; Miners, J. H.; Bakker, H. J.; Heinz, T. F.; Cho, M. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 1566.
38. Sung, J.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2000, 113, 7072.
39. Sung, J.; Silbey, R. J.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 1422.
40. Okumura, K.; Jonas, D. M.; Tanimura, Y. Chem. Phys. 2001, 266, 237.
41. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
42. Hamm, P.; Lim, M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 10049.
43. Piryatinski, A.; Chernyak, V.; Mukamel, S. In Ultrafast Infrared and Raman Spectroscopy; Fayer, M. D., Ed.; Marcel Dekker: New York, U. S. A., 2001; p 349.
44. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316.
45. Hamm, R; Lim, M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. 1999, 96, 2036.
46. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
47. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316.
48. Scheurer, C.; Piryatinski, A.; Mukamel, S. J. Am. Chem. Soc 2001, 123, 3114.
49. Cho, M. PhysChemComm. 2002, 5, 40.
50. Gale, G. M.; Gallot, G.; Hache, F.; Lascoux, N.; Bratos, S. Leicknam, J.-Cl. Phys. Rev. Lett. 1999, 82, 1068.
51. Bratos, S.; Gale, G. M.; Gallot, G.; Hache, F.; Lascoux, N.; Leicknam, J.-Cl. Phys. Rev. E 2000, 61, 5211.
52. Nienhuys, H.-K.; Woutersen, S.; van Santen, R. A.; Bakker, H. J J. Chem. Phys. 1999, 111, 1494.
53. Mikenda, W. J. Mol. Struct. 1986, 147, 1.
54. Woutersen, S.; Mu, Y.; Stock, G.; Hamm, P. Chem. Phys. 2001 266, 137.
55. Guo, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 7273.
56. Guo, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 7104.
57. Dixon, D. A.; Dobbs, K. D.; Valentini, J. J. J. Phys. Chem. 1994 98, 13435.
58. Han, W.-G.; Suhai, S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3942.
59. Torii, H.; Tatsumi, T.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 537.
60. Ham, S.; Kim, J.-H.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3491.
61. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E. Robb. M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, Jr., R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O. Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B. Pomelli, C. Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A. Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R. ; Martin, R. L.; Fox, D. J. Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A. Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head Gordon, M.; Replogle, E. S. ; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision A.7; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
62. Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3480.
63. Park, K.; Cho, M. J. Chem. Phys. 1998, 109, 10559.