Ribonuclease A

Chemical Reviews

Volumn 98, Issue 3, 1998, Pages 1045-1065

  Raines, Ronald T ^a  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001005285     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr960427h     Document Type: Article

References (420)

1. The RNA World; Gesteland, R. F.; Atkins, J. F., Eds.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Plainview, NY, 1993.
2. Barnard, E. A. Nature 1969, 221, 340-344.
3. Jones, W. J. Am. Physiol. 1920, 52, 203-207.
4. Liang, C. J.; Yamashita, K.; Kobata, A. J. Biochem. (Tokyo) 1980, 88, 51-58.
5. Rudd, P. M.; Scragg, I. G.; Coghill, E. C.; Dwek, R. A. Glycoconjugate J. 1992, 9, 86-91.
6. Fu, D.; Chen, L.; O'Neill, R. A. Carboyhydrate Res. 1994, 261, 173-186.
7. Plummer, T. H., Jr. J. Biol. Chem. 1968, 243, 6016-6024.
8. Baynes, J. W.; Wold, F. J. Biol. Chem. 1970, 243, 6016-6024.
9. Anfinsen, C. B. Science 1973, 181, 223-230.
10. Moore, S.; Stein, W. H. Science 1973, 180, 458-464.
11. Merrifield, R. B. Science 1984, 232, 341-347.
12. Nucleuses, 2nd ed.; Linn, S. M.; Lloyd, R. S.; Robert, R. J., Eds.; Cold Spring Harbor Laboratories: Plainview, NY, 1993.
13. Mishra, N. C. Molecular Biology of Nucleuses; CRC Press: Boca Raton, FL, 1995.
14. Ribonucleases: Structures and Functions; D'Alessio, G., Riordan, J. F., Eds.; Academic Press: New York, 1997.
15. Barnard, E. A. Annu. Rev. Biochem. 1969, 38, 677-732.
16. Richards, F. M.; Wyckoff, H. W. Enzymes 1971, IV, 647-806.
17. Karpeisky, M. Y.; Yakovlev, G. I. Sou. Sci. Rev., Sect. D 1981, 2, 145-257.
18. Blackburn, P.; Moore, S. Enzymes 1982, XV, 317-433.
19. Wlodawer, A. In Biological Macromolecules and Assemblies, Vol. II, Nucleic Acids and Interactive Proteins; Jurnak, F. A., McPherson, A., Eds.; Wiley: New York, 1985; pp 395-439.
20. Beintema, J. J. Life Chem. Rep. 1987, 4, 333-389.
21. Eftink, M. R.; Biltonen, R. L. In Hydrolytic Enzymes; Neuberger, A., Brocklehurst, K., Eds.; Elsevier: New York, 1987; pp 333-375.
22. Beintema, J. J.; Schüller, C.; Irie, M.; Carsana, A. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1988, 51, 165-192.
23. Moody, P. C. E.; Wilkinson, A. J. Protein Engineering; IRL Press: New York, 1990.
24. Protein Engineering: Principles and Practice; Cleland, J. L., Craik, C. S., Eds.; Wiley-Liss: New York, 1996.
25. Chirgwin, J. M.; Przybyla, A. E.; MacDonald, R. J.; Rutter, W. J. Biochemistry 1979, 18, 5294-5299.
26. Nambiar, K. P.; Stackhouse, J.; Stauffer, D. M.; Kennedy, W. P.; Eldredge, J. K.; Benner, S. A. Science 1984, 223, 1299-1301.
27. Nambiar, K. P.; Stackhouse, J.; Presnell, S. R.; Benner, S. A. Eur. J. Biochem. 1987, 163, 67-71.
28. McGeehan, G. M.; Benner, S. A. FEBS Lett. 1989, 247, 55-56.
29. Schein, C. H.; Boix, E.; Haugg, M.; Holliger, P.; Hemmi, S.; Frank, G.; Shwalbe, H. Biochem. J. 1992, 283, 137-144.
30. Carsana, A.; Confalone, E.; Palmieri, M.; Libonati, M.; Furia, A. Nucleic Acids Res. 1988, 16, 5491-5502.
31. Raines, R. T.; Rutter, W. J. In Structure and Chemistry of Ribonucleases: Proceedings of the First International Meeting; Pavlovsky, A. G., Polyakov, K., Eds.; USSR Academy of Sciences: Moscow, 1989; pp 95-100.
32. Schultz, D. A.; Baldwin, R. L. Protein Sci. 1992, 1, 910-915.
33. Tarragona-Fiol, A.; Taylorson, C. J.; Ward, J. M.; Rabin, B. R. Gene 1992, 118, 239-245.
34. Laity, J. H.; Shimotakahara, S.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 615-619.
35. Vasantha, N.; Fipula, D. Gene 1989, 76, 53-60.
36. Raines, R. T. In Metabolism and Enzymology of Nucleic Acids Including Gene and Protein Engineering; Bazan, F., Ed.; Slovak Academy of Sciences: Bratislava, 1991; pp 47-53.
37. delCardayré, S. B.; Ribó, M.; Yokel, E. M.; Quirk, D. J.; Rutter, W. J.; Raines, R. T. Protein Eng. 1995, 8, 261-273.
38. Miranda, R. R. Ph.D. Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 1990.
39. Ribó, M.; delCardayre, S. B.; Raines, R. T.; de Llorens, R.; Cuchillo, C. M. Protein Expression Purif. 1996, 7, 253-261.
40. Russo, N.; de Nigris, M.; Ciardiello, A.; Di Donato, A.; D'Alessio, G. FEBS Lett. 1993, 333, 233-237.
41. Studier, F. W.; Rosenberg, A. H.; Dunn, J. J.; Dubendorff, J. W. Methods Enzymol. 1990, 185, 60-89.
42. Futami, J.; Seno, M.; Kosaka, M.; Tada, H.; Seno, S.; Yamada, H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1995, 276, 406-413.
43. Boix, E.; Wu, Y.; Vasandani, V. M.; Saxena, S. K.; Ardelt, W.; Ladner, J.; Youle, R. J. J. Mol. Biol. 1996, 257, 992-1007.
44. Bal, H. P.; Batra, J. K. Eur. J. Biochem. 1997, 245, 465-469.
45. Okorokov, A. L.; Panov, K. I.; te Poele, R. H.; Breukelman, H. J.; Furia, A.; Karpeisky, M. Y.; Beintema, J. J. Protein Expression Purif. 1995, 6, 472-480.
46. Panov, K. I.; Kolbanovskaya, E. Y.; Okorokov, A. L.; Panova, T. B.; Terwisscha van Scheltinga, A. C.; Karpeisky, M. Y.; Beintema, J. J. FEBS Lett. 1996, 398, 57-60.
47. Kunitz, M. Science 1939, 90, 112-113.
48. Kunitz, M. J. Gen. Physiol. 1940, 24, 15-32.
49. Fankuchen, I. J. Gen. Physiol. 1941, 24, 315-316.
50. Sanger, F. Science 1959, 129, 1340-1344.
51. Braunitzer, G. Z. Physiol. Chem. 1961, 235, 283-286.
52. Hirs, C. H. W.; Moore, S.; Stein, W. H. J. Biol. Chem. 1960, 235, 633-647.
53. Smyth, D. G.; Stein, W. H.; Moore, S. J. Biol. Chem. 1963, 238, 227-234.
54. Kendrew, J. C. Science 1963, 139, 1259-1266.
55. Perutz, M. F. Science 1963, 140, 863-869.
56. Blake, C. C. F.; Koenig, D. F.; Mair, G. A.; North, A. C. T.; Phillips, D. C.; Sarma, V. R. Nature 1965, 206, 757-761.
57. Lipscomb, W. N.; Coppola, J. C.; Hartsuck, J. A.; Ludwig, M. L.; Muirhead, H.; Searl, J.; Steitz, T. A. J. Mol. Biol. 1966, 19, 423-441.
58. Kartha, G.; Bello, J.; Harker, D. Nature 1967, 213, 862-865.
59. Yazdanparast, R.; Andrews, P. C.; Smith, D. L.; Dixon, J. E. J. Biol. Chem. 1987, 262, 2507-2513.
60. Capasso, S.; Di Donate, A.; Esposito, L.; Sica, F.; Sorrentino, G.; Vitagliano, L.; Zagari, A.; Mazzarella, L. J. Mol. Biol. 1996, 257, 492-496.
61. Catanzano, F.; Graziano, G.; Capasso, S.; Barone, G. Protein Sci. 1997, 6, 1682-1693.
62. Saunders: M.; Wishnia, A.; Kirkwood, J. G. J. Am. Chem. Soc. 1957, 79, 3289-3290.
63. Udgaonkar, J. B.; Baldwin, R. L. Nature 1988, 335, 694-699.
64. Rico, M.; Bruiz, M.; Santoro, J.; Gonzalez, C.; Neira, J. L.; Nieto, J. L.; Herranz, J. Eur. J. Biochem. 1989, 183, 623-638.
65. Robertson, A. D.; Purisima, E. O.; Eastman, M. A.; Scheraga, H. A. Biochemistry 1989, 28, 5930-5938.
66. Rico, M.; Santoro, J.; Gonzalez, C.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Nieto, J. L.; Herranz, J. J. Biomol. NMR 1991, 1, 283-298.
67. Rico, M.; Santoro, J.; Gonzalez, C.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Nieto, J. L. Appl. Magn. Reson. 1993, 4, 385-415.
68. Santoro, J.; Gonzalez, C.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Nieto, J. L.; Herranz, J.; Rico, M. J. Mol. Biol. 1993, 229, 722-734.
69. Joao, H. C.; Scragg, I. G.; Dwek, R. A. FEBS Lett. 1992, 307, 343-346.
70. Rudd, P. M.; Joao, H. C.; Coghill, E.; Fiten, P.; Saunders: M. R.; Opdenakker, G.; Dwek, R. A. Biochemistry 1994, 33, 17-22.
71. Gutte, B.; Merrifield, R. B. J. Am. Chem. Soc. 1969, 91, 501-502.
72. Richardson, J. S. Adv. Protein Chem. 1981, 34, 167-339.
73. Chou, P. Y.; Fasman, G. D. J. Mol. Biol. 1977, 115, 135-175.
74. McPherson, A.; Brayer, G.; Cascio, D.; Williams, R. Science 1986, 232, 765-768.
75. McPherson, A.; Brayer, G.; Morrison, R. Biophys. J. 1986, 49, 209-219.
76. Birdsall, D. L.; McPherson, A. J. Biol. Chem. 1992, 267, 22230-22236.
77. Fontecilla-Camps, J. C.; de Llorens, R.; le Du, M. H.; Cuchillo, C. M. J. Biol. Chem. 1994, 269, 21526-21531.
78. Ko, T.-P.; Williams, R.; McPherson, A. Acta Crystallogr., Sect. D 1996, 52, 160-164.
79. Zegers, I.; Maes, D.; Dao-Thi, M.-H.; Poortmans, F.; Palmer, R.; Wyns, L. Protein Sci. 1994, 3, 2322-2339.
80. Aguilar, C. F.; Thomas, P. J.; Moss, D. S.; Mills, A.; Palmer, R. A. Biochim. Biophys. Acta 1991, 1118, 6-20.
81. Aguilar, C. F.; Thomas, P. J.; Mills, A.; Moss, D. S.; Palmer, R. A. J. Mol. Biol. 1992, 224, 265-267.
82. Gilliland, G. L. In Ribonucleases: Structures and Functions; D'Alessio, G., Riordan, J. F., Eds.; Academic Press: New York, 1997; pp 305-341.
83. Gonzalez, C.; Santoro, J.; Rico, M. In Ribonucleases: Structures and Functions; D'Alessio, G., Riordan, J. F., Eds.; Academic Press: New York, 1997; pp 343-381.
84. Kunitz, M.; McDonald, M. R. Biochem. Prepr. 1953, 3, 9-19.
85. Sela, M.; White, F. H., Jr.; Anfinsen, C. B. Science 1957, 125, 691-692.
86. White, F. H., Jr.; Anfinsen, C. B. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1959, 81, 515.
87. Anfinsen, C. B.; Haber, E.; Sela, M.; White, F. H., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1961, 47, 1309-1314.
88. Haber, E.; Anfinsen, C. A. J. Biol. Chem. 1961, 236, 422-426.
89. White, F. H., Jr. J. Biol. Chem. 1961, 236, 1353-1360.
90. Torella, C.; Ruoppolo, M.; Marino, G.; Pucci, P. FEBS Lett. 1994, 352, 301-306.
91. Ruoppolo, M.; Torella, C.; Kanda, F.; Panico, M.; Pucci, P.; Marino, G.; Morris, H. R. Folding Des. 1996, 1, 381-390.
92. Ruoppolo, M.; Lundström-Ljung, J.; Talamo, F.; Pucci, P.; Marino, G. Biochemistry 1997, 36, 12259-12267.
93. Seshadri, S.; Oberg, K. A.; Fink, A. L. Biochemistry 1994, 33, 1351-1355.
94. Backmann, J.; Fabian, H.; Naumann, D. FEBS Lett. 1995, 364, 175-178.
95. Reinstädler, D.; Fabian, H.; Backmann, J.; Naumann, D. Biochemistry 1996, 35, 15822-15830.
96. Brandts, J. F.; Oliveira, R. J.; Westort, C. Biochemistry 1970, 9, 1038-1047.
97. Hawley, S. A. Biochemistry 1971, 10, 2436-2442.
98. Takeda, N.; Kato, M.; Taniguchi, Y. Biochemistry 1995, 34, 5980-5987.
99. Tamura, Y.; Gekko, K. Biochemistry 1995, 34, 1878-1884.
100. Zhang, J.; Peng, Z.; Jonas, A.; Jonas, J. Biochemistry 1995, 34, 8631-8641.
101. Prehoda, K. E. Ph.D. Thesis, University of Wisconsin-Madison, 1997.
102. Cuchillo, C. M.; Vilanova, M.; Nogués, M. V. In Ribonucleases: Structures and Functions; D'Alessio, G., Riordan, J. F., Eds.; Academic Press: New York, 1997; pp 271-304.
103. Klink, T. A.; Woycechowsky, K. J.; Taylor, K. M.; Raines, R. T. Submitted for publication.
104. Shimotakahara, S.; Ríos, C. B.; Laity, J. H.; Zimmerman, D. E.; Scheraga, H. A.; Montelione, G. T. Biochemistry 1997, 36, 6915-6929.
105. Raines, R. T. Nature Struct. Biol. 1997, 4, 424-427.
106. Rothwarf, D. M.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6293-6294.
107. Lambert, N.; Freedman, R. B. Biochem. J. 1983, 213, 225-234.
108. Chivers, P. T.; Laboissière, M. C. A.; Raines, R. T. In Prolyl Hydroxylase, Protein Disulfide Isomerase, and Other Structurally Related Proteins; Guzman, N. A., Ed.; Marcel Dekker: New York, 1998; pp 487-505.
109. Flory, P. J. Statistical Mechanics of Chain Molecules; Wiley: New York, 1969.
110. Milburn, P. J.; Scheraga, H. A. J. Protein Chem. 1988, 7, 377-398.
111. Altmann, K.-H.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 4926-4931.
112. Némethy, G.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1979, 76, 6050-6054.
113. Montelione, G. T.; Scheraga, H. A. Ace. Chem. Res. 1989, 22, 70-76.
114. Xu, X.; Rothwarf, D. M.; Scheraga, H. A. Biochemistry 1996, 35, 6406-6417.
115. Li, Y.-J.; Rothwarf, D. M.; Scheraga, H. A. Nature Struct. Biol. 1995, 2, 489-494.
116. Tsong, T. Y.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1972, 69, 145-148.
117. Brandts, J. F.; Halvorson, H. R.; Brennan, M. Biochemistry 1975, 14, 4953-4963.
118. Garel, J.-R.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1975, 94, 611-620.
119. Kim, P. S.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biochem. 1982, 51, 459-489.
120. Kim, P. S.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biochem. 1990, 59, 631-660.
121. Craik, C. S.; Sprang, S.; Fletterick, R.; Rutter, W. J. Nature 1982, 299, 180-182.
122. Grafl, R.; Lang, K.; Wrba, A.; Schmid, F. X. J. Mol. Biol. 1986, 191, 281-293.
123. Dodge, R. W.; Laity, J. H.; Rothwarf, D. M.; Shimotakahara, S.; Scheraga, H. A. J. Protein Chem. 1994, 13, 409-421.
124. Dodge, R. W.; Scheraga, H. A. Biochemistry 1996, 35, 1548-1559.
125. Eberhardt, E. S.; Wittmayer, P. K.; Templer, B. M.; Raines, R. T. Protein Sci. 1996, 5, 1697-1703.
126. Juminaga, D.; Wedemeyer, W. J.; Gardufto-Juarez, R.; McDonald, M. A.; Scheraga, H. A. Biochemistry 1997, 36, 10131-10145.
127. Fink, A. L.; Anderson, W. D.; Antonino, L. FEBS Lett. 1988, 229, 123-126.
128. Houry, W. A.; Rothwarf, D. M.; Scheraga, H. A. Biochemistry 1994, 33, 2516-2530.
129. Schultz, D. A.; Schmid, F. X.; Baldwin, R. L. Protein Sci. 1992, 1, 917-924.
130. Schultz, L. W.; Klink, T. A.; Hargraves, S. R.; Raines, R. T. Protein Sci. 1998, 7, in press.
131. Protein - DNA Interactions; Sauer, R., Ed. Methods Enzymol. 1991, 208.
132. Steitz, T. A. Structural Studies of Protein - Nucleic Acid Interaction: the Sources of Sequence-Specific Binding; Cambridge University Press: Cambridge, UK, 1993.
133. Travers, A. DNA - Protein Interactions; Chapman & Hall: New York, 1993.
134. Spolar, R. S.; Record, M. T., Jr. Science 1994, 263, 777-784.
135. RNA-Protein Interactions; Nagai, K., Mattaj, L. W., Eds.; IRL Press: New York, 1994.
136. Ui, N. Biochim. Biophys. Acta 1971, 229, 567-581.
137. Felsenfeld, G.; Sandeen, H.; von Hippel, P. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1963, 50, 644-651.
138. Record, M. T., Jr.; Ha, J.-H.; Fisher, M. A. Methods Enzymol. 1991, 208, 291-343.
139. Jensen, D. E.; von Hippel, P. H. J. Biol. Chem. 1976, 257, 7198-7214.
140. Record, M. T., Jr.; Lohman, T. M.; de Haseth, P. J. Mol. Biol. 1976, 107, 145-158.
141. Parés, X.; Nogués, M. V.; de Llorens, R.; Cuchillo, C. M. Essays Biochem. 1991, 26, 89-103.
142. Nogués, M. V.; Vilanova, M.; Cuchillo, C. M. Biochim. Biophys. Acta 1995, 1253, 16-24.
143. Katoh, H.; Yoshinaga, M.; Yanagita, T.; Ohgi, K.; Irie, M.; Beintema, J. J.; Meinsma, D. Biochim. Biophys. Acta 1986, 873, 367-371.
144. Rushizky, G. W.; Knight, C. A.; Sober, H. A. J. Biol. Chem. 1961, 236, 2732-2737.
145. Irie, M.; Watanabe, H.; Ohgi, K.; Tobe, M.; Matsumura, G.; Arata, Y.; Hirose, T.; Inayama, S. J. Biochem. 1984, 95, 751-759.
146. delCardayré, S. B.; Raines, R. T. Biochemistry 1994, 33, 6031-6037.
147. delCardayré, S. B.; Thompson, J. E.; Raines, R. T. In Techniques in Protein Chemistry V; Crabb, J. W., Ed.; Academic Press: San Diego, CA, 1994; pp 313-320.
148. delCardayré, S. B.; Raines, R. T. J. Mol. Biol. 1995, 252, 328-336.
149. Tarragona-Fiol, A.; Eggelte, H. J.; Harbron, S.; Sanchez, E.; Taylorson, C. J.; Ward, J. M.; Rabin, B. R. Protein Eng. 1993, 6, 901-906.
150. Parés, X.; Arus, C.; de Llorens, R.; Cuchillo, C. M. Biochem. J. 1978, 175, 21-27.
151. Parés, X.; de Llorens, R.; Arús, C.; Cuchillo, C. M. Eur. J. Biochem. 1980, 105, 571-579.
152. Boqué, L.; Gracia Coll, M.; Vilanova, M.; Cuchillo, C. M.; Fita, I. J. Biol. Chem. 1994, 269, 19707-19712.
153. Trautwein, K.; Holliger, P.; Stackhouse, J.; Benner, S. A. FEBS Lett. 1991, 281, 275-277.
154. Thompson, J. E.; Raines, R. T. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 5467-5468.
155. Messmore, J. M.; Fuchs, D. N.; Raines, R. T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 717, 8057-8060.
156. Thompson, J. E.; Kutateladze, T. G.; Schuster, M. C.; Venegas, F. D.; Messmore, J. M.; Raines, R. T. Bioorg. Chem. 1995, 23, 471-481.
157. Messmore, J. M.; Raines, R. T. University of Wisconsin-Madison, unpublished results.
158. Boix, E.; Nogués, M. V.; Schein, C. H.; Benner, S. A.; Cuchillo, C. M. J. Biol Chem. 1994, 269, 2529-2534.
159. Fisher, B. M.; Ha, J.-H.; Raines, R. T. Submitted for publication.
160. Sawada, F.; Irie, M. J. Biochem. (Toyko) 1969, 66, 415-418.
161. Li, J. R.; Walz, G. F. Arch. Biochem. Biophys. 1974, 161, 227-233.
162. de Llorens, R.; Arús, C.; Parés, X.; Cuchillo, C. M. Protein Eng. 1989, 2, 417-429.
163. Sorrentino, S.; Libonati, M. Arch. Biochem. Biophys. 1994, 312, 340-348.
164. Wlodawer, A.; Miller, M.; Sjölin, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 3628-3631.
165. Hodges, R. S.; Merrifield, R. B. J. Biol. Chem. 1975, 250, 1231-1241.
166. Bruenger, A.; Brooks, C., III; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 8458-8462.
167. Ladner, J. E.; Wladkowski, B. D.; Svensson, L. A.; Sjölin, L.; Gilliland, G. L. Acta Crystallogr., Sect. D 1997, 53, 290-301.
168. Curran, T. P.; Shapiro, R.; Riordan, J. F. Biochemistry 1993, 32, 2307-2313.
169. delCardayré, S. B.; Raines, R. T. Anal. Biochem. 1995, 225, 176-178.
170. Simpson, C. G.; Brown, J. W. S. In Methods in Molecular Biology; Jones, H., Ed.; Humana Press: Totowa, NJ, 1995; Vol. 49, pp 239-247.
171. Wlodawer, A.; Sjölin, L. Biochemistry 1983, 22, 2720-2728.
172. Berg, H. C. Random Walks in Biology; Princeton University Press: Princeton, NJ, 1983.
173. Berg, O. G.; Winter, R. B.; von Hippel, P. H. Biochemistry 1981, 20, 6929-6948.
174. von Hippel, P. H.; Berg, O. G. J. Biol. Chem. 1989, 264, 675-678.
175. von Hippel, P. H.; Fairfield, F. R.; Dolejsi, M. K. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1994, 118-131.
176. Lu, T.; Gray, H. B., Jr. Biochim. Biophys. Acta 1995, 1257, 125-138.
177. Winter, R. B.; Berg, O. G.; von Hippel, P. H. Biochemistry 1981, 20, 6961-6977.
178. Kelemen, B. R.; Raines, R. T. In Techniques in Protein Chemistry VIII; Crabb, J. W., Ed.; Academic Press: New York, 1997; pp 565-572.
179. Kornberg, A.; Baker, T. DNA Replication; 2nd ed.; Freeman: New York, 1992.
180. Kunitz, M. J. Biol. Chem. 1946, 164, 563-568.
181. Crook, E. M.; Mathias, A. P.; Rabin, B. R. Biochem. J. 1960, 74, 234-238.
182. Cuchillo, C. M.; Parés, X.; Guasch, A.; Barman, T.; Travers, F.; Nogués, M. V. FEBS Lett. 1993, 333, 207-210.
183. Thompson, J. E.; Venegas, F. D.; Raines, R. T. Biochemistry 1994, 33, 7408-7414.
184. Greiner-Stoeffele, T.; Grunow, M.; Hahn, U. Anal Biochem. 1996, 240, 24-28.
185. Blank, A.; Sugiyama, R. H.; Dekker: C. A. Anal. Biochem. 1982, 120, 267-275.
186. Kim, J.-S.; Raines, R. T. Protein Sci. 1993, 2, 348-356.
187. Bravo, J.; Fernández, E.; Ribó, M.; de Llorens, R.; Cuchillo, C. M. Anal. Biochem. 1994, 219, 82-86.
188. Yasuda, T.; Nadano, D.; Tenjo, E.; Takeshita, H.; Kishi, K. Anal. Biochem. 1992, 206, 172-177.
189. Nadano, D.; Yasuda, T.; Sawazaki, K.; Takeshita, H.; Kishi, K. Anal. Biochem. 1993, 212, 111-116.
190. Day, A. G.; Parsonage, D.; Ebel, S.; Brown, T.; Fersht, A. R. Biochemistry 1992, 31, 6390-6395.
191. Warshaw, M. M.; Tinoco, I. J. Mol. Biol. 1966, 20, 29-38.
192. Jenkins, L. A.; Bashkin, J. K.; Autry, M. E. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6822-6825.
193. Zelenko, O.; Neumann, U.; Brill, W.; Pieles, U.; Moser, H. E.; Hofsteenge, J. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 2731-2739.
194. Wolf, P. L.; Horwitz, J. P.; Freisler, J.; Vazquez, J.; Von der Muehll, E. Experientia 1968, 24, 1290-1291.
195. Witmer, M. R.; Falcomer, C. M.; Weiner, M. P.; Kay, M. S.; Begley, T. P.; Ganem, B.; Scheraga, H. A. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 1-4.
196. Davis, A. M.; Regan, A. C.; Williams, A. Biochemistry 1988, 27, 9042-9047.
197. Roth, J. S. Methods Cancer Res. 1967, 3, 153-242.
198. Lee, F. S.; Shapiro, R.; Vallee, B. L. Biochemistry 1989, 28, 225-230.
199. Vicentini, A. M.; Kieffer, B.; Mathies, R.; Meyhack, B.; Hemmings, B. A.; Stone, S. R.; Hofsteenge, J. Biochemistry 1990, 29, 8827-8834.
200. Kobe, B.; Deisenhofer, J. Nature 1993, 366, 751-756.
201. Kobe, B.; Deisenhofer, J. Nature 1995, 374, 183-186.
202. Kobe, B.; Deisenhofer, J. J. Mol. Biol. 1996, 264, 1028-1043.
203. Lee, F. S.; Vallee, B. L. Prog. Nucl. Acid Res. Mol. Biol. 1993, 44, 1-30.
204. Hofsteenge, J. In Ribonucleases: Structures and Functions; D'Alessio, G., Riordan, J. F., Eds.; Academic Press: New York, 1997; pp 621-658.
205. Lindquist, R. N.; Lynn, J. L., Jr.; Lienhard, G. E. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 8762-8768.
206. Leon-Lai, C. H.; Gresser, M. J.; Tracey, A. S. Can. J. Chem. 1996, 74, 38-48.
207. Lienhard, G. E.; Secemski, I. I.; Koehler, K. A.; Lindquist, R. N. Cold Spring Harbor Symp. Quantum Biol. 1971, 36, 45-51.
208. Krauss, M.; Basch, H. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3630-3634.
209. Russo, N.; Shapiro, R.; Vallee, B. L. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1997, 231, 671-674.
210. Leonidas, D. D.; Shapiro, R.; Irons, L. I.; Russo, N.; Acharya, K. R. Biochemistry 1997, 36, 5578-5588.
211. Rang, I.; Wang, J. H. J. Biol. Chem. 1994, 269, 12024-12031.
212. Rahman, M. H.; Kang, I.; Waterbury, R. G.; Narang, U.; Bright, F. V.; Wang, J. H. Anal. Chem. 1996, 68, 134-138.
213. Narang, U.; Rahman, M. H.; Wang, J. H.; Prasad, P. N.; Bright, F. V. Anal. Chem. 1995, 67, 1935-1939.
214. Pincus, M.; Carty, R. P. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1970, 38, 1049-1055.
215. Pincus, M.; Thi, L. L.; Carty, R. P. Biochemistry 1975, 14, 3653-3661.
216. Lan, L. T.; Carty, R. P. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1972, 48, 585-592.
217. Hummel, C. F.; Pincus, M. R.; Brandt-Rauf, P. W.; Frei, G. M.; Carty, R. P. Biochemistry 1987, 26, 135-146.
218. Pincus, M. R.; Hummel, C. F.; Brandt-Rauf, P. W.; Carty, R. P. Int. J. Peptide Protein Res. 1990, 36, 56-66.
219. Nachman, J.; Miller, M.; Gilliland, G. L.; Carty, R.; Pincus, M.; Wlodawer, A. Biochemistry 1990, 29, 928-937.
220. Stowell, J. K.; Widlanski, T. S.; Kutateladze, T. G.; Raines, R. T. J. Org. Chem. 1995, 60, 6930-6936.
221. Findlay, D.; Herries, D. G.; Mathias, A. P.; Rabin, B. R.; Ross, C. A. Nature 1961, 190, 781-784.
222. Witzel, H. Prog. Nucleic Acid Res. 1963, 2, 221-258.
223. Kammes, G. G. Adv. Protein Chem. 1968, 23, 1-57.
224. Wang, J. H. Science 1968, 161, 328-334.
225. Anslyn, E.; Breslow, R. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 4473-4482.
226. Usher, D. A.; Richardson, D. I.; Eckstein, F. Nature 1970, 228, 663-665.
227. Usher, D. A.; Erenrich, E. S.; Eckstein, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1972, 69, 115-118.
228. Barnard, E. A.; Stein, W. D. J. Mol. Biol. 1959, 1, 339-349.
229. Barnard, E. A.; Stein, W. D. J. Mol. Biol. 1959, 1, 350-358.
230. Gundlach, H. G.; Stein, W. H.; Moore, S. J. Biol. Chem. 1959, 234, 1754-1760.
231. Crestfield, A. M.; Stein, W. H.; Moore, S. Arch. Biochem. Biophys. 1962, Suppl. 1, 217-222.
232. Herries, D. G.; Mathias, A. P.; Rabin, B. R. Biochem. J. 1962, 85, 127-134.
233. del Rosario, E. J.; Hammes, G. G. Biochemistry 1969, 8, 1884-1889.
234. Jackson, D. Y.; Burnier, J.; Quan, C.; Stanley, M.; Tom, J.; Wells, J. A. Science 1994, 266, 243-247.
235. Taylor, H. C.; Richardson, D. C.; Richardson, J, S.; Wlodawer, A.; Komoriya, A.; Chaiken, I. M. J. Mol. Biol. 1981, 149, 313-317.
236. Fersht, A. Enzyme Structure and Mechanism, 2nd ed.; Freeman: New York, 1985; pp 311-317.
237. Ballinger, P.; Long, F. A. J. Am. Chem. Soc. 1960, 82, 795-798.
238. Fickling, M. M.; Fischer, A.; Mann, B. R.; Packer, J.; Vaughan, J. J. Am. Chem. Soc. 1959, 81, 4226-4230.
239. Davis, A. M.; Hall, A. D.; Williams, A. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 105-5108.
240. Dantzman, C. L.; Kiessling, L. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11715-11719.
241. Järvinen, P.; Oivanen, M.; Lönnberg, H. J. Org. Chem. 1991, 56, 5396-5401.
242. Usher, D. A.; Richardson, D. I., Jr.; Oakenfull, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 4699-4712.
243. Dantzman, C. L. Ph.D. Thesis, University of Wisconsin - Madison, 1998.
244. Reese, C. B.; Simons, C.; Pei-Zhuo, Z. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1994, 1809-1810.
245. Markley, J. L. Biochemistry 1975, 14, 3546-3553.
246. Jencks, W. P. Chem. Rev. 1985, 85, 511-527.
247. Perreault, D. M.; Anslyn, E. V. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1997, 36, 432-450.
248. Lönnberg, H. Chem. Rev. 1998, 98, 961-990.
249. Abeles, R. H.; Frey, P. A.; Jencks, W. P. Biochemistry; Jones and Bartlett; Boston, 1992; p 345.
250. Zubay, G. L. Biochemistry, 4th ed.; Wm. C. Brown: Chicago, IL, 1998; pp 195, 198.
251. Breslow, R.; Chapman, W. H., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 10018-10021.
252. Eckstein, F. FEBS Lett. 1968, 2, 85-86.
253. Burgers, M. J.; Eckstein, F. Biochemistry 1979, 18, 592-596.
254. Herschlag, D. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11631-11635.
255. Sowa, G. A.; Hengge, A. C.; Cleland, W. W. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2319-2320.
256. Murdock, A. L.; Grist, K. L.; Hirs, C. H. W. Arch. Biochem. Biophys. 1966, 114, 375-390.
257. Roberts, G. C. K.; Dennis, E. A.; Meadows, D. H.; Cohen, J. S.; Jardetzky, O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1969, 62, 1151-1158.
258. Flogel, M.; Albert, A.; Biltonen, R. Biochemistry 1975, 14, 2616-2621.
259. Gerlt, J. A.; Gassman, P. G. Biochemistry 1993, 32, 11943-11952.
260. Schowen, R. L. In Mechanistic Principles of Enzyme Activity; Liebman, J. F., Greenberg, A., Eds.; VCH: New York, 1988; pp 119-168.
261. Neurath, H. In Proteolytic Enzymes: A Practical Approach; Beynon, R. J., Bond, J. S., Eds.; IRL Press: New York, 1989; pp 1-13.
262. Lin, M. C.; Gutte, B.; Moore, S.; Merrifield, R. B. J. Biol. Chem. 1970, 245, 5169-5170.
263. Lin, M. C.; Gutte, B.; Caldi, D. G.; Moore, S.; Merrifield, R. B. J. Biol. Chem. 1972, 247, 4768-4774.
264. Stern, M. S.; Doscher, M. S. FEBS Lett. 1984, 171, 253-256.
265. Martin, P. D.; Doscher, M. S.; Edwards, B. F. P. J. Biol. Chem. 1987, 262, 15930-15938.
266. Cederholm, M. T.; Stuckey, J. A.; Doscher, M. S.; Lee, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 8116-8120.
267. deMel, V. S. J.; Martin, P. D.; Doscher, M. S.; Edwards, B. F. P. J. Biol. Chem. 1992, 267, 247-256.
268. Raines, R. T. In Structure, Mechanism and Function of Ribonucleases; Cuchillo, C. M., de Llorens, C. M., Nogués, M. V., Parés, X., Eds.; Universitat Autonòma de Barcelona: Bellaterra, Spain, 1991; pp 139-143.
269. Quirk, D. J.; Park, C.; Thompson, J. E.; Raines, R. T. Submitted for publication.
270. Schultz, L. W.; Quirk, D. J.; Raines, R. T. Biochemistry 1998, 37, in press.
271. Craik, C. S.; Roczniak, S.; Largman, C.; Rutter, W. J. Science 1987, 237, 909-913.
272. Sprang, S.; Standing, T.; Fletterick, R. J.; Stroud, R. M.; Finer-Moore, J. F.; Xuong, N. H.; Hamlin, R.; Rutter, W. J.; Craik, C. S. Science 1987, 237, 905-909.
273. Carter, P.; Wells, J. A. Nature 1988, 332, 564-568.
274. Sprang, S. R.; Fletterick, R. J.; Graf, L.; Rutter, W. J.; Craik, C. S. Crit. Rev. Biotechnol. 1988, 8, 225-236.
275. Corey, D. R.; Craik, C. S. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 1784-1790.
276. Frey, P. A.; Whitt, S. A.; Tobin, J. B. Science 1994, 264, 1927-1930.
277. Cassidy, C. S.; Lin, J.; Frey, P. A. Biochemistry 1997, 36, 4576-4584.
278. Toiron, C.; González, C.; Bruix, M.; Rico, M. Protein Sci. 1996, 5, 1633-1647.
279. Borkakoti, N. Eur. J. Biochem. 1983, 132, 89-94.
280. Bruix, M.; Rico, M.; Gonzalez, C.; Neira, J. L.; Santoro, J.; Nieto, J. L.; Rüterjans, H. In Structure, Mechanism and Function of Ribonucleases; de Llorens, R., Cuchillo, C. M., Nogués, M. V., Parés, X., Eds.; Universitat Autónoma de Barcelona: Bellaterra, Spain, 1991; pp 15-20.
281. Marchiori, F.; Borin, G.; Moroder, L.; Rocchi, R.; Scoffone, E. Int. J. Pept. Protein Res. 1974, 6, 337-345.
282. Albery, W. J.; Knowles, J. R. Biochemistry 1976,15, 5631-5640.
283. Burbaum, J. J.; Raines, R. T.; Albery, W. J.; Knowles, J. R. Biochemistry 1989, 28, 9293-9305.
284. Raines, R. T. In Enzyme Mechanism from Isotope Effects; Cook, P. F., Ed.; CRC Press: Boca Raton, 1991; pp 431-455.
285. Markham, R.; Smith, J. D. Biochem. J. 1952, 52, 552-557.
286. Brown, D. M.; Todd, A. R. J. Chem. Soc. (London) 1953, 44-52.
287. Weiner, L. M.; Backer, J. M.; Rezvukhin, A. I. FEBS Lett. 1974, 41, 40-42.
288. Cazzone, P. J.; Jardetsky, O. FEBS Lett. 1977, 73, 77-79.
289. Moran, L. A.; Scrimgeour, K. G.; Horton, H. R.; Ochs, R. S.; Rawn, J. D. Biochemistry; Prentice Hall: Englewood Cliffs, NJ, 1994; pp 24 and 34.
290. Stryer, L. Biochemistry, 4th ed.; Freeman: New York, 1995; p 216.
291. Voet, D.; Voet, J. G. Biochemistry, 2nd ed.; Wiley: New York, 1995; p 373.
292. York, J. L. In Textbook of Biochemistry: with Clinical Correlations; Devlin, T. M., Ed.; 1997; p 161.
293. Medwedew, G. Enzymologia 1937, 2, 53-72.
294. Rebholz, K. L.; Northrop, D. B. Methods Enzymol. 1995, 249, 211-240.
295. Wolfenden, R. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1976, 5, 271-306.
296. Witzel, H.; Barnard, E. A. Biochem. Biophys. Res. Com. 1962, 7, 295-299.
297. Eftink, M. R.; Biltonen, R. L. Biochemistry 1983, 22, 5134-5140.
298. Westheimer, F. Acc. Chem. Res. 1968, 1, 70-78.
299. Gillespie, P.; Ugi, I.; Ramirez, F.; Ugi, F.; Marquarding, D. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1973, 12, 91-172.
300. Gerlt, J. A.; Westheimer, F. H.; Sturtevant, J. M. J. Biol. Chem. 1975, 250, 5059-5067.
301. Kluger, R.; Taylor, S. D. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6669-6671.
302. Dejaegere, A.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 5316-5317.
303. Radzicka, A.; Wolfenden, R. Science 1995, 267, 90-92.
304. Richards, F. M. C. R. Lab Carlsberg (Sér. Chim.) 1955, 29, 322-328.
305. Richards, F. M.; Vithayathil, P. J. J. Biol. Chem. 1959, 234, 1459-1465.
306. Wyckoff, H. W.; Hardman, K. D.; Allewell, N. M.; Inagami, T.; Johnson, L. N.; Richards, F. M. J. Biol. Chem. 1967, 242, 3984-3988.
307. Wyckoff, H. W.; Hardman, K. D.; Allewell, N. M.; Inagami, T.; Tsernoglou, D.; Johnson, L. N.; Richards, F. M. J. Biol. Chem. 1967, 242, 3749-3753.
308. Kim, E. E.; Varadarajan, R.; Wyckoff, H. W.; Richards, F. M. Biochemistry 1992, 31, 12304-12314.
309. Avey, H. P.; Boles, M. O.; Carlisle, C. H.; Evans, S. A.; Morris, S. J.; Palmer, R. A.; Woolhouse, B. A.; Shall, S. Nature 1967, 213, 557-562.
310. Dickerson, R. E.; Geis, I. The Structure and Action of Proteins; W. A. Benjamin: Reading, MA, 1969.
311. Richards, F. M.; Wyckoff, H. W. In Atlas of Molecular Structures in Biology; Philips, D. C., Richards, F. M., Eds.; Oxford University Press: London, 1973; Vol. 1, pp 1-75.
312. Pavlovsky, A. G.; Borisova, S. N.; Broisov, V. V.; Antonov, I. V.; Karpeisky, M. Y. FEBS Lett. 1978, 92, 258-262.
313. Mitsui, Y.; Urata, Y.; Torii, K.; Irie, M. Biochim. Biophys. Acta 1978, 535, 299-308.
314. Wodak, S. Y.; Liu, M. Y.; Wyckoff, H. W. J. Mol. Biol. 1977, 116, 855-875.
315. Kato, I.; Anfinsen, C. B. J. Biol. Chem. 1969, 244, 1004-1007.
316. Carlson, J. D.; Yarmush, M. L. Bio/Technology 1992, 10, 86-91.
317. Welling, G. W.; Groen, G. Biochim. Biophys. Acta 1976, 446, 331-335.
318. Schreier, A. A.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1976, 105, 409-426.
319. Hearn, R. P.; Richards, F. M.; Sturtevant, J. M.; Watt, G. D. Biochemistry 1971, 10, 806-816.
320. Schreier, A. A.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1977, 16, 4203-4209.
321. Connelly, P. R.; Varadarajan, R.; Sturtevant, J. M.; Richards, F. M. Biochemistry 1990, 29, 6108-6114.
322. Denkewalter, R. G.; Veber, D. F.; Holly, F. W.; Hirschmann, R. J. Am. Chem. Soc. 1969, 91, 502-503.
323. Strachan, R. G.; Paleveda, W. J., Jr.; Nutt, R. F.; Vitali, R. A.; Veber, D. F.; Dickinson, M. J.; Garsky, V.; Deak, J. E.; Walton, E.; Jenkins, S. R.; Holly, F. W.; Hirschmann, R. J. Am. Chem. Soc. 1969, 91, 503-504.
324. Jenkins, S. R.; Nutt, R. F.; Dewey, R. S.; Veber, D. F.; Holly, F. W.; Paleveda, W. J., Jr.; Lanza, T., Jr.; Strachan, R. G.; Schoenewaldt, E. F.; Barkemeyer, H.; Dickinson, M. J.; Sondey, J.; Hirschmann, R.; Walton, E. J. Am. Chem. Soc. 1969, 91, 505-506.
325. Veber, D. F.; Varga, S. L.; Milkowski, J. D.; Joshua, H.; Conn, J. B.; Hirschmann, R.; Denkewalter, R. G. J. Am. Chem. Soc. 1969, 91, 506-507.
326. Hirschmann, R.; Nutt, R. F.; Veber, D. F.; Vitali, R. A.; Varga, S. L.; Jacob, T. A.; Holly, F. W.; Denkewalter, R. G. J. Am. Chem. Soc. 1969, 91, 07-508.
327. Richards, F. M.; Wyckoff, H. W.; Allewell, N. M. In The Neurosciences; Schmitt, F. O., Ed.; Rockefeller University: New York, 1970; pp 901-912.
328. Doscher, M. S.; Richards, F. M. J. Biol. Chem. 1963, 238, 2399-2406.
329. Richards, F. M. Protein Sci. 1992, 1, 1721-1730.
330. Richards, F. M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 1-25.
331. Merrifield, R. B.; Hodges, R. S. In Proceedings of the International Symposium on Macromolecules, Rio de Janeiro, 1974; Mano, E. B., Ed.; Elsevier: Amsterdam, 1976; pp 417-431.
332. Sasaki, D. M.; Martin, P. D.; Doscher, M. S.; Tsernoglou, D. J. Mol. Biol. 1979, 135, 301-304.
333. Doscher, M. S.; Martin, P. D.; Edwards, B. F. P. Biochemistry 1983, 22, 4125-4131.
334. Doscher, M. S.; Martin, P. D.; Edwards, B. F. P. J. Mol. Biol. 1983, 166, 685-687.
335. Sasaki, D. M.; Kelly, C. E.; Martin, P. D.; Edwards, B. F. P.; Doscher, M. S. Arch. Biochem. Biophys. 1985, 241, 132-140.
336. deMel, V. S.; Doscher, M. S.; Glinn, M. A.; Martin, P. D.; Ram, M. L.; Edwards, B. F. P. Protein Sci. 1994, 3, 39-50.
337. deMel, V. S.; Doscher, M. S.; Martin, P. D.; Edwards, B. F. P. FEBS Lett. 1994, 349, 155-160.
338. Burns, D. T.; Townshend, A. Talanta 1992, 39, 715-735.
339. Cecchini, D. J.; Ehrat, M.; Giese, R. W. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 7841-7843.
340. Ehrat, M.; Cecchini, D. J.; Giese, R. W. Clin. Chem. 1986, 32, 1622-1630.
341. Zuckermann, R. N.; Schultz, P. G. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 6592-6594.
342. Zuckermann, R. N. Ph.D. Thesis, University of California, Berkeley, 1989.
343. Senchenko, V. N.; Dianova, M. V.; Kanevskii, V. Y.; Bocharova, A. L.; Karpeiskii, M. Y. Mol. Biol. 1993, 27, 565-569.
344. Karpeisky, M. Y.; Senchenko, V. N.; Dianova, M. V.; Kanevsky, V. Y. FEBS Lett. 1994, 339, 209-212.
345. Kim, J.-S.; Raines, R. T. Anal. Biochem. 1994, 219, 165-166.
346. Smith, G. P.; Schultz, D. A.; Ladbury, J. E. Gene 1993, 128, 37-42.
347. Kaiser, E. T. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1988, 27, 913-922.
348. Hofmann, K.; Frances, F. M.; Limetti, M.; Montibeller, J.; Zanetti, G. J. Am. Chem. Soc. 1966, 88, 3633-3639.
349. Imperiali, B.; Sinha Roy, R. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 12083-12084.
350. Imperiali, B.; Sinha Roy, R.; Wang, L. In Molecular Design and Bioorganic Catalysis; Wilcox, C. S., Hamilton, A. D., Eds.; Kluwer Academic: Dordrecht, 1996.
351. Sinha Roy, R.; Imperiali, B. Protein Eng. 1997, 10, 691-698.
352. Gosink, M. M.; Vierstra, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92 911-9121
353. Park, S.-H.; Raines, R. T. Protein Sci. 1997, 6, 2344-2349.
354. Jolley, M. E. J. Biomol. Screening 1996, 1, 33-38.
355. Reeck, G. R.; de Haën, C.; Teller, D. C.; Doolittle, R. F.; Fitch, W. M.; Dickerson, R. E.; Chambon, P.; McLachlan, A. D.; Margoliash, E.; Jukes, T. H.; Zuckerkandl, E. Cell 1987, 50, 667.
356. Darwin, C. On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life; John Murray: London, 1859.
357. Kimura, M. In Molecular Evolution, Protein Polymorphism and the Neutral Theory; Kimura, M., Ed.; Springer-Verlag: New York, 1982; pp 3-56.
358. Kimura, M. The Neutral Theory of Molecular Evolution; Cambridge University Press: New York, 1983.
359. Stewart, C.-B. Nature 1993, 361, 603-607.
360. Pauling, L.; Zuckerkandl, E. Acta Chem. Scand. 1963, 17 (Suppl. 1), S9-S16.
361. Beintema, J. J.; Breukelman, H. J.; Carsana, A.; Furia, A. In Ribonucleases: Structures and Functions; D'Alessio, G., Riordan, J. F., Eds.; Academic Press: New York, 1997; pp 245-269.
362. Doolittle, R. F. Protein Sci. 1992, 1, 191-200.
363. Stackhouse, J.; Presnell, S. R.; McGeehan, G. M.; Nambiar, K. P.; Benner, S. A. FEBS Lett. 1990, 262, 104-106.
364. Jermann, T. M.; Opitz, J. G.; Stackhouse, J.; Benner, S. A. Nature 1995, 374, 57-59.
365. Benner, S. A.; Ciglic, M. I.; Haugg, M.; Jermann, T. M.; Opitz, J. G.; Raillard-Yoon, S.-A.; Soucek, J.; Stackhouse, J.; Trabesinger-Rüf, N.; Trautwein, K.; Zankel, T. R. In Ribonucleases: Structures and Functions; D'Alessio, G., Riordan, J. F., Eds.; Academic Press: New York, 1997; pp 213-243.
366. D'Alessio, G. Trends Cell Biol. 1993, 3, 106-109.
367. Schein, C. H. Nature Biotechnol. 1997, 15, 529-536.
368. Ledoux, L.; Baltus, E. Experientia 1954, 10, 500-501.
369. Ledoux, L. Nature 1955, 175, 258-259.
370. Ledoux, L. Nature 1955, 176, 36-37.
371. de Lamirande, G. Nature 1961, 192, 52-54.
372. Floridi, A.; D'Alessio, G. Bull. Soc. Ital. Biol. Sper. 1967, 43, 32-36.
373. Dostál, J.; Matoušek, J. J. Reprod. Fertil. 1973, 33, 263-274.
374. Lewis, M.; Hunt, L.; Barker, W. Protein Sequences Data Anal. 1989, 2.
375. Liao, Y. D. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 1371-1377.
376. Kamiya, Y.; Oyama, F.; Oyama, R.; Sakakibara, F.; Nitta, K.; Kawauchi,
377. Ardelt, W.; Mikulski, S. M.; Shogen, K. J. Biol. Chem. 1991, 266, 245-251.
378. Wu, Y.; Mikulski, S. M.; Ardelt, W.; Rybak, S. M.; Youle, R. J. J. Biol. Chem. 1993, 268, 10686-10693.
379. Nitta, K.; Ozaki, K.; Ishikawa, M.; Furusawa, S.; Hosono, M.; Kawauchi, H.; Sasaki, K.; Takayanagi, Y.; Tsuiki, S.; Hakomori, S. Cancer Res. 1994, 54, 920-927.
380. Wu, Y.; Saxena, S. K.; Ardelt, W.; Gadina, M.; Mikulski, S. M.; De Lorenzo, V.; D'Alessio, G.; Youle, R. J. J. Biol. Chem. 1995, 270, 17476-17481.
381. Kim, J.-S.; Soucek, J.; Matoušek, J.; Raines, R. T. J. Biol. Chem. 1995, 270, 31097-31102.
382. Murthy, B. S.; Sirdeshmukh, R. Biochem. J. 1992, 281, 343-348.
383. Nitta, K.; Oyama, F.; Oyama, R.; Sekiguchi, K.; Kawauchi, H.; Takayanagi, Y.; Hakomori, S.-I.; Titani, K. Glycobiology 1993, 3, 37-45.
384. Kim, J.-S.; Soucek, J.; Matoušek, J.; Raines, R. T. J. Biol. Chem. 1995, 270, 10525-10530.
385. D'Alessio, G.; Di Donato, A.; Parente, A.; Piccoli, R. Trends Biochem. Sci. 1991, 16, 106-108.
386. D'Alessio, G.; Di Donato, A.; Mazzarella, L.; Piccoli, R. In Ribonucleases: Structures and Functions; D'Alessio, G., Riordan, J. F., Eds.; Academic Press: New York, 1997; pp 383-423.
387. Youle, R. J.; D'Alessio, G. In Ribonucleases: Structures and Functions; D'Alessio, G., Riordan, J. F., Eds.; Academic Press: New York, 1997; pp 491-514.
388. Beintema, J. J.; Wietzes, P.; Weickmann, J. L.; Glitz, D. G. Anal. Biochem. 1984, 136, 48-64.
389. Strydom, D. J.; Fett, J. W.; Lobb, R. R.; Alderman, E. M.; Bethune, J. L.; Riordan, J. F.; Vallee, B. L. Biochemistry 1985, 24, 5486-5494.
390. Suzuki, H.; Parente, A.; Rarina, B.; Greco, L.; La Montagna, R.; Leone, E. Biol. Chem. Hoppe-Seyler 1987, 368, 1305-1312.
391. Beintema, J. J.; Hofsteenge, J.; Iwama, M.; Morita, T.; Ohgi, K.; Irie, M.; Sugiyama, R. H.; Schieven, G. L.; Dekker: C. A.; Glitz, D. G. Biochemistry 1988, 27, 4530-4538.
392. Barker, R. L.; Loegering, D. A.; Ten, R. M.; Hamann, K. J.; Pease, L. R.; Gleich, G. J. J. Immunol. 1989, 143, 952-955.
393. Hamann, K. J.; Barker, R. L.; Loegering, D. A.; Pease, L. R.; Gleich, G. J. Gene (Amst.) 1989, 83, 161-167.
394. Rosenberg, H. F.; Ackerman, S. J.; Tenen, D. G. J. Exp. Med. 1989, 170, 163-176.
395. Zhou, H.-M.; Strydom, D. J. Eur. J. Biochem. 1993, 217, 401-410.
396. Seno, M.; Futami, J.; Kosaka, M.; Seno, S.; Yamada, H. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1218, 466-468.
397. Sorrentino, S.; Tucker, G. K.; Glitz, D. G. J. Biol. Chem. 1988, 263, 16125-16131.
398. Fett, J. W.; Strydom, D. J.; Lobb, R. R.; Alderman, E. M.; Bethune, J. L.; Riordan, J. F.; Vallee, B. L. Biochemistry 1985, 24, 5480-5486.
399. Kurachi, K.; Davie, E. W.; Strydom, D. J.; Riordan, J. F.; Vallee, B. L. Biochemistry 1985, 24, 5494-5499.
400. Ackerman, S. J.; Loegering, D. A.; Venge, P.; Olsson, I.; Harley, J. B.; Fauci, A. S.; Gleich, G. J. J. Immunol. 1983, 131, 2977-2982.
401. Hofsteenge, J.; Müller, D. R.; de Béer, T.; Löffler, A.; Richter, W. J.; Vliegenthart, J. F. G. Biochemistry 1994, 33, 13524-13530.
402. de Beer, T.; Vliengenthart, J. F.; Loffler, A.; Hofsteenge, J. Biochemistry 1995, 34, 11785-11789.
403. Loffler, A.; Doucey, M. A.; Jansson, A. M.; Muller, D. R.; Beer, T. d.; Hess, D.; Meldal, M.; Richter, W. J.; Vliengenthart, J. F.; Hofsteenge, J. Biochemistry 1996, 35, 12005-12014.
404. Sorrentino, S.; Glitz, D. G.; Hamann, K. J.; Loegering, D. A.; Checkel, J. L.; Gleich, G. J. J. Biol. Chem. 1992, 267, 14859-14865.
405. Rosenberg, H. F.; Dyer, K. D. J. Biol. Chem. 1995, 270, 21539-21544.
406. Rosenberg, H. F. Personal communication, 1998.
407. Shapiro, R.; Vallee, B. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 2238-2241.
408. Riordan, J. F. In Ribonucleases: Structures and Functions; D'Alessio, G., Riordan, J. F., Eds.; Academic Press: New York, 1997; pp 445-489.
409. Rosenberg, H. F.; Dyer, K. D.; Tiffany, H. L.; Gonzalez, M. Nature Genet. 1995, 10, 219-223.
410. Snyder, M. R.; Gleich, G. J. In Ribonucleases: Structures and Functions; D'Alessio, G., Riordan, J. F., Eds.; Academic Press: New York, 1997; pp 425-444.
411. Capasso, S.; Giordano, F.; Mattia, C. A.; Mazzarella, L.; Zagari, A. Biopolymers 1983, 22, 327-332.
412. Mazzarella, L.; Capasso, S.; Demasi, D.; Di Lorenzo, G.; Mattia, C. A.; Zagari, A. Acta Crystallogr., Sect. D 1993, 49, 389-402.
413. Mosimann, S. C.; Ardelt, W.; James, M. N. G. J. Mol. Biol. 1994, 236, 1141-1153.
414. Acharya, K. R.; Shapiro, R.; Allen, S. C.; Riordan, J. F.; Vallee, B. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 2915-2919.
415. Acharya, K. R.; Shapiro, R.; Riordan, J. F.; Vallee, B. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2949-2953.
416. Mosimann, S. C.; Newton, D. L.; Youle, R. J.; James, M. N. G. J. Mol. Biol. 1996, 260, 540-552.
417. Kim, J.-S.; Souček, J.; Matoušek, J.; Raines, R. T. Biochem. J. 1995, 308, 547-550.
418. Shapiro, R.; Vallee, B. L. Biochemistry 1989, 28, 7401-7408.
419. Rosenberg, H. F. J. Biol. Chem. 1995, 270, 7876-7881.
420. Raines, R. T. Submitted for publication.