Ab initio molecular orbital calculations on low-energy conformers of N-acetyl-N′-methylprolineamide

Journal of Physical Chemistry

Volumn 100, Issue 28, 1996, Pages 11589-11595

  Kang, Young Kee ^a  

^a Chungbuk National University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CALCULATIONS; MOLECULAR DYNAMICS;

AB INITIO CALCULATIONS; ACETYLMETHYLPROLINEAMIDE; BOND ANGLES; BOND LENGTHS; DEGREE OF PUCKERING; LOW ENERGY CONFORMERS; MOLECULAR ORBITALS; PUCKERING AMPLITUDES;

ORGANIC COMPOUNDS;

EID: 0030181072     PISSN: 00223654     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp960381w     Document Type: Article

References (64)

1. Richardson, J. S. Adv. Protein Chem. 1981, 34, 167.
2. Creighton, T. E. Proteins: Structures and Molecular Properties, 2nd ed.; Freeman: New York, 1993.
3. Madison, V. Biopolymers 1977, 16, 2671.
4. DeTar, D. F.; Luthra, N. P. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 1232.
5. de Leeuw, F. A. A. M.; van Kampen, P. N.; Altona, C.; Díez, E.; Esteban, A. L. J. Mol. Struct. 1984, 125, 67.
6. Mádi, Z. L.; Griesinger, C.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 2908.
7. Han, S. J.; Kang, Y. K. J. Biomol. Struct. Dyn. 1995, 12, a084.
8. Momany, F. A.; McGuire, R. F.; Burgess, A. W.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1975, 79, 2361.
9. Balasubramanian, R.; Lakshminarayanan, A. V.; Sabesan, M. N.; Tegoni, G.; Venkatesan, K.; Ramachandran, G. N. Int. J. Pept. Protein Res. 1971, 3, 25.
10. Ramachandran, G. N.; Mitra, A. K. J. Mol. Biol. 1976, 107, 85.
11. Stewart, D. E.; Sarkar, A.; Wampler, J. E. J. Mol. Biol. 1990, 214, 253.
12. MacArthur, M. W.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1991, 218, 397.
13. Schmid, F. X.; Mayr, L. M.; Mücke, M.; Schönbrunner, E. R. Adv. Protein Chem. 1993, 44, 25.
14. Nall, B. T. In Mechanisms of Protein Folding; Pain, R. H., Ed.; IRL Press: Oxford, 1994; p 80.
15. Williams, K. A.; Deber, C. M. Biochemistry 1991, 30, 8919.
16. von Heijne, G. J. Mol. Biol. 1991, 218, 499.
17. Venkatachalam, C. M.; Price, B. J.; Krimm, S. Macromolecules 1974, 7, 212.
18. London, R. E. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 2678.
19. de Leeuw, F. A. A. M.; Altona, C.; Kessler, H.; Bermel, W.; Friedrich, A.; Krack, G.; Hull, W. E. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 2237.
20. Sarkar, S. K.; Young, P. E.; Torchia, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 6459.
21. Thomasson, K. A.; Applequist, J. Biopolymers 1992, 30, 437.
22. Schmidt, J. M.; Brüschweiler, R.; Ernst, R. R.; Dunbrack, R. L., Jr.; Joseph, D.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 8747.
23. Stein, R. L. Adv. Protein Chem. 1993, 44, 1.
24. Oka, M.; Montelione, G. T.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 7959.
25. Shin, Y. A.; Han, S. J.; Kang, Y. K. J. Phys. Chem. 1993, 97, 9248.
26. Han, S. J.; Kang, Y. K. Int. J. Pept. Protein Res. 1993, 42, 518.
27. Choi, S. H.; Yu, J. Y.; Shin, J. K.; Jhon, M. S. J. Mol. Struct. 1994, 323, 233.
28. Fischer, S.; Dunbrack, R. L., Jr.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11931.
29. Milner-White, E. J.; Bell, L. H.; Maccallum, P. H. J. Mol. Biol. 1992, 228, 725.
30. Tanaka, S.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1974, 7, 698.
31. Némethy, G.; Gibson, K. D.; Palmer, K. A.; Yoon, C. N.; Paterlini, G.; Zagari, A.; Rumsey, S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6472.
32. (a) Almöf, J.; Faegri, K., Jr.; Korsell, K. J. Comput. Chem. 1982, 3, 385.
33. (b) Häser, M.; Ahlrichs, R. J. Comput. Chem. 1989, 10, 104.
34. (a) Head-Gordon, M.; Pople, J. A.; Frisch, M. J. Chem. Phys. Lett. 1988, 153, 503.
35. (b) Frisch, M. J.; Head-Gordon, M.; Pople, J. A. Chem. Phys. Lett. 1990, 166, 275.
36. Grant, J. A.; Williams, R. L.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1990, 30, 929.
37. Head-Gordon, T.; Head-Gordon, M.; Frisch, M. J.; Brooks, C. L., III; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5989.
38. Böhm, H.-J.; Brode, S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7129.
39. Gould, I. R.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 9255.
40. Gould, I. R.; Cornell, W. D.; Hillier, I. H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 9250.
41. Peters, D.; Peters, J. J. Mol. Struct. 1981, 85, 257.
42. Sapse, A.-M.; Mallah-Levy, L.; Daniels, S. B.; Erickson, B. W. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 3526.
43. Frisch, M. J.; Head-Gordon, M.; Trucks, G. W.; Foresman, J. B.; Schlegel, H. B.; Raghavachari, K.; Robb, M.; Binkley, J. S.; Gonzalez, C.; Defrees, D. J.; Fox, D. J.; Whiteside, R. A.; Seeger, R.; Melius, C. F.; Baker, J.; Martin, R. L.; Kahn, L. R.; Stewart, J. J. P.; Topiol, S.; Pople, J. A. Gaussian 90, Revision J; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1990.
44. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Head-Gordon, M.; Gill, P. M. W.; Wong, M. W.; Foresman, J. B.; Johnson, B. G.; Schlegel, H. B.; Robb, M. A.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Andres, J. L.; Raghavachari, K.; Binkley, J. S.; Gonzalez, C.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. J. P.; Pople, J. A. Gaussian 92, Revision D.2; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1992.
45. Binkley, J. S.; Pople, J. A.; Hehre, W. J. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 939.
46. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213.
47. Zimmerman, S. S.; Pottle, M. S.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1977, 10, 1.
48. IUPAC-IUB Commission on Biochemical Nomenclature. Biochemistry 1970, 9, 3471.
49. Kilpatrick, J. E.; Pitzer, K. S.; Spitzer, R. J. Am. Chem. Soc. 1947, 69, 2483.
50. Altona, C.; Sundaralingam, M. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 8205.
51. Cremer, D.; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 1354.
52. Han, S. J.; Kang, Y. K. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1996, 362, 243.
53. Néel, J. Pure Appl. Chem. 1972, 31, 201.
54. Madison, V.; Kopple, K. D. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 4855.
55. Matsuzaki, T.; Iitaka, Y. Acta Crystallogr. 1971, B27, 507.
56. Benedetti, E.; Christensen, A.; Gilon, C.; Fuller, W.; Goodman, M. Biopolymers 1976, 15, 2523.
57. Anteunis, M. J. O.; Sleeckx, J. J. M. In Molecular Structure and Energetics; Liebman, J. F., Greenberg, A., Eds.; VCH: Weinheim, 1987; Vol. 4, p 189.
58. Higashijima, T.; Tasumi, M.; Miyazawa, T. Biopolymers 1977, 16, 1259.
59. Radzicka, A.; Pedersen, L.; Wolfenden, R. Biochemistry 1988, 27, 4538.
60. Kim, Y. J.; Han, S. J.; Kim, S. C.; Kang, Y. K. Int. J. Pept. Protein Res. 1995, 46, 381.
61. Haasnoot, C. A. G.; de Leeuw, F. A. A. M.; de Leeuw, H. P. M.; Altona, C. Biopolymers 1981, 20, 1211.
62. Scheraga, H. A. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B., Eds.; VCH: New York, 1992; Chapter 2.
63. Roterman, I. K.; Lambert, M. H.; Gibson, K. D.; Scheraga, H. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 7, 421.
64. Roterman, I. K.; Gibson, K. D.; Scheraga, H. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 7, 391.