Nanomechanical detection of DNA melting on microcantilever surfaces

Analytical Chemistry

Volumn 78, Issue 20, 2006, Pages 7104-7109

  Biswal, Sibani Lisa ^a   Raorane, Digvijay ^a   Chaiken, Alison ^b   Birecki, Henryk ^b   Majumdar, Arun ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b HEWLETT PACKARD LABORATORIES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DOUBLE-STRANDED DNA (DSDNA); OLIGONUCLEOTIDES; SALT CONCENTRATION;

ELECTRIC FIELDS; FLUORESCENCE; MELTING; OLIGOMERS; PHASE TRANSITIONS; SURFACE STRUCTURE;

DNA;

DOUBLE STRANDED DNA; OLIGOMER;

ARTICLE; DEVICE; DIFFUSION; DNA DENATURATION; DNA DETERMINATION; DNA STRAND; DYNAMICS; ELECTRICITY; HYDRATION; IMMOBILIZATION; MELTING POINT; MICROCANTILEVER BEAM; PHASE TRANSITION; SIGNAL DETECTION; SIGNAL TRANSDUCTION; STRESS; THERMAL EXPOSURE;

DNA; DNA PROBES; MICROSCOPY, ELECTRON, SCANNING; NANOTECHNOLOGY; NUCLEIC ACID DENATURATION; STATIC ELECTRICITY; SURFACE PROPERTIES; THERMODYNAMICS; TRANSITION TEMPERATURE;

EID: 33750216375     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac052171y     Document Type: Article

References (44)

1. Cooper, A.; Johnson, C. M.; Lakey, J. H.; Nollmann, M. Biophys. Chem. 2001, 93, 215-230.
2. Riccelli, P. V.; Hall, T. S.; Pancoska, P.; Mandell, K. E.; Benight, A. S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 141-150.
3. Torres, F. E.; Kuhnt, P.; De Bruyker, D.; Bell, A. G.; Wolkin, M. V.; Peeters, E.; Williamson, J. R.; Anderson, G. B.; Schmitz, G. P.; Recht, M. I.; Schweizer, S.; Scott, L. G.; Ho, J. H.; Elrod, S. A; Schultz, P. G.; Lerner, R. A.; Bruce, R. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 9517-9522.
4. Cooper, M. A. Anal. Bioanal. Chem. 2003, 377, 834-842.
5. Perozzo, R.; Folkers, G.; Scapozza, L. J. Recept. Signal Transduction 2004, 24, 1-52.
6. Mansfield, E. S.; Worley, J. M.; McKenzie, S. E.; Surrey, S.; Rappaport, E.; Fortina, P. Mol. Cell. Probes 1995, 9, 145-156.
7. Stimpson, D. I.; Hoijer, J. V.; Hsieh, W. T.; Jou, C.; Gordon, J.; Theriault, T.; Gamble, R.; Baldeschwieler, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995, 92, 6379-6383.
8. Homola, J.; Yee, S. S.; Gauglitz, G. Sens. Actuators, B 1999, 54, 3-15.
9. Babacan, S.; Pivarnik, P.; Letcher, S.; Rand, A. G. Biosens. Bioelectron. 2000, 15, 615-621.
10. Bailey, L. E.; Kambhampati, D.; Kanazawa, K. K.; Knoll, W.; Frank, C. W. Langmuir 2002, 18, 479-489.
11. Hansen, K. M.; Ji, H. F.; Wu, G. H.; Datar, R.; Cote, R.; Majumdar, A.; Thundat, T. Anal. Chem. 2001, 73, 1567-1571.
12. Wu, G. H.; Ji, H. F.; Hansen, K.; Thundat, T.; Datar, R.; Cote, R.; Hagan, M. F.; Chakraborty, A. K.; Majumdar, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 1560-1564.
13. Yue, M.; Lin, H.; Dedrick, D. E.; Satyanarayana, S.; Majumdar, A.; Bedekar, A. S.; Jenkins, J. W.; Sundaram, S. J. Microelectromech. Syst. 2004, 13, 290-299.
14. Tian, F.; Hansen, K. M.; Ferrell, T. L.; Thundat, T. Anal. Chem. 2005, 77, 1601-1606.
15. Thundat, T.; Majumdar, A. In Sensors and Sensing in Biology and Engineering, Springer-Verlag: New York, 2003.
16. Marie, R.; Jensenius, H.; Thaysen, J.; Christensen, C. B.; Boisen, A. Ultramicroscopy 2002, 91, 29.
17. Peterlinz, K. A.; Georgiadis, R. M.; Herne, T. M.; Tarlov, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3401-3402.
18. Peterson, A. W.; Heaton, R. J.; Georgiadis, R. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 7837-7838.
19. Peterson, A. W.; Heaton, R. J.; Georgiadis, R. M. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 5163-5168.
20. Peterson, A. W.; Wolf, L. K.; Georgiadis, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14601-14607.
21. Petrovykh, D. Y.; Kimura-Suda, H.; Whitman, L. J.; Tarlov, M. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5219-5226.
22. Meunier-Prest, R.; Raveau, S.; Finot, E.; Legay, G.; Cherkaoui-Malki, M.; Latruffe, N. Nucleic Acids Res. 2003, 31.
23. Mao, H. B.; Holden, M. A.; You, M.; Cremer, P. S. Anal. Chem. 2002, 74, 5071-5075.
24. Mukhopadhyay, R.; Lorentzen, M.; Kjems, J.; Besenbacher, F. Langmuir 2005, 21, 8400-8408.
25. Prince, J. A.; Feuk, L.; Howell, W. M.; Jobs, M.; Emahazion, T.; Blennow, K.; Brookes, A. J. Genome Res. 2001, 11, 152-162.
26. Dodge, A.; Turcatti, G.; Lawrence, I.; de Rooij, N. F.; Verpoorte, E. Anal. Chem. 2004, 76, 1778-1787.
27. Jin, R. C.; Wu, G. S.; Li, Z.; Mirkin, C. A.; Schatz, G. C. J. Am. Ghent. Soc. 2003, 125, 1643-1654.
28. Taton, T. A.; Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L. Science 2000, 289, 1757-1760.
29. Stoney, G. G. Proc. R. Soc. London, Ser. A 1909, 82, 172-175.
30. Berger, R.; Gerber, C.; Gimzewski, J. K.; Meyer, E.; Guntherodt, H. J. Appl. Phys. Lett. 1996, 69, 40-42.
31. Marky, L. A.; Kallenbach, N. R.; McDonough, K. A.; Seeman, N. C.; Breslauer, K. J. Biopolymers 1987, 26, 1621-1634.
32. Blake, R. D.; Delcourt, S. G. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3323-3332.
33. Hagan, M. F.; Majumdar, A.; Chakraborty, A. K. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 10163-10173.
34. Hagan, M. F.; Chakraborty, A. K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4958-4968.
35. Steel, A. B.; Levicky, R. L.; Herne, T. M.; Tarlov, M. J. Biophys. J. 2000, 79, 975-981.
36. Castelino, K.; Kannan, B.; Majumdar, A. Langmuir 2005, 21, 1956-1961.
37. Klump, H. H. In Studies in Modern Thermodynamics 8: Biochemical Thermodynamics, 2 ed.; Jones, M. N., Ed.; Elsevier: Amsterdam, 1988; pp 100-144.
38. Sugimoto, N.; Nakano, S.; Yoneyama, M.; Honda, K. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 4501-4505.
39. Owczarzy, R.; Vallone, P. M.; Gallo, F. J.; Paner, T. M.; Lane, M. J.; Benight, A. S. Biopolymers 1997, 44, 217-239.
40. Tikhomirova, A.; Taulier, N.; Chalikian, T. V. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16387-16394.
41. Rouzina, I.; Bloomfield, V. A. Biophys. J. 1999, 77, 3242-3251.
42. Bond, J. P.; Anderson, C. F.; Record, M. T. Biophys. J. 1994, 67, 825-836.
43. Strey, H. H.; Parsegian, V. A.; Podgornik, R. Phys. Rev, Lett. 1997, 78, 895-898.
44. Strey, H. H.; Podgornik, R.; Rau, D. C.; Parsegian, V. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 309-313.