Split-field drift tube/mass spectrometry and isotopic labeling techniques for determination of single amino acid polymorphisms

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 8, 2006, Pages 1879-1887

  Valentine, Stephen J ^a   Sevugarajan, S ^b   Kurulugama, Ruwan T ^b   Koeniger, Stormy L ^b   Merenbloom, Samuel I ^b   Bohrer, Brian C ^b   Clemmer, David E ^b  

^a Predictive Physiology and Medicine   (United States)

^b INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Ion mobility spectrometry; Isotopic labeling; Single amino acid polymorphism (SAAP); Single nucleotide polymorphism (SNP); Time of flight mass spectrometry

Indexed keywords

CYTOCHROME C; HEMOGLOBIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; ION MOBILITY SPECTROMETRY; ISOTOPE LABELING; MASS SPECTROMETRY; MISSENSE MUTATION; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; SEQUENCE ANALYSIS; SHEEP; SINGLE AMINO ACID POLYMORPHISM; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM;

AMINO ACID SEQUENCE; AMINO ACIDS; ANIMALS; CATTLE; CYTOCHROMES C; HEMOGLOBINS; HORSES; ISOTOPE LABELING; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR STRUCTURE; POLYMORPHISM, GENETIC; SHEEP;

BOS TAURUS; EQUIDAE; OVIS ARIES;

EID: 33747159070     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr060068z     Document Type: Article

References (68)

1. Antonarakis, S. E.; Cooper, D. N. Mutations in human genetic disease. In Encyclopedia of the Human Genome; Nature Publishing Group: London, 2003; pp 227-253.
2. Human Gene Mutation Database, http://www.hgmd.org.
3. Online Mendelian Inheritance in Man. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/.
4. Antonarakis, S. E.; Krawczak, M.; Cooper, D. N. Eur. J. Pediatr. 2000, 159 [Suppl 3], S173-S178.
5. Yip, Y. L.; Scheib, H.; Diemand, A. V.; Gattiker, A.; Famiglietti, L. M.; Gasteiger, E.; Bairoch, A. Hum. Mutat. 2004, 23, 464-470.
6. Stryer, L. Biochemistry 3rd Ed.; W. H. Freeman and Company: New York, 1988; pp 163-164.
7. Liu, P.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2003, 75, 4956-4963.
8. Mueller, D. J.; Schulze, T. G.; Macciardi, F.; Ohlraun, S.; Gross, M. M.; Scherk, H.; Neidt, H.; Syagailo, Y. V.; Graessle, M.; Noethen, M. M.; Maier, W.; Lesch, K. P.; Rietschell, M. Pharmacopsychiatry 2002, 35, 157-158.
9. Abel, L. Infect. Dis. Ther. 2002, 27, 105-132.
10. Marchal-Victorian, S.; Vionnet, N.; Escrieut, C.; Dematos, F.; Dina, C.; Dufresne, M.; Vaysse, N.; Pradayrol, L.; Froguel, P.; Fourmy, D. Pharmacogenetics 2002, 12, 23-30.
11. Kim, S. U.; Park, S. K.; Yoo, K. Y.; Yoon, K. S.; Choi, J. Y.; Seo, J. S.; Park, W. Y.; Kim, J. H.; Noh, D. Y.; Ahn, S. H.; Choe, K. J.; Strickland, P. T.; Hirvonen, A.; Kang, D. Pharmacogenetics 2002, 12, 335-338.
12. Murphy, M. M.; Vilella, E.; Ceruelo, S.; Figuera, L.; Sanchez, M.; Camps, J.; Cuco, G.; Ferre, N.; Labad, A.; Tasevska, N.; Arija, V.; Joven, J.; Fernandez-Ballart, J. Clin. Chem. 2002, 48, 372-375.
13. Ariens, R. A. S.; Lai, T. S.; Weisel, J. W.; Greenberg, C. S.; Grant, P. J. Blood 2002, 100, 743-754.
14. den Haan J. M.; Meadows, L. M.; Wang, W.; Pool, J.; Blokland, E.; Bishop, T. L.; Reinhardus, C.; Shabanowitz, J.; Offringa, R.; Hunt, D. F.; Engelhard, V. H.; Goulmy, E. Science 1998, 279, 1054-1057.
15. Gatlin, C. L.; Eng, J. K.; Cross, S. T.; Detter, J. C.; Yates, J. R., III Anal. Chem. 2000, 72, 757-763.
16. Ingelman-Sundberg, M. Drug metabolic enzymes: Genetic polymorphisms. In Encyclopedia of the Human Genome; Nature Publishing Group: London, 2003; pp 238-241.
17. Wang, D. G. et al. Science 1998, 280, 1077-1082.
18. Rieder, M. J.; Taylor, S. L.; Clark, A. G.; Nickerson, D. A. Nat. Genet. 1999, 22, 59-62.
19. Grant D. M.; Phillips M. S. Technologies for the analysis of single nucleotide polymorphisms: An overview. In Pharmacogenomics, Kalow, W., Meyer, U. A., Tyndale, R. T., Eds.; Marcel Dekker Inc.: New York, 2001; pp 183-190.
20. Kirk B. W.; Feinsod, M.; Favis, R.; Kliman, R. M.; Barany, F. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3295-3311.
21. Marnellos, G. Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 2003, 6 (3), 317-321.
22. Venter, J. C. et al. Science 2001, 291, 1304-1351.
23. Lim, A.; Prokaeva, T.; McComb, M. E.; O'Connor, P. B.; Theberge, R.; Conners, L. H.; Skinner, M.; Costello, C. E. Anal. Chem. 2002, 74, 741-751.
24. Ji, J.; Chakraborty, A.; Geng, M.; Zhang, X.; Amini, A.; Bina, M.; Regnier, F. J. Chromatogr., B 2000, 745, 197-210.
25. Geng, M.; Ji, J.; Regnier, F. E. J. Chromatogr., A 2000, 870, 295-313.
26. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Hoaglund, C. S.; Reilly, J. P.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 1213-1216.
27. Taraszka, J. A.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Fresenius' J. Anal. Chem. 2001, 369, 234-245.
28. Valentine, S. J.; Kulchania, M.; Srebalus Barnes, C. A.; Clemmer, D. E. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 212, 97-109.
29. Myung, S.; Lee, Y. L.; Moon, M. H.; Taraszka, J. A.; Sowell, R.; Koeniger, S. L.; Hilderbrand A. E.; Valentine, S. J.; Cherbas, L.; Cherbas, P.; Kaufmann, T. C.; Miller, D. F.; Mechref, Y.; Novotny, M. V.; Ewing, M.; Clemmer D. E. Anal. Chem. 2003, 75, 5137-5145.
30. Moon, M. H.; Myung, S.; Plasencia, M.; Hilderbrand, A. E.; Clemmer, D. E. J. Proteome Res. 2003, 2, 589-597.
31. Liu, X.; Plasencia, M.; Ragg, S.; Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. Briefings Funct. Genomics Proteomics 2004, 3, 177-186.
32. Taraszka, J. A.; Kurulugama, R.; Sowell, R.; Valentine, S. J.; Koeniger, S. L.; Arnold, R. J.; Miller, D. F.; Kaufman, T. C.; Clemmer, D. E. J. Proteome Res. 2005, 4, 1223-1237.
33. Taraszka, J. A.; Gao, X.; Valentine, S. J.; Sowell, R. A.; Koeniger, S. L.; Miller, D. F.; Kaufman, T. C.; Clemmer, D. E. J. Proteome Res. 2005, 4, 1238-1247.
34. St. Louis, R. H.; Hill, H. H., Jr. Crit. Rev. Anal. Chem. 1990, 21, 321.
35. Mason, E. A.; McDaniel, E. W. Transport Properties of Ions in Gases; Wiley: New York, 1988.
36. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577-592.
37. Ewing, R. G.; Atkinson, D. A.; Eiceman, G. A.; Ewing, G. J. Talanta 2001, 54, 515-529.
38. Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Top. Curr. Chem. 2003, 225, 207-232.
39. Hoaglund Hyzer, C. S.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Chem. Rev. 1999, 99, 3037-3079.
40. Shvartsburg, A. A.; Hudgins, R. R.; Dugourd, P.; Jarrold, M. F. Chem. Soc. Rev. 2001, 30, 26-35.
41. Collins, D. C.; Lee, M. L. Anal. Bioanal. Chem. 2002, 372, 66-73.
42. Valentine, S. J.; Koeniger, S. L.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2003, 75, 6202-6208.
43. Shaffer, S. A.; Prior, D. C.; Anderson, G. A.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1998, 70, 4111-4119.
44. Him, T.; Tolmachev, A. V.; Harkewicz, R.; Prior, D. C.; Anderson, G.; Udseth, H. R.; Smith, R. D.; Bailey, T. H.; Rakov, S.; Futrell, J. H. Anal. Chem. 2000, 72, 2247-2255.
45. Tang, K.; Shvartsburg, A. A.; Lee, H. N.; Prior, D. C.; Buschbach, M. A.; Li, F. M.; Tolmachev, A. V.; Anderson, G. A.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2005, 77 (10), 3330-3339.
46. Hoaglund, C. S.; Valentine, S. J.; Sporleder, C. R.; Reilly, J. P.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1998, 70, 2236-2242.
47. Julka, S.; Regnier, F. J. Proteome Res. 2004, 3, 350-363.
48. Goshe, M. B.; Smith R. D. Curr. Opin. Biotechnol. 2003, 14 (1), 101-109.
49. Tao, W. A.; Aebersold, R. Curr. Opin. Biotechnol. 2003, 14 (1), 110-118.
50. Ferguson, P. L.; Smith, R. D. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 399-424.
51. Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8355.
52. Schnier, P. D.; Price, W. D.; Jockusch, R. A.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7178.
53. Hudgins, R. R.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, (49), 12974-12975.
54. Wyttenbach, T.; Bushnell, J. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5098.
55. Hudgins, R. R.; Mao, Y.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. Biophys. J. 1999, 76, 1591.
56. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 10, 1188-1211.
57. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Hoaglund-Hyzer, C. S.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 1203-1207.
58. Taraszka, J. A.; Li, J.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4545-4551.
59. Kaleta, D. T.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. B 2001, 105 (19), 4436-4440.
60. Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2002, 74, 1946-1951.
61. Henderson, S. C.; Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1999, 71, 291-301.
62. Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4031-4039.
63. Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1490-1498.
64. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 10, 1188-1211.
65. Shvartsburg, A. A.; Siu, K. W. M.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 885-888.
66. Mosier, P. D.; Counterman, A. E.; Jurs, P. C.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2002, 74, 1360-1370.
67. Counterman, A. E.; Hilderbrand, A. E.; Srebalus Barnes, C. A.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 1020-1035.
68. Hoaglund-Hyzer, C. S.; Li, J.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2000, 72, 2737-2740.