Effects of quenched and annealed macromolecular crowding elements on a simple model for signaling in t lymphocytes

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 5, 2006, Pages 2318-2324

  Eide, Jonathan L ^a   Chakraborty, Arup K ^b  

^a University of California   (United States)

^b Massachusetts Institute of Technology Cambridge   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANNEALING; BIOCHEMISTRY; CELL MEMBRANES; PROTEINS; QUENCHING; SIGNAL PROCESSING;

BIOCHEMICAL REACTIONS; LYMPHOCYTES; MACROMOLECULAR SPECIES;

MACROMOLECULES;

EID: 33644759715     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp054191+     Document Type: Article

References (52)

1. Fulton, A. B. Cell 1982, 30, 345.
2. Zimmerman, S. C.; Minton, A. P. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1993, 22.
3. Hall, D.; Minton, A. P. Biochim. Biophys. Acta 2003, 1649, 127.
4. Ellis, R. J. Trends Biochem. Sci. 2001, 26, 597.
5. Ellis, R. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 114.
6. Minton, A. P. J. Biol. Chem. 2001, 276, 10577.
7. Schnell, S.; Turner, T. E. Prog. Biophys. Mol. Biol.2004, 85, 235.
8. Raslton, G. B. J. Chem. Educ. 1990, 10, 857.
9. Gómez-Casati, D. F.; Cortassa, S.; Aon, M. A.; Iglesias, A. A. Planta 2003, 216, 969.
10. Gómez-Casati, G.; Aon, M. A.; Iglesias, A. A. FEBS Lett. 1999, 446, 117.
11. Gómez-Casati, D. F.; Aon, M. A.; Iglesias, A. A. Biochem. J. 2000, 350, 139.
12. Aon, M. A.; Gomez Casati, D. F.; Iglesias, A. A.; Cortassa, S. Cell Biol. Int. 2001, 25, 1091.
13. Bouchaud, J. P.; Georges, A. Phys. Rep. 1990, 195, 127.
14. Chakraborty, A. K.; Bratko, D.; Chandler, D. J. Chem. Phys. 1994, 100, 1528.
15. Deem, M. W.; Chandler, D. J. Stat. Phys. 1994, 76, 911.
16. Saxton, M. J. Biophys. J. 1994, 66, 394.
17. Berry, H. Biophvs. J. 2002, 83, 1897.
18. Turner, T. E.; Schnell, S.; Burrage, K. Comput. Biol. Chem. 2004, 28, 165.
19. Lipkow, K.; Andrews, S. S.; Bray, D. J. Bacteriol. 2005, 187, 45.
20. Shimizu, T. S.; Aksenov, S. V.; Bray, D. J. Mol. Biol. 2003, 329, 291.
21. Hall, D. Biophys. J. 2002, 98, 233.
22. Kane, L. P.; Lin, J.; Weiss, A. Curr. Opin. Immunol. 2000, 12, 242.
23. Huppa, J. B.; Davis, M. M. Nat. Rev. Immunol. 2003, 3, 973.
24. Grakoui, A.; Bromley, S. K.; Sumen, C.; Davis, M. M.; Shaw, A. S.; Allen, P. M.; Dustin, M. L. Science 1999, 285, 221.
25. Monks, C. R.; Freiberg, B. A.; Kupfer, H.; Sciaky, N.; Kupfer, A. Nature 1998, 395, 82.
26. Li, Q. J.; Dinner, A. R.; Qi, S.; Irvine, J. I.; Huppa, J. B.; Davis, M. M.; Chakraborty, A. K. Nat. Immunol. 2004, 5, 791.
27. Lee, K. H.; Dinner, A. R.; Tu, C.; Campi, G.; Raychaudhuri, S.; Varma, R.; Sims, T. N.; Burack, W. R.; Wu, H.; Wang, J.; Kanagawa, O.; Markiewicz, M.; Allen, P. M.; Dustin, M. L.; Chakraborty, A. K.; Shaw, A. S. Science 2003, 302, 1218.
28. Goldstein, B.; Faeder, J. R.; Hlavecek, W. Nat. Rev. Immunol. 2004, 4, 445.
29. Altan-Bonnet, G.; Germain, R. N. PLoS Biol. 2005, 3, e356.
30. Janeway, C.; et al. Immunobiology: The Immune System in Health and Disease, 5th ed.; Garland Pub.: New York, 2001.
31. Zaffran, Y.; Destaing, O.; Roux, A.; Ory, S.; Nheu, T.; Jurdic, P.; Rabourdin-Combe, C.; Astier, A. L. J. Immunol. 2001, 167, 6780.
32. Janssen, E.; Zhang, W. Curr. Opin. Immunol. 2003, 15.
33. Koretzky, G. A.; Myung, P. S. Nat. Immunol. 2001, 1, 95.
34. Leo, A.; Wienands, J.; Baier, G.; Horejsi, V.; Schraven, B. J.Clin. Invest. 2002, 109, 310.
35. Jordan, M. S.; Singer, A. L.; Korestzky, G. A. Nat. Immunol. 2003, 4, 110.
36. Stefanova, I. H., Bernhard; Vergelli, M.; Martin, R.; Biddison, W. E.; Germain, R. N. Nat. Immunol. 2003, 4, 248.
37. Irvine, D. J.; Purbhoo, M. A.; Krogsgaard, M.; Davis, M. Nature 2002, 419, 845.
38. Krogsgaard, M.; Li, Q.; Sumen, C.; Huppa, J. B.; Huse, M.; Davis, M. Nature 2005, 434, 238.
39. Wülfing, C.; Sumen, C.; Sjaastad, M.; Wu, L. C.; Dustin, M. L.; Davis, M. M. Nat. Immunol. 2002, 3, 42.
40. Frenkel, D.; Smit, S. Understanding Molecular Simulation. From Algorithms to Applications, 2nd ed.; Academic Press: Boston, MA, 2002.
41. Palmer, R. G.; Stein, D. L.; Abrahams, E.; Anderson, P. W. Phys. Rev. Lett. 1985, 54, 1965.
42. Fredrickson, G. H.; Anderson, H. C. Phys. Rev. Lett. 1984, 53, 1244.
43. Garrahan, J. P.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. 2003, 100, 9710.
44. Pan, A.; Chandler, D. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 19681.
45. Garrahan, J. P.; Chandler, D. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 035704. 1.
46. Qi, S. Y.; Groves, J. T.; Chakraborty, A. Proc. Natl. Acad. Sci. 2001, 98, 6548.
47. Huppa, J. B.; Gleimer, M.; Sumen, C.; Davis, M. M. Nat. Immunol. 2003, 4, 749.
48. Wülfing, C.; Davis, M. M. Science 1998, 282.
49. Burroughs, N. J.; Wülfing, C. Biophys. J. 2002, 83, 1784.
50. Weikl, T. R.; Lipowsky, R. Biophys. J. 2004, 87, 3665.
51. Weikl, T. R.; Groves, J. T.; Lipowsky, R. Europhys. Lett. 2002, 59, 916.
52. Stauffer, D.; A., A. Introduction to Percolation Theory; Taylor and Francis: London, 1994.