Duplex RNA-binding enzymes: Headliners from neurobiology, virology, and development

ChemBioChem

Volumn 6, Issue 2, 2005, Pages 257-266

  Beal, Peter A ^a  

^a UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

Author keywords

Deaminases; Protein kinases; Proteins; Ribonucleases; RNA

Indexed keywords

ADENOSINE DEAMINASE; DUPLEX RNA; RNA; RNA BINDING PROTEIN; UNCLASSIFIED DRUG;

CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; CONFORMATIONAL TRANSITION; DEAMINATION; NEUROBIOLOGY; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN MOTIF; PROTEIN RNA BINDING; REACTION ANALYSIS; RNA EDITING; RNA SEQUENCE; RNA STRUCTURE; RNA TRANSLATION; SHORT SURVEY; SIGNAL TRANSDUCTION; VIROLOGY;

BASE SEQUENCE; EIF-2 KINASE; HUMANS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; NEUROBIOLOGY; NUCLEIC ACID CONFORMATION; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; RIBONUCLEASE III; RNA; RNA EDITING; RNA INTERFERENCE; RNA-BINDING PROTEINS; VIROLOGY;

EID: 21144439896     PISSN: 14394227     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.200400303     Document Type: Short Survey

References (125)

1. D. St. Johnston, N. H. Brown, J. G. Gall, M. Jantsch, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992, 89, 10979.
2. I. Fierro-Monti, M. B. Mathews, Trends Biochem. Sci. 2000, 2S, 241.
3. M. Doyle, M. F. Jantsch, J. Struct. Biol. 2003, 140, 147.
4. M. Bycroft, S. Gruenert, A. G. Murzin, M. Proctor, EMBO J. 1995, 14, 3563.
5. A. Kharrat, M. J. Macias, T. J. Gibson, M. Nilges, EMBO J. 1995, 74, 3572.
6. S. Nanduri, B. W. Carpick, Y. Yang, B. R. G. Williams, J. Qin, EMBO J. 1998, 17, 5458.
7. J. M. Ryter, S. C. Schultz, EMBO J. 1998, 17, 7505.
8. A. Ramos, S. Grunert, J. Adams, D. R. Micklem, M. R. Proctor, S. Freund, M. Bycroft, D. St. Johnston, G. Varani, EMBO J. 2000, 19, 997.
9. R. J. Spanggord, P. A. Beal, Biochemistry 2001, 40, 4272.
10. R. J. Spanggord, M. Vuyisich, P. A. Beal, Biochemistry 2002, 41, 4511.
11. M. Vuyisich, R. J. Spanggord, P. A. Beal, EMBO Rep. 2002, 3, 622.
12. O. M. Stephens, B. L. Haudenschild, P. A. Beal, Chem. Biol. 2004, 11, 1239.
13. D. A. Circle, O. D. Neel, H. D. Robertson, P. A. Clarke, M. B. Mathews, RNA 1997, 3, 438.
14. Y. Klaue, A. M. Källman, M. Bonin, W. Nellen, M. Ohman, RNA 2003, 9, 839.
15. P. C. Bevilacqua, T. R. Cech, Biochemistry 1996, 35, 9983.
16. S. Nanduri, F. Rahman, B. R. G. Williams, J. Qin, EMBO J. 2000, 19, 5567.
17. H. Grosjean, R. Benne, Modification and Editing of RNA, ASM Press, Washington, DC, 1998.
18. C. M. Burns, H. Chu, S. M. Rueter, L. K. Hutchinson, H. Canton, E. Sanders-Bush, R. B. Emeson, Nature 1997, 387, 303.
19. M. Higuchi, F. N. Single, M. Kohler, B. Sommer, R. Sprengel, P. H. Seeburg, Cell 1993, 75, 1361.
20. B. Hoopengardener, T. Bhalla, C. Staber, R. Reenan, Science 2003, 301, 832.
21. H. Lomeli, J. Mosbacher, T. Melcher, T. Hoger, J. R. P. Geiger, T. Kuner, H. Monyer, M. Higuchi, A. Bach, P. H. Seeburg, Science 1994, 266, 1709.
22. T. A. Verdoorn, N. Burnashev, H. Monyer, P. H. Seeburg, B. Sakmann, Science 1991, 252, 171S.
23. M. Higuchi, S. Maas, F. N. Single, J. Hartner, A. Rozov, N. Burnashev, D. Feldmeyer, R. Spengle, P. H. Seeburg, Nature 2000, 406, 78.
24. Q. Wang, J. Khillan, P. Gadue, K. Nishikura, Science 2000, 290, 1765.
25. M. J. Palladino, L. P. Keegan, M. A. O'Connell, R. A. Reenan, Cell 2000, 102, 437.
26. L. A. Tonkin, L. Saccomanno, D. P. Morse, T. Brodigan, M. Krause, B. L. Bass, EMBO J. 2002, 21, 6025.
27. C. M. Niswender, K. Herrick-Davis, G. E. Dilley, H. Y. Meltzer, J. C. Overholser, C. A. Stockmeier, R. B. Emeson, E. Sanders-Bush, Neuropsychopharmacology 2001, 24, 478.
28. K. Iwamoto, T. Kato, Neurosci. Lett. 2003, 346, 169.
29. I. Gurevich, H. Tamir, V. Arango, A. J. Dwork, J. J. Mann, C. Schmauss, Neuron 2002, 34, 349.
30. W. Yang, Q. Wang, S. J. Kanes, J. M. Murray, K. Nishikura, Mol. Brain Res. 2004, 124, 70.
31. D. P. Morse, B. L. Bass, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 6048.
32. B. L. Bass, K. Nishikura, W. Keller, P. H. Seeburg, R. B. Emeson, M. A. O'Connell, C. E. Samuel, A. Herbert, RNA 1997, 3, 947.
33. R. F. Hough, B. L. Bass, J. Biol. Chem. 1994, 269, 9933.
34. U. Kim, T. L. Garner, T. Sanford, D. Speicher, J. M. Murray, K. Nishikura, J. Biol. Chem. 1994, 269, 13480.
35. T. Melcher, S. Maas, A. Herb, R. Sprengel, P. H. Seeburg, M. Higuchi, Nature 1996, 379, 460.
36. M. A. O'Connell, A. Gerber, W. Keller, J. Biol. Chem. 1997, 272, 473.
37. Y. Liu, C. E. Samuel, J. Virol. 1996, 70, 1961.
38. T. Schwartz, M. A. Rould, K. Lowenhaupt, A. Herbert, A. Rich, Science 1999, 284, 1841.
39. T. Melcher, S. Maas, A. Herb, R. Sprengel, M. Higuchi, P. H. Seeburg, J. Biol. Chem. 1996, 271, 31795.
40. R. F. Hough, B. L. Bass, RNA 1997, 3, 356.
41. F. Lai, R. Drakas, K. Nishikura, J. Biol. Chem. 1995, 270, 17098.
42. C. W. Carter, Biochimie 1995, 77, 92.
43. A. Gerber, H. Grosjean, T. Melcher, W. Keller, EMBO J. 1998, 17, 4780.
44. A. G. Polson, P. F. Crain, S. C. Pomerantz, J. A. McCloskey, B. L. Bass, Biochemistry 1991, 30, 11507.
45. L. M. Easterwood, E. A. Veliz, P. A. Beal, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11537.
46. E. A. Veliz, L. M. Easterwood, P. A. Beal, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10867.
47. O. M. Stephens, H.-Y. Yi-Brunozzi, P. A. Beal, Biochemistry 2000, 39, 12243.
48. H.-Y. Yi-Brunozzi, O. M. Stephens, P. A. Beal, J. Biol. Chem. 2001, 276, 37827.
49. M. R. Macbeth, A. T. Lingam, B. L. Bass, RNA 2004, 10, 1563.
50. A. Albert, C. J. Lin, J. Chem. Soc. Perkin Trans. 1 1977, 1819.
51. A. Gallo, L. P. Keegan, G. M. Ring, M. A. O'Connell, EMBO J. 2003, 22, 3421.
52. D. C. Jaikaran, C. H. Collins, A. M. MacMillan, J. Biol. Chem. 2002, 277, 37624.
53. D.-S. Cho, W. Yang, J. T. Lee, R. Shiekhattar, J. M. Murray, K. Nishikura, J. Biol. Chem. 2003, 278, 17093.
54. B. L. Haudenschild, O. Maydanovych, E. A. Veliz, M. R. Macbeth, B. L. Bass, P. A. Beal, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11213.
55. G. L. Verdine, D. P. G. Norman, Annu. Rev. Biochem. 2003, 72, 337.
56. T. R. Dawson, C. L. Sansam, R. S. Emeson, J. Biol. Chem. 2004, 279, 4941.
57. H. D. Robertson, R. E. Webster, N. D. Zinder, J. Biol. Chem. 1968, 243, 82.
58. M. A. Carmell, G. J. Hannon, Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 214.
59. P. Gegenheimer, D. Apirion, Nucleic Acids Res. 1980, 8, 1873.
60. E. Bernstein, A. A. Caudy, S. M. Hammond, G. J. Hannon, Nature 2001, 409, 363.
61. Y. Lee, C. Ahn, J. Han, H. Choi, J. Kim, J. Yim, J. Lee, P. Provost, O. Radmark, S. Kim, V. N. Kim, Nature 2004, 425, 415.
62. J. J. Song, J. Liu, N. H. Tolia, J. Schneiderman, S. K. Smith, R. A. Martienssen, G. J. Hannon, L. Joshua-Tor, Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 1026.
63. P. Nelson, M. Kiriakidou, A. Sharma, E. Maniataki, Z. Mourelatos, Trends Biochem. Sci. 2003, 28, 534.
64. G. Hutvágner, J. McLachlan, A. E. Pasquinelli, E. Bálint, T. Tuschl, P. D. Zamore, Science 2001, 293, 834.
65. R. F. Ketting, S. E. Fischer, E. Bernstein, T. Sijen, G. J. Hannon, R. H. Plasterk, Genes Dev. 2001, 15, 2654.
66. E. Wienholds, M. J. Koudijs, F. J. M. van Eeden, E. Cuppen, R. H. Plasterk, Nat. Genet. 2003, 35, 217.
67. E. Bernstein, S. Y. Kim, M. A. Carmell, E. P. Murchison, H. Alcorn, M. Z. Li, A. A. Mills, S. J. Elledge, K. V. Anderson, G. J. Hannon, Nat. Genet. 2003, 35, 215.
68. B. J. Reinhart, F. J. Slack, M. Basson, A. E. Pasquinelli, J. C. Bettinger, A. E. Rougvie, H. R. Horvitz, G. Ruvkun, Nature 2000, 403, 901.
69. J. Brennecke, D. R. Hipfner, A. Stark, R. B. Russell, S. M. Cohen, Cell 2003, 113, 25.
70. J. Blaszczyk, J. E. Tropea, M. Bubunenko, J. E. Routzahn, D. S. Waugh, D. L. Court, X. Ji, Structure 2001, 9, 1225.
71. H. Zhang, F. A. Kolb, L. Jaskiewicz, E. Westhof, W. Filipowicz, Cell 2004, 118, 57.
72. H. Zhang, F. A. Kolb, V. Brondani, E. Billy, W. Filipowicz, EMBO J. 2002, 21, 5875.
73. J. W. Pham, J. L. Pellino, Y. S. Lee, R. W. Carthew, E. J. Sontheimer, Cell 2004, 117, 83.
74. G. Hutvágner, M. J. Simard, C. C. Mello, P. D. Zamore, PLoS Biol. 2004, 2, 465.
75. B. D. Gooch, P. A. Beal, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10603.
76. P. J. Farrell, B. Balkow, T. Hunt, R. J. Jackson, Cell 1977, 11, 187.
77. B. R. G. Williams, Oncogene 1999, 18, 6112.
78. R. C. Wek, Trends Biochem. Sci. 1994, 19, 491.
79. R. Kaufman in Translation Control of Gene Expression (Eds.: N. Sonenberg, J. W. B. Hershey, M. B. Mathews), Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY, 2000, p. 503.
80. D. Ron, H. Harding in Translation Control of Gene Expression (Eds.: N. Sonenberg, J. W. B. Hershey, M. B. Mathews), Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY, 2000, p. 547.
81. J.-J. Chen in Translational Control of Gene Expression (Eds.: N. Sonenberg, J. W. B. Hershey, M. B. Mathews), Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY, 2000, p. 529.
82. M. Gale, M. G. Katze, Pharmacol. Ther. 1998, 78, 29.
83. L. Manche, S. R. Green, C. Schmedt, M. B. Mathews, Mol. Cell. Biol. 1992, 12, 5238.
84. C. A. Sledz, M. Holko, M. J. de Veer, R. H. Silverman, B. R. G. Williams, Nat. Cell Biol. 2003, 5, 834.
85. J. Galabru, A. Hovanessian, J. Biol. Chem. 1987, 262, 15 538.
86. M. J. Clemens, K. G. Laing, I. W. Jeffrey, A. Schofield, Biochimie 1994, 76, 770.
87. R. Jagus, M. M. Gray, Biochimie 1994, 76, 779.
88. J. Kitajewski, R. J. Schneider, B. Safer, S. M. Munemitsu, C. E. Samuel, B. Thimmappaya, T. Shenk, Cell 1986, 45, 195.
89. P. A. Clarke, N. A. Sharp, M. J. Clemens, Eur. J. Biochem. 1990, 193, 635.
90. A. E. Koromilas, S. Roy, G. N. Barber, M. G. Katze, N. Sonenberg, Science 1992, 257, 1685.
91. E. F. Meurs, J. Galabru, G. N. Barber, M. G. Katz, A. G. Hovanessian, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993, 90, 232.
92. S. Davis, J. C. Watson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 508.
93. S. Salzberg, S. Vilchik, S. Cohen, A. Heller, Y. Kronfield-Kinar, Exp. Cell Res. 2000, 254, 45.
94. T. G. Lee, N. Tang, S. Thompson, J. Miller, M. G. Katze, Mol. Cell. Biol. 1994, 14, 2331.
95. T. Takizawa, K. Ohashi, Y. Nakanishi, J. Virol. 1996, 70, 8128.
96. S. B. Lee, D. Rodriguez, J. R. Rodriquez, M. Esteban, Virology 1997, 231, 81.
97. A. Kumar, J. Haque, J. Lacoste, J. Hiscott, B. R. Williams, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91, 6288.
98. A. Kumar, Y. L. Yang, V. Flati, S. Der, EMBO J. 1997, 16, 406.
99. A. H. T. Wong, N. W. N. Tam, Y. L. Yang, A. R. Cuddihy, EMBO J. 1997, 16, 1291.
100. L. M. Parker, I. Fierro-Monti, M. B. Mathews, J. Biol. Chem. 2001, 276, 32522.
101. E. Meurs, K. Chong, J. Galabru, N. S. B. Thomas, I. M. Kerr, B. R. G. Williams, A. G. Hovanessian, Cell 1990, 62, 379.
102. S. Puthenveetil, E. A. Veliz, P. A. Beal, ChemBioChem 2004, 5, 383.
103. B. Tian, M. B. Mathews, J. Biol. Chem. 2001, 276, 9936.
104. S. R. Green, M. B. Mathews, Genes Dev. 1992, 6, 2478.
105. B. W. Carpick, V. Graziano, D. Schneider, R. K. Maitra, X. Lee, B. R. G. Williams, J. Biol. Chem. 1997, 272, 9510.
106. S. Wu, R. J. Kaufman, J. Biol. Chem. 1996, 271, 1756.
107. H. D. Robertson, M. B. Mathews, Biochimie 1996, 78, 909.
108. T. L. Ung, C. Cao, J. Lu, K. Ozato, T. E. Dever, EMBO J. 2001, 20, 3728.
109. P. J. Belshaw, S. N. Ho, G. R. Crabtree, S. L. Schreiber, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 4604.
110. D. R. Taylor, S. B. Lee, P. R. Romano, D. R. Marshak, A. G. Hinnebusch, M. Esteban, M. B. Mathews, Mol. Cell. Biol. 1996, 16, 629S.
111. X. Zhang, C. J. Herring, R. P. Romano, J. Szczepanowska, H. Brzeska, A. G. Hinnebusch, J. Qin. Anal. Chem. 1998, 70, 2050.
112. N. J. Jammi, P. A. Beal, Nucleic Acids Res. 2001, 29, 3020.
113. E. Billy, V. Brondani, H. Zhang, M. Ulrich, W. Filipowicz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 14428.
114. S. M. Elbashir, J. Harborth, W. Lendeckel, A. Yalcin, K. Weber, T. Tuschl, Nature 2001, 411, 494.
115. S. P. Persengiev, X. Zhu, M. R. Green, RNA 2004, 10, 12.
116. P. C. Scacheri, O. Rozenblatt-Rosen, N. J. Caplen, T. G. Wolfsberg, L. Umayam, J. C. Lee, C. M. Hughes, K. S. Shanmugam, A. Bhattacharjee, M. Meyerson, F. S. Collins, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 1892.
117. N. Abraham, D. F. Stojdl, P. I. Duncan, N. Methot, T. Ishii, M. Dube, B. C. Vanderhyden, H. L. Atkins, D. A. Gray, M. W. McBurney, A. E. Koromilas, E. G. Brown, N. Sonenberg, J. C. Bell, J. Biol. Chem. 1999, 274, 59S3.
118. Y. L. Yang, L. F. Reis, J. Pavlovic, A. Aguzzi, R. Schäfer, A. Kumar, B. R. Williams, M. Aguet, C. Weissmann, EMBO J. 1995, 14, 6095.
119. D. Baltzis, S. Li, A. E. Koromilas, J. Biol. Chem. 2002, 277, 38364.
120. M. A. Shogren-Knaak, P. J. Alaimo, K. M. Shokat, Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2001, 17, 405.
121. J. Huang, R. J. Schneider, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1990, 87, 7115.
122. K. Posti, S. Leinonen, S. Tetri, S. Kottari, P. Viitala, O. Pelkonen, H. Raunio, Euro. J. Biochem. 1999, 264, 19.
123. P. R. Andreassen, R. L. Margolis, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992, 89, 2272.
124. N. J. Jammi, L. R. Whitby, P. A. Beal, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 308, 50.
125. S. M. Rueter, R. B. Emeson in Modification and Edting of RNA (Eds.: H. Grosjean, R. Benne), ASM Press, Washington, DC, 1998, p. 343.