HIV-1 reverse transcription: A brief overview focused on structure- function relationships among molecules involved in initiation of the reaction

Archives of Biochemistry and Biophysics

Volumn 365, Issue 2, 1999, Pages 199-210

  Götte, Matthias ^a   Li, Xuguang ^a   Wainberg, Mark A ^a  

^a MCGILL UNIVERSITY   (Canada)

Author keywords

HIV; Initiation; Nucleocapsid; Reverse transcriptase; RNase H

Indexed keywords

DNA POLYMERASE; NUCLEIC ACID; RIBONUCLEASE; RNA DIRECTED DNA POLYMERASE; TRANSFER RNA; VIRUS ENZYME; VIRUS RNA;

HOST CELL; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; REVERSE TRANSCRIPTION; RNA REPLICATION; RNA SEQUENCE; SHORT SURVEY; SIGNAL TRANSDUCTION; STRUCTURE ACTIVITY RELATION; VIRUS GENOME; VIRUS NUCLEOCAPSID;

EID: 0242502660     PISSN: 00039861     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1006/abbi.1999.1209     Document Type: Article

References (118)

1. Baltimore D. Nature. 226:1970;1209-1211.
2. Temin H., Mizutani S. Nature. 226:1970;1211-1213.
3. Hansen J., Schulze T., Mellert W., Moelling K. EMBO J. 7:1988;239-243.
4. Gilboa E., Mitra S. W., Goff S. P., Baltimore D. Cell. 18:1979;93-100.
5. Telesnitsky A., Goff S. P. Reverse Transcriptase. 1993;Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor. p. 49-83.
6. Leis J., Ashok A., Cobrinik D. Skalka A. M., Goff S. P. Reverse Transcriptase. 1993;33-84 Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor.
7. Litvak, S. Sarih-Cottin, L. Fournier, M. Andreola, M. Tarrago-Litvak, L. Trends Biochem. Sci. 19, 114, 118.
8. Marquet R., Isel C., Ehresmann C., Ehresmann B. Biochimie. 77:1995;113-124.
9. Mak J., Kleiman L. J. Virol. 71:1997;8087-8095.
10. Raba M., Limburg K., Burghagen M., Katze J. R., Simsek M., Heckman J. E., Rajbhandary U. L., Gross H. J. Eur. J. Biochem. 97:1979;305-318.
11. Ratner L., Haseltine W., Patarca R., Livak K. J., Starcich B., Josephs S. F., Doran E. F., Rafalski J. A., Whitehorn E. A., Baumeister K., Ivanoff L., Petteway S. R. Jr., Pearson M. L., Lautenberger J. A., Papas T. S., Ghrayeb J., Chang N. T., Gallo R. C., Wong-Staal F. Nature. 313:1985;277-284.
12. Barat C., Lullien V., Schatz O., Keith G., Nugeyre M. T., Grunininger-Leitch T., Barre-Sinoussi F., LeGrice S. F., Darlix J. L. EMBO J. 8:1989;3279-3285.
13. Isel C., Lanchy J. M., LeGrice S. F., Ehresmann C., Ehresmann B., Marquet R. EMBO J. 15:1996;917-924.
14. Schatz O., Mous J., LeGrice S. F. EMBO J. 9:1990;1171-1176.
15. Furfine E. S., Reardon J. E. J. Biol. Chem. 266:1991;406-412.
16. Gopalakrishnan V., Peliska J. A., Benkovic S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89:1992;10763-10767.
17. Götte M., Fackler S., Hermann T., Perola E., Cellai L., Gross H. J., LeGrice S. F., Heumann H. EMBO J. 14:1995;833-841.
18. Peliska J. A., Benkovic S. J. Science. 258:1992;1112-1118.
19. Cirino N. M., Cameron C. E., Smith J. S., Rausch J. W., Benkovic S. J., LeGrice S. F. Biochemistry. 34:1995;9936-9943.
20. Cameron C. E., Ghosh M., LeGrice S. F., Benkovic S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94:1997;6700-6705.
21. Panganiban A. T., Fiore D. Science. 241:1988;1064-1069.
22. Hu W. S., Temin H. M. Science. 250:1990;1227-1233.
23. van Wamel J. L., Berkhout B. Virology. 244:1998;245-251.
24. Huber H. E., Richardson C. C. J. Biol. Chem. 265:1990;10565-10573.
25. Wöhrl B. M., Moelling K. Biochemistry. 29:1990;10141-10147.
26. Charneau P., Clavel F. J. Virol. 65:1991;2415-2421.
27. Charneau P., Alizon M., Clavel F. J. Virol. 66:1992;2814-2820.
28. Klarmann G. J., Yu H., Chen X., Dougherty J. P., Preston B. D. J. Virol. 71:1997;9259-9269.
29. Charneau P., Mirambeau G., Roux P., Paulous S., Buc H., Clavel F. J. Mol. Biol. 241:1994;651-662.
30. Ben-Artzi H., Shemesh J., Zeelon E., Amit B., Kleiman L., Gorecki M., Panet A. Biochemistry. 35:1996;10549-10557.
31. Fuentes G. M., Rodriguez-Rodriguez L., Fay P. J., Bambara R. A. J. Biol. Chem. 270:1995;28169-28176.
32. Furfine E. S., Reardon J. E. Biochemistry. 30:1991;7041-7046.
33. Smith J. S., Roth M. J. J. Biol. Chem. 267:1992;15071-15079.
34. Das A. T., Klaver B., Berkhout B. J. Virol. 69:1995;3090-3097.
35. Li X., Mak J., Arts E. J., Gu Z., Kleiman L., Wainberg M. A., Parniak M. A. J. Virol. 68:1994;6198-6206.
36. Wakefield J., Wolf A., Morrow C. J. Virol. 69:1995;6021-6029.
37. Zhang Z., Yu Q., Kang S. M., Buescher J., Morrow C. D. J. Virol. 72:1998;5464.
38. Hottiger M., Podust V. N., Thimmig R. T., McHenry C., Hubscher U. J. Biol. Chem. 269:1994;986.
39. Fuentes G. M., Palaniappan C., Fay P. J., Bambara R. A. J. Biol. Chem. 271:1996;29605-29611.
40. Levin J. G., Hatfield D. L., Oroszlan S., Rein A. Skalka A. M., Goff S. P. Reverse Transcriptase. 1993;5-31 Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor.
41. Di Marzo Veronese F., Copeland T. D., De Vico A. L., Rahman R., Oroszlan S. Science. 231:1986;1289-1291.
42. Jacks T., Power M. D., Masiarz F. R., Luciw P. A., Barr P. J., Varmus H. E. Nature. 331:1988;280-283.
43. Le Grice S. F., Naas T., Wohlgensinger B., Schatz O. EMBO J. 10:1991;3905-3911.
44. Kohlstaedt L. A., Wang J., Friedman J. M., Rice P. A., Steitz T. A. Science. 256:1992;1783-1790.
45. Davies J. F. II, Hostomska Z., Hostomsky Z., Jordan S. R., Matthews D. A. Science. 252:1991;88-95.
46. Katayanagi K., Miyagawa M., Matsushima M., Ishikawa M., Kanaya S., Ikehara M., Matsuzaki T., Morikawa K. Nature. 347:1990;306-309.
47. Yang W., Hedrickso W. A., Crouch R. J., Satow Y. Science. 249:1990;1398-1405.
48. Hostomsky Z., Hostomska Z., Hudson G. O., Moomaw E. W., Nodes B. R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 88:1991;1148-1152.
49. Gao H. Q., Boyer P. L., Arnold E., Hughes S. H. J. Mol. Biol. 277:1998;359-372.
50. Jacobo Molina A., Ding J., Nanni R. G., Clark A. D. Jr., Lu X., Tantillo C., Williams R. L., Kamer G., Ferris A. L., Clark P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 90:1993;6320-6324.
51. Patel P. H., Jacobo-Molina A., Diang J., Tantillo C., Clark A. D. Jr., Raag R., Nanni R. G., Hughes S. H., Arnold E. Biochemistry. 34:1995;5351-5363.
52. Huang H., Chopra R., Verdine G. L., Harrison S. C. Science. 282:1998;1669-1675.
53. Metzger W., Hermann T., Schatz O., LeGrice S. F., Heumann H. Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 90:1993;5909-5913.
54. Götte M., Maier G., Gross H. J., Heumann H. J. Biol. Chem. 273:1998;10139-10146.
55. Hughes S. H., Hostomsky Z., LeGrice S. F., Lentz K., Arnold E. J. Virol. 70:1996;2679-2683.
56. Jiang M., Mak Y., Ladha A., Cohen E., Klein M., Rovinski B., Kleiman L. J. Virol. 67:1993;3246-3253.
57. Isel C., Marquet R., Keith G., Ehresmann C., Ehresmann B. J. Biol. Chem. 269:1993;1388-1993.
58. Isel C., Ehresmann C., Keith G., Ehresmann B., Marquet R. J. Mol. Biol. 247:1995;236-250.
59. Barat C., LeGrice S. F., Darlix J. L. Nucleic Acids Res. 19:1991;751-757.
60. Sarih-Cottin L., Bordier B., Musier-Forsyth K., Andreola M-L., Barr P. J., Litvak S. J. Mol. Biol. 226:1992;1-6.
61. Wöhrl B. M., Ehresmann B., Keith G., LeGrice S. F. J. Biol. Chem. 268:1993;13617-13624.
62. Mishima Y., Steitz J. A. EMBO J. 14:1995;2679-2687.
63. Arts E. J., Miller J. T., Ehresmann B., LeGrice S. F. J. Biol. Chem. 273:1998;14523-14532.
64. Skripkin E., Pallart J-C., Marquet R., Ehresmann B., Ehresmann C. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91:1994;4945-4949.
65. Lauhrea M., Jette L. Biochemistry. 35:1996;1589-1598.
66. Mujeeb A., Clever J. L., Billeci T. M., James T. L., Parslow T. G. Nature Struct. Biol. 5:1998;432-436.
67. Paillart J. C., Berthoux L., Ottmann M., Darlix J. L., Marquet R., Ehresmann B., Ehresmann C. J. Virol. 70:1996;8348-8354.
68. Laughrea M., Jette L., Mak J., Kleiman L., Liang C., Wainberg M. A. J. Virol. 71:1997;3397-3406.
69. Arts E. J., Li X., Gu Z., Kleiman L., Parniak M. A., Wainberg M. A. J. Biol. Chem. 269:1994;14672-14680.
70. Darlix J. L., Lapadat-Tapolsky M., De Rocquigny H., Roques P. D. J. Mol. Biol. 254:1995;523-537.
71. de Guzman R. N., Wu Z. R., Stalling C. C., Pappalardo L., Border P. N., Summers M. F. Science. 279:1998;384-388.
72. Morellet N., Déméné H., Teilleux V., Huynh-Dinh T., De Rocquigny H., Fournié-Zaluski M. C. J. Mol. Biol. 283:1998;419-434.
73. Herschlag D., Khosla M., Tsuchihashi Z., Karpel L. P. EMBO J. 13:1994;2913-2924.
74. Tsuchihashi Z., Brown P. O. J. Virol. 68:1994;5863-5870.
75. Fisher R. J., Fivash M., Urbaneja M. A., Casas-finet J. R., Medaglia M., Henderson L. E. J. Virol. 72:1998;1902-1909.
76. Khan R., Giedroc D. J. Biol. Chem. 267:1992;6689-6695.
77. Campebell S., Vogt V. M. J. Virol. 69:1995;6487-6497.
78. Gorelick R. J., Chabot D. J., Rein A., Henderson L. E., Arthur L. O. J. Virol. 67:1993;4027-4036.
79. Berkowitz R. D., Luban J., Goff S. P. J. Virol. 67:1993;7190-7200.
80. Huang Y., Khorchid A., Wang J., Parniak M. A., Darlix J. L., Wainberg M. A., Kleiman L. J. Virol. 71:1997;4378-4384.
81. Huang Y., Khorchid A., Gabor J., Wang J., Li X., Darlix J. L., Wainberg M. A., Kleiman L. J. Virol. 72:1998;3907-3915.
82. Darlix J. L., Gubas C., Nugeyre M-T., Clavel F, Barre-Sinoussi F. J. Mol. Biol. 216:1990;689-699.
83. Muriaux D., de Rocquigny H., Roques B. P., Paoletti J. J. Biol. Chem. 271:1996;33686-33692.
84. de Rocquigny H., Gabus C., Vincent A., Fournié-Zaluski M. C., Roques B. P., Darlix J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89:1992;6472-6476.
85. Li X., Quan Y., Arts E. J., Li Z., Preston B. D., de Rocquigny H., Roques B. P., Darlix J. L., Kleiman L., Parniak M. A., Wainberg M. A. J. Virol. 70:1996;4996-5004.
86. Rémy E., de Rocquigny H., Petitjean P., Muriaux D., Theilleux V., Paoletti J., Roques B. P. J. Biol. Chem. 273:1998;4819-4822.
87. Rong L., Liang C., Hsu M., Kleiman L., Petitjean P., de Rocquigny H., Roques B. P., Wainberg M. A. J. Virol. 72:1998;9353-9358.
88. Peliska J. A., Balasubramanian S., Giedroc D. P., Benkovic S. J. Biochemistry. 33:1994;13817-13823.
89. Guo J., Henderson L. E., Bess J., Kane B., Levin J. G. J. Virol. 71:1997;5178-5188.
90. Ji X., Klarmann G. J., Preston B. D. Biochemistry. 35:1996;132-143.
91. Rice W. G., Supko J. G., Malspeis L., Buckheit R. W. Jr., Clanton D., Bu M., Graham L., Schaeffer C. A., Turpin J. A., Domagala J., Gogliotti R., Bader J. P., Halliday S. M., Coren L., Sowder R. C. II, Authur L. A., Henderson L. E. Science. 270:1995;1194-1197.
92. Mak J., Jiang M., Wainberg M. A., Hammarskjold M. L., Rekosh D., Kleiman L. J. Virol. 68:1994;2065-2072.
93. Mak J., Khorchid A., Cao Q., Huang Y., Lowy I., Parniak M. A., Prasad V. R., Wainberg M. A., Kleiman L. J. Mol. Biol. 265:1997;419-431.
94. Thrall S. H., Reinstein J., Wöhrl B. M., Goody R. S. Biochemistry. 35:1996;4609-4618.
95. Baudin F., Marquet R., Isel C., Darlix J. L., Ehresmann B., Ehresmann C. J. Mol. Biol. 229:1993;382-397.
96. Huang Y., Shalom A., Li Z., Wang J., Mak J., Wainberg M. A., Kleiman L. J. Virol. 70:1996;4700-4706.
97. Liang C., Li X., Rong L., Inouye P., Quan Y., Kleiman L., Wainberg M. A. J. Virol. 71:1997;5750-5757.
98. Wakefield J. K., Kang S-M., Morrow C. D. J. Virol. 70:1996;966-975.
99. Zhang Z., Kang S. M., LeBlanc A., Hajduk S. L., Morrow C. D. Virology. 226:1996;306-317.
100. Kang S. M., Zhang Z., Morrow C. D. J. Virol. 71:1997;207-217.
101. Zhang Z., Kang S. M., Li Y., Morrow C. D. RNA. 4:1998;394-406.
102. Lanchy J. M., Ehresmann C., LeGrice S. F., Ehresmann B., Marquet R. EMBO J. 15:1996;7178-7187.
103. Lanchy J. M., Keith G., LeGrice S. F., Ehresmann B., Ehresmann C., Marquet R. J. Biol. Chem. 273:1998;24425-24432.
104. Thrall S. H., Krebs R., Wöhrl B. M., Cellai L., Goody R. S., Restle T. Biochemistry. 37:1998;13349-13358.
105. Liang C., Rong L., Götte M., Li X., Quan Y., Kleiman L., Wainberg M. A. J. Biol. Chem. 273:1998;21309-21315.
106. Hostomsky Z., Hughes S. H., Goff S. P., LeGrice S. F. J. Virol. 68:1994;1970-1971.
107. Beard W. A., Minnick D. T., Wade C. L., Prasad R., Won R. L., Kumar A., Kunkel T. A., Wilson S. H. J. Biol. Chem. 271:1996;12213-12220.
108. Beard W. A., Bebenek K., Darden T. A., Li L., Prasad R., Kunkel T. A., Wilson S. H. J. Biol. Chem. 273:1998;30425-30442.
109. Bebenek K., Bear W. A., Casas-Finet J. R., Kim H. R., Dargen T. A., Wilson S. H., Kunkel T. A. J. Biol. Chem. 270:1995;19516-19523.
110. Bebenek K., Beard W. A., Dargen T. A., Li L., Prasad R., Luton B. A., Gorenstein D. G., Wilson S. H., Kunkel T. A. Nature Struct. Biol. 4:1997;194-197.
111. Mueller U., Maier G., Mochi Onori A., Cellai L., Heumann H., Heinemann U. Biochemistry. 37:1998;12005-12011.
112. Szyperski T., Götte M., Billeter M., Perola E., Cellai L., Heumann H., Wüthrich K. J. Biomol. NMR. 13:1999;343-355.
113. Lavigne M., Roux P., Buc H., Schaeffer F. J. Mol. Biol. 266:1997;507-524.
114. Fedoroff O. Y., Salazar M., Reid B. R. J. Mol. Biol. 233:1993;509-523.
115. Fedoroff O. Y., Ge Y., Reid B. R. J. Mol. Biol. 269:1997;225-239.
116. Nakamura H., Oda Y., Iwai S., Inoue H., Ohtsuka E., Kanaya S., Katsuda C., Katayanagi K., Morikawa K., Miyashiro H., Ikehara M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 88:1991;11535-11539.
117. Kanaya E., Kanaya S. Eur. J. Biochem. 231:1995;557-562.
118. Fedoroff O. Y., Salazar M., Reid B. R. Biochemistry. 35:1996;11070-11080.